| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 883,665 | IS1 (–) +9 bp | [mdfA] | [mdfA] | |
| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NC_000913 | = 883673 | 0 (0.000) | 84 (1.320) | 51/208 | 0.1 | 100% | coding (1/1233 nt) | mdfA | multidrug efflux system protein |
| ? | NC_000913 | = 1050545 | NA (NA) | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region | |||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
AAAACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGG > NC_000913/883537‑883802 | cggtgcttttgccgttacgcaccaccccgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacattaaatcagtaagttggcagcatcaccGAAATtgcatg < 2:1296874‑M2/11‑1 (MQ=255) cTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaat < 1:1101927‑M1/139‑7 (MQ=255) cttttgccgttacgcaccaccccgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacattaaatcagtaagttggcagcatcaccGAAATTGCATGCaaaa > 2:255688‑M2/124‑139 (MQ=255) gaaagCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactcc < 2:58018‑M1/139‑13 (MQ=255) 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gTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttca > 1:319496‑M1/1‑101 (MQ=255) gTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaat < 2:1605728‑M1/107‑7 (MQ=255) aaTGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataa < 2:319496‑M1/139‑44 (MQ=255) aaTGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataa > 2:1110021‑M1/1‑96 (MQ=255) tgtgCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaat < 1:1442824‑M1/100‑7 (MQ=255) tgtgCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaat > 2:1442824‑M1/1‑94 (MQ=255) 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tGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactccaa < 2:268285‑M1/96‑15 (MQ=255) atagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacattaaatcagtaagttggcagcatcaccGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCctct < 1:209105‑M2/67‑1 (MQ=255) gTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgtt < 2:485536‑M1/116‑37 (MQ=255) gTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgtt > 1:485536‑M1/1‑80 (MQ=255) gTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactccaacttattgatagtgtttt < 2:1027072‑M1/111‑32 (MQ=255) gTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactccaacttattgatagtgtttt > 1:1027072‑M1/1‑80 (MQ=255) gTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCAggtaatgactccaacttattgatagtgttt > 1:367078‑M1/1‑80 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atcaccGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCg > 2:1144392‑M2/7‑59 (MQ=255) cGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGc > 1:1255132‑M2/2‑35 (MQ=255) cGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGc < 2:1255132‑M2/34‑1 (MQ=255) cGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTgg < 2:1468380‑M2/138‑1 (MQ=255) agaaATTGCAggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgccaggtgctgcctcagatt > 1:1122760‑M1/1‑10 (MQ=255) aTTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGata < 2:599799/108‑1 (MQ=255) aTTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGata > 1:599799/1‑108 (MQ=255) | AAAACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGG > NC_000913/883537‑883802 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |