New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | BX571857 | = 2057286 | 301 (1.360) | 6 (0.030) | 6/152 | NT | 2.3% | intergenic (‑168/+45) | SAS1905/SAS1906 | hypothetical phage protein/hypothetical phage protein |
? | BX571857 | 2057751 = | 245 (1.270) | coding (501/921 nt) | SAS1906 | hypothetical phage protein | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
TGTGTGATAAGACACCCTGCTATATGTCTTGTTTTATATTTGAAATGCTTTTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGTCCATCATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > BX571857/2057180‑2057286 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgtccatcattAAATACGATTGTGCAGTACGCACCGATAATGTTTTCTTTGTCGATGTTAAAGAAGTCTTGTTCGTGCTTAATCGCTTTGATACGTCCTGTTTCTCCC > BX571857/2057751‑2057847 TGTGTGATAAGACACCCTGCTATATGTCTTGTTTTATATTTGAAATGCTTTTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACG < 1:1588189/98‑1 GTGTGATAAGACACCCTGCTATATGTCTTGTTTTATATTTGAAATGCTTTTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTACCGTAGTACGT > 2:2690587/1‑98 GTGTGATAAGACACCCTGCTATATGTCTTGTTTTATATTTGAAATGCTTTTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGT > 2:1243635/1‑98 GTGTGATAAGACACCCTGCTATATGTCTTGTTTTATATTTGAAATGCTTTTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGT > 2:2546659/1‑98 GTGTGATAAGACACCCTGCTATATGTCTTGTTTTATATTTGAAATGCTTTTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGT > 1:2481589/1‑98 GTGTGATAAGACACCCTGCTATATGTCTTGTTTTATATTTGAAATGCTTTTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGT > 2:2912130/1‑98 GTGTGATAAGACACCCTGCTATATGTCTTGTTTTATATTTGAAATGCTTTTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGT < 2:3260260/98‑1 GTGTGATAAGACACCCGGCTATATGTCTTGTTTTATATTTGAAATGCTTTTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGT < 1:1695708/98‑1 TGTGATAAGACACCCTGCTATATGTCTTGTTTTATATTTGAAATGCTTTTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGTC > 1:1074355/1‑98 gttATAAGACACCCTGCTATATGTCTTGTTTTATATTTGAAATGCTTTTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGTCC < 1:1225527/95‑1 GTGATAAGACACCCTGCTATATGTCTTGTTTTATATTTGAAATGCTTTTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGTCC > 1:3326277/1‑98 GTGATAAGACACCCTGCTATATGTCTTGTTTTATATTTGAAATGCTTTTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGTCC < 2:3330119/98‑1 GTGATAAGACACCCTGCTATATGTCTTGTTTTATATTTGAAATGCTTTTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGTCC > 1:2068506/1‑98 GTGATAAGACACCCTGCTATATGTCTTGTTTTATATTTGAAATGCTTTTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGTCC > 1:2068519/1‑98 GTGATAAGACACCCTGCTATATGTCTTGTTTTATATTTGAAATGCTTTTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGTCC > 1:2068602/1‑98 GTGATAAGACACCCTGCTATATGTCTTGTTTTATATTTGAAATGCTTTTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGTCC < 1:1084099/98‑1 GTGATAAGACACCCTGCTATATGTCTTGTTTTATATTTGAAATGCTTTTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGTCC < 1:2800272/98‑1 GTGATAAGACACCCTGCTATATGTCTTGTTTTATATTTGAAATGCTTTTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGTCC < 1:3646633/98‑1 GTGATAAGACACCCTGCTATATGTCTTGTTGTATATTTGAAATGCTTTTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGTCC < 2:3480770/98‑1 tggTAAGACTCCCTGCTATATGTCTTGTTTTATAGTTGAGATGCTTTTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGTCCA < 2:2008644/95‑1 TGATAAGACACCCTGCTATATGTCTTGTTTTATATTTGAAATGCTTTTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGTCCA > 2:105624/1‑98 GATAAGACACCCTGCTATATGTCTTGTTTTATATTTGAAATGCTTTTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGTCCAT > 2:2013396/1‑98 GATAAGACACCCTGCTATATGTCTTGTTTTATATTTGAAATGCTTTTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGTCCAT > 2:2019619/1‑98 GATAAGACACCCTGCTATATGTCTTGTTTTATATTTGAAATGCTTTTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGTCCAT > 2:2019611/1‑98 GATAAGACACCCTGCTATATGTCTTGTTTTATATTTGAAATGCTTTTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGTCCAT > 2:2013457/1‑98 ATAAGACACCCTGCTATATGTCTTGTTTTATATTTGAAATGCTTTTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGTCCATC < 2:270353/98‑1 ATAAGACACCCTGCTATATGTCTTGTTTTATATTTGAAATGCTTTTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGTCCATC < 1:3471500/98‑1 ATAAGACACCCTGCTATATGTCTTGTGTTATATTTGAAATGCTTTTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGTCCATC < 2:270322/98‑1 TAAGACACCCTGCTATATGTCTTGTTTTATATTTGAAATGCTTTTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGTCCATCA < 2:2434794/98‑1 TAAGACACCCTGCTATATGTCTTGTTTTATATTTGAAATGCTTTTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGTCCATCA < 2:518786/98‑1 TAAGACACCCTGCTATATGTCTTGTTTTATATTTGAAATGCTTTTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGTCCATCA > 2:2928144/1‑98 AAGACATCCTGCTATATGTCTTGTTTTTTATTTGAAATGCTTGTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTGACGTAGTACGTCCATCAT < 2:406875/98‑1 AAGACACCCTGCTATATGTCTTGTTTTATATTTGAAATGCTTTTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGTCCATCAT > 1:3635646/1‑98 AAGACACCCTGCTATATGTCTTGTTTTATATTTGAAATGCTTTTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGTCCATCAT < 2:2861647/98‑1 AAGACACCCTGCTATATGTCTTGTTTTATATTTGAAATGCTTTTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGTCCATCAT > 1:976739/1‑98 AAGACACCCTGCTATATGTCTTGTTTTATATTTGAAATGCTTTTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGTCCATCAT > 2:1047664/1‑98 AAGACACCCTGCTATATGTCTTGTTTTATATTTGAAATGCTTTTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGTCCATCAT < 2:192524/98‑1 AAGACACCCTGCTATAGGTCTTGTTTTATAGTTGAAATGCTTTTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGACTCAAGTAGGAACGTGGGACGTCCATCga < 2:1427700/98‑3 AGACACCCTGCTATATGTCTTGTTTTATATTTGAAATGCTTTTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGTCCATCATT > 1:3531/1‑98 ACACCCTGCTATATGTCTTGTTTTATATTTGAAATGCTTTTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGTCCATCATTAA > 2:953372/1‑98 CCCTGCTATATGTCTTGTTTTATATTTGAAATGCTTTTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGTCCATCATTAAATA > 1:1510643/1‑98 TATATTTGAAATGCTTTTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGTCCATCATTAAATACGATTGTGCAGTACGCACCG < 1:1259105/98‑1 ACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGTCCATCATTAAATACGATTGTGCAGTACGCACCGATAATGTTTTCTTTGTCGAT > 2:2201883/1‑98 AAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGTCCATCATTAAATACGATTGTGCAGTACGCACCGATAATGTTTTCTTTGTCGATGTTAAAGA < 1:1067769/98‑1 TTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGTCCATCATTAAATACGATTGTGCAGTACGCACCGATAATGTTTTCTTTGTCGATGTTAAAGAAGTC > 1:2319132/1‑98 GCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGTCCATCATTAAATACGATTGTGCAGTACGCACCGATAATGTTTTCTTTGTCGATGTTAAAGAAGTCTTGTTCGTG < 1:209842/98‑1 CAAGTAGTAACGTAGTACGTCCATCATTAAATACGATTGTGCAGTACGCACCGATAATGTTTTCTTTGTCGATGTTAAAGAAGTCTTGTTCGTGCTTA < 2:1526424/98‑1 TAGTACGTCCATCATTAAATACGATTGTGCAGTACGCACCGATAATGTTTTCTTTGTCGATGTTAAAGAAGTCTTGTTCGTGCTTAATCGCTTTGATA < 2:1500222/98‑1 CGTCCATCATTAAATACGATTGTGCAGTACGCACCGATAATGTTTTCTTTGTCGATGTTAAAGAAGTCTTGTTCGTGCTTAATCGCTTTGATACGTCC > 2:1795222/1‑98 CGTCCATCATTAAATACGATTGTGCAGTACGCACCGATAATGTTTTCTTTGTCGATGTTAAAGAAGTCTTGTTCGTGCTTAATCGCTTTGATACGTCC > 2:1018324/1‑98 CGTCCATCATTAAATACGATTGTGCAGTACGCACCGATAATGTTTTCTTTGTCGATGTTAAAGAAGTCTTGTTCGTGCTTAATCGCTTTGATACGTCC > 2:2760557/1‑98 GTCCTTCATTAAATACGATTGTGCAGTACGCACCGATAATGTTTTCTTTGTCGATGTTAAAGAAGTCTTGTTCGTGCTTAATCGCTTTGATACGTCCT < 2:2892267/98‑1 TCCATCATTAAATACGATTGTGCAGTACGCACCGATAATGTTTTCTTTGTCGATGTTAAAGAAGTCTTGTTCGTGCTTAATCGCTTTGCTACGTCCTG > 2:374931/1‑98 TCCATCATTAAATACGATTGTGCAGTACGCACCGATAATGTTTTCTTTGTCGATGTTAAAGAAGTCTTGTTCGTGCTTAATCGCTTTGATACGTCCTG > 2:862212/1‑98 TCCATCATTAAATACGATTGTGCAGTACGCACCGATAATGTTTTCTTTGTCGATGTTAAAGAAGTCTTGTTCGTGCTTAATCGCTTTGATACGTCCTG > 2:3161830/1‑98 CCATCATTAAATACGATTGTGCAGTACGCACCGATAATGTTTTCTTTGTCGATGTTAAAGAAGTCTTGTTCGTGCTTAATCGCTTTGATACGTCCTGT > 2:1495077/1‑98 CCATCATTAAATACGATTGTGCAGTACGCACCGATAATGTTTTCTTTGTCGATGTTAAAGAAGTCTTGTTCGTGCTTAATCGCTTTGATACGTCCTGT > 2:1530443/1‑98 CCATCATTAAATACGATTGTGCAGTACGCACCGATAATGTTTTCTTTGTCGATGTTAAAGAAGTCTTGTTCGTGCTTAATCGCTTTGATACGTCCTGT > 2:300231/1‑98 CCATCATTAAATACGATTGTGCAGTACGCACCGATAATGTTTTCTTTGTCGATGTTAAAGAAGTCTTGTTCGTGCTTAATCGCTTTGATACGTCCTGT < 1:2296185/98‑1 CCATCATTAAATACGATTGTGCAGTACGCACCGATAATGTTTTCTTTGTCGATGTTAAAGAAGTCTTGTTCGTGCTTAATCGCTTTGATACGTCCTGT < 2:2579456/98‑1 CATCATTAAATACGATTGTGCAGTACGCACCGATAATGTTTTCTTTGTCGATGTTAAAGAAGTCTTGTTCGTGCTTAATCGCTTTGATACGTCCTGTT > 1:1520616/1‑98 ATCATTAAATACGATTGTGCAGTACGCACCGATAATGTTTTCTTTGTCGATGTTAAAGAAGTCTTGTTCGTGCTTAATCGCTTTGATACGTCCTGTTT < 1:3444546/98‑1 ATCATTAAATACGATTGTGCAGTACGCACCGATAATGTTTTCTTTGTCGATGTTAAAGAAGTCTTGTTCGTGCTTAATCGCTTTGATACGTCCTGTTT < 1:2480064/98‑1 TCATTAAATACGATTGTGCAGTACGCACCGATAATGTTTTCTTTGTCGATGTTAAAGAAGTCTTGTTCGTGCTTAATCGCTTTGATACGTCCTGTTTC > 1:386396/1‑98 TCATTAAATACGATTGTGCAGTACGCACCGATAATGTTTTCTTTGTCGATGTTAAAGAAGTCTTGTTCGTGCTTAATCGCTTTGATACGTCCTGTTTC > 2:3260931/1‑98 CATTAAATACGATTGTGCAGTACGCACCGATAATGTTTTCTTTGTCGATGTTAAAGAAGTCTTGTTCGTGCTTAATCGCTTTGATACGTCCTGTTTCT > 1:2889518/1‑98 CATTAAATACGATTGTGCAGTACGCACCGATAATGTTTTCTTTGTCGATGTTAAAGAAGTCTTGTTCGTGCTTAATCGCTTTGATACGTCCTGTTTCT < 1:1391902/98‑1 ATTAAATACGATTGTGCAGTACGCACCGATAATGTTTTCTTTGTCGATGTTAAAGAAGTCTTGTTCGTGCTTAATCGCTTTGATACGTCCTGTTTCTC < 1:2318479/98‑1 ATTAAATACGATTGTGCAGTACGCACCGATAATGTTTTCTTTGTCGATGTTAAAGAAGTCTTGTTCGTGCTTAATCGCTTTGATACGTCCTGTTTCTC < 2:521674/98‑1 TTAAATACGATTGTGCAGTACGCACCGATAATGTTTTCTTTGTCGATGTTAAAGAAGTCTTGTTCGTGCTTAATCGCTTTGATACGTCCTGTTTCTCC > 1:1909611/1‑98 TTAAATACGATTGTGCAGTACGCACCGATAATGTTTTCTTTGTCGATGTTAAAGAAGTCTTGTTCGTGCTTAATCGCTTTGATACGTCCTGTTTCTCC < 1:1693594/98‑1 TTAAATACGATTGTGCAGTACGCACCGATAATGTTTTCTTTGTCGATGTTAAAGAAGTCTTGTTCGTGCTTAATCGCTTTGATACGTCCTGTTTCTCC > 1:3243788/1‑98 TAAATACGATTGTGCAGTACGCACCGATAATGTTTTCTTTGTCGATGTTAAAGAAGTCTTGTTCGTGCTTAATCGCTTTGATACGTCCTGTTTCTCCC < 2:2530461/98‑1 TAAATACGATTGTGCAGTACGCACCGATAATGTTTTCTTTGTCGATGTTAAAGAAGTCTTGTTCGTGCTTAATCGCTTTGATACGTCCTGTTTCTCCC < 1:349566/98‑1 TGTGTGATAAGACACCCTGCTATATGTCTTGTTTTATATTTGAAATGCTTTTGAACACGTTCAAATTTTATACCTGCCTCAAGTAGTAACGTAGTACGTCCATCATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > BX571857/2057180‑2057286 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgtccatcattAAATACGATTGTGCAGTACGCACCGATAATGTTTTCTTTGTCGATGTTAAAGAAGTCTTGTTCGTGCTTAATCGCTTTGATACGTCCTGTTTCTCCC > BX571857/2057751‑2057847 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |