| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 359689 | 48 (1.100) | 14 (0.330) | 12/256 | 2.8 | 23.5% | intergenic (+46/+74) | gbdR/PP_0299 | AraC family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| ? | NC_002947 | = 359707 | 45 (1.080) | intergenic (+64/+56) | gbdR/PP_0299 | AraC family transcriptional regulator/hypothetical protein | |||||
CCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAGGATCGTCGCACTGCCGGTGT > NC_002947/359558‑359854 | ccATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGc > 2:432236/1‑150 (MQ=255) gTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCtgt > 2:81231/1‑150 (MQ=255) gccgcACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCTGTggg < 1:701374/150‑1 (MQ=255) ccgcACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCCCCCACAGATCACC‑GCTG‑GCTCAAGCTCAGCgggtgacctgtggga > 2:487467‑M2/1‑135 (MQ=255) cgcACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCTGTggggg > 1:1072582/1‑150 (MQ=255) acaGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACC‑GCTG‑GCTCAAGCTCAGCgggtgacctgtgggagcgg > 1:407752‑M2/1‑131 (MQ=255) cGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCtt < 2:267956/150‑1 (MQ=255) gcggcCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGaa > 2:615181/1‑150 (MQ=255) gcCCTGCGCCAGGTTCGTAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTCAGTCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCTCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAggg < 1:152594/150‑1 (MQ=255) gcCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACC‑GCTG‑GCTCAAGCTCAGCgggtgacctgtgg > 1:8724‑M2/1‑114 (MQ=255) gcCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACC‑GCTG‑GCTCAAGCTCAGCgggtgacctgtgg < 2:8724‑M2/127‑14 (MQ=255) ccTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGc < 2:532346/150‑1 (MQ=255) ccTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGc < 2:1072582/150‑1 (MQ=255) ggCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTgg < 2:54104/150‑1 (MQ=255) ggCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTgg < 2:165179/150‑1 (MQ=255) gcgcAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGTCTCCGCTCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTa < 1:510080/150‑1 (MQ=255) tGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCTGTgg > 1:115303/1‑107 (MQ=255) tGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCTGTgg < 2:115303/107‑1 (MQ=255) caGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGAt < 1:1044087/149‑1 (MQ=255) caaCAGTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTAcg < 2:161503/148‑1 (MQ=255) gACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTAcgc < 1:820787/150‑1 (MQ=255) ccAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTCGGTACGTGGATTACGCGCGTtagt > 2:601091/1‑150 (MQ=255) cAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTttgtt < 1:432236/150‑1 (MQ=255) tgtAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGaa > 1:854391/1‑150 (MQ=255) tAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGaa > 2:991128/1‑107 (MQ=255) tAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGaa < 1:991128/107‑1 (MQ=255) tAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTTAACt > 2:187544/1‑150 (MQ=255) gCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTgcgc > 1:1027584/1‑150 (MQ=255) tctGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCa < 2:854391/150‑1 (MQ=255) tctGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCa > 2:343081/1‑150 (MQ=255) acCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTg > 2:768892/1‑150 (MQ=255) ctctTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGc < 2:833154/150‑1 (MQ=255) ttCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTg > 2:889830/1‑150 (MQ=255) tCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGt > 2:904212/1‑150 (MQ=255) cgcgGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTc < 1:904212/150‑1 (MQ=255) cgGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGCGGCCGGTCCTGGGTACATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGa < 1:615181/150‑1 (MQ=255) gggCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGAt < 1:768892/150‑1 (MQ=255) gggCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGAt > 2:400296/1‑150 (MQ=255) gCCCGCTCCCACAGGTCAGCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTg < 2:172393/150‑1 (MQ=255) gCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTg < 1:977452/125‑1 (MQ=255) gCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTg > 2:977452/1‑125 (MQ=255) gCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTg < 1:400296/150‑1 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGc < 1:158123/150‑1 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGc > 2:1078381/1‑150 (MQ=255) tCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCggtgatctgtgggggcgggcttgttccgcgaaggggccggcgcggtgtcagagccttacactggcaaatgtcgactcattgcgcgcctggctcagggccgccatcggcccgctgtgcg < 1:196216‑M2/150‑119 (MQ=255) cacaGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCggtgatctgtgggggcgggcttgttccgcgaaggggccggcgcggtgtcagagccttacactggcaaatgtcgactcattgcgcgcctggctcagggccgccatcggcccgctgtgcggcg < 1:895562‑M2/150‑122 (MQ=255) cacaGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCggtgatctgtgggggcgggcttgcccgcgaagaggccggcgcggtgtcagagccttacactggcaaatgtcgactcattgcgcgcctggctcagggccgccatcggcccgctgtgcggcga < 2:260373‑M2/150‑122 (MQ=255) acaGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCggtgacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccggcgcggtgtcagagccttacactggcaaatgtcgactcattgcgcgcctggctcagggccgccatcggcccgctgtgcggcgac < 2:168152‑M2/150‑123 (MQ=255) gTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCggtgatctgtgggggcgggcttgcccgcgaagaggccggcgcggtgtcagagccttacactggcaaatgtcgactcattgcgcgcctggctcagggccgccatcggcccgctgtgcggcgacaggg < 2:281830‑M2/150‑127 (MQ=255) tCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCggtgacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccggcgcggtgtcagagccttacactggcaaatgtcgactcattgcgcgcctggctcagggccgccatcggcccgctgtgcggcgacagggt < 2:316282‑M2/150‑128 (MQ=255) tCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCACAGATGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAg < 2:748948/150‑1 (MQ=255) aCCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAGGa > 1:96852/1‑150 (MQ=255) cccGCTGAGCTTGAGC‑CAGCgggtgacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccggcgcggtgtcagagccttacactggcaaatgtcgactcattgcgcgcctggctcagggccgccatcggcccgctgtgcggcgacagggtca < 1:77439‑M2/150‑131 (MQ=255) ccGCTGAGCTTGAGC‑CAGCgggtgacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccggcgcggtgtcagagccttacactggcaaatgtcgactcattgcgcgcctg < 1:345829‑M2/108‑90 (MQ=255) ccGCTGAGCTTGAGC‑CAGCgggtgacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccggcgcggtgtcagagccttacactggcaaatgtcgactcattgcgcgcctg > 2:345829‑M2/1‑19 (MQ=255) tGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAGGAtcgtcg > 2:242344/1‑150 (MQ=255) aGC‑CAGCggtgacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccggcgcggtgtcagagccttacactggcaaatgtcgactcattgcgcgcctggctcagggccgccatcggcccgctgtgcggcgacagggtcatggcctgcggaatc > 2:407752‑M2/1‑7 (MQ=255) aGC‑CAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAGGATCGTCGCACTGCCg < 1:81231/150‑1 (MQ=255) cAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAGGATCGTCGCACTGCCGgtg > 2:247748/1‑150 (MQ=255) aGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCTCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAGGATCGTCGCACTGCCGgtgt < 1:267448/150‑1 (MQ=255) | CCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAGGATCGTCGCACTGCCGGTGT > NC_002947/359558‑359854 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |