| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 205612 | 28 (0.950) | 12 (0.420) | 8/236 | NT | 31.2% | coding (11118/26049 nt) | PP_0168 | putative surface adhesion protein |
| ? | NC_002947 | = 205620 | 26 (0.920) | coding (11126/26049 nt) | PP_0168 | putative surface adhesion protein | |||||
CGCTGCGCAGGGCGATGACGTCTACAACGATGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCAACTCGGCGGTGGATGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTGCAACTGGGCGGCAACGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACCCCGTCGGTCACCGAAGGCGGCGAGATCACTTACACCATCACGCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACGCTGAGCGACGGCAAAACCGTC > NC_002947/205474‑205759 | cGCTGCGCAGGGCGATGACGTCTACAACGATGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCAACTCGGCGGTGGATGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTGCAACTGGGCGGCAACGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCGACGAAGTggt > 2:624564‑M2/1‑147 (MQ=255) gCTGCGCAGGGCGATGACGTCTACAACGATGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCAACTCGGCGGTGGATGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTGCAACTGGGCGGCAACGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCGACGAAGTggtg > 2:703198‑M2/1‑146 (MQ=255) gCTGCGCAGGGCGATGACGTCTACAACGATGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCAACTCGGCGGTGGATGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTGCAACTGGGCGGCAACGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCGACGAAGTggtg < 1:41817‑M2/150‑5 (MQ=255) cTGCGCAGGGCGATGACGTCTACAACGATGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCAACTCGGCGGTGGATGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTGCAACTGGGCGGCAACGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCGACGAAGTggtgg > 2:507438‑M2/1‑145 (MQ=255) cTGCGCAGGGCGATGACGTCTACAACGATGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCAACTCGGCGGTGGATGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTGCAACTGGGCGGCAACGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCGACGAAGTggtgg > 2:41817‑M2/1‑145 (MQ=255) gATGACGTCTACAACGATGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCAACTCGGCGGTGGATGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTGCAACTGGGCGGCAACGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCacttcgtcggtggtgtc < 2:522687‑M1/143‑18 (MQ=255) gATGACGTCTACAACGATGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCAACTCGGCGGTGGATGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTGCAACTGGGCGGCAACGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCacttcgtcggtggtgtc > 1:522687‑M1/1‑126 (MQ=255) gATGACGTCTACAACGATGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCAACTCGGCGGTGGATGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTGCAACTGGGCGGCAACGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCGACGaa > 2:242943/1‑132 (MQ=40) gATCACGTCTACAACGATGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCAACTCGGCGGTGGATGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTGCAACTGGGCGGCAACGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCGACGaa < 1:242943/132‑1 (MQ=255) gTCTACAACGATGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCAACTCGGCGGTGGATGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTGCAACTGGGCGGCAACGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGAcc > 1:713552/1‑150 (MQ=255) tGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCAACTCGGCGGTGGATGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTGCAACTGGGCGGCAACGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCGACGAAGAGGTGGCCGTGCTGACCGCGACCCCCTCGGTCAc > 2:498704/1‑150 (MQ=255) gCCAGATCAGCCTGGGTATCAACTCGGCGGTGGATGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTGCAACTGGGCGGCAACGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACCCCGt > 1:732734/1‑138 (MQ=255) gCCAGATCAGCCTGGGTATCAACTCGGCGGTGGATGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTGCAACTGGGCGGCAACGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACCCCGt < 2:732734/138‑1 (MQ=255) cAGATCAGCCTGGGTATCAACTCGGCGGTGGATGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTGCAACTGGGCGGCAACGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACCCCGTCGGTCACCGAAggc > 1:599861/1‑150 (MQ=255) aGATCAGCCTGGGTATCAACTCGGCGGTGGATGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTGCAACTGGGCGGCAACGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACCCCGTCGGTCACCGAAggcg < 2:676376/150‑1 (MQ=40) cAGCCTGGGTATCAACTCGGCGGTGGATGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTGCAACTGGGCGGCAACGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACCCCGTCGGTCACCGAAGGCGGCga < 1:498704/150‑1 (MQ=40) gggTATCAACTCGGCGGTGGATGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTGCAACTGGGCGGCAACGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACCCCGTCGGTCACCGAAGGCGGCGAGATCAc < 2:599861/150‑1 (MQ=255) cAACTCGGCGGTGGATGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTGCAACTGGGCGGCAACGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACCCCGTCGGTCACCGAAGGCGGCGAGATCACTTacac < 2:713552/150‑1 (MQ=255) gTGGATGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTGCAACTGGGCGGCAACGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACCCCGTCGGTCACCGAAGGCGGCGAGATCACTTACACCATCACGCTg > 1:684598/1‑150 (MQ=40) gATGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTGCAACTGGGCGGCAACGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCacttcgtcggtggtgtcg > 1:497538‑M1/1‑72 (MQ=255) gATGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTGCAACTGGGCGGCAACGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCacttcgtcggtggtgtcg < 2:497538‑M1/90‑19 (MQ=255) gATGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTGCAACTGGGCGGCAACGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACCCCGTc < 1:527437/107‑1 (MQ=38) gATGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTGCAACTGGGCGGCAACGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACCCCGTc > 2:527437/1‑107 (MQ=38) gATGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTGCAACTGGGCGGCAACGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACCCCGTCGGTCACCGaa < 2:223482/117‑1 (MQ=37) gATGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTGCAACTGGGCGGCAACGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACCCCGTCGGTCACCGaa > 1:223482/1‑117 (MQ=37) ggctaCTGGTGCGACCTTCGAGAACCTGCAACTGGGCGGCAACGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACCCCGTCGGTCACCGAAGGCGGCGAGATCACTTACACCATCACGCTGACcaa < 1:649022/146‑1 (MQ=25) cACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTGCAACTGGGCGGCAACGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCacttcgtcggtg < 2:54947‑M1/79‑13 (MQ=255) cACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTGCAACTGGGCGGCAACGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCacttcgtcggtg > 1:54947‑M1/1‑67 (MQ=255) ccTTCGAGAACCTGCAACTGGGCGGCAACGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACCCCGTCGGTCACCGAAGGCGGCGAGATCACTTACACCATCACGCTGACCAACAAAGACGGTCTGc > 1:231084/1‑150 (MQ=34) cTTCGAGAACCTGCAACTGGGCGGCAACGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACC‑ACTTCGTcggtggtgtcggtcact < 2:587127‑M2/79‑18 (MQ=255) cTTCGAGAACCTGCAACTGGGCGGCAACGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACC‑ACTTCGTcggtggtgtcggtcact > 1:190020‑M2/1‑62 (MQ=255) cTTCGAGAACCTGCAACTGGGCGGCAACGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACC‑ACTTCGTcggtggtgtcggtcact < 2:190020‑M2/79‑18 (MQ=255) cTTCGAGAACCTGCAACTGGGCGGCAACGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACC‑ACTTCGTcggtggtgtcggtcact > 1:587127‑M2/1‑62 (MQ=255) ttCGAGAACCTGCAACTGGGCGGCAACGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACCCCGTCGGTCACCGAAg < 2:731378/100‑1 (MQ=34) ttCGAGAACCTGCAACTGGGCGGCAACGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACCCCGTCGGTCACCGAAg > 1:731378/1‑100 (MQ=34) ccTGCAACTGGGCGGCAACGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACCCCGTCGGTCACCGAAGGCGGCGAGATCACTTACACCATCACGCTGACCAACAAAGACGGTCTGcc < 1:653642/141‑1 (MQ=34) ccTGCAACTGGGCGGCAACGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACCCCGTCGGTCACCGAAGGCGGCGAGATCACTTACACCATCACGCTGACCAACAAAGACGGTCTGcc > 2:653642/1‑141 (MQ=35) cAACGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCACCacttcgtcggtggt < 2:635432‑M1/45‑15 (MQ=255) cAACGCTTCGGTTCAAGTCACCGACACCACCacttcgtcggtggt > 1:635432‑M1/1‑31 (MQ=255) aCGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACCCCGTCGGTCACCGAAGGCGGCGAGATCACTTACACCATCACGCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGACCt < 2:684598/150‑1 (MQ=39) cTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACCCCGTCGGTCACCGAAGGCGGCGAGATCACTTACACCATCACGCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGACCTTCa < 2:231084/150‑1 (MQ=37) aaGTGACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACCCCGTCGGTCACCGAAGGCGGCGAGATCACTTACACCATCACGCTGACCAACAAAg < 2:409274/102‑1 (MQ=38) aaGTGACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACCCCGTCGGTCACCGAAGGCGGCGAGATCACTTACACCATCACGCTGACCAACAAAg > 1:409274/1‑102 (MQ=38) aGTGACCGACACCACCgacgaagtggtggtgtcggtcacttgaaccgaagcgttgccgcccagttgcaggttctcgaag > 1:190020‑M1/1‑16 (MQ=255) aGTGACCGACACCACCgacgaagtggtggtgtcggtcacttgaaccgaagcgttgccgcccagttgcaggttctcgaag < 2:587127‑M1/79‑64 (MQ=255) aGTGACCGACACCACCgacgaagtggtggtgtcggtcacttgaaccgaagcgttgccgcccagttgcaggttctcgaag < 2:190020‑M1/79‑64 (MQ=255) aGTGACCGACACCACCgacgaagtggtggtgtcggtcacttgaaccgaagcgttgccgcccagttgcaggttctcgaag > 1:587127‑M1/1‑16 (MQ=255) cGACACCACCGACGAAGTggtggtgtcggtcacttgaaccgaagcgttgccgcccagttgcaggttctcgaaggtcgcaccagtggcatc > 1:497538‑M2/1‑18 (MQ=255) cGACACCACCGACGAAGTggtggtgtcggtcacttgaaccgaagcgttgccgcccagttgcaggttctcgaaggtcgcaccagtggcatc < 2:497538‑M2/90‑73 (MQ=255) gACACCACCGACGAAGTggtggtgtcggtcacttgaaccgaagcgttgccgcccagttgcaggttctcgaaggtcgcaccagtggcatccaccgccgagttgatacccaggctgatctggccagcatcgttgtagacgtcatc < 2:522687‑M2/143‑127 (MQ=255) gACACCACCGACGAAGTggtggtgtcggtcacttgaaccgaagcgttgccgcccagttgcaggttctcgaaggtcgcaccagtggcatccaccgccgagttgatacccaggctgatctggccagcatcgttgtagacgtcatc > 1:522687‑M2/1‑17 (MQ=255) acacCACCGACGCAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACCCCGTCGGTCACCGAAGGCGGCGAGATCACTTACACCATCACGCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACGCTGAGc > 2:314515/1‑140 (MQ=21) acacCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACCCCGTCGGTCACCGAAGGCGGCGAGATCACTTACACCATCACGCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACGCTGAGc < 1:314515/140‑1 (MQ=35) accaccGACGAAGTggtggtgtcggtgacttgaaccgaagcgttg < 2:635432‑M2/45‑32 (MQ=255) accaccGACGAAGTggtggtgtcggtgacttgaaccgaagcgttg > 1:635432‑M2/1‑14 (MQ=255) ccaccacttcgtcggtggtgtcggtcacttgaaccgaagcgttgccgcccagttgcaggttctcgaaggtcgcaccagtggcatccaccgccgagttgatacccaggctgatctggccagcatcgttgtagacgtcatcgccctgcgcag > 2:507438‑M1/1‑5 (MQ=255) ccaccacttcgtcggtggtgtcggtcacttgaaccgaagcgttgccgcccagttgcaggttctcgaaggtcgcaccagtggcatccaccgccgagttgatacccaggctgatctggccagcatcgttgtagacgtcatcgccctgcgcag > 2:41817‑M1/1‑5 (MQ=255) caccacttcgtcggtggtgtcggtcacttgaaccgaagcgttgccgcccagttgcaggttctcgaaggtcgcaccagtggcatccaccgccgagttgatacccaggctgatctggccagcatcgttgtagacgtcatcgccctgcgcagc < 1:41817‑M1/150‑147 (MQ=255) caccacttcgtcggtggtgtcggtcacttgaaccgaagcgttgccgcccagttgcaggttctcgaaggtcgcaccagtggcatccaccgccgagttgatacccaggctgatctggccagcatcgttgtagacgtcatcgccctgcgcagc > 2:703198‑M1/1‑4 (MQ=255) caccGACGAAGTggtggtgtcggtcacttgaaccgaagcgttgccgcccagttgcaggttctcgaaggtcgcaccagtg > 1:54947‑M2/1‑12 (MQ=255) caccGACGAAGTggtggtgtcggtcacttgaaccgaagcgttgccgcccagttgcaggttctcgaaggtcgcaccagtg < 2:54947‑M2/79‑68 (MQ=255) accacttcgtcggtggtgtcggtcacttgaaccgaagcgttgccgcccagttgcaggttctcgaaggtcgcaccagtggcatccaccgccgagttgatacccaggctgatctggccagcatcgttgtagacgtcatcgccctgcgcagcg > 2:624564‑M1/1‑3 (MQ=255) | CGCTGCGCAGGGCGATGACGTCTACAACGATGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCAACTCGGCGGTGGATGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTGCAACTGGGCGGCAACGCTTCGGTTCAAGTGACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGCTGACCGCGACCCCGTCGGTCACCGAAGGCGGCGAGATCACTTACACCATCACGCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATCAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACGCTGAGCGACGGCAAAACCGTC > NC_002947/205474‑205759 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |