New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 428663 | 36 (1.220) | 3 (0.100) | 3/240 | NT | 7.7% | coding (347/957 nt) | PP_0351 | transmembrane sensor |
? | NC_002947 | = 428728 | 37 (1.280) | coding (282/957 nt) | PP_0351 | transmembrane sensor |
TGGTGGCCGGTTTCGACCGAGATTTCGCCCTGGTGCAGCACGATCACCCGTTGCGCGCCGGCGTACTCGATGTCCACGGCGGTGTGGGTGTTCAGGCTCAGCAGTGTGCCGTCTTCTAGGCGCAAGG‑TGCGTAATTCACCCGTGGCGGTGCGCTGGTCGGCCAGCCAGTAGCTGGGTGCCAGCGACGGGGCGCCGACCCATGCCAGCAGCGCGCCGAGCAGAAACGTGCCGGCCAGCCCGCCGCCAACCTTGCCAATGCGTCGCCGCAGGCTGGCGCGCGATTGCAGCAGCGCCTG > NC_002947/428516‑428811 | tggtggCCGGTTTCGACCGAGATTTCGCCCTGGTGCAGCACGATCACCCGTTGCGCGCCGGCGTACTCGATGTCCACGGCGGTGTGGGTGTTCAGGCTCAGCAGTGTGCCGTCTTCTAGGCGCAAGG‑TGCGTAATTCACCCGTGGCGGTg > 1:84203/1‑150 (MQ=255) gCCGGTTTCGACCGAGATTTCGCCCTGGTGCAGCACGATCACCCGTTGCGCGCCGGCGTACTCGATGTCCACGGCGGTGTGGGTGTTCAGGCTCAGCAGTGTGCCGTCTTCTAGGCGCAAGG‑TGCGTAATTCACCCGTGGCGGTGCGCTg > 1:317553/1‑150 (MQ=255) ggTTTCGACCGAGATTTCGCCCTGGTGCAGCACGATCACCCGTTGCGCGCCGGCGTACTCGATGTCCACGGCGGTGTGGGTGTTCAGGCTCAGCAGTGTGCCGTCTTCTAGGCGCAAGGCAACGT‑ATTCACCCGTGGCGGTGCGCTGGTc < 1:619173/150‑1 (MQ=255) cggccGAGCTTTCGCCCTGGTGCCGCACTATCACCCGTTGCGCGCCGGCGTACTCGATGTCCACGGCGGTGTGGGTGTTCAGTCTCAGCAGTGTGCAGTCTTCTAGGCGCAAGG‑TGCGTAATTCACCCGTGGCGGTGCGCTGGTCGccca < 2:160183/147‑1 (MQ=255) cGACCGAGCTTTCGCCCTGGTGCAGCACGATCACCCGTTGCGCGCCGGCGTACTCGATGTCCACGGCGGTGTGGGTGTTCAGGCTCAGCAGTGTGCCGTCTTCTAGGCGCAAGG‑TGCGTAATTCACCCGTGGCGGTGCGCTGGTCGgcca < 2:84203/150‑1 (MQ=255) cGAGATTTCGCCCTGGTGCAGCACGATCACCCGTTGCGCGCCGGCGTACTCGATGTCCACGGCGGTGTGGGTGTTCAGGCTCAGCAGTGTGCCGTCTTCTAGGCGCAAGG‑TGCGTAATTCACCCGTGGCGGTGCGCTGGTCGgccagcca > 2:101885/1‑150 (MQ=255) cGAGATTTCGCCCTGGTGCAGCACGATCACCCGTTGCGCGCCGGCGTACTCGATGTCCACGGCGGTGTGGGTGTTCAGGCTCAGCAGTGTGCCGTCTTCTAGGCGCAAGG‑TGCGTAATTCACCCGTGGCGGTGCGCTGGTCGgccagcca < 1:101885/150‑1 (MQ=255) tttCGCCCTGGTGCAGCACGATCACCCGTTGCGCGCCGGCGTACTCGATGTCCACGGCGGTGTGGGTGTTCAGGCTCAGCAGTGTGCCGTCTTCTAGGCGCAAGG‑TGCGTAATTCACCCGTGGCGGTGCGCTGGTCGGCCAGCCAGTAGc > 2:254366/1‑150 (MQ=255) tttCGCCCTGGTGCAGCACGATCACCCGTTGCGCGCCGGCGTACTCGATGTCCACGGCGGTGTGGGTGTTCAGGCTCAGCAGTGTGCCGTCTTCTAGGCGCAAGG‑TGCGTAATTCACCCGTGGCGGTGCGCTGGTCGGCCAGCCAGTAGc > 2:39862/1‑150 (MQ=255) cccTGGTGCAGCACGATCACCCGTTGCGCGCCGGCGTACTCGATGTCCACGGCGGTGTGGGTGTTCAGGCTCAGCAGTGTGCCGTCTTCTAGGCGCAAGG‑TGCGTAATTCACCCGTGGCGGTGCGCTGGTCGGCCAGCCAGTAGCTGGGt > 1:749628/1‑150 (MQ=255) cccTGGTGCAGCACGATCACCCGTTGCGCGCCGGCGTACTCGATGTCCACGGCGGTGTGGGTGTTCAGGCTCAGCAGTGTGCCGTCTTCTAGGCGCAAGG‑TGCGTAATTCACCCGTGGCGGTGCGCTGGTCGGCCAGCCAGTAGCTGGGt > 1:749611/1‑150 (MQ=255) cccTGGTGCAGCACGATCACCCGTTGCGCGCCGGCGTACTCGATGTCCACGGCGGTGTGGGTGTTCAGGCTCAGCAGTGTGCCGTCTTCTAGGCGCAAGG‑TGCGTAATTCACCCGTGGCGGTGCGCTGGTCGGCCAGCCAGTAGCTGGGt < 1:312072/150‑1 (MQ=255) tGGTGCAGCACGATCACCCGTTGCGCGCCGGCGTACTCGATGTCCACGGCGGTGTGGGTGTTCAGGCTCAGCAGTGTGCCGTCTTCTAGGCGCAAGG‑TGCGTAATTCACCCGTGGCGGTGCGCTGGTCGGCCAGCCAGTAGCTGGGTGcc > 1:457100/1‑150 (MQ=255) tCACCCGTTGCGCGCCGGCGTACTCGATGTCCACGGCGGTGTGGGTGTTCAGGCTCAGCAGTGTGCCGTCTTCTAGGCGCAAGG‑TGCGTAATTCACCCGTGGCGGcgcgctgctggcatgggtcggcgccccgtcgctggcacccagcta > 1:305588‑M1/1‑105 (MQ=255) ttGCGCGCCGGCGTACTCGATGTCCACGGCGGTGTGGGTGTTCAGGCTCAGCAGTGTGCCGTCTTCTAGGCGCAAGG‑TGCGTAATTCACCCGTGGCGGTGCGCTGGTCGGCCAGCCAGTAGCTGGGTGCCAGCGACggg > 2:560568/1‑139 (MQ=255) ttGCGCGCCGGCGTACTCGATGTCCACGGCGGTGTGGGTGTTCAGGCTCAGCAGTGTGCCGTCTTCTAGGCGCAAGG‑TGCGTAATTCACCCGTGGCGGTGCGCTGGTCGGCCAGCCAGTAGCTGGGTGCCAGCGACggg < 1:560568/139‑1 (MQ=255) cGGCGTACTCGATGTCCACGGCGGTGTGGGTGTTCAGGCTCAGCAGTGTGCCGTCTTCTAGGCGCAAGG‑TGCGTAATTCACCCGTGGCGGcgcgctgctggcatgggtcggcgccccgtcgctggcacccagctactggctggccgacca < 2:305588‑M1/150‑61 (MQ=255) gTACTCGATGTCCACGGCGGTGTGGGTGTTCAGGCTCAGCAGTGTGCCGTCTTCTAGGCGCAAGG‑TGCGTAATTCACCCGTGGCGGTGCGCTGGTCGGCCAGCCAGTAGCTGGGTGCCAGCGACGGGGCGCCGACCCATGCCAGCAgcgc < 1:39862/150‑1 (MQ=255) cTCGATGTCCACGGCGGTGTGGGTGTTCAGGCTCAGCAGTGTGCCGTCTTCTAGTCGCAAGG‑TGCGTAATTCACCCGTGGCGGTGCGCTGGTCGGCCACTTAGTAGCTGGGTGCCAGCGACGGGGCGCCGACCCATGCCAGCAGCGCGcc > 1:145456‑M2/1‑148 (MQ=255) cTCGATGTCCACGGCGGTGTGGGTGTTCAGGCTCAGCAGTGTGCCGTCTTCTAGGCGCAAGG‑TGCGTAATTCACCCGTGGCGGTGCGCTGGTCGGCCAGCCAGTAGCTGGGTGCCAGCGACGGGGCGCCGACCCATGCCagcagc > 1:480417/1‑145 (MQ=255) cTCGATGTCCACGGCGGTGTGGGTGTTCAGGCTCAGCAGTGTGCCGTCTTCTAGGCGCAAGG‑TGCGTAATTCACCCGTGGCGGTGCGCTGGTCGGCCAGCCAGTAGCTGGGTGCCAGCGACGGGGCGCCGACCCATGCCagcagc < 2:480417/145‑1 (MQ=255) aCGGCGGTGTGGGTGTTCAGGCTCAGCAGTGTGCCGTCTTCTAGGCGCAAGG‑TGCGTAATTCACCCGTGGCGGTGCGCTGGTCGGCCAGCCAGTAGCTGGGTGCCAGCGACGGGGCGCCGACCCATGCCAGCAGCGCGCCGAGCAGAAAc > 1:588350/1‑150 (MQ=255) ggcggTGTGGGTGTTCAGGCTCAGCAGTGTGCCGTCTTCTAGGCGCAAGG‑TGCGTAATTCACCCGTGGCGGTGCGCTGGTCGGCCAGCCAGTAGCTGGGTGCCAGCGACGGGGCGCCGACCCATGCCAGCAGCGCGCCGAGCAGAAACGt < 1:254366/150‑1 (MQ=255) ggTGTGGGTGTTCAGGCTCAGCAGTGCGCCGTCTTCAAGTTTTAAGG‑TGCGTAATTCACCCGTGGCGGTGCGCTGGTCGGCCAGCCAGTAGCTGGGTGCCCGCGACGGGGCGCCGACCCATGCCAGCAGCGCGCAGAGCAGAAACGTGcc < 1:564013/150‑1 (MQ=255) ttCAGGCTCAGCAGTGTGCCGTCTTCTAGGCGCAAGG‑TGCGTAATTCACCCGTGGCGGTGCGCTGGTCGGCCAGCCAGTAGCTGGGTGCCAGCGACGGGGCGCCGACCCATGCCAGCAGCGCGCCGAGCAGAAACGTGCCGGCCAGCccg > 2:502776/1‑150 (MQ=255) ttCAGGCTCAGCAGTGTGCCGTCTTCTAGGCGCAAGG‑TGCGTAATTCACCCGTGGCGGTGCGCTGGTCGGCCAGCCAGTAGCTGGGTGCCAGCGACGGGGCGCCGACCCATGCCAGCAGCGCGCCGAGCAGAAACGTGCCGGCCAGCccg > 1:255387/1‑150 (MQ=255) ttCAGGCGCAGCAGTGTGCCGTCTTCTAGGCGCAAGG‑TGCGTAATCCACCCGTGGCGGcgcgctgctggcatgggtcggcgccccgtcgctggcacccagctactggctggccgaccagcgcaccgccacgcgtgaattacgcaccttgc < 2:187352‑M1/150‑93 (MQ=255) aGGCTCAGCAGTGTGCCGTCTTCTAGGCGCAAGG‑TGCGTAATTCACCCGTGGCGGTGCGCTGGTCGGCCAGCCAGTAGCTGGGTGCCAGCGACGGGGCGCCGACCCATGCCAGCAGCGCGCCGAGCAGAAACGTGCCGGCCAGCccgccg > 1:173764/1‑150 (MQ=255) gCTCAGCAGTGTGCCGTCTTCTAGGCGCAAGG‑TGCGTAATTCACCCGTGGCGGTGCGCTGGTCGGCCAGCCAGTAGCTGGGTGCCAGCGACGGGGCGCCGACCCATGCCAGCAGCGCGCCGAGCAGAAACGTGCCGGCCAGCCCgccgcc > 2:454478/1‑150 (MQ=255) gcagTGTGCCGTCTTCTAGGCGCAAGG‑TGCGTAATTCACCCGTGGCGGTGCGCTGGTCGGCCAGCCAGTAGCTGGGTGCCAGCGACGGGGCGCCGACCCATGCCAGCAGCGCGCCGAGCAGAAACGTGCCGGCCAGCCCGCCGCCAACCt > 1:798702/1‑150 (MQ=255) gtgtGCCGTCTTCTAGGCGCAAGG‑TGCGTAATTCACCCGTGGCGGTGCGCTGGTCGGCCAGCCAGTAGCTGGGTGCCAGCGACGGGGCGCCGACCCATGCCAGCAGCGCGCCGAGCAGAAACGTGCCGGCCAGCCCGCCGCCAACCTTGc < 1:785493/150‑1 (MQ=255) gCCGTCTTCTAGGCGCAAGG‑TGCGTAATTCACCCGTGGCGGTGCGCTGGTCGGCCAGCCAGTAGCTGGGTGCCAGCGACGGGGCGCCGACCCATGCCAGCAGCGCGCCGAGCAGAAACGTGCCGGCCAGCCCGCCGCCAACCTTGCCAAt < 2:588350/150‑1 (MQ=255) gCCGTCTTCTAGGCGCAAGG‑AGCGTCATTTACCCGTGGCGGTGTGCTGGTCGGCGAGACAGTAACTGGGTGCCAGCGACGGGGCGGCGCCCAACGCCAGCAGCGCACCGAGCAGAAGCGTGCCGGCCAGATCGCCGCGAATCTTTCTAAt > 2:325270/1‑150 (MQ=255) ccGTCTTCTAGGCGCAAGG‑TGCGTAATTCACCCGTGGCGGTGCGCTGGTCGGCCAGCCAGTAGCTGGGTGCCAGCGACGGGGCGCCGACCCATGCCAGCAGCGCGCCGAGCAGAAACGTGCCGGCCAGCCCGCCGCCAACCTTGCCAATg > 1:737635/1‑150 (MQ=255) cGTCTTCTAGGCGCAAGG‑TGCGTAATTCATCCGTGGCGGTGCGCTGGTCGGCCAGCCAGTAGCTGGGTGCCAGCGACGGGGCGCCGACCCATGCCAGCAGCGCGCCGAGCAGAAACGTGCCGGCCAGCCCGCCGCCAACCTTGCCAATGc > 2:293956/1‑150 (MQ=255) cGTCTTCTAGGCGCAAGG‑TGCGTAATTCACCCGTGGCGGTGCGCTGGTCGGCCAGCCAGTAGCTGGGTGCCAGCGACGGGGCGCCGACCCATGCCAGCAGCGCGCCGAGCAGAAACGTGCCGGCCAGCCCGCCGCCAACCTTGCCAATGc < 2:255387/150‑1 (MQ=255) tcttctAGGCGCAAGG‑TGCGTAATTCACCCGTGGCGGTGCGCTGGTCGGCCAGCCAGTAGCTGGGTGCCAGCGACGGGGCGCCGACCCATGCCAGCAGCGCGCCGAGCAGAAACGTGCCGGCCAGCCCGCCGCCAACCTTGCCAATGCGt > 2:117050/1‑150 (MQ=255) aGGCGCAAGG‑TGCGTAATTCACCCGTGGCGGTGCGCTGGTCGGCCAGCCAGTAGCTGGGTGCCAGCGACGGGGCGCCGACCCATGCCAGCAGCGCGCCGAGCAGAAACGTGCCGGCCAGCCCGCCGCCAACCTTGCCAATGCGTcgccgc > 2:194926/1‑150 (MQ=255) gcAAGG‑TGCGTAATTCACGCGTGGCGGTGCGCTGGTCGGCCAGCCAGTAGCTGGGTGCCAGCGACGGGGCGCCGACCCATGCCAGCAGCGCGccgccacgggtggattacgcaccttgcgcctagaagacggcacactgctgcgcctgaa < 2:187352‑M2/150‑59 (MQ=255) aTTCACCCGTGGCGGTGCGCTGGTCGGCCAGCCAGTAGCTGGGTGCCAGCGACGGGGCGCCGACCCATGCCAGCAGCGCGCCGAGCAGAAACGTGCCGGCCAGCCCGCCGCCAACCTTGCCAATGCGTCGCCGCAGGCTGGCGCGCGAtt > 1:58678/1‑150 (MQ=255) ttCACCCGTGGCGGTGCGCTGGTCGGCCAGCCAGTAGCTGGGTGCCAGCGACGGGGCGCCGACCCATGCCAGCAGCGCGCCGAGCAGAAACGTGCCGGCCAGCCCGCCGCCAACCTTGCCAATGCGTCGCCGCAGGCTGGCGCGCGATTg < 2:749611/150‑1 (MQ=255) ttCACCCGTGGCGGTGCGCTGGTCGGCCAGCCAGTAGCTGGGTGCCAGCGACGGGGCGCCGACCCATGCCAGCAGCGCGCCGAGCAGAAACGTGCCGGCCAGCCCGCCGCCAACCTTGCCAATGCGTCGCCGCAGGCTGGCGCGCGATTg < 2:749628/150‑1 (MQ=255) ggcgcgctgctggcatgggtcggcgccccgtcgctggcacccagctactaagtggccgaccagcgcaccgccacgggtgaattacgcaccttgcgactagaagacggcacactgctgagcctgaacacccacaccgccgtggacatcgag > 1:145456‑M1/1‑2 (MQ=255) | TGGTGGCCGGTTTCGACCGAGATTTCGCCCTGGTGCAGCACGATCACCCGTTGCGCGCCGGCGTACTCGATGTCCACGGCGGTGTGGGTGTTCAGGCTCAGCAGTGTGCCGTCTTCTAGGCGCAAGG‑TGCGTAATTCACCCGTGGCGGTGCGCTGGTCGGCCAGCCAGTAGCTGGGTGCCAGCGACGGGGCGCCGACCCATGCCAGCAGCGCGCCGAGCAGAAACGTGCCGGCCAGCCCGCCGCCAACCTTGCCAATGCGTCGCCGCAGGCTGGCGCGCGATTGCAGCAGCGCCTG > NC_002947/428516‑428811 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |