New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1577590 = | 31 (1.050) | 3 (0.110) | 3/234 | NT | 8.9% | coding (700/1455 nt) | ttgC | efflux pump outer membrane protein TtgC |
? | NC_002947 | 1577635 = | 32 (1.140) | coding (655/1455 nt) | ttgC | efflux pump outer membrane protein TtgC |
CCGATGGCAGGCCGGCCGGTACTTCGGCCAGTTGGTCGGCATCAAGCTCCAGCGGCTTGGCCAGGTCGGCAGGAATGCCGGTGCCCAGCAGCACGGTCAGGCTGTTGAC‑GTCCTGGGCGACCAGGCGCTGGTACTGCGAGTACTTGACCCTGGCGCCTTCCACGGCGGTACGCGCCTGGCTGACGTCCAGGGCCGAGGCCACGCCGACTTCGTTGCTGCGACGGGTGAGGTTGTAGCTTTCCTCGTAGGTCTTCAGCGTTTCTTCGGTCAGCTTGAACAGG > NC_002947/1577443‑1577723 | ccGATGGCAGGCCGGCCGGTACTTCGGCCAGTTGGTCGGCATCAAGCTCCAGCGGCTTGGCCAGGTCGGCAGGAATGCCGGTGCCCAGCAGCACGGTCAGGCTGTTGAC‑GTCCTGGGCGACCAGGCGCTGGTACTGCGAGTACTTGAccc < 1:370231/150‑1 (MQ=255) cagATGGCAGGACGGCCGGTCCGTAGGCCAGTTGGTCGGCATGAAGCTATAGCGGCATGGCAAGGTCGGCCGGAATGGCGGTGCCCAGCAGCACGGTCAGGCTGATGAC‑GTCATGGGCGACGAGGGGCTGGTACTGGGAGTACTTGAccc > 2:38089/3‑150 (MQ=255) cGATGGCAGGCCGGCCGGTACTTCGGCCAGTTGGTCGGCATCAAGCTCCAGCGGCTTGGCCAGGTCGGCAGGAATGCCGGTGCCCAGCAGCACGGTCAGGCTGTTGAC‑GTCCTGGGCGACCAGGCGCTGGTACTGCGAGTACTTGACCCt > 2:763099/1‑150 (MQ=255) gccggccgGTACTTCGGCCAGTTGGTCGGCATCAAGCTCCAGCGGCTTGGCCAGGTCGGCAGGAATGCCGGTGCCCAGCAGCACGGTCAGGCTGTTGAC‑GTCCTGGGCGACCAGGCGCTGGTACTGCGAGTACTTGACCCTGGCGCCTTc > 1:191525/1‑150 (MQ=255) cggTACTTCGGCCAGTTGGTCGGCATCAAGCTCCAGCGGCTTGGCCAGGTCGGCAGGAATGCCGGTGCCCAGCAGCACGGTCAGGCTGTTGAC‑GTCCTGGGCGACCAGGCGCTGGTACTGCGAGTACTTGACCCTGGCGCCTTCCAcggc > 2:342836/1‑150 (MQ=255) cTTCGGCCAGTTGGTCGGCATCAAGCTCCAGCGGCTTGGCCAGGTCGGCAGGAATGCCGGTGCCCAGCAGCACGGTCAGGCTGTTGAC‑GTCCTGGGCGACCAGGCGCTGGTACTGCGAGTACTTGACCCTGGCGCCTTCCACGGCGGTAc > 1:107068/1‑150 (MQ=255) ttCGGCCAGTTGGTCGGCATCAAGCTCCAGCGGCTTGGCCAGGTCGGCAGGAATGCCGGTGCCCAGCAGCACGGTCAGGCTGTTGAC‑GTCCTGGGCGACCAGGCGCTGGTACTGCGAGTACTTGACCCTGGCGCCTTCCACGGCGGTAcg > 1:286007/1‑150 (MQ=255) tCGGCCAGTTGGTCGGCATCAAGCTCCAGCGGCTTGGCCAGGTCGGCAGGAATGCCGGTGCCCAGCAGCACGGTCAGGCTGTTGAC‑GTCCTGGGCGACCAGGCGCTGGTACTGCGAGTACTTGACCCTGGCGCCTTCCACGGCGGTAcgc < 2:665169/150‑1 (MQ=255) aGTTGGTCGGCATCAAGCTCCAGCGGCTTGGCCAGGTCGGCAGGAATGCCGGTGCCCAGCAGCACGGTCAGGCTGTTGAC‑GTCCTGGGCGACCAGGCGCTGGTACTGCGAGTACTTGACCCTGGCGCCTTCCACGGCGGTACGCGCCTgg < 1:342836/150‑1 (MQ=255) gTTGGTCGGCATCAAGCTCCAGCGGCTTGGCCAGGTCGGCAGGAATGCCGGTGCCCAGCAGCACGGTCAGGCTGTTGAC‑GTCCTGGGCGACCAGGCGCTGGTACTGCGAGTACTTGACCCTGGCGCCTTCCACGGCGGTACGCGCCTGGc < 2:275721/150‑1 (MQ=255) tCAAGCTCCAGCGGCTTGGCCAGGTCGGCAGGAATGCCGGTGCCCAGCAGCACGGTCAGGCTGTTGAC‑GTCCTGGGCGACCAGGCGCTGGTACTGCGAGTACTTGACCCTGGCGCCTTCCACGGCGGTACGCGCCTGGCTGACGTCCAgg < 2:22092/150‑1 (MQ=255) tggcaggccgaccaggccctgttcaagctgaccgaagaaacgctgaagacctacgaggaaagctacaacctcacccgtcgcagcaacgaagtcggcgtggcctcggCCCTGGCGCCTTCCACGGCGGTACGCGCCTGGCTGACGTCCAgg > 1:352768‑M1/107‑150 (MQ=255) cAGCGGCTTGGCCAGGTCGGCAGGAATGCCGGTGCCCAGCAGCACGGTCAGGCTGTTGAC‑GTCCTGGGCGACCAGGCGCTGGTACTGCGAGTACTTGACCCTGGCGCCTTCCACGGCGGTACGCGCCTGGCTGACGTCCAGGGCCGAGGc > 2:6153/1‑150 (MQ=255) cTTGGCCAGGTCGGCAGGAATGCCGGTGCTCAGCAGCACGGTAAGGC‑GTTATCGGTGCTGGGCGACCAGGCGCTGGTACTGCGAGTACTTGACCCTGGCGCCTTCCACGGCGGTACGCGCCTGGCTGACGTCCAGGGCCGAGGCCACGcc < 2:20806/150‑1 (MQ=255) cctgttcaagctgaccgaagaaacgctgaagacctacgaggaaagctacaacctcacccgtcgcagcaacgaagtcggcgtggcctcggCCCTGGCGCCTTCCACGGCGGTACGCGCCTGGCTGACGTCCAg > 1:252816‑M1/90‑132 (MQ=255) cctgttcaagctgaccgaagaaacgctgaagacctacgaggaaagctacaacctcacccgtcgcagcaacgaagtcggcgtggcctcggCCCTGGCGCCTTCCACGGCGGTACGCGCCTGGCTGACGTCCAg < 2:252816‑M1/43‑1 (MQ=255) cAGGTCGGCAGGAATGCCGGTGCCCAGCAGCACGGTCAGGCTGTTGAC‑GTCCTGGGCGACCAGGCGCTGGTACTGCGAGTACTTGACCCTGGCGCCTTCCACGGCGGTACGCGCCTGGCTGACGTCCAGGGCCGCGGCCACGCCGACTTc > 2:604559/1‑150 (MQ=255) aGGTCGGCAGGAATGCCGGTGCCCAGCAGCACGGTCAGGCTGTTGAC‑GTCCTGTGCGACCAGGCGCTGGTACTGCGAGTACTTGACCCTGGCGCCTTCCACGGCGGTACGCGCCTGGCTGACGTCCAGGGCCGAGGCCACGCCGACTTCg > 2:29354/1‑150 (MQ=255) aGGTCGGCAGGAATGCCGGTGCCCAGCAGCACGGTCAGACTGTTGAC‑GTCCTGGGCGACCAGGCGCTGGTACTGCGAGTACTTGACCCTGGCGCCTTCCACGGCGGTACGCGCCTGGCTGACGTCCAGGGCCGAGGCCACGCCGACTTCg > 2:555566/1‑150 (MQ=255) ggTCGGCAGGAATGCCGGTGCCCAGCAGCACGGTCAGGCTGTTGAC‑GTCCTGGGCGACCAGGCGCTGGTACTGCGAGTACTTGACCCTGGCGCCTTCCACGGCGGTACGCGCCTGGCTGACGTCCAGGGCCGAGGCCACGCCGACTTCGt < 1:69095/150‑1 (MQ=255) gTCGGCAGGAATGCCGGTGCCCAGCAGCACGGTCAGGCTGTTGAC‑GTCTTAACGTACCAGGCGCTGGTACTGCGAGTACTTGACCCTGGCGCCTTCCACGGCGGTACGCGCCTGGCTGACGTCCAGGGCCGAGGCCACGCCGACTTCGtt < 1:446974/150‑1 (MQ=255) gTCGGCAGGAATGCCGGTGCCCAGCAGCACGGTCAGGCTGTTGAC‑GTCCTGGGCGACCAGGCGCTGGTACTGCGAGTACTTGACCCTGGCGCCTTCCACGGCGGTACGCGCCTGGCTGCCGTCCAGGGCCGAGGCCACGCCGACTTCGtt < 1:313714/150‑1 (MQ=255) cAGGAATGCCGGTGCCCAGCAGCACGGTCAGGCTGTTGAC‑GTCCTGGGCGACCAGGCGCTGGTACTGCGAGTACTTGACCCTGGCGCCTTCCACGGCGGTACGCGCCTGGCTGACGTCCAGGGCCGAGGCCACGCCGACTTCGTtgctgc < 2:754479/150‑1 (MQ=255) ggAATGCCGGTGCCCAGCAGCACGGTCAGGCTGTTGAC‑GTCCTGGGCGACCAGGCGCTGGTACTGCGAGTACTTGACCCTGGCGCCTTCCACGGCGGTACGCGCCTGGCTGACGTCCAGGGCCGAGGCCACGCCGACTTCGTTGCTGCGa < 2:286007/150‑1 (MQ=255) gcgCCCCGCAGCACTGTCAGGCTTTTGAC‑GTCCTGGGCGACCAGGCGCTGGTACTGCGAGTACTTGACCCTGGCGCCTTCCACGGCGGTACGCGCCTGGCTGACGTCCAGGGCCGAGGCCACGCCGACTTCGTTGCTGCGACGGGTGAgg < 2:443040/148‑1 (MQ=255) cagcagCACGGTCAGGCTGTTGAC‑GTCCTGGGCGACCAGGCGCTGGTACTGCGAGTACTTGACCCTGGCGCCTTCCACGGCGGTACGCGCCTGGCTGACGTCCAGGGCCGAGGCCACGCCGACTTCGTTGCTGCGACGGGTGAGGTTGTa < 1:6153/150‑1 (MQ=255) aCGGTCAGGCTGTTGAC‑GTCCTGGGCGACCAGGCGCTGGTACTGCGAGTACTTGACCCTGGCGCCTTCCACGGCGGTACGCGCCTGGCTGACGTCCAGGGCCGAGGCCACGCCGACTTCGTTGGTTCGACGGGTGAGGTTGTAGCTTTcc > 1:599052/1‑150 (MQ=255) ggCTGTTGAC‑GTCCTGGGCGACCAGGCGCTGGTACTGCGAGTACTTGACCCTGGCGCCTTCCACGGCGGTACGCGCCTGGCTGACGTCCAGGGCCGAGGCCACGCCGACTTCGTTGCTGCGACGGGTGAGGTTGTAGCTTTCCTCGTAgg > 1:53729/1‑150 (MQ=255) aC‑GTCCTGGGCGACCAGGCGCTGGTACTGCGAGTACTTGACCCTGGCGCCTTCCACGGCGGTACGCGCCTGGCTGACGTCCAGGGCCGAGGCCACGCCGACTTCGTTGCTGCGACGGGTg > 1:636433/1‑120 (MQ=255) aC‑GTCCTGGGCGACCAGGCGCTGGTACTGCGAGTACTTGACCCTGGCGCCTTCCACGGCGGTACGCGCCTGGCTGACGTCCAGGGCCGAGGCCACGCCGACTTCGTTGCTGCGACGGGTg < 2:636433/120‑1 (MQ=255) ggCGACCAGGCGCTGGTACTGCGAGTACTTGACCCTGGCGCCTTCCACGGCGGTACGCGCCTGGCTGACGTCCAGGGCCGAGGCCACGCCGACTTCGTTGCTGCGACGGGTGAGGTTGTAGCTTTCCTCGTAGGTCTTCAGCGTttcttc > 2:179787/1‑150 (MQ=255) gCGACCAGGCGCTGGTACTGCGAGTACTTGACCCTGGCGCCTTCCACGGCGGTACGCGCCTGGCTGACGTCCAGGGCCGAGGCCACGCCGACTTCGTTGCTGCGACGGGTGAGGTTGTAGCTTTCCTCGTAGGTCTTCAGCGTTTCTTCg < 2:107068/150‑1 (MQ=255) gCGACCAGGCGCTGGTACTGCGAGTACTTGACCCTGGCGCCTTCCACGGCGGTACGCGCCTGGCTGACGTCCAGGGCCGAGGCCACGCCGACTTCGTTGCTGCGACGGGTGAGGTTGTAGCTTTCCTCGTAGGTCTTCAGCGTTTCTTCg < 2:191525/150‑1 (MQ=255) tACTGTGAGTACTTGTCCCTGGCGCCTTCCACGGCGGTACGCGCCTGGCTGACGTCCAGGGCCGAGGCCACGGCGACTTCGTTGCTGCGACGGGTGAGGTTGTAGCTTTCCTCGTAGGTCTTCAGCGTTTCTTCGGTCAGCTTGAACAgg < 1:38089/150‑1 (MQ=255) tACTGCGAGTACTTGACCCTGGCGACTTCCACGGCGGTACGCGCCTGGCTGACGTCCAGGGCCGAGGCCACGCCGACTTCGTTGCTGCGACGGGTGAGGTTGTAGCTTTCCTCGTAGGTCTTCAGCGTTTCTTCGGTCAGCTTGAACAgg < 2:6562/150‑1 (MQ=255) tGCGAGTACTTGACCCTGGCGCCTTCCACGGCGGTACGCGCCTGGCTGACGTCCAGGGCCGAGGCCACGCCGACTTCGTTGCTGCGACGGGTGAgg > 1:615613/1‑96 (MQ=255) tGCGAGTACTTGACCCTGGCGCCTTCCACGGCGGTACGCGCCTGGCTGACGTCCAGGGCCGAGGCCACGCCGACTTCGTTGCTGCGACGGGTGAgg < 2:615613/96‑1 (MQ=255) ttGACCCTGGCGCCTTCCACGGCGGTACGCGCCTGGCTGACGTCCAGGGCCGAGGCCACGCCGACTTCGTTGCTGCGa < 2:483102/78‑1 (MQ=255) ttGACCCTGGCGCCTTCCACGGCGGTACGCGCCTGGCTGACGTCCAGGGCCGAGGCCACGCCGACTTCGTTGCTGCGa > 1:483102/1‑78 (MQ=255) ttGACCCTGGCGCCTTCCACGGCGGTACGCGCCTGGCTGACGTCCAGGGCCGAGGCCACGCCGACTTCGTTGCTGCGACGGGTGAGGTTGTAGCTTTCCTCGTAGGTCTTCAGCGttt < 2:737088/118‑1 (MQ=255) ttGACCCTGGCGCCTTCCACGGCGGTACGCGCCTGGATGACGTCCAGGGCCGAGGCCACGCCGACTTCGTTGCTGCGACGGGTGAGGTTGTAGCTTTCCTCGTAGGTCTTCAGCGttt > 1:737088/1‑118 (MQ=255) | CCGATGGCAGGCCGGCCGGTACTTCGGCCAGTTGGTCGGCATCAAGCTCCAGCGGCTTGGCCAGGTCGGCAGGAATGCCGGTGCCCAGCAGCACGGTCAGGCTGTTGAC‑GTCCTGGGCGACCAGGCGCTGGTACTGCGAGTACTTGACCCTGGCGCCTTCCACGGCGGTACGCGCCTGGCTGACGTCCAGGGCCGAGGCCACGCCGACTTCGTTGCTGCGACGGGTGAGGTTGTAGCTTTCCTCGTAGGTCTTCAGCGTTTCTTCGGTCAGCTTGAACAGG > NC_002947/1577443‑1577723 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |