New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2887906 | 29 (0.980) | 4 (0.140) | 4/240 | NT | 13.1% | coding (806/1425 nt) | PP_2542 | GntR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | = 2887947 | 25 (0.870) | coding (765/1425 nt) | PP_2542 | GntR family transcriptional regulator |
GCTCTTGGAATAGCTGCCCACGTACACCACCTGCTGCAGATGGTCGAGGCTGGCCAGGCACGGCTGCGGCTCGGCGACCATGTCGGCGTACAGGTTGTTCTCCACCAGGCGGAAGCCATGCTGGCTAGCAAGCTGCAGCAGGCGGTGCAACTGCGGCAGCGGGGTGCGGGAGCACGTCGGGCTGTGCAGGTGCGGCTGGGTGAAGAACGCCGTCGGGCGGTGGTGGCTGAGCAGTTGCTCCAGCTGGTTCAGGTCGTAGCCGGCCGGTGTACGTGGCACGCCTACCAGGGTTGCG > NC_002947/2887758‑2888052 | gCTCTTGGAATAGCTGCCCACGTACACCACCTGCTGCAGATGGTCGAGGCTGGCCAGGCACGGCTGCGGCTCGGCGACCATGTCGGCGTACAGGTTGTTCTCCACCAGGCGGAAGCCATGCTGGCTAGCAAGCTGCAGCAGGCGGTGCaa < 2:320451/150‑1 (MQ=255) ttGGAATAGCTGCCCACGTACACCACCTGCTGCAGATGGTCGAGGCTGGCCAGGCACGGCTGCGGCTCGGCGACCATGTCGGCGTACAGGTTGTTCTCCACCAGGCGGAAGCCATGCTGGCTAGCAAGCTGCAGCAGGCGGTGCAACTGc < 1:342181/150‑1 (MQ=255) tGGAATAGCTGCCCACGTACACCACCTGCTGCAGATGGTCGAGGCTGGCCAGGCACGGCTGCGGCTCGGCGACCATGTCGGCGTACAGGTTGTTCTCCACCAGGCGGAAGCCATGCTGGCTAGCAAGCTGCAGCAGGCGGTGCAcctgca > 2:79978‑M1/1‑144 (MQ=255) aCGTACACCACCTGCTGCAGATGGTCGAGGCTGGCCAGGCACGGCTGCGGCTCGGCGACCATGTCGGCGTACAGGTTGTTCTCCACCAGGCGGAAGCCATGCTGGCTAGCAAGCTGCAGCAGGCGGTGCAACTGCGGCAGCGGGGTGCgg < 1:173729/150‑1 (MQ=255) aCGTACACCACCTGCTGCAGATGGTCGAGGCTGGCCAGGCACGGCTGCGGCTCGGCGACCATGTCGGCGTACAGGTTGTTCTCCACCAGGCGGAAGCCATGCTGGCTAGCAAGCTGCAGCAGGCGGTGCAACTGCGGCAGCGGGGTGCgg > 2:589740/1‑150 (MQ=255) accaccTGCTGCAGATGGTCGAGGCTGGCCAGGCACGGCTGCGGCTCGGCGACCATGTCGGCGTACAGGTTGTTCTCCACCAGGCGGAAGCCATGCTGGCTAGCAAGCTGCAGCAGGCGGTGCAACTGCGGCAGCGGGGTGCGGGAGCAc < 1:501393/150‑1 (MQ=255) ccaccTGCTGCAGATGGTCGAGGCTGGCCAGGCACGGCTGCGGCTCGGCGACCATGTCGGCGTACAGGTTGTTCTCCACCAGGCGGAAGCCATGCTGGCTAGCAAGCTGCAGCAGGCGGTGCAACTGCGGCAGCGGGGTGCGGGAGCACg > 2:676701/1‑150 (MQ=255) ctgctgCAGATGGTCGAGGCTGGCCAGGCAAGGCTGCGGCTCGGCGACCATGTCGGCGTACAGGTTGTTCTCCACCAGGCGGAAGCCATGCTGGCTAGCAAGCTGCAGCAGGCGGTGCAACTGCGGCAGCGGGGTGCGGGAGCACGTCgg > 1:551471/1‑150 (MQ=255) gcAGATGGTCGAGGCTGGCCAGGCACGGCTGCGGCTCGGCGACCATGTCGGCGTACAGGTTGTTCTCCACCAGGCGGAAGCCATGCTGGCTAGCAAGCTGCAGCAGGCGGTGCAACTGCGGCAGCGGGGTGCGGGAGCACGTCGAGCtgt < 2:220636/150‑1 (MQ=255) cGAGGCTGGCCAGGCACGGCTGCGGCTCGGCGACCATGTCGGCGTACAGGTTGTTCTCCACCAGGCGGAAGCCATGCTGGCTAGCAAGCTGCAGCAGGCGGTGCAcctgcacagcccgacgtgctcccgcaccccgctgccgcagttgca < 1:79978‑M1/150‑46 (MQ=255) cTGGCCAGGCACGGCTGCGGCTCGGCGACCATGTCGGCGTACAGGTTGTTCTCCACCAGGCGGAAGCCATGCTGGCTAGCAAGCTGCAGCAGGCGGTGCAACTGCGGCAGCGGGGTGCGGGAGCACGTCGGGCTGTGCAGGTGCGGCTgg < 1:223752/150‑1 (MQ=255) cTGGCCAGGCAAGGCTGCGGCTCGGCGACCATGTCGGCGTACAGGTTGTTCTCCACCAGGCGGAAGCCATGCTGGCTAGCAAGCTGCAGCAGGCGGTGCAACTGCGGCAGCGGGGTGCGGGAGCACGTCGGGCTGTGCAGGTGCGGCTgg < 2:551471/150‑1 (MQ=255) ggCCAGGCACGGCTGCGGCTCGGCGACCATGTCGGCGTACAGGTTGTTCTCCACCAGGCGGAAGCCATGCTGGCTAGCAAGCTGCAGCAGGCGGTGCAACTGCGGCAGCGGGGTGCGGGAGCACGTCGGGCTGTGCAGGTGCGGCTGGGt < 1:479460/150‑1 (MQ=255) gCCAGGCACGGCTGCGGCTCGGCGACCATGTCGGCGTACAGGTTGTTCTCCACCAGGCGGAAGCCATGCTGGCTAGCAAGCTGCAGCAGGCGGTGCAACTGCGGCAGCGGGGTGCGGGAGCACGTCGGGCTGTGCAGGTGCGGCTGGGTg > 1:367737/1‑150 (MQ=255) cAGGCACGGCTGCGGCTCGGCGACCATGTCGGCGTACAGGTTGTTCTCCACCAGGCGGAAGCCATGCTGGCTAGCAAGCTGCAGCAGGCGGTGCAACTGCGGCAGCGGGGTGCGGGAGCACGTCGGGCTGTGCAGGTGCGGCTGGGTgaa < 1:567593/150‑1 (MQ=255) ggCTGCGGCTCGGCGACCATGTCGGCGTACAGGTTGTTCTCCACCAGGCGGAAGCCATGCTGGCTAGCAAGCTGCAGCAGGCGGTGCAACTGCGGCAGCGGGGTGCGGGAGCACGTCGGGCTGTGCAGGTGCGGCTGGGTGAAGAACGcc < 1:676701/150‑1 (MQ=255) cTCGGCGACCATGTCGGCGTACAGGTTGTTCTCCACCAGGCGGAAGCCATGCTGGCTAGCAAGCTGCAGCAGGCGGTGCAcctgcacagcccgacgtgctcccgcaccccgctgccgcagtt < 2:423471‑M1/122‑43 (MQ=255) cTCGGCGACCATGTCGGCGTACAGGTTGTTCTCCACCAGGCGGAAGCCATGCTGGCTAGCAAGCTGCAGCAGGCGGTGCAcctgcacagcccgacgtgctcccgcaccccgctgccgcagtt > 1:423471‑M1/1‑80 (MQ=255) aTGTCGGCGTACAGGTTGTTCTCCACCAGGCGGAAGCCATGCTGGCTAGCAAGCTGCAGCAGGCGGTGCAACTGCGGCAGC‑GGGTGCGGGAGCACGTCGGGCTGTGCAGGTGCGGCTGGGTGAAGAACGCCGTCGGGCGGTGGTGGCTGa < 1:388921/150‑1 (MQ=255) tGTCGGCGTACAGGTTGTTCTCCACCAGGCGGAAGCCATGCTGGCTAGCAAGCTGCAGCAGGCGGTGCAACTGCGGCAGCGGGGTGCGGGAGCACGTCGGGCTGTGCAGGTGCGGCTGGGTGAAGAACGCCGTCGGGCGGTGGTGGCTGa < 2:189559/150‑1 (MQ=255) aCAGGTTGTTCTCCACCAGGCGGAAGCCATGCTGGCTAGCAAGCTGCAGCAGGCGGTGCAACTGCGGCATCGGGGTGCGGGAGCACGTCGGGCTGTGCAGGTGCGGCTgg > 2:224019/1‑110 (MQ=255) aCAGGTTGTTCTCCACCAGGCGGAAGCCATGCTGGCTAGCAAGCTGCAGCAGGCGGTGCAACTGCGGCATCGGGGTGCGGGAGCACGTCGGGCTGTGCAGGTGCGGCTgg < 1:224019/110‑1 (MQ=255) ttCTCCACCAGGCGGAAGCCATGCTGGCTAGCAAGCTGCAGCAGGCGGTGCAACTGCGGCAGCGGGGTGCGGGAGCACGTCGGGCTGTGCAGGTGCGGCTGGGTGAAGAACGCCGTCGGGCGGTGGTGGCTGAGCAGTTGCTCCAGCTgg < 1:112802/150‑1 (MQ=255) tcCACCAGGCGGAAGCCATGCTGGCTAGCAAGCTGCAGCAGGCGGTGCAACTGCGGCAGCGGGGTGCGGGAGCACGTCGGGCTGTGCAGGTGCGGCTGGGTGAAGAACGCCGTCGGGCGGTGGTGGCTGAGCAGTTGCTCCAGCTGGTTc > 1:72863/1‑150 (MQ=255) tcCACCAGGCGGAAGCCATGCTGGCTAGCAAGCTGCAGCAGGCGGTGCAACTGCGGCAGCGGGGTGCGGGAGCACGTCGGGCTGTGCAGGTGCGGCTGGGTGAAGAACGCCGTCGGGCGGTGGTGGCTGAGCAGTTGCTCCAGCTGGTTc < 1:589740/150‑1 (MQ=255) ccaccaGGCGGAAGCCATGCTGGCTAGCAAGCTGCAGCAGGCGGTGCAACTGCGGCAGCGGGGTGCGGGAGCACGTCGGGCTGTGCAGGTTCGGCTGGGTGAAGAACGCCGTCGGGCGGTGGTGGCTGAGCAGTTGCTCCAGCTGGCTCa > 2:306389/1‑150 (MQ=255) accaGGCGGAAGCCATGCTGGCTAGCAAGCTGCAGCAGGCGGTGCAACTGCGGCAGCGGGGTGCGGGAGCACGTCGGGCTGTGCAGGTGCGGc > 2:191917/1‑93 (MQ=255) accaGGCGGAAGCCATGCTGGCTAGCAAGCTGCAGCAGGCGGTGCAACTGCGGCAGCGGGGTGCGGGAGCACGTCGGGCTGTGCAGGTGCGGc < 1:191917/93‑1 (MQ=255) gCGGAAGCCATGCTGGCTAGCAAGCTGCAGCAGGCGGTGCAACTGCGGCAGCGGGGTGCGGGAGCACGTCGGGCTGTGCGGGTGCGGCTGGGTGAAGAACGCCGTCGGGCGGTGGTGGCTGAGCAGTTGCTCCAGCTGGTTCAGGTCGTa > 1:87271/1‑150 (MQ=255) aGCCATGCTGGCTCGCAAGCTGCAGCTGGCGGGGCAACTGCGGCAGCGGGGGGCGGGAGCACGTCGGGCTGTGCAGGTGCGGCTGGGTGAAGAACGCCGTCGGGCTGTTTGGGCTGAGCAGTTGCTCCAGCTGGTTCAGGTCGTAgccgg > 2:571431/1‑150 (MQ=255) aGCCATGCTGGCTAGCAAGCTGCAGCAGGCGGTGCAACTGCGGCAGCGGGGTGCGGGAGCACGTCGGGCTGTGCAGGTGCGGCTGGGTGAAGAACGCCGTCGGGCGGTGGTGGCTGAGCAGTTGCTCCAGCTGGTTCAGGTCGTAgccgg > 1:531175/1‑150 (MQ=255) tAGCAAGCTGCAGCAGGCGGTGCCACTGCGGCAGCGGTGTGCGGGAGCACGTCGGGCTGTGCAGGTGCGGCTGGGTGAAGAACGCCGTCGGGCGGTGGTGGCTGAGCAGTTGCTCCAGCTGGTTCAGGTCGTAGCCGGCCGGTGTACGTg < 2:686537/150‑1 (MQ=255) tAGCAAGCTGCAGCAGGCGGTGCAACTGCGGCAGCGGGGTGCGGGAGCACGTCGGGCTGTGCAGGTGCGGCTGGGTGAAGAACGCCGTCGGGCTGTGGTGGCTGAGCAGTTGCTCCAGCTGGTTCAGGTCGTAGCCGGCCGGTGTACGTg < 1:571431/150‑1 (MQ=255) cTGCAGCAGGCGGTGCAACTGCGGCAGCGGGGTGCGGGAGCACGTCGGGCTGTGCAGGTGCGGCTGGGTGAAGAACGCCGTCGGGCGGTGGTGGCTGAGCAGTTGCTCCAGCTGGTTCAGGTCGTAGCCGGCCGGTGTACGTGGCACGcc > 2:582301/1‑150 (MQ=255) agGCGGTGCAACTGCGGCAGCGGGGTGCGGGAGCACGTCGGGCTGTGCAGGTGCGGCTGGGTGAAGAACGCCGTCGGGCGGTGGTGGCTGAGCAGTTGCTCCAGCTGGTTCAGGTCGTAGCCGGCCGGTGTACGTGGCACGCCTACCAgg < 1:109318/150‑1 (MQ=255) tGCAACTGCGGCAGCGGGGTGCGGGAGCACGTCGGGCTGTGCAGGtgcaccgcctgctgcagcttgctagccagcatggcttccgcctggtggagaacaacctgtacgccgacatggtcgccgagccgcagccgtgcctggccagcctcg < 1:79978‑M2/150‑106 (MQ=255) tGCAACTGCGGCAGCGGGGTGCGGGAGCACGTCGGGCTGTGCAGGTGCGGCTGGGTGAAGAACGCCGTCGGGCGGTGGTGGCTGAGCAGTTGCTCCAGCTgg > 1:339015/1‑102 (MQ=255) tGCAACTGCGGCAGCGGGGTGCGGGAGCACGTCGGGCTGTGCAGGTGCGGCTGGGTGAAGAACGCCGTCGGGCGGTGGTGGCTGAGCAGTTGCTCCAGCTgg < 2:339015/102‑1 (MQ=255) aaCTGCGGCAGCGGGGTGCGGGAGCACGTCGGGCTGTGCAGGtgcaccgcctgctgcagcttgctagccagcatggcttccgcctggtggagaacaacctgtacgccgacatggtcgccgag > 1:423471‑M2/1‑42 (MQ=255) aaCTGCGGCAGCGGGGTGCGGGAGCACGTCGGGCTGTGCAGGtgcaccgcctgctgcagcttgctagccagcatggcttccgcctggtggagaacaacctgtacgccgacatggtcgccgag < 2:423471‑M2/122‑81 (MQ=255) | GCTCTTGGAATAGCTGCCCACGTACACCACCTGCTGCAGATGGTCGAGGCTGGCCAGGCACGGCTGCGGCTCGGCGACCATGTCGGCGTACAGGTTGTTCTCCACCAGGCGGAAGCCATGCTGGCTAGCAAGCTGCAGCAGGCGGTGCAACTGCGGCAGCGGGGTGCGGGAGCACGTCGGGCTGTGCAGGTGCGGCTGGGTGAAGAACGCCGTCGGGCGGTGGTGGCTGAGCAGTTGCTCCAGCTGGTTCAGGTCGTAGCCGGCCGGTGTACGTGGCACGCCTACCAGGGTTGCG > NC_002947/2887758‑2888052 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |