New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4593882 = | 47 (1.590) | 3 (0.140) +AGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCT |
3/174 | NT | 9.8% | intergenic (+142/+157) | mccA/PP_4068 | methylcrotonyl‑CoA carboxylase biotin‑containing subunit alpha/Cro/CI family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | = 5557913 | 31 (1.050) | intergenic (‑233/+98) | PP_4888/purA | methyl‑accepting chemotaxis transducer/adenylosuccinate synthetase |
CCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑CGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTAC > NC_002947/4593754‑4594028 | ccGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTTTACCCGcgaata > 2:463387/1‑145 (MQ=255) ccGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTTTACCCGcgaata < 1:463387/150‑6 (MQ=255) gCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGTGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑Cg > 2:341708/1‑150 (MQ=255) cccTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑Cgg < 2:779387/150‑1 (MQ=255) cccTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑Cgg < 1:680108/150‑1 (MQ=255) ccTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑Cggg > 1:649191/1‑150 (MQ=255) aCGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCCGGCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTAGCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑CGGGGGTg > 1:178776/1‑150 (MQ=255) aCGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑CGGGGGTg > 2:356513/1‑150 (MQ=255) gCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACGCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑CGGGGGTGGa < 1:600038/150‑1 (MQ=255) gCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACAGCCGAT‑CGGGGGTGGa > 2:86641/1‑150 (MQ=255) aaCACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑CGGGGGTGGaca > 2:514005/1‑150 (MQ=255) acacAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑CGGGGGTGGacac > 2:639115/1‑150 (MQ=255) acacAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑CGGGGGTGGacac < 1:549481/150‑1 (MQ=255) cacaAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑CGGGGGTGGAcaca > 1:311868/1‑150 (MQ=255) acaAGGCCGCGCCTGCCACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTAGCCGGGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAGACCCGCTCCTACATCCAAT‑CGGTGGTGGACACAt > 2:84547/1‑150 (MQ=18) aaGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑CGGGGGTGGACACATGt > 2:98328/1‑150 (MQ=255) ggCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑CGGGGGTGGACACATGTTg < 1:86641/150‑1 (MQ=255) gccgccCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑CGGGGGTGGACACATGTTgg < 1:84547/150‑1 (MQ=255) ccgccCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTCACTGTGAATGTTCTTGGCCTTCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑CGGGGGTGGACACATGTTGGt < 1:574859/150‑1 (MQ=21) cgccCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑CGGGGGTGGACACATGTTGGTg < 2:245162/150‑1 (MQ=255) cccTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑CGGGGGTGGACACATGTTGGTGAtt > 1:678461/1‑150 (MQ=255) tGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑CGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAgg < 1:356513/150‑1 (MQ=255) cAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑CGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGgcg > 1:493805/1‑150 (MQ=255) aaCAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGc < 1:322614/106‑1 (MQ=255) aaCAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGc > 2:322614/1‑106 (MQ=255) ccGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑CGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCcg > 1:374552/1‑150 (MQ=255) gTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑CGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCcgcg > 1:348838/1‑150 (MQ=255) tAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑CGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCgt < 1:618220/150‑1 (MQ=255) aGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑CGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCgtg < 2:374552/150‑1 (MQ=255) gagcgggtttacccgcgaatacggtagcggcggcaacggtgagcgacgggtagagattggccagcaggcccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑CGGGGGCGGACCCATGTTGCTGCTTAGGCGCaggccgcgacta < 1:398190‑M1/73‑5 (MQ=255) aGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑CGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGAAg > 1:398774/1‑150 (MQ=255) gCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACATCCGCT‑CGGGGGTGGCCCCATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTCgg > 1:359089/1‑150 (MQ=21) ggTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑CGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTa > 1:746397/1‑128 (MQ=255) ggTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑CGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTa < 2:746397/128‑1 (MQ=255) tACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑CGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGt < 1:514005/150‑1 (MQ=255) cccGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAC‑CGGGGGGGGACACATGTAGGTGATTAGGCAGAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGttt > 2:284785/1‑150 (MQ=21) ccgcgaatacggtagcggcggcaacggtgagcgacgggtagagattggccagcaggcccggccctTTcgc < 1:796607‑M1/5‑1 (MQ=255) ccgcgaatacggtagcggcggcaacggtgagcgacgggtagagattggccagcaggcccggccctTTcgc > 2:796607‑M1/66‑70 (MQ=255) ccGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑CGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTa > 1:546098/1‑150 (MQ=255) cgcgaatacggtagcggcggcaacggtgagcgacgggtagagattggccagcaggcccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑Cggg > 1:509482‑M1/65‑98 (MQ=255) cgcgaatacggtagcggcggcaacggtgagcgacgggtagagattggccagcaggcccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑Cggg < 2:509482‑M1/34‑1 (MQ=255) cgcgAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATCCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑CGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTAc < 2:178776/150‑1 (MQ=255) ggccgggccTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑CGGGGGTGGACCCATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCAGCGaaa > 1:12236/1‑150 (MQ=255) ccTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑CGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGggccgg < 2:493805/150‑1 (MQ=255) cAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑CGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTgg > 1:638747/1‑150 (MQ=255) tctACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑CGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAAc < 2:678461/150‑1 (MQ=255) aCCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑CGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACACGCCGtt > 1:109014/1‑150 (MQ=255) cGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑CGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCa > 2:719490/1‑150 (MQ=255) ttcccgccgCTACCGTATTCGCGGGCAAACCCGCTCCTACATCCGAG‑CGGGGGTGGATACATGTTGGTGATTATGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCAcc > 2:27744/4‑150 (MQ=25) ttGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGATACGGAGGT‑GACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCAcc < 1:446643/150‑1 (MQ=255) cgcTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑CGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTAccc > 2:736337/1‑98 (MQ=255) cgcTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑CGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTAccc < 1:736337/98‑1 (MQ=255) ccGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑CGGGGATGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCact > 1:761084/1‑150 (MQ=255) gTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑CGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCactac < 1:98328/150‑1 (MQ=255) | CCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAT‑CGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAACTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTAC > NC_002947/4593754‑4594028 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |