| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 380836 = | 36 (1.220) | 5 (0.210) | 5/200 | NT | 13.3% | intergenic (+23/+86) | gbcB/PP_0317 | glycine‑betaine dioxygenase subunit/methyl‑accepting chemotaxis transducer |
| ? | NC_002947 | 380916 = | 36 (1.500) | intergenic (+103/+6) | gbcB/PP_0317 | glycine‑betaine dioxygenase subunit/methyl‑accepting chemotaxis transducer | |||||
GTCGTGCTGCAGCGTGCCGAAAGGGGATGTGCGGATCGATTACTGATCCAGTGGCCAGTCTGGCTTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGTCATCGCTATCTTCAG‑GACTGCGGTGAACCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACTGCTTCTAGGTGCGGAACCGGGCTACCAGGCCATTGAGGTCTACCGCCAGGCGCGACAGCTCGGCACTCGCCGCGCTGGTCTGATGCGCCCCGGTAGCACTCTGCACCGACAGGTCGTTGATGTTCACCAGGTTGCGG > NC_002947/380768‑381054 | ggcGTGCTGCAGCGTGCCGAGAGGGGAGGTGCGGCACGATTACTGATCCAGTGGCCAGGCTGGCTTCTACGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGAGTCATCGCTATCTTCAG‑GACTGCGGTGAACCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACt < 2:186752/148‑1 (MQ=38) ctgcAGCGTGCCGAAAGGGGATGTGCGGATCGATTACTGATCCAGTGGCCAGTCTGGCTTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTTCATCGCTATCTTCAG‑GACTGCGGTGAACCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACTGCTTCt < 2:292538/150‑1 (MQ=255) cGTGCCGAAAGGGGATGTGCGGATCGATTACTGATCCAGTGGCCAGTCTGGCTTCTTCGCGGGCACGCCCGCTACCACAGGGTCATCGCTATCTTCAG‑GACTGCGGTGAACCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACTGCTTCTAGGTGc < 1:15411/150‑1 (MQ=255) tGCCGAAAGGGGATGTGCGGATCGATTACTGATCCAGTGGCCAGTCTGGCTTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGTCGTCGCTATCTTCAG‑GACGGCGGTGAACCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACTGCTTCTAGGTGCgg > 2:590191/1‑150 (MQ=255) aaGGGGATGTGCGGATCGATTACTGAGCCAGTGGCCAGGCTGGCTTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGTCATCGCTATCTTCAG‑GACTGCGGTGAACCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACTGCTTCTAGGTGCGGAACCgg < 2:133346/150‑1 (MQ=255) gtgCGGATCGATTACTGATCCAGTGGCCAGTCTGGCTTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGTCATCGCTATCTTCAG‑GACTGCGGTGAACCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACTGCTTCTAGGTGCGGAACCGGGCTACCAg < 1:421395/150‑1 (MQ=255) ggATCGATTACTGATCCAGTGGCCAGTCTGGCTTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGTCATCGCTATCTTCAG‑GACTGCGGTGAACCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACTGCTTCTAGGTGCGGAACCGGGCTACCAGGCCa > 1:1367/1‑150 (MQ=255) gATTACTGATCCAGTGGCCAGTCTGGCTTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGTCATCGCTATCTTCAG‑GACTGCGGTGAACCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACTGCTTCTAGGTGCGGAACCGGGCTACCAGGCCATTGAg > 2:773731/1‑150 (MQ=255) gATTACTGATCCAGTGGCCAGTCTGGCTTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGTCATCGCTATCTTCAG‑GACTGCGGTGAACCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACTGCTTCTAGGTGCGGAACCGGGCTACCAGGCCATTGAg < 2:1367/150‑1 (MQ=255) gATTACTGATCCAGTGGCCAGTCTGGCTTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGTCATCGCTATCTTCAG‑GACTGAGGTGAACCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACTGCTTCTAGGTGCGGAACCGGGCTACCAGGCCATTGAg > 1:535396/1‑150 (MQ=255) aTTACTGATCCAGTGGCCAGTCTGGCTTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGTCATCGCTATCTTCAG‑GACTGCGGTGAACCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACTGCTTCTAg < 2:532157/120‑1 (MQ=255) aTTACTGATCCAGTGGCCAGTCTGGCTTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGTCATCGCTATCTTCAG‑GACTGCGGTGAACCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACTGCTTCTAg > 1:532157/1‑120 (MQ=255) tACTGATCCAGTGGCCAGTCTGGCTTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGTCATCGCTATCTTCAG‑GACTGCGGTGAACCTTGTGGGATCGGGCGTGCCCGCGACTGCTTCTAGGTGCGGAACCGGGCTACCAGGCCATTGAgggc > 2:384690/1‑148 (MQ=255) tGATCCAGTGGCCAGTCTGGCTTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGTCATCGCTATCTTCAG‑GACTGCGGTGAACCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACTGCTTCTAGGTGCGGAACCGGGCTACCAGGCCATTGAGGTCTAc > 2:487617/1‑150 (MQ=255) tGATCCAGTGGCCAGTCTGGCTTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGCTCATCGCTATCTTCCG‑GACTGCCGTGAACCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACTGCTTCTAGGTGCGGAACCGGGCTACCAGGCCATTGAGGTCTAc > 1:162382/1‑150 (MQ=255) gATCCAGTGGCCAGTCTGGCTTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGTCATCGCTATATTCCTTGAC‑CTTGTGAACCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACTGCTTCTAGGTGCGGAACCGGGCTACCAGGCCATTGAGGTCTAcc < 1:736575/150‑1 (MQ=255) aTCCAGTGGCCAGTCTGGCTTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGTCATCGCTATCTTCAG‑GACTGCGGTGAACCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACTGCTTCTAGGTGCGGAACCGGGCTACCAGGCCATTGAGGTCTACCg > 2:683557/1‑150 (MQ=255) tCCAGTGGCCAGTCTGGCTTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGTCATCGCTATCTTCAG‑GACTGCGGTGAACCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACTGCTTCTAGGTGCGGAACCGGGCTACCAGGCCATTGAGGTCTACCGc > 1:779735/1‑150 (MQ=255) ccAGTGGCCAGTCTGGCTTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGTCATCGCTATCTTCAG‑GACTGCGGTGAACCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACTGCTTCTAGGTGCGGAACCGGGCTACCAGGCCATTGAGGTCTCCCGcc > 2:144100/1‑150 (MQ=255) aGTGGCCAGTCTGGCTTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGTCATCGCTATCTTCAG‑GACTGCGGTGAACCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACTGCTTCTAGGTGCGGAACCGGGCTACCAGGCCATTGAGGTCTACCGCCAg < 1:683557/150‑1 (MQ=255) aGTGGCCAGTCTGGCTTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGTCATCGCTATCTTCAG‑GACTGCGGTGAACCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACTGCTTCTAGGTGCGGAACCGGGCTACCAGGCCATTGAGGTCTACCGCCAg > 2:181016/1‑150 (MQ=255) gTCTGGCTTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGTCATCGCTATCTTCAG‑GACTGCGGTGAACCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACTGCTTCTAGGTGCGGAACCGGGCTACCAGGCCATTGAGGTCTACCGCCAGGCGCGACa > 1:673909/1‑150 (MQ=255) gaGCGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGTCATCGCTATCTTCAG‑GACTGCGGTGAACCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACTGCTTCTAGGTGCGGAACCGGGCTACCAGGCCATTGAGGTCTACCGCCAGGCGCGACAGCTCGGCACTc < 2:5688‑M1/148‑1 (MQ=255) CACGCCCGCTCCCACAGGGTCATCGCTATCTTCAG‑GACTGCGGTGAACCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACTGCTTCTAGGTGCGGAACCGGGCTACCAGGCCATTGAGGTCTACCGCCAGGCGCGACAGCTCGGCACTCGCCgcgc > 1:773731‑M1/1‑150 (MQ=255) CCACAGGGTCATCGCTATCTTCAG‑GACTGCGGTGAACCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACTGCTTCTAGGTGCGGAACCGGGCTACCAGGCCATTGAGGTCTACCGCCAGGCGCGACAGCTCGGCACTCGCCGCGCTGGTCTGATgc < 1:744399‑M1/150‑1 (MQ=255) cacaaggttcaccgcagtcctgaagatagcgatgaccctgtgggagcgggcgtgcccgcgaCTGCTTCTAGGTGCGGAACCGGGCTACCAGGCCATTGAGGTCTACCGCCAGgcgc > 2:329718‑M2/62‑116 (MQ=255) cacaaggttcaccgcagtcctgaagatagcgatgaccctgtgggagcgggcgtgcccgcgaCTGCTTCTAGGTGCGGAACCGGGCTACCAGGCCATTGAGGTCTACCGCCAGgcgc < 1:329718‑M2/55‑1 (MQ=255) acaaggttcaccgcagtcctgaagatagcgatgaaccttgtgggagcgggcgtgcccgcgaCTGCTTCTAGGTGCGGAACCGGGCTACCAGGCCATTGAGGTCTACCGCCAGGCGCGACAGCTCGGCACTCGCCGCGCTGGTCTGATgcg > 2:612688‑M2/62‑150 (MQ=255) ggttcaccgcagtcctgaagatagcgatgaccctgtgggagcgggcgtgcccgcgaCTGCTTCTAGGTGCGGAACCGGGCTACCAGGCCATTGAg > 2:32410‑M2/57‑95 (MQ=255) ggttcaccgcagtcctgaagatagcgatgaccctgtgggagcgggcgtgcccgcgaCTGCTTCTAGGTGCGGAACCGGGCTACCAGGCCATTGAg < 1:32410‑M2/39‑1 (MQ=255) gTCATCGCTATCTTCAG‑GACTGCGGTGAACCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACTGCTTCTAGGTGCGGAACAGTGCTACCAGGCCATTGAGGTCTACCGCCAGGCGCGACAGCTCGGCACTCGCCGCGCTGGTCTGATGCGccacag > 1:53296/1‑146 (MQ=255) tCATCGCTATCTTCAG‑GACTGCGGTGAACCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACTGCTTCTAGGTGCGGAACCGGGCTAc < 2:280130/81‑1 (MQ=255) tCATCGCTATCTTCAG‑GACTGCGGTGAACCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACTGCTTCTAGGTGCGGAACCGGGCTAc > 1:280130/1‑81 (MQ=255) gCTATCTTCAG‑GACTGCGGTGAACCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACTGCTTTTAGGTGCGGAACCGGGCTACCAGGCCATTGAGGTCTACCGCCAGGCGCGACAGCTCGGCACTCGCCGCGCTGGTCTGATGCGACCCGGTCGCAc > 2:380031/1‑150 (MQ=255) cTATCTTCAG‑GACTGCGGTGAACCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACTGCTTCTAGGTGCGGAACCGGGCTACCAGGCCATTGAGGTCTACCGCCAGGCGCGACAGCTCGGCACTCGCCGCGCTGGTCTGATGCGCCCCGGTAGCAct > 1:708319/1‑150 (MQ=255) cTTCAG‑GACTGCGGTGAACCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACTGCTTCTAGGTGCGGAACCGGGCTACCAGGCCATTGAGGTCTACCGCCAGGCGCGACAGCTCGGCACTCGCCGCGCTGGTCTGATGCGCCCCGGTAGCACTCTGc < 1:181016/150‑1 (MQ=255) tCAG‑GACTGCGGTGAACCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACTGCTTCTAGGTGCGGAACCGGGCTACCAGGCCATTGAGGTCTACCGCCAGGCGCGACAGCTCGGCACTCGCCGCGCTGGTCTGATGCGCCCCGGTAGCACTCTGCAc < 2:64419/150‑1 (MQ=255) aG‑GACTGCGGTGAACCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACTGCtt < 1:316699/46‑1 (MQ=255) aG‑GACTGCGGTGAACCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACTGCtt > 2:316699/1‑46 (MQ=255) cGGTGAACCTTGTGGGAGCGGCCGAGGCCGCGACTGCTTCTAGGTGCGGAACCGGGCTACCAGGCCATTGAGGTCTACCGCCAGGCGCGACAGCTCGGCACTCGCCGCGCTGGTCTGATGCGCCCCGGTAGCACTCTGCACCGACAGGTc < 2:782362/150‑1 (MQ=255) ggTGAACCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACTGCTTCTAGGTGCGGAACCGGGCTACCAGGCCATTGAGGTCTACCGCCAGGCGCGACAGCTCGGCACTCGCCGCGCTGGTCTGAt < 1:279699/118‑1 (MQ=255) ggTGAACCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACTGCTTCTAGGTGCGGAACCGGGCTACCAGGCCATTGAGGTCTACCGCCAGGCGCGACAGCTCGGCACTCGCCGCGCTGGTCTGAt > 2:279699/1‑118 (MQ=255) gTGAACCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACTGCTTCTAGGTGCGGAACCGGGCTACCAGGCCATTGAGGTCTACCGCCAGGCGCGACAGCTCGGCACTCGCCGCGCTGGTCTGATGCGCCCCGGTAGCACTCTGCACCGACAGGTCGt > 2:558945/1‑150 (MQ=255) gTGAACCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACTGCTTCTAGGTGCGGAACCGGGCTACCAGGCCATTGAGGTCTACCGCCAGGCGCGACAGCTCGGCACTCGCCGCGCTGGTCTGATGCGCCCCGGTAGCACTCTGCACCGACAGGTCGt < 2:695258/150‑1 (MQ=255) tGAACCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACTGCTTCTAGGTGCGGAACCGGGCTACCAGGCCATTGAGGTCTACCGCCAGGCGCGACAGCTCGGCACTCGCCGCGCTGGTCTGATGCGCCCCGGTAGCACTCTGCACCGACAGGTCGtt < 2:162382/150‑1 (MQ=255) aCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACTGCTTCTAGGTGCGGAACCGGGCTACCAGGCCATTGAGGTCTACCGCCAGGCGCGACAGCTCGGCACTCGCCGCGCTGGTCTGATGCGCCCCGGTAGCACTCTGCACCGACAGGTCGTTGAt < 2:779735/150‑1 (MQ=255) ttGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACTGCTTCTAGGTCCCGAAACAGCACACCAGGCGATTGTGGTCTACCGCCAGGCGCGACAGCTCGGCACTCGCCGCGCTGGTCTGATGCGCCCCGGTAGCACTCTGCACCGACAGGTCGTTGATGtt > 1:614297/1‑150 (MQ=255) gggcgtgcccgcgaCTGCTTCTAGGTGCGGAACCGGGCTACCAGGCCATTGAGGTCTAc < 1:643417‑M2/45‑1 (MQ=255) gggcgtgcccgcgaCTGCTTCTAGGTGCGGAACCGGGCTACCAGGCCATTGAGGTCTAc > 2:643417‑M2/15‑59 (MQ=255) cgtgcccgcgaCTGCTTCTAGGTGCGGAACCGGGCTACCAGGCCATTGAGGTCTACCGCCAGGCGCGACAGCTCGGCACTCGCCGCGCTGGTCTGATGCGCCCCGGTAGCACTCTGCACCGACAGGTCGTTGATGTTCACCAGGTTGCgg < 1:487617‑M2/139‑1 (MQ=255) | GTCGTGCTGCAGCGTGCCGAAAGGGGATGTGCGGATCGATTACTGATCCAGTGGCCAGTCTGGCTTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGTCATCGCTATCTTCAG‑GACTGCGGTGAACCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACTGCTTCTAGGTGCGGAACCGGGCTACCAGGCCATTGAGGTCTACCGCCAGGCGCGACAGCTCGGCACTCGCCGCGCTGGTCTGATGCGCCCCGGTAGCACTCTGCACCGACAGGTCGTTGATGTTCACCAGGTTGCGG > NC_002947/380768‑381054 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |