New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1688164 = | 21 (0.710) | 4 (0.140) | 4/234 | NT | 16.3% | coding (382/912 nt) | ydcU | polyamine ABC transporter permease |
? | NC_002947 | 1688185 = | 21 (0.750) | coding (361/912 nt) | ydcU | polyamine ABC transporter permease |
CGTGCTGCCGCCCACGCCCGGCACGGCCAGCACCGCCTGCAGCAGGCCATCCAGGTGCAACTGCTGGACGAACCACTGGGCCACGCCGCCCTTGGCCAGCAGCAGGGTCCAGGCATAGGTCTTGACGATGTAGCTGGCCCACATCGGCATCATCACCGCGATGTAGAAAAACGCCTTGGTCTTGCCGCTGGTGTAGCGCGCCATGTAATAGGCGATGGGGAAGGCCAGTACCGCGCTGGCCAGCGACACTGCCACCGCCATGCCCAGGGTGCGCAGGATGATGTCGAAGTTCGACG > NC_002947/1688039‑1688334 | cGTGCTGCCGCCCACGCCCGGCACGGCCAGCACCGCCTGCAGCAGGCCATCCAGGTGCAACTGCTGGACGAACCACTGGGCCACGCCGCCCTTGGCCAGCAGCAGGGTCCAGGCATAGGTCTTGACGATGTAGCTGGCCCACATCGGcat > 1:568767/1‑150 (MQ=255) ccTGCAGCAGGCCATCCAGGTGCAACTGCTGGACGAACCACTGGGCCACGCCGCCCTTGGCCAGCAGCAGGGTCCAGGCATAGGTCTTGACGATGTAGCTGGCCCACATCGGCATCATCACCGCGATGTAGAAAAACGCCTTGGTCTTGc < 2:441100/150‑1 (MQ=255) gcagcaGGCCATCCAGGTGCAACTGCTGGACGAACCACTGGGCCACGCCGCCCTTGGCCAGCAGCAGGGTCCAGGCATAGGTCTTGACGATGTAGCTGGCCCACATCGGCATCATCACCGCGATGTAGAAAAACGCCTTGGTCTTGCCGc > 1:690812/1‑150 (MQ=255) cagGCCATCCAGGTGCAACTGCTGGACGAACCACTGGGCCACGCCGCCCTTGGCCAGCAGCAGGGTCCAGGCATAGGTCTTGACGATGTAGCTGGCCCACATCGGCATCATCACCGCGATGTAGAAAAACGCCTTGGTCTTGCCGCTGgt < 2:609751/150‑1 (MQ=255) aaCTGCTGGACGAACCACTGGGCCACGCCGCCCTTGGCCAGCAGCAGGGTCCAGGCATAGGTCTTGACGATGTAGCTGGCCCACATCGGCATCATCACCGCGATGTAGAAAAACGCCTTGGTCTTGCCGCTGGTGTAGCGCGCCATg < 2:660138/147‑1 (MQ=255) aaCTGCTGGACGAACCACTGGGCCACGCCGCCCTTGGCCAGCAGCAGGGTCCAGGCATAGGTCTTGACGATGTAGCTGGCCCACATCGGCATCATCACCGCGATGTAGAAAAACGCCTTGGTCTTGCCGCTGGTGTAGCGCGCCATg > 1:660138/1‑147 (MQ=255) aaCTGCTGGACGAACCACTGGGCCACGCCGCCCTTGGCCAGCAGCAGGGTCCAGGCATAGGTCTTGACGATGTAGCTGGCCCACATCGGCATCATCACCGCGATGTAGAAAAACGCCTTGGTCTTGCCGCTGGTGTAGCGCGCCATGTaa > 1:23404/1‑150 (MQ=255) tgctgGACGAACCACTGGGCCACGCCGCCCTTGGCCAGCAGCAGGGTCCAGGCATAGGTCTTGACGATGTAGCTGGCCCACATCGGCATCATCAcc > 1:306670/1‑96 (MQ=255) tgctgGACGAACCACTGGGCCACGCCGCCCTTGGCCAGCAGCAGGGTCCAGGCATAGGTCTTGACGATGTAGCTGGCCCACATCGGCATCATCAcc < 2:306670/96‑1 (MQ=255) ttacatggcgcgctacaccagcggcaagaccaaggcgtttttctacatcgcggtgatgatgcCGATGTAGCTGGCCCACATCGGca < 1:161579‑M1/24‑1 (MQ=255) ttacatggcgcgctacaccagcggcaagaccaaggcgtttttctacatcgcggtgatgatgcCGATGTAGCTGGCCCACATCGGca > 2:161579‑M1/63‑86 (MQ=255) gACGAACCACTGGGCCACGCCGCCCTTGGCCAGCAGCAGGGTCCAGGCATAGGTCTTGACGATGTAGCTGGCCCACATCGGCATCATCACCGCGATGTAGAAAAACGCCTTGGTCTTGCCGCTGGTGTAGCGCGCCATGTAATAGGCg < 2:351440/148‑1 (MQ=255) gACGAACCACTGGGCCACGCCGCCCTTGGCCAGCAGCAGGGTCCAGGCATAGGTCTTGACGATGTAGCTGGCCCACATCGGCATCATCACCGCGATGTAGAAAAACGCCTTGGTCTTGCCGCTGGTGTAGCGCGCCATGTAATAGGCg > 1:351440/1‑148 (MQ=255) cACTGGGCCACGCCGCCCTTGGCCAGCAGCAGGGTCCAGGCATAGGTCTTGACGATGTAGCTGGCCAACATCGGCATCATCACCGCGATGTAGAAAAACGGCATGGTCTTGCCGCTGGTGTAGCGCGCCATGTAATAGGCGATGGGGaaa > 1:776786/1‑149 (MQ=255) gggCCACGCCGCCCTTGGCCAGCAGCAGGGTCCAGGCATAGGTCTTGACGATGTAGCTGGCCCACATCGGCATCATCACCGCGATGTAGAAAAACGCCTTGGTCTTGCCGCTGGTGTAGCGCGCCATGTAATAGGCGATGGGGAAGGCCa < 1:18705/150‑1 (MQ=255) cagcggcaagaccaaggcgtttttctacatcgcggtgatgatgcCGATGTAGCTGGCCCACATCgg > 1:566985‑M1/45‑66 (MQ=255) cagcggcaagaccaaggcgtttttctacatcgcggtgatgatgcCGATGTAGCTGGCCCACATCgg < 2:566985‑M1/22‑1 (MQ=255) cACGCCGCCCTTGGCCAGCAGCAGGGTCCAGGCATAGGTCTTGACGATGTAGCTGGCCCACATCGGCATCATCACCGCGATGTAGAAAAACGCCTTGGTCTTGCCGCTGGTGTAGCGCGCCATGTAATAGGCGATGGGGAAGGCCAGTAc > 2:761445/1‑150 (MQ=255) agGGTCCAGGCATAGGTCTTGACGATGTAGCTGCCCCACATCGGCATCATCACCGCGATGTAGAAAAACGcc < 2:769050/72‑1 (MQ=255) agGGTCCAGGCATAGGTCTTGACGATGTAGCTGCCCCACATCGGCATCATCACCGCGATGTAGAAAAACGcc > 1:769050/1‑72 (MQ=255) aGGCATAGGTCTTGACGATGTAGCTGGCCCACATCGGCATCATCACCGCGATGTAGAAAAACGCCTTGGTCTTGCCGCTGGTGTAGCGCGCCATGTAATAGGCGATGGGGAAGGCCAGTACCGCGCTGGCCAGCGACACTGCCa < 2:798705/144‑1 (MQ=255) aGGCATAGGTCTTGACGATGTAGCTGGCCCACATCGGCATCATCACCGCGATGTAGAAAAACGCCTTGGTCTTGCCGCTGGTGTAGCGCGCCATGTAATAGGCGATGGGGAAGGCCAGTACCGCGCTGGCCAGCGACACTGCCa > 1:798705/1‑144 (MQ=255) gTCTTGACGATGTAGCTGGCCCACATCGGCATCATCACCGCGATGTAGAAAAACGCCTTGGTCTTGCCGCTGGTGTAGCGCGCCATGTAATAGGCGATGGGGAAGGCCAGTACCGCGCTGGCCAGCGACACTGCCAc > 2:119357/1‑137 (MQ=255) gTCTTGACGATGTAGCTGGCCCACATCGGCATCATCACCGCGATGTAGAAAAACGCCTTGGTCTTGCCGCTGGTGTAGCGCGCCATGTAATAGGCGATGGGGAAGGCCAGTACCGCGCTGGCCAGCGACACTGCCAc < 1:119357/137‑1 (MQ=255) ttGACGATGTAGCTGGCCCACATCGGCATCATCACCGCGATGTAGAAAAACGCCTTGGTCTTGCCGCTGGTGTAGCGCGCCATGTAATAGGCGATGGGGAAGGCCAGTACCGCGCTGGCCAGCGACACTGCCACCGCCATGCCCAGGGTg > 1:367606/1‑150 (MQ=255) ttGACGATGTAGCTGGCCCACATCGGCATCATCACCGCGATGTAGAAAAACGCCTTGGTCTTGCCGCTGGTGTAGCGCGCCATGTAATAGGCGATGGGGAAGGCCAGTACCGCGCTGGCCAGCGACACTGCCACCGCCATGCCCAGGGTg > 1:677986/1‑150 (MQ=255) tgccgatgtgggccagctacatcgGCATCATCACCGCGATGTAGAAAAACGCCTTGGTCTTGCCGCTGGTGTAGCGCGCCATGTaa > 2:161579‑M2/25‑86 (MQ=255) tgccgatgtgggccagctacatcgGCATCATCACCGCGATGTAGAAAAACGCCTTGGTCTTGCCGCTGGTGTAGCGCGCCATGTaa < 1:161579‑M2/62‑1 (MQ=255) ccgatgtgggccagctacatcgGCATCATCACCGCGATGTAGAAAAACGCCTTGGTCTTGCCGCTg < 2:566985‑M2/44‑1 (MQ=255) ccgatgtgggccagctacatcgGCATCATCACCGCGATGTAGAAAAACGCCTTGGTCTTGCCGCTg > 1:566985‑M2/23‑66 (MQ=255) GATGTAGCTGGCCCACATCGGCATCATCACCGCGATGTAGAAAAACGCCTTGGTCTTGCCGCTGGTGTAGCGCGCCATGTAATAGGCGATGGGGAAGGCCAGTACCGTGCTGGCCAGCGACACTGCCACCGCCATGCCCAGGGTGCGCAg < 2:164268‑M1/150‑1 (MQ=255) GATGTAGCTGGCCCACATCGGCATCATCACCGCGATGTAGAAAAACGCCTTGGTCTTGCCGCTGGTGTAGCGCGCCATGTAATAGGCGATGGGGAAGGCCAGTACCGCGCTGGCCAGCGACACTGCCACCGCCATGCCCAGGGTGCGCAg < 2:659803‑M1/150‑1 (MQ=255) ATGTAGCTGGCCCACATCGGCATCATCACCGCGATGTAGAAAAACGCCTTGGTCTTGCCGCTGGTGTAGCGCGCCATGTAATAGGCGATGGGGAAGGCCAGTACCGCGCt < 1:321055‑M1/110‑1 (MQ=255) ATGTAGCTGGCCCACATCGGCATCATCACCGCGATGTAGAAAAACGCCTTGGTCTTGCCGCTGGTGTAGCGCGCCATGTAATAGGCGATGGGGAAGGCCAGTACCGCGCt > 2:321055‑M1/1‑110 (MQ=255) ccACATCGGCATCATCACCGCGATGTAGAAAAACGCCTTGGTCTTGCCGCTGGTGTAGCGCGCCATGTAATAGGCGATGGGGAAGGCCAGTACCGCGCTGGCCAGCGACACTGCCACCGCCATGCCCAgg < 2:466603/130‑1 (MQ=255) ccACATCGGCATCATCACCGCGATGTAGAAAAACGCCTTGGTCTTGCCGCTGGTGTAGCGCGCCATGTAATAGGCGATGGGGAAGGCCAGTACCGCGCTGGCCAGCGACACTGCCACCGCCATGCCCAgg > 1:466603/1‑130 (MQ=255) atcgGCATCATCACCGCGATGTAGAAAAACGCCTTGGTCTTGCCGCTGGTGTAGCGCGCCATGTAATAGGCGATGGGGAAGGCCAGTACCGCGCTGGCCAGCGACACTGCCACCGCCATGCCCAGGGTGCGCAGGATGATGTCGAAGTTc > 1:660450‑M2/5‑150 (MQ=255) tcgGCATCATCACCGCGATGTAGAAAAACGCCTTGGTCTTGCCGCTGGTGTa > 2:234345‑M2/4‑52 (MQ=255) tcgGCATCATCACCGCGATGTAGAAAAACGCCTTGGTCTTGCCGCTGGTGTa < 1:234345‑M2/49‑1 (MQ=255) gCATCATCACCGCGATGTAGAAAAACGCCTTGGTCTTGCCGCTGGTGTAGCGCGCCATGTAATAGGCGATGGGGAAGGCCAGTACCGTGCTGGCCAGCGACACTGCCACCGCCATGCCCAGGGTGCGCAGGATGATGTCGAAGTTCGACg < 1:164268/150‑1 (MQ=255) | CGTGCTGCCGCCCACGCCCGGCACGGCCAGCACCGCCTGCAGCAGGCCATCCAGGTGCAACTGCTGGACGAACCACTGGGCCACGCCGCCCTTGGCCAGCAGCAGGGTCCAGGCATAGGTCTTGACGATGTAGCTGGCCCACATCGGCATCATCACCGCGATGTAGAAAAACGCCTTGGTCTTGCCGCTGGTGTAGCGCGCCATGTAATAGGCGATGGGGAAGGCCAGTACCGCGCTGGCCAGCGACACTGCCACCGCCATGCCCAGGGTGCGCAGGATGATGTCGAAGTTCGACG > NC_002947/1688039‑1688334 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |