New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5119634 = | 52 (1.760) | 4 (0.150) | 4/216 | NT | 8.2% | intergenic (+19/+112) | PP_4505/PP_4506 | sensor histidine kinase/nitroreductase family protein |
? | NC_002947 | 5119711 = | 44 (1.700) | intergenic (+96/+35) | PP_4505/PP_4506 | sensor histidine kinase/nitroreductase family protein |
GGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTCAGCGGCGTACCGACATACAGGTAGCCGATCAGCTCCTC > NC_002947/5119562‑5119847 | ggtgggtTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCg > 2:51524/1‑150 (MQ=255) ggtgggtTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCg < 1:388151/150‑1 (MQ=255) tgggtTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGa < 2:442071/150‑1 (MQ=255) gtTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGc > 2:692238/1‑150 (MQ=255) gtTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCACCAGGCCTCTTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGc > 1:333380/1‑150 (MQ=255) ttGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGTG‑GGTGAACCCGCTTCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCt < 1:576081/150‑1 (MQ=255) tgGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGGGAGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGa > 1:322393/1‑150 (MQ=255) ggCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATTGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGAt < 1:452389/150‑1 (MQ=255) ggCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGAt > 2:467413/1‑150 (MQ=255) ccAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGc > 1:545516/1‑150 (MQ=255) aGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCAt < 2:551650/150‑1 (MQ=255) gCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGa > 2:400587/1‑150 (MQ=255) gCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGa > 1:778485/1‑150 (MQ=255) aGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAg < 2:560049/150‑1 (MQ=255) aGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAg < 1:260499/150‑1 (MQ=255) cccTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGAt < 1:208346/134‑1 (MQ=255) cccTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGAt > 2:208346/1‑134 (MQ=255) cccTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCAGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCaa > 2:563004/1‑150 (MQ=255) ccTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAg > 2:703827/1‑150 (MQ=255) gCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCGTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAg < 1:21124/150‑1 (MQ=255) gCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGAAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAg < 2:378364/150‑1 (MQ=255) cTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAgg < 1:703827/150‑1 (MQ=255) tGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAg > 1:643580/1‑143 (MQ=255) tGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAg < 2:643580/143‑1 (MQ=255) agTTGATGGGGTGCAAAGGCACCAGGCCTCTTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGc < 2:333380/150‑1 (MQ=255) gATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCT‑AACGCGCGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGctact > 1:419007/1‑150 (MQ=255) aTGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGctacta > 1:317788/1‑150 (MQ=255) ggTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGa > 2:654805/1‑150 (MQ=255) gTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGaa > 2:658241/1‑150 (MQ=255) aaaGGCGCCAGGCCTCTTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCa < 1:692238/150‑1 (MQ=255) aaGGCGCCAGGCCTCTTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACAGGCGCTGAGCGGGAAGCCGGAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAg < 2:419007/150‑1 (MQ=37) ggggcCAGGCCTCTTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATg > 1:797083/4‑89 (MQ=255) ggCGCCAGGCCTCTTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATg < 2:797083/89‑1 (MQ=255) cAGGCCTCTTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGTGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGcc > 2:778293/1‑86 (MQ=255) cAGGCCTCTTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGTGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGcc < 1:778293/86‑1 (MQ=255) cAGGCCTCTTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGATCTATGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTc > 1:344700/1‑150 (MQ=255) aGGCCTCTTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCAccc > 2:559898/1‑123 (MQ=255) aGGCCTCTTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCAccc < 1:559898/123‑1 (MQ=255) aGGCCTCTTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTcc < 1:467413/150‑1 (MQ=255) GCCTCTTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAg > 2:778485‑M1/1‑150 (MQ=255) CTCTTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCa > 1:400587‑M1/1‑150 (MQ=255) ggtgaacccgctcctacaacagcatccacatcccctgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGgc < 1:726046‑M2/81‑1 (MQ=255) ggtgaacccgctcctacaacagcatccacatcccctgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGgc > 2:726046‑M2/66‑146 (MQ=255) ccgctcctacaacagcatccacatcccctgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGcc < 1:589864‑M2/66‑1 (MQ=255) ccgctcctacaacagcatccacatcccctgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGcc > 2:589864‑M2/59‑124 (MQ=255) aCAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCa < 2:262357/113‑1 (MQ=255) aCAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCa > 1:262357/1‑113 (MQ=255) ggATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAACCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTCAgcggc < 1:654805/150‑1 (MQ=255) gATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCa < 1:467606/101‑1 (MQ=255) gATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCa > 2:467606/1‑101 (MQ=255) aTGCTGTTGTAGGAGCTGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTCAGCGGCGTACCGAc < 2:344700/150‑1 (MQ=255) tgttgtAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTCAGCGGCGTACCGACATAc < 2:545516/150‑1 (MQ=255) tAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTCAGCGGCGTACCGACATACAGGTa > 1:753896/1‑150 (MQ=255) cGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTCAGCGGCGTACCGACATACAGGTAGCCGAt < 1:51524/150‑1 (MQ=255) ggggTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTCAGCGGCGTACCGACATACAGGTAGCCGATc < 2:322393/150‑1 (MQ=255) ttCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTCAGCGGCGTACCGACATACAGGTAGCCGATCAGc < 1:658241/150‑1 (MQ=255) ccgcgaagaggccGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTCAGCGGCGTACCGACATACAGGTAGCCGATCAGctcctc > 2:136126‑M2/14‑150 (MQ=255) | GGTGGGTTTGTGGCCAGGCTGGAGTTGCCCTTGGCTGGAGCGGCAGGCAGTTGATGGGGTGCAAAGGCGCCAGGCCTCTTCGCG‑GGTAAACCCGCTCCTACAGGGGATGTGGATGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGATGCCTTGATGCATGAATCAGCCCAAGGCCAGGTTACTCACCCCAGCTACTAACGAAATCAGCCGTTTCCAGCACCGGCGCCGTCCGCGGTTCGGTCAGCGGCGTACCGACATACAGGTAGCCGATCAGCTCCTC > NC_002947/5119562‑5119847 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |