New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5355246 = | 36 (1.220) | 4 (0.140) | 4/240 | NT | 10.1% | coding (504/918 nt) | truB | tRNA pseudouridine(55) synthase TruB |
? | NC_002947 | 5355272 = | 36 (1.250) | coding (478/918 nt) | truB | tRNA pseudouridine(55) synthase TruB |
GGCCCTGCCTGGGTCCTGCGCAGCTCGGCGACATAGGCCCCGCAACCAAGGGCTTCACCGATATCCTCCACCAGCGTGCGGATATAGGTGCCTTTGCTGCATCCTACGCTCAGCCGTGCACGGGTGCCTTCGCACTCGAGCAACTCCAAGCGGTTAATAGTAACAGAACGCGCCTCGCGCTCCACTACCTCTCCTGCACGTGCCAGC‑‑TTGTACAACGGCTGGCCGTCACGCTTGAGCGCCGAGTACATAGGCGGTATCTGGCTGATCGGGCCGCGAAAACGTGGCA > NC_002947/5355130‑5355415 | ggCCCTGCCTGGGTCCTGCGCAGCTCGGCCACCAACGTCCCGCAACCAAGGGCTTCACCGATATCCTCCACCAGCGTGCGGATATAGGTGCCTTTGCTGCATCCTACGCTCCGCCGTGCACGGGTGCCTTCGCACTCGAGCAACTCCAAg < 2:461354/150‑1 (MQ=255) cctgcctgGGTCCTGCGCAGCTCGGCGACATAGGCCCCGCAACCAAGGGCTTCACCGATATCCTCCACCAGCGTGCGGATATAGGTGCCTTTGCTGCATCCTACGCTCAGCCGTGCACGGGTGCCTTCGCACTCGAGCAACTCCAAGCgg > 1:292915/1‑150 (MQ=255) ctgcctgGGTCCTGCGCAGCTCGGCGACATAGGCCCCGCAACCAAGGGCTTCACCGATATCCTCCACCAGCGTGCGGATATAGGTGCCTTTGCTGCATCCTACGCTCAGCCGTGCACGGGTGCCTTCGCACTCGAGCAACTCCAAGCGGt < 1:755858/150‑1 (MQ=255) cctgGGTCCTGCGCAGCTCGGCGACATAGGCCCCGCAACCAAGGGCTTCACCGATATCCTCCACCAGCGTGCGGATATAGGTGCCTTTGCTGCATCCTACGCTCAGCCGTGCACGGGTGCCTTCGCACTCGAGCAACTCCAAGCGGTTaa < 1:490500/150‑1 (MQ=255) ctgGGTCCTGCGCAGCTCGGCGACATAGGCCCCGCAACCAAGGGCTTCACCGATATCCTCCACCAGCGTGCGGATATAGGTGCCTTTGCTGCATCCTACGCTCAGCCGTGCACGGGTGCCTTCGCACTCGAGCAACTCCAAGCGGTTAAt < 1:267757/150‑1 (MQ=255) tgGGTCCTGCGCAGCTCGGCGACATAGGCCCCGCAACCAAGGGCTTCACCGATATCCTCCACCAGCGTGCGGATATAGGTGCCTTTGCTGCATCCTACGCTCAGCCGTGCACGGGTGCCTTCGCACTCGAGCAACTCCAAGCGGTTAATa < 1:343906/150‑1 (MQ=255) ccTGCGCAGCTCGGCGACATAGGCCCCGCAACCAAGGGCTTCACCGATATCCTCCACCAGCGTGCGGATATAGGTGCCTTTGCTGCATCCTACGCTCAGCCGTGCACGGGTGCCTTCGCACTCGAGCAACTCCAAGCGGTTAATAGTAAc < 2:72655/150‑1 (MQ=255) tcaagcgtgacggccagccgttgtacaagctggcacgtgcaggagaggtagtggagcgcgaggcgcgttctgttactattaaccgcttggagtTGCACGGGTGCCTTCGCACTCGAGCAACTCCaa > 1:548362‑M1/94‑126 (MQ=255) tcaagcgtgacggccagccgttgtacaagctggcacgtgcaggagaggtagtggagcgcgaggcgcgttctgttactattaaccgcttggagtTGCACGGGTGCCTTCGCACTCGAGCAACTCCaa < 2:548362‑M1/33‑1 (MQ=255) ggCGACATAGGCCCCGCAACCAAGGGCTTCACCGATATCCTCCACCAGCGTGCGGATATAGGTGCCTTTGCTGCATCCTACGCTCAGCCGTGCACGGGTGCCTTCGCACTCGAGCAACTCCAAGCGGTTAATAGTAACAGAACGCGCCTc < 1:3214/150‑1 (MQ=255) aTAGGCCCCGCAACCAAGGGCTTCACCGATATCCTCCACCAGCGTGCGGATATAGGTGCCTTTGCTGCATCCTACGCTCAGCCGTGCACGGGTGCCTTCGCACTCGAGCAACTCCAAGCGGTTAATAGTAACAGAACGCGCCTCGCGCTc < 2:203049/150‑1 (MQ=255) gCCCCGCAACCAAGGGCTTCACCGATATCCTCCACCAGCGTGCGGATATAGGTGCCTTTGCTGCATCCTACGCTCAGCCGTGCACGGGTGCCTTCGCACTCGAGCAACTCCAAGCGGTTAATAGTAACAGAACGCGCCTCGCGCTCCACt > 1:630916/1‑150 (MQ=255) ccagccgttgtacaagctggcacgtgcaggagaggtagtggagcgcgaggcgcgttctgttactattaaccgcttggagtTGCACGGGTGCCTTCGCACTCGAGCaa > 1:516043‑M1/81‑107 (MQ=255) ccagccgttgtacaagctggcacgtgcaggagaggtagtggagcgcgaggcgcgttctgttactattaaccgcttggagtTGCACGGGTGCCTTCGCACTCGAGCaa < 2:516043‑M1/27‑1 (MQ=255) cccGCAACCAAGGGCTTCACCGATATCCTCCACCAGCGTGCGGATATAGGTGCCTTTGCTGCATCCTACGCTCAGCCGTGCACGGGTGCCTTCGCACTCGAGCAACTCCAAGCGGTTACGTTCAGCAGAACGCGCCTCGCGCTCCACTAc < 1:20431/150‑1 (MQ=255) cccGCAACCAAGGGCTTCACCGATATCCTCCACCAGCGTGCGGATATAGGTGCCTTTGCTGCATCCTACGCTCAGCCGTGCACGGGTGCCTTCGCACTCGAGCAACTCCAAGCGGTTAATAGTAACAGAACGCGCCTCGCGCTCCACTAc < 2:241378/150‑1 (MQ=255) ttCACCGATATCCTCCACCAGCGTGCGGATATAGGTGCCTTTGCTGCATCCTACGCTCAGCCGTGCACGGGTGCCTTCGCACTCGAGCAACTCCAAGCGGTTAATAGTAACAGAACGCGCCTCGCGCTCCACTACCTCTCCTGCACTTGc > 2:240533/1‑150 (MQ=255) ttCACCGATATCCTCCACCAGCGTGCGGATATAGGTGCCTTTGCTGCATCCTACGCTCAGCCGTGCACGGGTGCCTTCGCACTCGAGCAACTCCAAGCGGTTAATAGTAACAGAACGCGCCTCGCGCTCCACTACCTCTCCTGCACGTGc < 2:122518/150‑1 (MQ=255) gATATCCTCCACCAGCGTGCGGATATAGGTGCCTTTGCTGCATCCTACGCTCAGCCGTGCACGGGTGCCTTCGCACTCGAGCAACTCCAAGCGGTTAATAGTAACAGAACGCGCCTCGCGCTCCACTACCTCTCCTGCACGTGCCAGC‑‑tt < 2:296528/150‑1 (MQ=255) tccACCAGCGTGCGGATATAGGTGCCTTTGCTGCATCCTACGCTCAGCCGTGCACGGGTGCCTTCGCACTCGAGCAACTCCAAGCGGTTAATAGTAACAGAACGCGCCTCGCGCTCCACTACCTCTCCTGCACGTGCCAGC‑‑TTGTACAAc > 1:212838/1‑150 (MQ=255) ccaGCGTGCGGATATAGGTGCCTTTGCTGCATCCTACGCTCAGCCGTGCACGGGTGCCTTCGCACTCGAGCAACTCCAAGCGGTTAATAGTAACAGAACGCGCCTCGCGCTCCACTACCTCTCCTGCACGTGCCAGC‑‑TTGTACAACGGCt < 2:788587/150‑1 (MQ=255) gCGTGCGGATATAGGTGCCTTTGCTGCATCCTACGCTCAGCCGTGCACGGGTGCCTTCGCACTCGAGCAACTCCAAGCGGTTAATAGTAACAGAACGCGCCTCGCGCTCCACTACCTCTCCTGCACGTGCCAGCCGTTGTACaagctggc < 2:630916/150‑7 (MQ=255) gTGCGGATATAGGTGCCTTTGCTGCATCCTACGCTCAGCCGTGCACGGGTGCCTTCGCACTCGAGCAACTCCAAGCGGTTAATAGTAACAGAACGCGCCTCGCGCTCCACTACCTCTCCTGCACGTGCCAGC‑‑TTGTACAACGGCTGGCCg > 2:636474/1‑150 (MQ=255) gCCTTTGCTGCATCCTACGCTCAGCCGTGCACGGGTGCCTTCGCACTCGAGCAACTCCAAGCGGTTAATAGTAACAGAACGCGCCTCGCGCTCCACTACCTCTCCTGCACGTGCCAGC‑‑TTGTACAACGGCTGGCCGTCACGCTTGAgcgc > 1:267720/1‑150 (MQ=255) ctgcATCCTACGCTCAGCCGTGCACGGGTGCCTTCGCACTCGAGCAACTCCAAGCGGTTAATAGTAACAGAACGCGCCTCGCGCTCCACTACCTCTCCTGCACGt < 2:124262/105‑1 (MQ=255) ctgcATCCTACGCTCAGCCGTGCACGGGTGCCTTCGCACTCGAGCAACTCCAAGCGGTTAATAGTAACAGAACGCGCCTCGCGCTCCACTACCTCTCCTGCACGt > 1:124262/1‑105 (MQ=255) tgcATCCTACGCTCAGCCGTGCACGGGTGCCTTCGCACTCGAGCAACTCCAAGCGGTTAATAGTAACAGAACGCGCCTCGCGCTCCACTACCTCTCCTGCACGTGCCAGC‑‑TTGTACAACGGCTGGCCGTCACGCTTGAGCGCCGAGTACa < 1:709790/150‑1 (MQ=255) ccTACGCTCAGCCGTGCACGGGTGCCTTCGCACTCGAGCAACTCCAAGCGGTTAATAGTAACAGAACGCGCCTCGCGCTCCACTACCTCTCCTGCACGTGCCAGC‑‑TTGTACAACGGCTGGCCGTCACGCTTGAGCGCCGAGTACATAGGc < 2:267720/150‑1 (MQ=255) cTACGCTCAGCCGTGCACGGGTGCCTTCGCACTCGAGCAACTCCAAGCGGTTAATAGTAACAGAACGCGCCTCGCGCTCCACTACCTCTCCTGCACGTGCCAGC‑‑TTGTACAACGGCTGGCCGTCACGCTTGAGCGCCGAGTACATAGGCg < 2:370834/150‑1 (MQ=255) tACGCTCAGCCGTGCACGGGTGCCTTCGCACTCGAGCAACTCCAAGCGGTTAATAGTAACAGAACGCGCCTCGCGCTCCACTACCTCTCCTGCACGTGCCAGC‑‑TTGt > 2:169779/1‑107 (MQ=255) tACGCTCAGCCGTGCACGGGTGCCTTCGCACTCGAGCAACTCCAAGCGGTTAATAGTAACAGAACGCGCCTCGCGCTCCACTACCTCTCCTGCACGTGCCAGC‑‑TTGt < 1:169779/107‑1 (MQ=255) ttggagttgctcgagtgcgaaggcacccgtgcaACTCCAAGCGGTTAATAGTAACAGAACGCGCCTCGCGCTCCACTACCTCTCCTGCACGTGCCAGC‑‑TTGTACAACGGCTGGCCGTCACGCTTGa > 1:548362‑M2/34‑126 (MQ=255) ttggagttgctcgagtgcgaaggcacccgtgcaACTCCAAGCGGTTAATAGTAACAGAACGCGCCTCGCGCTCCACTACCTCTCCTGCACGTGCCAGC‑‑TTGTACAACGGCTGGCCGTCACGCTTGa < 2:548362‑M2/93‑1 (MQ=255) cAGCCGTGCACGGGTGCCTTCGCACTCGAGCAACTCCAAGCGGTTAATAGTAACAGAACGCGCCTCGCGCTCCACTACCTCTCCTGCACGTGCCAGC‑‑TTGTACAACGGCTGGCCGTCACGCTTGAGCGCCGAGTACATAGGCGGTATCTg < 1:273409/150‑1 (MQ=255) ccGTGCACGGGTGCCTTCGCACTCGAGCAACTCCAAGCGGTTAATAGTAACAGAACGCGCCTCGCGCTCCACTACCTCTCCTGCACGTGCCAGC‑‑TTGTACAACGGCTGGCCGTCACGCTTGAGCGCCGAGTACATAGGCGGTATCTGGCt < 2:292915/150‑1 (MQ=255) ccGTGCACGGGTGCCTTCGCACTCGAGCAACTCCAAGCGGTTAATAGTAACAGAACGCGCCTCGCGCTCCACTACCTCTCCTGCACGTGCCAGC‑‑TTGTACAACGGCTGGCCGTCACGCTTGAGCGCCGAGTACATAGGCGGTATCTGGCt < 2:776861/150‑1 (MQ=255) ttgctcgagtgcgaaggcacccgtgcaACTCCAAGCGGTTAATAGTAACAGAACGCGCCTCGCGCTCCACTACCTCTCCTGCACGTGCCAGC‑‑TTGTACAACGGCTgg > 1:516043‑M2/28‑107 (MQ=255) ttgctcgagtgcgaaggcacccgtgcaACTCCAAGCGGTTAATAGTAACAGAACGCGCCTCGCGCTCCACTACCTCTCCTGCACGTGCCAGC‑‑TTGTACAACGGCTgg < 2:516043‑M2/80‑1 (MQ=255) gCCTTCGCACTCGAGCAACTCCAAGCGGTTAATAGTAACAGAACGCGCCTCGCGCTCCACTACCTCTCCTGCACGTGCCAGC‑‑TTGTACAACGGCTGGCCGTCACGCTTGAGCGCCGAGTACATAGGCGGTATCTGGCTGATCGGGCcgcg > 2:682188/1‑150 (MQ=255) cTTCGCACTCGAGCAACTCCAAGCGGTTAATAGTAACAGAACGCGCCTCGCGCTCCACTACCTCTCCTGCACGTGCCAGC‑‑TTGTACAACGGCTGGCCGTCACGCTTGAGCGCCGAGTACATAGGCGGTATCTGGCTGATCGGGCCGCGaa > 2:759586/1‑150 (MQ=255) ttCGCACTCGAGCAACTCCAAGCGGTTAATAGTAACAGAACGCGACTCGCTTGCCACTACCTCTCCTGCACGTGCCAGC‑‑TTGTACAACGGCTGGCCGTCACGCTTGAGCGCCGAGTACATAGGCGGTATCTGGCTGATCGGGCCGCGaaa > 1:418673/1‑150 (MQ=255) aCTCGAGCAACTCCAAGCGGTTAATAGTAACAGAACGCGCCTCGCGCTCCAc > 1:171010/1‑52 (MQ=255) aCTCGAGCAACTCCAAGCGGTTAATAGTAACAGAACGCGCCTCGCGCTCCAc < 2:171010/52‑1 (MQ=255) aCTCGAGCAACTCCAAGCGGTTAATAGTAACAGAACGCGCCTCGCGCTCCACTACCTCTCCTGCACGTGCCAGC‑‑TTGTACAACGGCTGGCCGTCACGCTTGAGCGCCGAGTACATAGGCGGTATCTGGCTGATCGGGCCGCGAAAACGTg > 2:463838/1‑150 (MQ=255) cTCGAGCAACTCCAAGCGGTTAATAGTAACAGAACGCGCCTCGCGCTCCACTACCTCTCCTGCACGTGCCAGC‑‑TTGTACAACgg > 1:409581/1‑84 (MQ=255) cTCGAGCAACTCCAAGCGGTTAATAGTAACAGAACGCGCCTCGCGCTCCACTACCTCTCCTGCACGTGCCAGC‑‑TTGTACAACgg < 2:409581/84‑1 (MQ=255) tCGAGCAACTCCAAGCGGTTAATAGTAACAGAACGCGCCTCGCGCTCCACTACCTCTCCTGCACGTGCCAGC‑‑TTGTACAACGGCTGGCCGTCACGCTTGAGCGCCGAGTACATAGGCGGTATCTGGCTGATCGGGCCGCGAAAACGTgg > 2:531651/1‑149 (MQ=255) tCGAGCAACTCCAAGCGGTTAATAGTAACAGAACGCGCCTCGCGCTCCACTACCTCTCCTGCACGTGCCAGC‑‑TTGTACAACGGCTGGCCGTCACGCTTGAGCGCCGAGTACATAGGCGGTATCTGGCTGATCGGGCCGCGAAAACGTgg < 1:531651/149‑1 (MQ=255) cGAGCAACTCCAAGCGGTTAATAGTAACAGAACGCGCCTCGCGCTCCACTACCTCTCCTGCACGTGCCAGC‑‑TTGTACAACGGCTGGCCGTCACGCTTGAGCGCCGAGTACATAGGCGGTATCTGGCTGATCGGGCCGCGAAAACGTGgca > 2:207189/1‑150 (MQ=255) | GGCCCTGCCTGGGTCCTGCGCAGCTCGGCGACATAGGCCCCGCAACCAAGGGCTTCACCGATATCCTCCACCAGCGTGCGGATATAGGTGCCTTTGCTGCATCCTACGCTCAGCCGTGCACGGGTGCCTTCGCACTCGAGCAACTCCAAGCGGTTAATAGTAACAGAACGCGCCTCGCGCTCCACTACCTCTCCTGCACGTGCCAGC‑‑TTGTACAACGGCTGGCCGTCACGCTTGAGCGCCGAGTACATAGGCGGTATCTGGCTGATCGGGCCGCGAAAACGTGGCA > NC_002947/5355130‑5355415 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |