New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 6004770 = | 41 (1.390) | 4 (0.140) | 4/236 | NT | 9.6% | coding (643/891 nt) | PP_5259 | LysR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 6004792 = | 36 (1.270) | coding (665/891 nt) | PP_5259 | LysR family transcriptional regulator |
TGCTGGCCGGGCGCAAGCTGGCCGGTGCCGAGGAGCTGGCCGAGCTGGTGCTGCTGCAAAGCACCTCGCGCCCGGAGGCCTGGCATGAGTGGTTCCTGGAGCAGGACCTGCAGAGCGTCAGCGCTTACCACGGGCCGCGCTTCGATACGTTCTATATGGCGTTGAGTGCAGCACAGGCCGGGTGCGGGGTAGCGCTGGTGCCGCGCTACCTGGCGGCGAAGGAACTGGCCGACGGTAGCCTGGTGGTGCCGTGGAACCATGCAATGCGCAGTGCCGGAGCGCATTACCT > NC_002947/6004651‑6004939 | tcctttccGGCCTCAAGCTGGCCGGTGCCGAGAATCGGGACGAGCTGGTGCCGCTTCAAAGCACCTCGCGCCCGGAGGCCTGGCATGAGTCGTTCCTGCAGCAGGACCTGTAGAGCGTCAGCGCTTACCACGGGCCGCGCTTCGAGACGt < 2:143743/144‑1 (MQ=255) gctgGCCGGGCGCAAGCTGGCCGGTGCCGAGGAGCTGGCCGAGCTGGTGCTGCAGCAAAGCACCTCGCGCCCGGAGGCCTGGCATGAGTGGTTCCTGGAGCAGGACCTGCAGAGCGTCAGCGCTTACCACGGGCCGCGCTTCGGTACGtt > 1:143743/1‑150 (MQ=255) ggCGCAAGCTGGCCGGTGCCGAGGAGCTGGCCGAGCTAGGCCTTCTGCAAAGCACCTCGCGCCCGGAGGCCTGGCATGAGTGGTTCCTGGAGCAGGACCTGCAGAGCGTCAGCGCTTACCACGGGCCGCGCTTCGATACGTTCTATATgg < 1:606584/150‑1 (MQ=255) gcgcAAGCTGGCCGGTGCCGAGGAGCTGGCCGAGCTGGTGCTGCTGCAAAGCACCTCGCGCCCGGAGGCCTGGCATGAGTGGTTCCTGGAGCAGGACCTGCAGAGCGTCAGCGCTTACCACGGGCCGCGCTTCGATACGTTCTATATGGc > 2:180039/1‑150 (MQ=255) tGGCCAGTGCCGAGGAGCTGGCCGAGCTGGTGCTGCTGCAAAGCACCTCGCGCCCGGAGGCCTGGCATGAGTGGTTCCTGGAGCAGGAGCTGCAGAGCGTCAGCGCTTACCACGGGCCGCGCTTCGATACGTTCTATATGGCGTTGAGTg > 1:263056/1‑150 (MQ=255) gCCGGTGCCGAGGAGCTGGCCGAGCTGGTGATGCTGCATAGCACCTCGCGCCCGGAGGCCTGGCATGAGTGGTTCCTGGAGCAGGACCTGCAGAGCGTCAGCGCTTACCACGGGCCGCGCTTCGATACGTTCTATATGGCGTTGAGTgca < 2:386407/150‑1 (MQ=255) ccGGTGCCGAGGAGCTGGCCGAGCTGGTGCTGCTGCAAAGCACCTCGCGCCCGGAGGCCTGGCATGAGTGGTTCCTGGAGCAGGACCTGCAGAGCGTCAGCGCTTACCACGGGCCGCGCTTCGATACGTTCTATATGGCGTTGAGTgcag > 2:203451/1‑150 (MQ=255) ggCCGAGGAGCTGGCCGAGCTGGTGCTGCTGCAAAGCACCTCGCGCCCGGAGGCCTGGCATGAGTGGTTCCTGGAGCAGGACCTGCAGAGCGTCAGCGCTTACCACGGGCCGCGCTTCGATACGTTCTATATGGCGTTGAGTGCAGcaca < 2:117192/149‑1 (MQ=255) cTGGCCGAGCTGGTGCTGCTGCAAAGCACCTCGCGCCCGGAGGCCTGGCATGAGTGGTTCCTGGAGCAGGACCTGCAGAGCGTCAGCGCTTACCACGGGCCGCGCTTCGATACGTTCTATATGGCGTTGAGTGCAGCACAGGCCGGGTGc > 2:221397/1‑150 (MQ=255) cGAGCTGGTGCTGCTGCAAAGCACCTCGCGCCCGGAGGCCTGGCATGAGTGGTTCCTGGAGCAGGACCTGCAGAGCGTCAGCGCTTACCACGGGCCGCGCTTCGATACGTTCTATATGGCGTTGAGTGCAGCACAGGCCGGGTGCGGGGt < 1:180039/150‑1 (MQ=255) gAGCTGGTGCTGCTGCAAAGCACCTCGCGCCCGGAGGCCTGGCATGAGTGGTTCCTGGAGCAGGACCTGCAGAGCGTCAGCGCTTACCACGGGCCGCGCTTCGATACGt > 2:470321/1‑109 (MQ=255) gAGCTGGTGCTGCTGCAAAGCACCTCGCGCCCGGAGGCCTGGCATGAGTGGTTCCTGGAGCAGGACCTGCAGAGCGTCAGCGCTTACCACGGGCCGCGCTTCGATACGt < 1:470321/109‑1 (MQ=255) gAGCTGGTGCTGCTGCAAAGCACCTCGCGCCCGGAGGCCTGGCATGAGTGGTTCCTGGAGCAGGACCTGCAGAGCGTCAGCGCTTACCACGGGCCGCGCTTCGATACGTTCTATATGGCGTTGAGTGCAGCACAGGCCGGGTGCGGGGTa < 1:327478/150‑1 (MQ=255) aGCTGGTGCTGCTGCAAAGCACCTCGCGCCCGGAGGCCTGGCATGAGTGGTTCCTGGAGCAGGACCTGCAGAGCGTCAGCGCTTACCACGGGCCGCGCTTCGATACGTTCTATATGGCGTTGAGTGCAGCACAGGCCGGGTGCGGGGTAg < 1:221397/150‑1 (MQ=255) tgctgcAAAGCACCTCGCGCCCGGAGGCCTGGCATGAGTGGTTCCTGGAGCAGGACCTGCAGAGCGTCAGCGCTTACCACGGGCCGCGCTTc < 1:531574/92‑1 (MQ=255) tgctgcAAAGCACCTCGCGCCCGGAGGCCTGGCATGAGTGGTTCCTGGAGCAGGACCTGCAGAGCGTCAGCGCTTACCACGGGCCGCGCTTc > 2:531574/1‑92 (MQ=255) tgcAAAGCACCTCGCGCCCGGAGGCCTGGCATGAGTGGTTCCTGGAGCAGGACCTGCAGAGCGTCAGCGCTTACCACGGGCCGCGCTTCGATACGTTCTATATGGCGTTGAGTGCAGCACAGGCCGGGTGCGGGGTAGCGCTGGTGCcgc > 2:716011/1‑150 (MQ=255) tgcAAAGCACCTCGCGCCCGGAGGCCTGGCATGAGTGGTTCCTGGAGCAGGACCTGCAGAGCGTCAGCGCTTACCACGGGCCGCGCTTCGATACGTTCTATATGGCGTTGAGTGCAGCACAGGCCGGGTGCGGGGTAGCGCTGGTGCcgc > 1:11669/1‑150 (MQ=255) cAAAGCACCTCGCGCCCGGAGGCCTGGCATGAGTGGTTCCTGGAGCAGGACCTGCAGAGCGTCAGCGCTTACCACGGGCCGCGCTTCGATACGTTCTATATGGCGGTGAGTGCAGCACAGGCCGGGTGCGGGGTAGCGCTGGTGCCgcgc > 1:600644/1‑150 (MQ=255) ccTCGCGCCCGGAGGCCTGGCATGAGTGGTTCCTGGAGCAGGACCTGCAGAGCGTCAGCGCTTACCACGGGCCGCGCTTCGATACGtt > 1:638552/1‑88 (MQ=255) ccTCGCGCCCGGAGGCCTGGCATGAGTGGTTCCTGGAGCAGGACCTGCAGAGCGTCAGCGCTTACCACGGGCCGCGCTTCGATACGtt < 2:638552/88‑1 (MQ=255) cTCGCGCCCGGAGGCCTGGCATGAGTGGTTCCTGGAGCAGGACCTGCAGAGCGTCAGCGCTTACCACGGGCCGCGCTTCGATACGTTCt < 2:144407/89‑1 (MQ=255) cTCGCGCCCGGAGGCCTGGCATGAGTGGTTCCTGGAGCAGGACCTGCAGAGCGTCAGCGCTTACCACGGGCCGCGCTTCGATACGTTCt > 1:144407/1‑89 (MQ=255) cgctaccccgcacccggcctgtgctgcactcaacgccatatagaacgtatcgaAGCGCTTACCACGGGCCGCGCtt < 2:663587‑M1/23‑1 (MQ=255) cgctaccccgcacccggcctgtgctgcactcaacgccatatagaacgtatcgaAGCGCTTACCACGGGCCGCGCtt > 1:663587‑M1/54‑76 (MQ=255) taccccgcacccggcctgtgctgcactcaacgccatatagaacgtatcgaagcgcttaccacgggccgcgctTCGATACGTTCTATATGGCGTTGAGt < 2:452812‑M2/26‑1 (MQ=255) taccccgcacccggcctgtgctgcactcaacgccatatagaacgtatcgaagcgcttaccacgggccgcgctTCGATACGTTCTATATGGCGTTGAGt > 1:452812‑M2/73‑98 (MQ=255) gCCTGGCATGAGTGGTTCCTGGAGCAGGACCTGCAGAGCGTCAGCGCTTACCACGGGCCGCGCTTCGATACGTTCTATATGGCGTTGAGTGCAGCACAGGCCGGGTGCg > 1:650529/1‑109 (MQ=255) gCCTGGCATGAGTGGTTCCTGGAGCAGGACCTGCAGAGCGTCAGCGCTTACCACGGGCCGCGCTTCGATACGTTCTATATGGCGTTGAGTGCAGCACAGGCCGGGTGCg < 2:650529/109‑1 (MQ=255) ccTGGCATGAGTGGTTCCTGGAGCAGGACCTGCAGAGCGTCAGCGCTTACCACGGGCCGCGCTTCGATACGTTCTATATGGCGTTGAGTGCAGCACAGGCCGGGTGCGGGGTAGCGCTGGTGCCGCGCTACCTGGCGGCGAAGGAACTgg > 2:368556/1‑150 (MQ=255) ccTGGCATGAGTGGTTCCTGGAGCAGGACCTGCAGAGCGTCAGCGCTTACCACGGGCCGCGCTTCGATACGTTCTATATGGCGTTGAGTGCAGCACAGGCCGGGTGCGGGGTAGCGCTGGTGCCGCGCTACCTGGCGGCGAAGGAACTgg < 2:183037/150‑1 (MQ=255) aTGAGTGGTTCCTGGAGCAGGACCTGCAGAGCGTCAGCGCTTACCACGGGCCGCGCTTCGATACGTTCTATATGGCGTTGAGTGCAGCACAGGCCGGGTGCGGGGTAGCGCTGGTGCCGCGCTACCTGGCGGCGAAGGAACTGGCCGACg < 1:716011/150‑1 (MQ=255) gAGTGGTTCCTGGAGCAGGACCTGCAGAGCGTCAGCGCTTACCACGGGCCGCGCTTCGATACGTTCTATATGGCGTTGAGTGCAGCACAGGCCGGGTGCGGGGTAGCGCTGGTGCCGCGCTACCTGGCGGCGAAGGAACTGGCCGACGGt > 2:785607/1‑150 (MQ=255) ggTTCCTGGAGCAGGACCTGCAGAGCGTCAGCGCTTACCACGGGCCGCGCTTCGATACGTTCTATATGGCGTTGAGTGCAGCACAGGCCGGGTGCGGGGTAGCGCTGGTGCCGCGCTACTGGGGTGCGAAGGAACTGGCCGACGGTAGcc < 1:20878/150‑1 (MQ=255) actcaacgccatatagaacgtatcgaAGCGCGGCCCGTGGTAAGCGCTTCGATACGTTCTATATGGCGTTGAGTGCAGCACAGGCCGGGTGCGGGGTa < 2:452812‑M1/72‑1 (MQ=255) actcaacgccatatagaacgtatcgaAGCGCGGCCCGTGGTAAGCGCTTCGATACGTTCTATATGGCGTTGAGTGCAGCACAGGCCGGGTGCGGGGTa > 1:452812‑M1/27‑98 (MQ=255) ggAGCAGGACCTGCAGAGCGTCAGCGCTTACCACGGGCCGCGCTTCGATACGTTCTATATGGCGTTGAGTGCAGCACAGGCCGGGTGCGGGGTAGCGCTGGTGCCGCGCTACCTGGCGGCGAAGGAACTGGCCGACGGTAGCCTggtggt > 2:652304/1‑150 (MQ=255) aGCAGGACCTGCAGAGCGTCAGCGCTTACCACGGGCCGCGCTTCGATACGTTCTATATGGCGTTGAGTGCAGCACAGGCCGGGTGCGGGGTAGCGCTGGTGCCGCGCTACCTGGCGGCGAAGGAACTGGCCGACGGTAGCCTGGTGGTGc < 2:11669/150‑1 (MQ=255) cAGAGCGTCAGCGCTTACCACGGGCCGCGCTTCGATACGTTCTATATGGCGTTGAGTGCAGCACAGGCCGGGTGCGGGGTAGCGCTGGTGCCGCGCTACCTGGCGGCGAAGGAACTGGCCGACGGTAGCCTGGTGGTGCCGTGGAACCAt < 1:785607/150‑1 (MQ=255) cAGAGCGTCAGCGCTTACCACGGGCCGCGCTTCGATACGTTCTATATGGCGTTGAGTGCAGCACAGGCCGGGTGCGGGGTAGCGCTGGTGCCGCGCTACCTGGCGGCGAAGGAACTGGCCGACGGTAGCCTGGTGGTGCCGTGGAACCAt < 2:552418/150‑1 (MQ=255) cAGCGCTTACCACGGGCCGCGCTTCGATACGTTCTATATGGCGTTGAGTGCAGCACAGGCCGGGTGCGGGGTAGCGCTGGTGCCGCGCTACCTGGCGGCGAAGGAACTGGCCGACGGTAGCCTGGTGGTGCCGTGGAACCATGCAATgcg > 1:158087/1‑150 (MQ=255) aagcgcggcccgtggtaagcgctTCGATACGTTCTATATGGCGTTGAGTGCAGCACAGGCCGGGTGCGGGGTAgcg > 1:663587‑M2/24‑76 (MQ=255) aagcgcggcccgtggtaagcgctTCGATACGTTCTATATGGCGTTGAGTGCAGCACAGGCCGGGTGCGGGGTAgcg < 2:663587‑M2/53‑1 (MQ=255) CGCTTACCACGGGCCGCGCTTCGATACGTTCTATATGGCGTTGAGTGCAGCACAGGCCGGGTGCGGGGTAGCGCTGGTGCCGCGCTACCTGGCGGCGAAGGAACTGGCCGACGGTAGCCTGGTGGTGCCGTGGAACCATGCAATGCGCAg < 2:220040‑M1/150‑1 (MQ=255) CTTACCACGGGCCGCGCTTCGATACGTTCTATATGGCGTTGAGTGCAGCACAGGCCGGGTGCGGGGTAGCGCTGGTGCCGCGCTACCTGGCGGCGAAGGAACTGGCCGACGGTAGCCTGGTGGTGCCGTGGAACCATGCAATGCGCAGTg < 1:710482‑M1/150‑1 (MQ=255) ttACCACGGGCCGCGCTTCGATACGTTCTATATGGCGTTGAGTGCAGCACAGGCCGGGTGCGGGGTAGCGCTGGTGCCGCGCTACCTGGCGGCGAAGGAACTGGCCGACGGTAGCCTGGTGGTGCCGTGGAACCATGCAATGCGCAGTGc > 2:125481/1‑150 (MQ=255) ccACGGGCCGCGCTTCGATACGTTCTATATGGCGTTGAGTGCAGCACAGGCCGGGTGCGGGGTAGCGCTGGTGCCGCGCTACCTGGCGGCGAAGGAACTGGCCGACGGTAGcc < 2:56925/113‑1 (MQ=255) ccACGGGCCGCGCTTCGATACGTTCTATATGGCGTTGAGTGCAGCACAGGCCGGGTGCGGGGTAGCGCTGGTGCCGCGCTACCTGGCGGCGAAGGAACTGGCCGACGGTAGcc > 1:56925/1‑113 (MQ=255) ggCCGCGCTTCGATACGTTCTATATGGCGTTGAGTGCAGCACAGGCCGGGTGCGGGGTAGCGCTGGTGCCGCGCTACCTGGCGGCGAAGGAACTGGCCGACGGTAGCCTGGTGGTGCCGTGGAACCATGCAATGCGCAGTGCCGGAgcgc < 1:368556/150‑1 (MQ=255) gcgctTCGATACGTTCTATATGGCGTTGAGTGCAGCACAGGCCGGGTGCGGGGTAGCGCTGGTGCCGCGCTACCTGGCGGCGAAGGAACTGGCCGACGGTAGCCTGGTGGTGCCGTGGAACCATGCAATGCGCAGTGCCGGAGCGCATTa > 2:701874‑M2/6‑150 (MQ=255) ctTCGATACGTTCTATATGGCGTTGAGTGCAGCACAGGCCGGGTGCGGGGTAGCGCTGGTGCCGCGCTACCTGGCGGCGAAGGAACTGGCCGACGGTAGCCTGGTGGTGCCGTGGAACCATGCAATGCGCAGTGCCGGAGCGCATTACCt < 1:203451‑M2/148‑1 (MQ=255) | TGCTGGCCGGGCGCAAGCTGGCCGGTGCCGAGGAGCTGGCCGAGCTGGTGCTGCTGCAAAGCACCTCGCGCCCGGAGGCCTGGCATGAGTGGTTCCTGGAGCAGGACCTGCAGAGCGTCAGCGCTTACCACGGGCCGCGCTTCGATACGTTCTATATGGCGTTGAGTGCAGCACAGGCCGGGTGCGGGGTAGCGCTGGTGCCGCGCTACCTGGCGGCGAAGGAACTGGCCGACGGTAGCCTGGTGGTGCCGTGGAACCATGCAATGCGCAGTGCCGGAGCGCATTACCT > NC_002947/6004651‑6004939 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |