New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 359665 | 52 (1.360) | 14 (0.390) | 13/262 | 2.0 | 23.5% | intergenic (+22/+98) | gbdR/PP_0299 | AraC family transcriptional regulator/hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 359732 | 42 (1.170) | intergenic (+89/+31) | gbdR/PP_0299 | AraC family transcriptional regulator/hypothetical protein |
AGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAGGATCGTCGCACTGCCGGTGTACATCTGCTCCACCATCCCCTTCAGCG > NC_002947/359603‑359881 | aGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTg < 2:727951/150‑1 (MQ=255) ggCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGGGACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTgg < 1:694575/150‑1 (MQ=255) ggCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGAACGGCTCTGTCACCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTgg < 1:884997/150‑1 (MQ=255) tCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAgg > 2:840474/1‑125 (MQ=255) tCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAgg < 1:840474/125‑1 (MQ=255) tttGCTAGTGTAAGGCTCTGACAGCGCGCCGGCATCTTCGCGGGCACGCCCGCTCTCACAGGACACCCGCTTCGCTTGAGCCAGCGGTGATTTGTGGGGGCGGGCGTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGt < 2:575093/150‑1 (MQ=255) ccAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCAACGACGGGGCAGGGGCTGGGTAAATTGATTGCGCGCGTttgt > 2:694360/1‑150 (MQ=38) gtAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAAc > 1:164951/1‑150 (MQ=255) tAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATGTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACt > 2:66991/1‑150 (MQ=255) ctGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCaa < 2:570116/150‑1 (MQ=255) gACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACg > 1:98630/1‑150 (MQ=255) gACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCCCCCACAGGTCACCCGCTGGGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAGTGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGGCAACg > 2:303576/1‑150 (MQ=255) acacCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGc < 2:678010/150‑1 (MQ=255) ccGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTgc < 2:767058/139‑1 (MQ=255) ccGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTgc > 1:767058/1‑139 (MQ=255) gcgcCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTcgcgaagaggccggcgcggtgtcagagccttacactggcaaatgtcgactcattgcgcgcctggc < 2:823665‑M2/150‑66 (MQ=255) ccGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGaa < 1:259451/130‑1 (MQ=255) ccGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGaa > 2:259451/1‑130 (MQ=255) ggCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCGGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGt < 2:618811/150‑1 (MQ=255) gCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTccgcgaaggggccggcgcggtgtcagagccttacactggcaaatgtcgactcattgcgcgcctggctcagg < 2:862840‑M2/150‑72 (MQ=255) gCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTccgcgaaggggccggcgcggtgtcagagccttacactggcaaatgtcgactcattgcgcgcctggctcagg < 1:609469‑M2/150‑72 (MQ=255) ccTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTg < 1:318282/150‑1 (MQ=255) ctctTCGCGGGCACGCCTGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTccgcgaagaggccggcgcggtgtcagagccttacactggcaaatgtcgactgattgcgcgcctggctcagggc < 2:471246‑M2/150‑74 (MQ=255) tctTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCt > 1:840367/1‑150 (MQ=255) ctTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCtt < 1:704262/150‑1 (MQ=255) ttCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTg < 2:295635/150‑1 (MQ=255) ttCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGCcgcgaagaggccggcgcggtgtcagagccttacactggcaaatgtcgactcattgcgcgcctggctcagggccgcc < 2:156279‑M2/150‑77 (MQ=255) tCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGt < 2:164951/150‑1 (MQ=255) cgcgGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTc > 2:30959/1‑150 (MQ=255) gcgGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATNACGCGCGTTNGTTGAACTNCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCg < 1:303576/150‑1 (MQ=255) aCGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGcc < 2:754489/150‑1 (MQ=255) gCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTg < 2:445339/150‑1 (MQ=255) gCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCCATGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTg < 1:694360/150‑1 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGc > 1:510308/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCGTGCcgcgaagaggccggcgcggtgtcagagccttacactggcaaa > 2:448464‑M2/1‑61 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCGTGCcgcgaagaggccggcgcggtgtcagagccttacactggcaaa < 1:448464‑M2/103‑43 (MQ=255) caGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCg > 2:839784/1‑150 (MQ=255) gTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTccgcgaagaggccggcgcggtgtcagagccttacactg > 2:858411‑M2/1‑49 (MQ=255) gTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTccgcgaagaggccggcgcggtgtcagagccttacactg < 1:858411‑M2/87‑39 (MQ=255) gTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCa < 2:98630/150‑1 (MQ=255) tCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGAGCGGGCGTGCcgcgaagaggccggcgcggtgtcagagccttacactggcaaatgtcgactcatcgcgcgcctggctcagggccgccatcggcccgctgtgcggcgacagggt < 1:287549‑M2/150‑103 (MQ=255) ccACCCGCTGAACTTGAGCCAGCGGGGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAg < 2:510308/149‑1 (MQ=255) cACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAgg < 2:409961/150‑1 (MQ=255) cccGCTGAGCTTGAGCCGGCGGTGATCTGTGGGGGCGCGCTTGCTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAGGAt < 1:276642/150‑1 (MQ=255) cccGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAGGAt < 2:252315/150‑1 (MQ=255) ttGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAGGATCGTCGCACTg > 2:500768/1‑150 (MQ=255) tGAGCCAGCGGTGATCTGGGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCGGGCAACAGTTGCTTGTAGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAGGATCGTCGCACTGc < 1:66991/150‑1 (MQ=255) gCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAGGATCGTCGCACTGCCGGTGTa > 1:579327/1‑150 (MQ=255) tGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTccgcgaaggggccggcgcggtgtcacagccttacactggcaaatgtcgactcattgcgcgcctggctcagggccgccatcggcccgctgtgcggcgacagggtcatggcctgcggaatcggcatcat < 2:810962‑M2/150‑128 (MQ=255) tgtgGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAGGATCGTCGCACTGCCGGTGTACATCTGCTc < 2:569409/150‑1 (MQ=255) tgtgGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGCGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGACTGGAGTACTGACGGCAGGATAGTCGCACTGACGGTGTACATCTGCTc > 1:445813/1‑150 (MQ=255) cgggcTTGTTccgcgaagaggccggcgcggtgtcagagccttacactggcaaatgtcgactcattgcgcgcctggctcagggccgccatcggcccgctgtgcggcgacagggtcatggcctgcggaatcggcatcatggccacctgctgc < 1:680560‑M2/150‑141 (MQ=255) ggcTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAATAGTTTCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAGGATCGTCGCACTGCCGGTGTACATCTGCTCCACCATcccc > 1:252749/1‑150 (MQ=255) ttGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAGGATCGTCGCACTGCCGGTGTACATCTGCTCCACCATCCCCTTc < 1:30959/150‑1 (MQ=255) ttccgcgaagaggccggcgcggtgtcagagccttacactggcaaatgtcgactcattgcgcgcctggctcagggccgccatcggcccgctgtgcggcgacagggtcatggcctgcggaatcggcatcatggccacctgctgcgcggtgtt > 2:680560‑M2/1‑2 (MQ=255) tccgcgaagaggccggcgcggtgtcagagccttacactggcaaatgtcgactcattgcgcgcctggctcagggccgccatcggcccgctgtgcggcgacagggtcatggcctgcggaatcggcatcatggccacctgctgcgcggtgttg > 1:471246‑M2/1‑1 (MQ=255) | AGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCAGGATCGTCGCACTGCCGGTGTACATCTGCTCCACCATCCCCTTCAGCG > NC_002947/359603‑359881 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |