New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4290153 = | 87 (1.170) | 6 (0.080) | 4/246 | NT | 7.6% | coding (2478/3468 nt) | PP_3761 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
? | NC_002947 | 4290201 = | 61 (0.840) | coding (2430/3468 nt) | PP_3761 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
AGGCGAGCGAACACCTCCTTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGTCGGGCAGGCGCATGTCCAGCAGGATCGCATCCGGAATGTACTGGGCTGCCAGCTCGAAGCCTTCGTCGGCGCCATGGGCCACCAGGCAGCTATAGCCCAGCTCATGGGCCAGGTCG > NC_002947/4290004‑4290294 | aGGCGAGCGAACACCTCCTTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCTTCGGCGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGgcgc > 1:117895/1‑150 (MQ=255) ggCGCGCGAACACCTCCTTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCt < 1:463179/150‑1 (MQ=255) cgagcgaACACCTCCTTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCTGc < 2:1408242/150‑1 (MQ=255) gagcgaACACCTCCTTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCa > 2:42442/1‑150 (MQ=255) gcgaACACCTCCTTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATA‑CCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGa < 2:830478/150‑1 (MQ=255) cgaACACCTCCTTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGa < 2:1131405/150‑1 (MQ=255) cgaACACCTCCTTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGa < 1:42442/150‑1 (MQ=255) aaCACCTCCTTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACa < 2:769933/150‑1 (MQ=255) acCTCCTTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTc > 1:319402/1‑150 (MQ=255) cctcctTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCa < 2:864849/150‑1 (MQ=255) ctcctTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCAg < 2:432375/150‑1 (MQ=255) ctcctTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCAg > 1:793500/1‑150 (MQ=255) ctcctTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCAg > 1:909731/1‑150 (MQ=255) ctcctTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCAg < 2:1558127/150‑1 (MQ=255) tcctTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCAgg < 2:1336559/150‑1 (MQ=255) tcctTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCAgg < 1:122658/150‑1 (MQ=255) aatcgaagacgagcccaactttgcccgcatcctcttcgacctggcccatgagctgggctatagctgcctggtggcccatggcgccgacgaaggcttcgagctggcagcccagtacattccggatgcgatcCTGCAGGACAGTCAGGCCCg < 1:977450‑M1/20‑1 (MQ=255) gCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCCCCCTGCGCCGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGt < 1:1781685/150‑1 (MQ=255) 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ccatgagctgggctatagctgcctggtggcccatggcgccgacgaaggcttcgagctggcagcccagtacattccggatgcgatcCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGTCGGGCAGGCGCATGTCcagca > 1:1019600‑M1/86‑132 (MQ=255) ccatgagatgggctatagctgcctggtggcccatggcgccgacgaaggcttcgagctggcagcccagtacattccggatgcgatcCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGTCGGGCAGGCGCATGTCcagca < 2:1019600‑M1/47‑1 (MQ=255) ccATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGTCGGGCAGGCGCATGTCCAGCAGGATCGCATCCGGAATGt > 1:1171276/1‑150 (MQ=255) cATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGGCGGGCAGGCGCATGTACAGCAGGATCGCATCCAGCATGTa > 1:843256/1‑150 (MQ=255) gCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGTCGGGCAGGCGCATGTCCAGCGGGATCGCATCCGGAATGTACTggg < 2:1286488/150‑1 (MQ=255) 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aCGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGTCGGGCAGgc > 1:5273/1‑100 (MQ=255) aCGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGTCGGGCAGgc > 1:4836/1‑100 (MQ=255) gcgGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGTCGGGCAGGCGCATGTCCAGCAGGATCGCATCCGGAATGTACTGGGCTGCCAGCTCGAAGcc < 1:973875/150‑1 (MQ=255) ggTCTTCCACCGAAATGATGTGTATCGGGACATGGCGGGTGCTGGCCTGAACTTTGAGGAGCTCCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGTCGGGGAGGCGCAGGTTTCGCAGGATCGCATGCTGAATATACTAAGCTGGCATGTCTAAGTCtt > 2:870201/1‑150 (MQ=255) ggTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGTCGGGCAGGCGCATGTCCAGCAGGATCGCATCCGGAATGTACTGGGCTGCCAGCTCGAAGCCtt > 1:1191754/1‑150 (MQ=255) gTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGTGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGTCGGGCAGGCGCATGTCCAGCCGGATCGCATCCGGAATGTACTTGGCTTCCAGCTCGAAGCATtc < 2:691101/150‑1 (MQ=255) 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gCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGTCGGGCGGGCGCATGTCCAGCAGGATCGCATCCGGAATGTACTGGGCTGCCAGCTCGAAGCCTTCGTCGGCGCCATGGGCCACCAGGCAGCTATAGcc > 2:345453/1‑150 (MQ=255) gCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGTCGGGCAGGCGCATGTCCAGCAGGATCGCATCCGGAATGTACTGGGCTGCCAGCTCGAAGCCTTCGTCGGCGCCATGGGCCACCAGGCAGCTATAGcc < 2:909731/150‑1 (MQ=255) cGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGTCGGGCAGGCGCATGTCCAGCAGGATCGCATCCGGAATGTACTGGGCTGCCAGCTCGAAGCCTTCGTCGGCGCCATGGGCCACCAGGCAGCTATAGccc > 2:192934/1‑150 (MQ=255) gggTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGTCGGGCAGGCGCATGTCCAGCAGGATCGCATCCGGAATGTACTGGGCTGCCAGCTCGAAGCCTTCGTCGGCGCCATGGGCCACCAGGCAGCTATAGCCCa > 2:1830579/1‑150 (MQ=255) gggTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGTCGGGCAGGCGCATGTCCAGCAGGATCGCATCCGGAATGTACTGGGCTGCCAGCTCGAAGCCTTCGTCGGCGCCATGGGCCACCAGGCAGCTATAGCCCa < 2:1171276/150‑1 (MQ=255) ggCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGTCGGGCAGGCGCATGTCCAGCAGGATCGCATCCGGAATGTACTGGGCTGCCAGCTCGAAGCCTTCGTCGGCGCCATGGGCCACCAGGCAGCTATAGCCCAGCTCATg > 2:875402/1‑150 (MQ=255) gCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGTCGGGCAGGCGCATGTCCAGCAGGATCGCATCCGGAATGTACTGGGCTGCCAGCTCGAAGCCTTCGTCGGCGCCATGGGCCACCAGGCAGCTATAGCCCAGCTCATgg < 1:1272357/150‑1 (MQ=255) gCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGTCGGGCAGGCGCATGTCCAGCAGGATCGCATCCGGAATGTACTGGGCTGCCAGCTCGAAGCCTTCGTCGGCGCCATGGGCCACCAGGCAGCTATAGCCCAGCTCATgg < 1:1088870/150‑1 (MQ=255) gCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGGCGGGCAGGCGCATGTCCAGCAGGATCGCATCCGGAATGTACTGGGCTGGAAGCTCGAAGCCTTCGTCGGCGCCATGGGCCACCAGGCAGCTATAGCCCAGCTCATgg > 1:1456466/1‑150 (MQ=255) cTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGTCGGGCAGGCGCATGTCCAGCAGGATCGCATCCGGAATGTACTGGGCTGCCAGCTCGAAGCCTTCGTCGGCGCCATGGGCCACCAGGCAGCTATAGCCCAGCTCATGGGc > 2:279664/1‑150 (MQ=255) tGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGTCGGGCAGGCGCATGTCCAGCAGGATCGCATCCGGAATGTACTGGGCTGCCAGCTCGAAGCCTTCGTCGGCGCCATGGGCCACCAGGCAGCTATAGCCCAGCTCATGGGcc > 2:372183/1‑150 (MQ=255) gCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGTCGGGCAGGCGCATGTCCAGCAGGATCGCATCCGGAATGTACTGGGCTGCCAGCTCGAAGCCTTCGTCGGCGCCATGGGCCACCAGGCAGCTATAGCCCAGCTCATGGGCCa > 1:1113754/1‑150 (MQ=255) gCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGTCGGGCAGGCGCATGTCCAGCAGGATCGCATCCGGAATGTACTGGGCTGCCAGCTCGAAGCCTTCGTCGGCGCCATGGGCCACCAGGCAGCTATAGCCCAGCTCATGGGCCa > 1:1111679/1‑150 (MQ=255) cTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGTCGGGCAGGCGCATGTCCAGCAGGATCGCATCCGGAATGTACTGGGCTGCCAGCTCGAGGCCTTCGTCGGCGCCATGGGCCACCAGGCAGCTATAGCCCAGCTCATGGGCCAg < 2:634052/150‑1 (MQ=255) cTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGTCGGGCAGGCGCATGTCCAGCAGGATCGCATCCGGAATGTACTGGGCTGCCAGCTCGAAGCCTtcgt < 2:933039/104‑1 (MQ=255) cTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGTCGGGCAGGCGCATGTCCAGCAGGATCGCATCCGGAATGTACTGGGCTGCCAGCTCGAAGCCTtcgt > 1:933039/1‑104 (MQ=255) ttGAGGCGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGTCGGGCAGGCGCATGTCCAGCAGGATCGCATCCGGAATGTACTGGGCTGCCAGCTCGAAGCCTTCGTCGGCGCCATGGGCCACCAGGCACCGATAGCCCAGCTCATGGGCCAGGTCg > 1:479892/1‑150 (MQ=255) gAGGCGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGTCGGGCAGGCGCATGTCCAGCAGGATCGCATCCGGAATGTACTGGGCTGCCAGCTCGAAGCCTtagtc < 2:374002/99‑1 (MQ=255) gAGGCGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGTCGGGCAGGCGCATGTCCAGCAGGATCGCATCCGGAATGTACTGGGCTGCCAGCTCGAAGCCTtagtc > 1:374002/1‑99 (MQ=255) gAGGCGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGTCGGGCAGGCGCATGTCCAGCAGGATCGCATCCGGAATGTACTGGGCTGCCAGCTCGAAGCCTTCGTCGGCGCCATGGGCCACCAgg > 2:388779/1‑118 (MQ=255) gAGGCGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGTCGGGCAGGCGCATGTCCAGCAGGATCGCATCCGGAATGTACTGGGCTGCCAGCTCGAAGCCTTCGTCGGCGCCATGGGCCACCAgg < 1:388779/118‑1 (MQ=255) | AGGCGAGCGAACACCTCCTTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGTCGGGCAGGCGCATGTCCAGCAGGATCGCATCCGGAATGTACTGGGCTGCCAGCTCGAAGCCTTCGTCGGCGCCATGGGCCACCAGGCAGCTATAGCCCAGCTCATGGGCCAGGTCG > NC_002947/4290004‑4290294 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |