| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ? | NC_002947 | = 4393980 | 66 (0.940) | coding (1036/1488 nt) | PP_3869 | sheath protein | |||||
TGCTGGTGATTCGCCCCTTAAGGAAATTGATGATGTAGGCCGACTGATGCAGCGTCTCGCTGTCCAGGAATGAATTGTCGGGCTGACCCAGAGCGTTCTGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCC‑‑‑GCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTCAGCAGCGACTGCCGCTCGGTCAGCATGAAGCGATCACCCGACGGCGCCGGGGTGATGCCGTTGAGCTCACCGGTTTGCGTCGGCCGCGCCGGGTCAGCCGAGATGAACACCGCAGTGCGGGAGGC > NC_002947/4393809‑4394106 | tGCTGGTGATTCGCCCCTTAAGGAAATTGATGATGTAGGCCGACTGATGCAGCGTCTCGCTGTCCAGGAATGAATTGTCGGGCTGACCCAGAGCGTTCTGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCC‑‑‑GCTGCTGt < 1:1752357/150‑1 (MQ=255) ggTGATTCGCCCCTTAAGTAAATTGATGGTGTGGGCCGACTGCTGCAGCGGCTCGCTGTCAAGGAATGTATTGTCGGGCTAACCAAGAACGTTCTGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCCATGCGCTGCGCGCCGCC‑‑‑GCTGCTGTAGcc > 2:794165/1‑150 (MQ=255) gCCCCTTAAGGAAATTGATGATGTAGGCCGACTGATGCAGCGTCTCGCTGTCCAGGAATGAATTGTCGGGCTGACCCAGAGCGTTCTGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCC‑‑‑GCTGCTGTAGCCCGTGGCaa > 2:1391905/1‑150 (MQ=255) 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aaaTTGATGATGTAGGCCGACTGATGCAGCGTCTCGCTGTCCAGGAATGAATTGTCGGGCTGACCCAGAGCGTTCTGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCC‑‑‑GCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTc > 1:1885068‑M2/1‑149 (MQ=255) aaTTGATGATGTAGGCCGACTGATGCAGCGTCTCGCTGTCCAGGAATGAATTGTCGGGCTGACCCAGAGCGTTCTGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCC‑‑‑GCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTca < 2:1832468‑M2/150‑3 (MQ=255) tgatgaTGTAGGCCGACTGATGCAGCGTCTCGCTGTCCAGGAATGAATTGTCGGGCTGACCCAGAGCGTTCTGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCC‑‑‑GCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTcagca > 2:1494521‑M2/1‑145 (MQ=255) gatgatGTAGGCCGACTGATGCAGCGTCTCGCTGTCCAGGAATGAATTGTCGGGCTGACCCAGAGCGTTCTGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCC‑‑‑GCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTcagtag > 1:833644‑M2/1‑144 (MQ=255) tgatgTAGGCCGACTGATGCAGCGTCTCGCTGTCCAGGAATGAATTGTCGGGCTGACCCAGAGCGTTCTGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCC‑‑‑GCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTcagcagcg > 2:902951‑M2/1‑142 (MQ=255) 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1:1269716‑M1/111‑27 (MQ=255) aGGAATGAATTGTCGGGCTGACCCAGAGCGTTCTGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCC‑‑‑GCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTCAGCAGCGACTGCCGCTCGGTCAGCATGAAGCGATCACCCGAc > 1:1430647/1‑150 (MQ=255) aGGAATGAATTGTCGGGCTGACCCAGAGCGTTCTGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCA‑‑‑CGCC‑‑‑GCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTCAGCAGCGACTGCCGCTCGGTCAGCATGAAGCGATCACCCGACGgc < 1:1621917/150‑1 (MQ=255) aatgaatTGTCGGGCTGACCCAGAGCGTTCTGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCC‑‑‑GCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATgg > 2:1621935/1‑102 (MQ=255) aatgaatTGTCGGGCTGACCCAGAGCGTTCTGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCC‑‑‑GCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATgg < 1:1621935/102‑1 (MQ=255) atgaatTGTCGGGCTGACCCAGAGCGTTCTGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCC‑‑‑GCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTCAGCAGCGACTGCCGCTCGGTCAGCATGAAGCGATCACCCGACGgcg > 2:128479/1‑150 (MQ=255) ccAGAGCGTTCTGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCCGCTGCTGCTGacccatggtattgccacgggctacagcagcggcgg > 1:1282447‑M1/1‑65 (MQ=255) ccAGAGCGTTCTGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCCGCTGCTGCTGacccatggtattgccacgggctacagcagcggcgg < 2:1282447‑M1/100‑36 (MQ=255) agagCGTTCTGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCC‑‑‑GCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATgg > 2:1628484/1‑81 (MQ=255) agagCGTTCTGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCC‑‑‑GCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATgg < 1:1628484/81‑1 (MQ=255) gCGTTCTGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCC‑‑‑GCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTCAGCAGCGACTGCCGCTCGGTCAGCATGAAGCGATCACCCGACGGCGCCGGGGTGATGCCGTTGAGCTCa < 2:1326386/150‑1 (MQ=255) tGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCC‑‑‑GCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTCAGCAGCGACTGCCGCTCGGTCAGCATGAAGCGATCACCCGACGGCGCCGGGGTGATGCCGTTGAGCTCACCGGtt > 1:1815777/1‑150 (MQ=255) tGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCC‑‑‑GCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTCAGCAGCGACTGCCGCTCGGTCAGCATGAAGCGATCACCCGACGGCGCCGGGGTGATGCCGTTGAGCTCACCGGtt < 1:128479/150‑1 (MQ=255) 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gATGCGCTGCACGCCGCC‑‑‑GCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTCAGCAGCGACTGCCGCTCGGTCAGCATGAAGCGATCACCCGACGGCGCCGGGGTGATGCCGTTGAGCTCACCGGttt < 1:1746896/125‑1 (MQ=255) gATGCGCTGCACGCCGCC‑‑‑GCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTCAGCAGCGACTGCCGCTCGGTCAGCATGAAGCGATCACCCGACGGCGCCGGGGTGATGCCGTTGAGCTCACCGGttt > 2:1746896/1‑125 (MQ=255) gATGCGCTGCACGCCGCC‑‑‑GCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTCAGCAGCGACTGCCGCTCGGTCAGCATGAAGCGATCACCCGACGGCGCCGGGGTGATGCCGTTGAGCTCACCGGTTTGCGTCGGCCGCGCCGGGTCAGCCga > 2:1010028/1‑150 (MQ=255) gATGCGCTGCACGCCGCC‑‑‑GCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTCAGCAGCGACTGCCGCTCGGTCAGCATGAAGCGATCACCCGACGGCGCCGGGGTGATGCCGTTGAGCTCACCGGTTTGCGTCGGCCGCGCCGGGTCAGCCga < 1:1556365/150‑1 (MQ=255) gATGCGCTGCACGCCGCC‑‑‑GCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTCAGCAGCGACTGCCGCTCGGTCAGCATGAAGCGATCACCCGACGGCGCCGGGGTGATGCCGTTGAGCTCACCGGTTTGCGTCGGCCGCGCCGGGTCAGCCga < 1:1045031/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |