New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4393957 | 58 (0.780) | 5 (0.070) | 5/238 | NT | 7.7% | coding (1059/1488 nt) | PP_3869 | sheath protein |
? | NC_002947 | = 4393980 | 66 (0.940) | coding (1036/1488 nt) | PP_3869 | sheath protein |
GAAATTGATGATGTAGGCCGACTGATGCAGCGTCTCGCTGTCCAGGAATGAATTGTCGGGCTGACCCAGAGCGTTCTGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCCGCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTCAGCAGCGACTGCCGCTCGGTCAGCATGAAGCGATCACCCGACGGCGCCGGGGTGATGCCGTTGAGCTCACCGGTTTGCGTCGGCCGCGCCGGGTCAGCCGAGATGAACACCGCAGTGCGGGAGGCATAGCCAGCCGCTTGACGCCACA > NC_002947/4393831‑4394129 | gAAATTGATGATGTAGGCCGACTGATGCAGCGTCTCGCTGTCCAGGAATGAATTGTCGGGCTGACCCAGAGCGTTCTGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCCGCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGt > 1:386967/1‑150 (MQ=255) gAAACTGATGATGTAGGCCGACTGATTCATCGTCTCGCTGTACAGGAATGAATTGTCGGGCTGACCCAGAGCGTTCTGCCTGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCCGCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGt < 2:108229/150‑1 (MQ=255) aaaTTGATGATGTAGGCCGACTGATGCAGCGTCTCGCTGTCCAGGAATGAATTGTCGGGCTGACCCAGAGCGTTCTGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCCGCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTc > 1:1885068‑M2/1‑149 (MQ=255) aaTTGATGATGTAGGCCGACTGATGCAGCGTCTCGCTGTCCAGGAATGAATTGTCGGGCTGACCCAGAGCGTTCTGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCCGCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTca < 2:1832468‑M2/150‑3 (MQ=255) tgatgaTGTAGGCCGACTGATGCAGCGTCTCGCTGTCCAGGAATGAATTGTCGGGCTGACCCAGAGCGTTCTGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCCGCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTcagca > 2:1494521‑M2/1‑145 (MQ=255) gatgatGTAGGCCGACTGATGCAGCGTCTCGCTGTCCAGGAATGAATTGTCGGGCTGACCCAGAGCGTTCTGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCCGCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTcagtag > 1:833644‑M2/1‑144 (MQ=255) tgatgTAGGCCGACTGATGCAGCGTCTCGCTGTCCAGGAATGAATTGTCGGGCTGACCCAGAGCGTTCTGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCCGCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTcagcagcg > 2:902951‑M2/1‑142 (MQ=255) tgTAGGCCGACTGATGCAGCGTCTCGCTGTCCAGGAATGAATTGTCGGGCTGACCCAGAGCGTTCTGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCCGCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTCAGCAGCGACt < 1:1249933/150‑1 (MQ=255) gTAGGCCGACTGATGCAGCGTCTCGCTGTCCAGGAATGAATTGTCGGGCTGACCCAGAGCGTTCTGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCA‑‑‑CGCCGCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTCAGCAGCGACTGCCg > 2:1621917/1‑150 (MQ=255) aGGCCGACTGATGCAGCGTCTCGCTGTCCAGGAATGAATTGTCGGGCTGACCCAGAGCGTTCTGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCCGCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTCAGCATCGACTGcc > 2:1045031/1‑150 (MQ=255) cGACTGATGCAGCGTCTCGCTGTCCCGGAATGAATTGTCGGGCTGACCCAGAGCGTTCTGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCCGCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTCAGCAGCGACTGCCGCTc > 1:1298972/1‑150 (MQ=255) gACTGATGCAGCGTCTCGCTGTCCAGGAATGAATTGTCGGGCTGACCCAGAGCGTTCTGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCCGCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTCAGCAGCGACTGCCGCTCg < 2:1298972/150‑1 (MQ=255) tGCAGCGTCTCGCTGTCCAGGAATGAATTGTCGGGCTGACCCAGAGCGTTCTGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCCGCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTCAGCAGCGACTGCCGCTCGGTCAGc < 2:1604579/150‑1 (MQ=255) aGCGTCTCGCTGTCCAGGAATGAATTGTCGGGCTGACCCAGAGCGTTCTGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCCGCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTCAGCAGCGACTGCCGCTCGGTCAGCATg < 1:465637/150‑1 (MQ=255) tctcGCTGTCCAGGAATGAATTGTCGGGCTGACCCAGAGCGTTCTGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCCGCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTCAGCAGCGACTGCCGCTCGGTCAGCATGAAGc > 2:1691669/1‑150 (MQ=255) tcGCTGTCCAGGAATGAATTGTCGGGCTGACCCAGAGCGTTCTGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCCGCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTCAGCAGCGACTGCCGCTCGGTCAGCATGAAGCGa < 2:685965/150‑1 (MQ=255) cGCTGTCCAGGAATGAATTGTCGGGCTGCCCCAGAGCGTTCTGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGCCACGTTTCACGCCGCCGCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTCAGCAGCGACTGCCGCTCGGTCAGCATGAAGCGAt < 1:1066083/150‑1 (MQ=255) cGCTGTCCAGGAATGAATTGTCGGGCTGACCCAGAGCGTTCTGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCACGGCACGCCGCCGCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTCAGCAGCGACTGCCGCTCGGTCAGCATGAAGCGAt < 1:1066078/150‑1 (MQ=255) gCTGTCCAGGAATGAATTGTCGGGCTGACCCAGAGCGTTCTGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCCGCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTCAGCAGCGACTGCCGCTCGGTCAGCATGAAGCGATc > 1:1312647/1‑150 (MQ=255) cTGTCCAGGAATGAATTGTCGGGCTGACCCAGAGCGTTCTGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCCGCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTCAGCAGCGACTGCCGCTCGGTCAGCATGAAGCGATCa < 2:1397497/150‑1 (MQ=255) aGGAATGAATTGTCGGGCTGACCCAGAGCGTTCTGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCCGCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTCAGCAGCGACTGCCGCTCGGTCAGCATGAAGCGATCACCCGAc > 1:1430647/1‑150 (MQ=255) aGGAATGAATTGTCGGGCTGACCCAGAGCGTTCTGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCA‑‑‑CGCCGCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTCAGCAGCGACTGCCGCTCGGTCAGCATGAAGCGATCACCCGACGgc < 1:1621917/150‑1 (MQ=255) atgaatTGTCGGGCTGACCCAGAGCGTTCTGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCCGCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTCAGCAGCGACTGCCGCTCGGTCAGCATGAAGCGATCACCCGACGgcg > 2:128479/1‑150 (MQ=255) 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ggcaTGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCCGCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTCAGCAGCGACTGCCGCTCGGTCAGCATGAAGCGATCACCCGACGGCGCCGGGGTGATGCCGTTGAGCTCACCGGTTTGCg > 2:1694232/4‑150 (MQ=255) tggtgATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCCGCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTCAGCAGCGACTGCCGCTCGGTCAGCGTGAAGCGATCACCCGACGGCGCCGGGGTGATGCCGTTGAGCTCACCGGTTTGCGTCGGc < 2:299179/149‑1 (MQ=255) tggtgATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCCGCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTCAGCAGCGACTGCCGCTCGGTCAGCGTGAAGCGATCACCCGACGGCGCCGGGGTGATGCCGTTGAGCTCACCGGTTTGCGTCGGc > 1:299179/1‑149 (MQ=255) gtgATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCCGCTGCTGTAGCCCATGGCAATGCCATGGGTCAGCAGCGACTGCCGCTCGGTCAGCATGAAGCGATCACCCGACGGCGCCGGGGTGATGCCGTTGAGCTCACCGGTTTGCGTCGGCcgc > 1:977499/1‑150 (MQ=255) aTGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCCGCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTCAGCAGCGACTGCCGCTCGGTCAGCATGAAGCGATCACCCGACGGCGCCGGGGTGATGCCGTTGAGCTCACCGGTTTGCGTCGGCCGCGcc > 2:1556365/1‑150 (MQ=255) gCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCCGCTGCTGTCGTGGCTTTCAATGCCATGGGTCAGCAGCGACTGCCGCTCGGTCAGCATGAAGCGATCACCCGACGGCGCCGGGGTGATGCCGTTGAGCTCACCGGTTTGCGTCGGCCGCGCCgg < 1:18798/150‑1 (MQ=255) cgcgCTCGATGCGCTGCACGCCGCCGCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTCAGCAGCGACTGCCGCTCGGTCAGCATGAAGCGATCACCCGACGGCGCCGGGGTGATGCCGTTGAGCTCACCGGTTTGCGTCGGCCGCGCCGGGt > 1:1010781/1‑150 (MQ=255) cgcgCTCGATGCGCTGCACGCCGCCGCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGACAGCAGCGACTGCCGCTCGGTCAGCATGAAGCGATCACCCGACGGCGCCGGGGTGATGCCGTTGAGCTCACCGGTTTGCGTCGGCCGCGCCGGGt < 1:1008328/150‑1 (MQ=255) gATGCGCTGCACGCCGCCGCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTCAGCAGCGACTGCCGCTCGGTCAGCATGAAGCGATCACCCGACGGCGCCGGGGTGATGCCGTTGAGCTCACCGGttt > 2:1746896/1‑125 (MQ=255) gATGCGCTGCACGCCGCCGCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTCAGCAGCGACTGCCGCTCGGTCAGCATGAAGCGATCACCCGACGGCGCCGGGGTGATGCCGTTGAGCTCACCGGttt < 1:1746896/125‑1 (MQ=255) gATGCGCTGCACGCCGCCGCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTCAGCAGCGACTGCCGCTCGGTCAGCATGAAGCGATCACCCGACGGCGCCGGGGTGATGCCGTTGAGCTCACCGGTTTGCGTCGGCCGCGCCGGGTCAGCCga < 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GAAATTGATGATGTAGGCCGACTGATGCAGCGTCTCGCTGTCCAGGAATGAATTGTCGGGCTGACCCAGAGCGTTCTGCCGGTATGTGGTGATGCCGCGCTCGATGCGCTGCACGCCGCCGCTGCTGTAGCCCGTGGCAATGCCATGGGTCAGCAGCGACTGCCGCTCGGTCAGCATGAAGCGATCACCCGACGGCGCCGGGGTGATGCCGTTGAGCTCACCGGTTTGCGTCGGCCGCGCCGGGTCAGCCGAGATGAACACCGCAGTGCGGGAGGCATAGCCAGCCGCTTGACGCCACA > NC_002947/4393831‑4394129 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |