| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_002947 | 4933273 = | 86 (1.150) | 7 (0.100) | 5/246 | NT | 7.9% | coding (1221/1308 nt) | flhF | flagellar biosynthesis protein FlhF |
| ? | NC_002947 | 4933312 = | 79 (1.090) | coding (1182/1308 nt) | flhF | flagellar biosynthesis protein FlhF | |||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
GGCCACACGTAGGGCAATTCTGCGTGCCCCTTGGCATAGCGACTTTGCACACGCTTCATGGTCAACCCGCTCGCCGTGGGTTGTG‑ATAGAGATCAGCGAACATGTCGGCCATGGCCTCTTCGCTGGGCTCGTCCTGCTGCTGCACATTCACCGCCCGCGTGACCAACTGGTGGCCCCGCGGCAGGTGCAGGTCGTCAGGAATGCGTGGGCCATCGGTAAGATAGGCCACTGGCAGTTCATGACTGATGGCAAGGCTCAACACATCGCCAAGGCTTGCCGTTTCATCGAGTTTG > NC_002947/4933125‑4933417 | accacagctacaagcgctgtggcctggccggctgcatcctgaccaaactcgatgaaacggcaagccttggcgatgtgttgagccttgccatcagtcatgaactgccagtggcctatcttaccgatggcccacgcattcctgacgacctgc > 1:1516604‑M1/150‑150 (MQ=255) gCCACACGTAGGGCAATTCTGCGTGCCCCTTGGCATAGCGACTTTGCACACGCTTCATGGTCAACCCGCTCGCCGTGGGTTGTG‑ATAGAGATCAGCGAACATGTCGGCCATGGCCTCTTCGCTGGGCTCGTCCTGCTGCTGCACATTCAc > 1:1687899/1‑150 (MQ=255) cacaCGTAGGGCAATTCTGCGTGCCCCTTGGCATAGCGACTTTGCACACGCTTCATGGTCAACCCGCTCGCCGTGGGTTGTG‑ATAGAGATCAGCGAACATGTCGGCCATGGCCTCTTCGCTGGGCTCGTCCTGCTGCTGCACATTCAccg < 1:218717/150‑1 (MQ=255) acagctacaagcgctgtggcctggccggctgcatcctgaccaaactcgatgaaacggcaagccttggcgatgtgttgagccttgccatcagtcatgaactgccagtggcctatcttaccgatggcccacgcattcctgacgacctgCAcc < 2:1687899‑M1/4‑1 (MQ=255) acGTAGGGCAATTCTGCGTGCCCCTTGGCATAGCGACTTTGCACACGCTTCATGGTCAACCCGCTCGCCGTGGGTTGTG‑ATAGAGATCAGCGAACATGTCGGCCATGGCCTCTTCGCTGGGCTCGTCCTGCTGCTGCACATTCAccgccc > 2:459864/1‑150 (MQ=255) gTAGGGCAATTCTGCGTGCCCCTTGGCATAGCGACTTTGCACACGCTTCATGGTCCACCCGCTCGCCGTGGG‑TGTGTATAGAGATCAGCGAACATGTCGGCCATGGCCTCTTCGCTGGGCTCGTCCTGCTGCTGCACATTCAccgcccgc > 1:1671458/1‑150 (MQ=255) gTAGGGCAATTCTGCGTGCCCCTTGGCATAGCGACTTTGCACACGCTTCATGGTCAACCCGCTCGCCGTGGGTTGTG‑ATAGAGATCAGCGAACATGTCGGCCATGGCCTCTTCGCTGGGCTCGTCCTGCTGCTGCACATTCAccgcccgc < 2:1709975/150‑1 (MQ=255) gTAGGGCAATTCTGCGTGCCCCTTGGCATAGCGACTTTGCACACGCTTCATGGTCAACCCGCTCGCCGTGGCGGTTG‑ATAGAGATAAGAGAAAATGCCGAGCAGCACCTCTGCGCTGGGCTCGTCCTGCTGCTGCACATTCAccgcccgc > 1:1869346/1‑150 (MQ=255) ggCAATTCTGCGTGCCCCTTGGCATAGCGACTTTGCACACGCTTCATGGTCAACCCGCTCGCCGTGGGTTGTG‑ATAGAGATCAGCGAACATGTCGGCCATGGCCTCTTCGCTGGGCTCGTCCTGCTGCTGCACATTCACCGCCCGCGtct < 1:367155/150‑3 (MQ=255) gCAATTCTGCGTGCCCCTTGGCATAGCGACTTTGCACACGCTTCATGGTCAACCCGCTCGCCGTGGGTTGTG‑GTAGAGATCAGCGAACATGTCGGCCATGGCCTCTTCGCTGGGCTCGTCCTGCTGCTGCACATTCACCGCCCGCGTGAc > 1:1570469/1‑150 (MQ=255) gCAATTCTGCGTGCCCCTTGGCATAGCGACTTTGCACACGCTTCATGGTCAACCCGCTCGCCGTGGGTTGTG‑ATAGAGATCAGCGAACATGTCGGCCATGGCCTCTTCGCTGGGCTCGTCCTGCTGCTGCACATTCACCGCCCGCGTGAc > 1:734279/1‑150 (MQ=255) ttCTGCGTGCCCCTTGGCATAGCGACTTTGCACACGCTTCATGGTCAACCCGCTCGCCGTGGGTTGTG‑ATAGAGATCAGCGAACATGTCGGCCATGGCCTCTTCGCTGGGCTCGTCCTGCTGCTGCACATTCACCGCCCGCGTGACCAAc > 1:1113821/1‑150 (MQ=255) tCTGCGTGCCCCTTGGCATAGCGACTTTGCACACGCTTCATGGTCAACCCGCTCGCCGTGGGTTGTG‑ATAGAGATCAGCGAACATGTCGGCCATGGCCTCTCCGCTGGGCTCGTCCTGCTGCTGCACATTCACCGCCCGCGTGACCAACt < 2:1108122/150‑1 (MQ=255) cGTGCCCCTTGGCATAGCGACTTTGCACACGCTTCATGGTCAACCCGCTCGCCGTGGGTTGTG‑ATAGAGATCAGCGAACATGTCGGCCATGGCCTCTTCGCTGGGCTCGTCCTGCTGCTGCACATTCACCGCCCGCGTGACCAACtggtg < 2:564945/150‑1 (MQ=255) gTGCCCCTTGGCATAGCGCCTTTGCACACGCTTAATGGTCAACCCGCTCGCCGTGGGTTGTG‑ATAGAGATCAGCGAACATGTCGGCCATGGCCTCTTCGCTGGGCTCGTCCTGCTGCTGCACATTCAcc < 1:887738/129‑1 (MQ=255) gTGCCCCTTGGCATAGCGACTTTGCACACGCTTAATGGTCAACCCGCTCGCCGTGGGTTGTG‑ATAGAGATCAGCGAACATGTCGGCCATGGCCTCTTCGCTGGGCTCGTCCTGCTGCTGCACATTCAcc > 2:887738/1‑129 (MQ=255) cTTGGCATAGCGACTTTGCACACGCTTCATGGTCAACCCGCTCGCCGTGGGTTGTG‑ATAGAGATCAGCGAACATGTCGGCCATGGCCTCTTCGCTGGGCTCGTCCTGCTGCTGCACATTCACCGCCCGCGTGACCAACTGGTGGCCCcgc > 2:1602830/1‑150 (MQ=255) cTTGGCATAGCGACTTTGCACACGCTTCATGGTCAACCCGCTCGCCGTGGGTTGTG‑ATAGAGATCAGCGAACATGTCGGCCATGGCCTCTTCGCTGGGCTCGTCCTGCTGCTGCACATTCACCGCCCGCGTGACCAACTGGTGGCCCcgc < 1:690536/150‑1 (MQ=255) atcctgaccaaactcgatgaaacggcaagccttggcgatgtgttgagccttgccatcagtcatgaactgccagtggcctatcttaccgatggcccacgcattcctgacgacctgCACCGCCCGCGTGACCAACTGGTGGCCCCGCGgcag > 2:1059025‑M1/115‑150 (MQ=255) aTAGCGACTTTGCACACGCTTCATGGTCAACCCGCTCGCCGTGGGTTGTG‑ATAGAGATCAGCGAACATGTCGGCCATGGCCTCTTCGCTGGGCTCGTCCTGCTGCTGCACATTCACCGCCCGCGTGACCAACTGGTGGCCCCGCGgcagg > 2:1074961/1‑150 (MQ=255) tAGCGACTTTGCACACGCTTCATGGTCAACCCGCTCGCCGTGGGTTGTG‑ATAGAGATCAGCGAACATGTCGGCCATGGCCTCTTCGCTGGGCTCGTCCTGCTGCTGCACATTCACCGCCCGCGTGACCAACTGGTGGCCCCGCGgcaggt < 2:1113821/150‑1 (MQ=255) tAGCGACTTTGCACACGCTTCATGGTCAACCCGCTCGCCGTGGGTTGTG‑ATAGAGATCAGCGAACATGTCGGCCATGGCCTCTTCGCTGGGCTCGTCCTGCTGCTGCACATTCACCGCCCGCGTGACCAACTGGTGGCCCCGCGgcaggt > 2:1700515/1‑150 (MQ=255) gACTTTGCACACGCTTCATGGTCAACCCGCTCGCCGTGGGTTGTG‑ATAGAGATCAGCGAACATGTCGGCCATGGCCTCTTCGCTGGGCTCGTCCTGCTGCTGCACATTCACCGCCCGCGTGACCAACTGGTGGCCCCGCGgcaggtgcag < 2:695531/150‑1 (MQ=255) accaaactcgatgaaacggcaagccttggcgatgtgttgagccttgccatcagtcatgaactgccagtgttttcatgtgcggatggcccacgcattcctgacgacctgCACCGCCCGCGTGACCAACTGGTGGCCCCGCGgcaggtgcag > 2:543459‑M1/109‑150 (MQ=255) 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acacGCTTCATGGTCAACCCGCTCGAAGTCGTTTGTG‑ATAGAGATCAGCGAACATGTCGGCCATGGCCTCTTCGCTGGGCTCGTCCTGCTGCTGCACATTCACCGCCCGCGTGACCAACTGGTGGCCCCGCGGCAGGTGCAGGTCGTCAg > 1:50262/1‑150 (MQ=255) acGCTTCATGGTCAACCCGCTCGCCGTGGGTTGTG‑ATAGAGATCAGCGAACATGTCGGCCATGGCCTCTTCGCTGGGCTCGTCCTGCTGCTGCACATTCAc > 2:1079785/1‑101 (MQ=255) acGCTTCATGGTCAACCCGCTCGCCGTGGGTTGTG‑ATAGAGATCAGCGAACATGTCGGCCATGGCCTCTTCGCTGGGCTCGTCCTGCTGCTGCACATTCAc < 1:1079785/101‑1 (MQ=255) acGCTTCATGGACAACCAGATCGCCGTGGGTTGTG‑ATAGAGATCAGCGAACATGTCGGCCATGGCCTCTTCGCTGGGCTCGTCCTGCTGCTGCACATTCACCGCCCGCGTGACCAACTGGTGGCCCCGCGGCAGGTGCAGGTCGTCAGGa < 2:902266/150‑1 (MQ=255) cGCTTCATGGTCAACCCGCTCGCCGTGGGTTGTG‑ATAGAGATCAGCGAACATGTCGGCCATGGCCTCTTCGCTGGGCTCGTCCTGCTGCTGCACATTCACCGCCCGCGTGACCAACTGGTGGCCCCGCGGCAGGTGCAGGTCGTCAGGaa > 2:1025828/1‑150 (MQ=255) tCATGGTCAACCCGCTCGCCGTGGGTTGTG‑ATAGAGATCAGCGAACATGTCGGCCATGGCCTCTTCGCTGGGCTCGTCCTGCTGCTGCACATTCACCGCCCGCGTGACCAACTGGTGGCCCCGCGGCAGGTGCAGGTCGTCAGGAATGCg > 2:822577/1‑150 (MQ=255) 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cGCTGGGCTCGTCCTGCTGCTGCACATTCACCGCCCGCGTGACCAACTGGTGGCCCCGCGGCAGGTGCAGGTCGTCAGGAATGCGTGGGCCATCGGTAAGATAGGCCACTGGCAGTTCATGACTGATGGCAAGGCTCAACACATCGCCaa < 2:1576324/150‑1 (MQ=255) gCTGGGCTCGTCCTGCTGCTGCACATTCACCGCCCGCGTGACCAACTGGTGGCCCCGCGGCAGGTGCAGGTCGTCAGGAATGCGTGGGCCATCGGTAAGATAGGCCACTGGCAGTTCATGACTGATGGCAAGGCTCAACACATCGCCAAg > 2:926831/1‑150 (MQ=255) cTGGGCTCGTCCTGCTGCTGCACATTCACCGCCCGCGTGACCAACTGGTGGCCCCGCGGCAGGTGCAGGTCGTCAGGAATGCGTGGGCCAGCGATAAGAGAGGCCACTGGCAGTTCATGACTGATGGCAAGGCTCAACACATCGCCAAgg < 2:927247/150‑1 (MQ=255) tGGGCTCGTCCTGCTGCTGCACATTCACCGCCCGCGTGACCAACTGGTGGCCCCGCGGCAGGTGCAGGTCGTCAGGAATGCGTGGGCCATCGGTAAGATAGGCCACTGGCAGTTCATGACTGATGGCAAGGCTCAACACATCGCCAAGGc > 1:978969/1‑150 (MQ=255) gCTCGTCCTGCTGCTGCACATTCACCGCCCGCGTGACCAACTGGTGGCCCCGCGGCAGGTGCAGGTCGTCAGGAATGCGTGGGCCATCGGTAAGATAGGCCACTGGCAGTTCATGACTGATGGCAAGGCTCAACACATCGCCAAGGCTTg > 2:445959/1‑150 (MQ=255) cTCGTCCTGCTGCTGCACATTCACCGCCCGCGTGACCAACTGGTGGCCCCGCGGCAGGTGCAGGTCGTCAGGAATGCGTGGGCCATCGGTAAGATAGGCCACTGGCAGTTCATGACTGATGGCAAGGCTCAACACATCGCCAAGGCTTGc > 2:468565/1‑150 (MQ=255) tCGTCCTGCTGCTGCACATTCACCGCCCGCGTGACCAACTGGTGGCCCCGCGGCAGGTGCAGGTCGTCAGGAATGCGTGGGCCATCGGTAAGATAGGCCACTGGCAGTTCATGACTGATGGCAAGGCTCAACACATCGCCAAGGCTTGcc < 1:1602830/150‑1 (MQ=255) gTCCTGCGGCTGCACATTCACCGCCCGCGTGACCAACTGGTGGCCCCGCGGCAGGTGCAGGTCGTCAGGAATGCGTGGGCCATCGGTAAGATAGGCCACTGGCAGTTCATGACTGATGGCAAGGCTCAACACATCGCCAAGGCTTGCCGt > 2:600090/1‑150 (MQ=255) tCCTGCTGCTGCACATTCACCGCCCGCGTGACCATCTCACGGCCCCGCGGCAGGTGCAGGTCGTCAGGAATGCGTGGGCCATCGGTAAGATAGGCCACTGGCAGTTCATGACTGATGGCAAGGCTCAACACATCGCCAAGGCTTGCCGtt < 1:1534617/150‑1 (MQ=255) tCCTGCTGCTGCACATTCACCGCCCGCGTGACCAACTGGTGGCCCCGCGGCAGGTGCAGGTCGTCAGGAATGCGTGGGCCATCGGTAAGATAGGCCACTGGCAGTTCATGACTGATGGCAAGGCTCAACACATCGCCAAGGCTTGCCGtt > 2:936361/1‑150 (MQ=255) tCCTGCTGCTGCACATTCACCGCCCGCGTGACCAACTGGTGGCCCCGCGGCAGGTGCAGGTCGTCAGGAATGCGTGGGCCATCGGTAAGATAGGCCACTGGCAGTTCATGACTGATGGCAAGGCTCAACACATCGCCAAGGCTTGCCGtt > 2:1138451/1‑150 (MQ=255) tCCTGCTGCTGCACATTCACCGCCCGCGTGACCAACTGGTGGCCCCGCGGCAGGTGCAGGTCGTCAGGAATGCGTGGGCCATCGGTAAGATAGGCCACTGGCAGTTCATGACTGATGGCAAGGCTCAACACATCGCCAAGGCTTGCCGtt > 1:446430/1‑150 (MQ=255) gctgctgcACATTCACCGCCCGCGTGACCAACTGGTGGCCCCGCGGCAGGTGCAGGTCGTCAGGAATGCGTGGGCCATCGGTAAGATAGGCCACTGGCAGTTCATGACTGATgg < 2:788963/114‑1 (MQ=255) gctgctgcACATTCACCGCCCGCGTGACCAACTGGTGGCCCCGCGGCAGGTGCAGGTCGTCAGGAATGCGTGGGCCATCGGTAAGATAGGCCACTGGCAGTTCATGACTGATgg > 1:788963/1‑114 (MQ=255) gctgctgcACATTCACCGCCCGCGTGACCAACTGGTGGCCCCGCGGCAGGTGCAGGTCGTCAGGAATGCGTGGGCCATCGGTAAGATAGGCCACTGGCAGTTCATGACTGATGGCAAGGCTCAACACATCGCCAAGGCTTGCCGTTTCAt < 1:334346/150‑1 (MQ=255) ctgctgcACATTCACCGCCCGCGTGACCAACTGGTGGCCCCGCGGCAGGTGCAGGTCGTCAGGAATGCGTGGGCCATCGGTAAGATAGGCCAGTGGGCGATCATGACTGATGGCAAGGCTCAACACATCGCCAAGGCTTGCCGTTTCATc > 2:528826/1‑150 (MQ=255) ctgcACATTCACCGCCCGCGTGACCAACTGGTGGCCCCGCGGCAGGTGCAGGTCGTCAGGAATGCGTGGGCCATCGGTAAGATAGGCCACTGGCAGTTCATGACTGATGGCAAGGCTCAACACATCGCCAAGGCTTGCCGTTTCATCGAg < 2:689631/150‑1 (MQ=255) tgcACATTCACCGCCCGCGTGACCAACTGGTGGCCCCGCGGCAGGTGCAGgtcgtc > 1:168459/1‑56 (MQ=255) tgcACATTCACCGCCCGCGTGACCAACTGGTGGCCCCGCGGCAGGTGCAGgtcgtc < 2:168459/56‑1 (MQ=255) | GGCCACACGTAGGGCAATTCTGCGTGCCCCTTGGCATAGCGACTTTGCACACGCTTCATGGTCAACCCGCTCGCCGTGGGTTGTG‑ATAGAGATCAGCGAACATGTCGGCCATGGCCTCTTCGCTGGGCTCGTCCTGCTGCTGCACATTCACCGCCCGCGTGACCAACTGGTGGCCCCGCGGCAGGTGCAGGTCGTCAGGAATGCGTGGGCCATCGGTAAGATAGGCCACTGGCAGTTCATGACTGATGGCAAGGCTCAACACATCGCCAAGGCTTGCCGTTTCATCGAGTTTG > NC_002947/4933125‑4933417 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |