| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 4951546 = | 78 (1.050) | 6 (0.090) | 5/238 | NT | 7.9% | coding (772/1266 nt) | fliK | flagellar hook‑length control protein FliK |
| ? | NC_002947 | 4951572 = | 66 (0.940) | coding (746/1266 nt) | fliK | flagellar hook‑length control protein FliK | |||||
AGTTGGATATCAGCCGACTTGAGGTTCTGGCTGGACAGGTACATGACCCGGTTGACCAGGCCCTCGGCCCAAGCGTTCTGGTTCATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTCGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTGGTGTCTTTCAGGCCGTCTTCAAGCAAGGCACCAAAGGCCTTGCCACCGGATTCAGCGCTTTCGCCATCGGTATCCTCGACC > NC_002947/4951398‑4951694 | aGTTGGATATCAGCCGACTTGAGGTTCTGGCTGGACAGGTACATGACCCGGTTGACCAGGCCCTCGGCCCAAGCGTTCTGGTTCATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTCGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTtggccgtggcc > 2:1138415/1‑150 (MQ=255) ggccgtcaataccttggcgaatctggtcgaggataccgatggcgaaagcgctgaatccggtggcaaggcctttggtgccttgcttgaagacggcctgaaagacaccaagagcgccagcagcgacacccgcatcgatgattttgccaaCCg < 1:1691046‑M1/3‑1 (MQ=255) gccgtcaataccttggcgaatctggtcgaggataccgatggcgaaagcgctgaatccggtggcaaggcctttggtgccttgcttgaagacggcctgaaagacaccaagagcgccagcagcgacacccgcatcgatgattttgccaaCCGc > 1:1163746‑M1/147‑150 (MQ=255) cgtcaataccttggcgaatctggtcgaggataccgatggcgaaagcgctgaatccggtggcaaggcctttggtgccttgcttgaagacggcctgaaagacaccaagagcgccagcagcgacacccgcatcgatgattttgccaaCCGCCt < 1:759246‑M1/6‑1 (MQ=255) atatCAGCCGACTTGAGGTTCTGGCTGGACAGGTACATGACCCGGTTGACCAGGCCCTCGGCCCAAGCGTTCTGGTTCATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTCGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTgg < 1:1544315/150‑1 (MQ=255) atCAGCCGACTTGAGGTTCTGGCTGGACAGGTACATGACCCGGTTGACCAGGCCCTCGGCCCAAGCGTTCTGGTTCATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTCGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGt > 1:273364/1‑150 (MQ=255) ccGACTTGAGGTTCTGGCTGGACAGGTACATGACCCGGTTGACCAGGCCCTCGGCCCAAGCGTTCTGGTTCATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTCGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGc > 2:429023/1‑150 (MQ=255) aCTTGAGGTTCTGGCTGGACAGGTACATGACCCGGTTGACCAGGCCCTCGGCCCAAGCGTTCTGGTTCATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTCGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTgg < 2:1395681/150‑1 (MQ=255) cTTGAGGTTCTGGCTGGACATGTACATGACCCGGTTGACCAGGCCCTCGGCCCAAGCGTTCTGGTTCATCGGCGATGGCTGCTGCAGCGGGTTCGCTGTGGACGGTGCGGCGTTGGCTGTCTTTGCTTTCGCCGCCGTGGTCAGGCTGGc < 2:1454444/150‑1 (MQ=255) cTTGAGGTTCTGGCTGGACAGGCACAGGACCCGGTTGCCCAGGCCCTCGGCCCAAGCGTTCTGGTTCATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTCGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGc < 2:723394/150‑1 (MQ=255) ttGAGGTTCTGGCTGGACAGGTACATGACCCGGTTGACCAGGCCCTCGGCCCAAGCGTTCTGGTTCATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTCGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGcc > 1:160506/1‑150 (MQ=255) aGGTTCTGGCTGGACAGGTACATGACCCGGTTGACCAGGCCCTCGGCCCAAGCGTTCTGGTTCATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTCGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑Agg < 1:871340/150‑1 (MQ=255) aGGTTCTGGCTGGACAGGTACATGACCCGGTTGACCAGGCCCTCGGCCCAAGCGTTCTGGTTCATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTCGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑Agg < 1:429023/150‑1 (MQ=255) gTTCTGGCTGGCCAGGTACATGACCCGGTTGACCAGGCCCTCGGNCCAANCGTTCTGGTTAATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTTGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGGCGCCTGGGGCGGGCTGGcaaaggg > 1:192639/1‑144 (MQ=255) gTTCTGGCTGGACAGGTACATGACCCGGTTGACCAGGCCCTCGGCCCAAGCGTTCTGGTTCATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTCGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCg > 2:482873/1‑150 (MQ=255) ttCTGGCTGGACAGGTACATGACCCGGTTGACCAGGCCCTCGGCCCAAGCGTTCTGGTTCATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTCGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCgg > 2:1155791/1‑150 (MQ=255) tCTGGCTGGACAGGTACATGACCCGGTTGACCAGGCCCTCGGCCCAAGCGTTCTGGTTCATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTCGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGt > 2:1346529/1‑150 (MQ=255) ctggctggACAGGTACATGACCCGGTTGACCAGGCCCTCGGCCCAAGCGTTCTGGTTCATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTCGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGtt < 1:1155791/150‑1 (MQ=255) 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gCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGATGc > 2:664738/1‑82 (MQ=255) tGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTGGTGTCTTTCAGGCCGTCTTCAAGCAAGGCACCAAAGGCCTTGCCACCgg < 2:1264569/150‑1 (MQ=255) tGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTGGTGTCTTTCAGGCCGTCTTCAAGCAAGGCACCAAAGGCCTTGCCACCgg > 2:693410/1‑150 (MQ=255) ccGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTGGTGTCTTTCAGGCCGTCTTCAAGCAAGGCACCAAAGGCCTTGCCACCGGAtt < 1:1360528/150‑1 (MQ=255) ggTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTGGTGTCTTTCAGGCCGTCTTCAAGCAAGGCACCAAAGGCCTTGCCACCGGATTCa < 2:682024/150‑1 (MQ=255) gTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTGGTGTCTTTCAGGCCGTCTTCAAGCAAGGCACCAAAGGCCTTGCCACCGGATTCAg > 1:917585/1‑150 (MQ=255) 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ttGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTGGGGTCTGTCAGGCCGTCTTCAAGCAAGGCACCAAAGGCCTGGCCACCGGATTCAGCGCTTTCg > 2:1842170/1‑150 (MQ=255) cGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTGGTGTCTTTCAGGCCGTCTTCAAGCAAGGCACCAAAGGCCTTGCCACCGGATTCAGCGCTTTCGCCAt < 2:394782/150‑1 (MQ=255) ggTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTGGTGTCTTTCAGGCCGTCTTCAAGCAAGGCACCAAAGGCCTTGCCACCGGATTCAGCGCTTTCGCCATc < 1:1373431/150‑1 (MQ=255) gTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTTGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTGGTGTCTTTCAGGCCGTCTTCAAGCAAGGCACCAAAGGCCTTGCCACCGGATTCAGCGCTTTCGCCATCg < 1:482873/150‑1 (MQ=255) atgattttgccaaCCGCCTGGC‑CAGCCTGACCCAGGCGGTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTGGTGTCTTTCAGGCCGTCTTCAAGCAAGGCACCAAAGGCCTTGCCACCGGATTCAGCGCTTTCGCCATCg < 1:1301658‑M1/137‑1 (MQ=255) ttGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCGCTTGGTGTCTTTCAGGCCGTCTTCAAGCAAGGCACCAAAGGCCTTGCCACCGGATTCAGCGCTTTCGCCCTCGGTa > 1:570064/1‑150 (MQ=255) cgtggccgCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTGGTGTCTTTCAGGCCGTCTTGATGCAAGGCACCAAAGGCCTTGCCACCGGATTCAGCGCTTTCGCCATCGGTATCCTc < 2:1606183/150‑1 (MQ=255) gtggccgCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTGGTGTCTTTCAGGCCGTCTTCAAGCAAGGCACCAAAGGCCTTGCCACCGGATTCAGCGCTTTCGCCATCGGTATCCTCg > 1:1831506/1‑150 (MQ=255) tggccgCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTGGTGTCTTTCAGGCCGTCTTCAAGCAAGGCACCAAAGGCCTTGCCACCGGATTCAGCGCTTTCGCCATCGGTATCCTCGa < 1:693410/150‑1 (MQ=255) gccgccTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGgcgc < 1:784875/64‑1 (MQ=255) gccgccTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGgcgc > 2:784875/1‑64 (MQ=255) gccgccTGGGGCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTGGTGTCTTTCAGGCCGTCTTCAAGCAAGGCACCAAAGGCCTTGCCACCGGATTCAGCGCTTTCGCCATCGGTATCCTCGAcc < 1:1709511/150‑1 (MQ=255) | AGTTGGATATCAGCCGACTTGAGGTTCTGGCTGGACAGGTACATGACCCGGTTGACCAGGCCCTCGGCCCAAGCGTTCTGGTTCATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTCGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTGGTGTCTTTCAGGCCGTCTTCAAGCAAGGCACCAAAGGCCTTGCCACCGGATTCAGCGCTTTCGCCATCGGTATCCTCGACC > NC_002947/4951398‑4951694 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |