| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 4951546 = | 78 (1.050) | 6 (0.090) | 5/238 | NT | 7.9% | coding (772/1266 nt) | fliK | flagellar hook‑length control protein FliK |
| ? | NC_002947 | 4951572 = | 66 (0.940) | coding (746/1266 nt) | fliK | flagellar hook‑length control protein FliK | |||||
TCTGGCTGGACAGGTACATGACCCGGTTGACCAGGCCCTCGGCCCAAGCGTTCTGGTTCATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTCGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTGGTGTCTTTCAGGCCGTCTTCAAGCAAGGCACCAAAGGCCTTGCCACCGGATTCAGCGCTTTCGCCATCGGTATCCTCGACCAGATTCGCCAAGGTATTGACGGCC > NC_002947/4951423‑4951718 | tCTGGCTGGACAGGTACATGACCCGGTTGACCAGGCCCTCGGCCCAAGCGTTCTGGTTCATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTCGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGt > 2:1346529/1‑150 (MQ=255) ctggctggACAGGTACATGACCCGGTTGACCAGGCCCTCGGCCCAAGCGTTCTGGTTCATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTCGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGtt < 1:1155791/150‑1 (MQ=255) tggctggACAGGTACATGACCCGGTTGACCAGGCCCTCGGCCCAAGCGTTCTGGTTCATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTCGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTg < 1:1138415/150‑1 (MQ=255) tggctggACAGGTACATGACCCGGTTGACCAGGCCCTCGGCCCAAGCGTTCTGGTTCATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTCGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTg < 1:483560/150‑1 (MQ=255) tggctggACAGGTACATGACCCGGTTGACCAGGCCCTCGCCCCAAGCGTTCTGGTTCATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTCGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTg < 1:1535887/150‑1 (MQ=255) tcgaggataccgatggcgaaagcgctgaatccggtggcaaggcctttggtgccttgcttgaagacggcctgaaagacaccaagagcgccagcagcgacacccgcatcgatgattttgccaaCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTg > 2:360849‑M1/122‑150 (MQ=255) ggctggACAGGTACATGACCCGGTTGACCAGGCCCTCGGCCCAAGCGTTCTGGTTCATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTCGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTgg > 2:759246/1‑150 (MQ=255) gctggACAGGTACATGACCCGGTTGACCAGGCCCTCGGCCCAAGCGTTCTGGTTCATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTCGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGc > 2:1601635/1‑150 (MQ=255) gctggACAGGTACATGACCCGGTTGACCAGGCCCTCGGCCCAAGCGTTCTGGTTCATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTCGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTCGACAGTGGCTTGCTGGGTTAATCTGTGC‑AGGGGGTTggg > 2:1360528/1‑149 (MQ=255) ggACAGGTACATGACCCGGTTGACCAGGCCCTCGGCCCAAGCGTTCTGGTTCATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTCGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCaaa < 1:1559286/150‑1 (MQ=255) gACAGGTACATGACCCGGTTGACCAGGCCCTCGGCCCAAGCGTTCTGGTTCATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTCGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCaaaa > 2:1523645/1‑150 (MQ=255) aCAGGTCCATGACCCGGTTGACCAGGCCCTCGGCCCAAGCGTTCTGGTTCATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTCGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAat > 2:556943/1‑150 (MQ=255) aCAGGTACATGACCCGGTTGACCAGGCCCTCGGCCCAAGCGTTCTGGTTCATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTCGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAat > 2:1405467/1‑150 (MQ=255) aCAGGTACATGACCCGGTTGACCAGGCCCTCGGCCCAAGCGTTCGGGTGCATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTCGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAat > 2:1709511/1‑150 (MQ=255) gTACATGACCCGGTTGACCAGGCCCTCGGCCCAAGCGTTCTGGTTCATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTCGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAatcatc > 1:394782/1‑150 (MQ=255) gTACATGACCCGGTTGACCAGGCCCTCGGCCCAAGCGTTCTGGTTCATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTCGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAatcatc > 2:1373431/1‑150 (MQ=255) cgatggcgaaagcgctgaatccggtggcaaggcctttggtgccttgcttgaagacggcctgaaagacaccaagagcgccagcagcgacacccgcatcgatgattttgccaaccgcctgggtcaggctggccaggcggTTGGCAAAatcat < 1:1301658‑M2/13‑1 (MQ=255) aCATGACCCGGTTGACCAGGCCCTCGGCCCAAGCGTTCTGGTTCATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTCGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGa > 1:682024/1‑150 (MQ=255) aTGACCCGGTTGACCAGGCCCTCGGCCCAAGCGTTCTGGTTCATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTCGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGAt > 1:204904/1‑149 (MQ=255) aTGACCCGGTTGACCAGGCCCTCGGCCCAAGCGTTCTGGTTCATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTCGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGAt < 2:204904/149‑1 (MQ=255) aTGACCCGGTTGACCAGGCCCTCGGCCCAAGCGTTCTGGTTCATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTCGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGATg > 1:1606183/1‑150 (MQ=255) aCCCGGTTGACCAGGCCCTCGGCCCAAGCGTTCTGGTTCATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTCGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGATGCgg < 2:1905750/150‑1 (MQ=255) aCCCGGTTGACCAGGCCCTCGGCCCAAGCGTTCTGGTTCATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTCGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGATGCgg < 1:400346/150‑1 (MQ=255) 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cGGCCCAAGCGTTCTGGTTCATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTCGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGctct < 1:412404/150‑1 (MQ=255) cccAAGCGTTCTGGTTCATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTCGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTgg > 1:307109/1‑150 (MQ=255) ccAAGCGTTCTGGTTCATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTCGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCA‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTGgt < 2:1054923/150‑1 (MQ=255) cAAGCGTTCTGGTTCATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTCGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTGgtg < 1:214197/150‑1 (MQ=255) cTGGTTCATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTCGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTGGTGTCTTTCAg < 2:1148127/150‑1 (MQ=255) 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ttGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCGCTTGGTGTCTTTCAGGCCGTCTTCAAGCAAGGCACCAAAGGCCTTGCCACCGGATTCAGCGCTTTCGCCCTCGGTa > 1:570064/1‑150 (MQ=255) cgtggccgCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTGGTGTCTTTCAGGCCGTCTTGATGCAAGGCACCAAAGGCCTTGCCACCGGATTCAGCGCTTTCGCCATCGGTATCCTc < 2:1606183/150‑1 (MQ=255) gtggccgCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTGGTGTCTTTCAGGCCGTCTTCAAGCAAGGCACCAAAGGCCTTGCCACCGGATTCAGCGCTTTCGCCATCGGTATCCTCg > 1:1831506/1‑150 (MQ=255) tggccgCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTGGTGTCTTTCAGGCCGTCTTCAAGCAAGGCACCAAAGGCCTTGCCACCGGATTCAGCGCTTTCGCCATCGGTATCCTCGa < 1:693410/150‑1 (MQ=255) caaccgcctggccagcctgacccaggcggTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTGGTGTCTTTCAGGCCGTCTTCAAGCAAgg > 1:591593‑M2/30‑99 (MQ=255) caaccgcctggccagcctgacccaggcggTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTGGTGTCTTTCAGGCCGTCTTCAAGCAAgg < 2:591593‑M2/70‑1 (MQ=255) caaccgcctggccagcctgacccaggcggTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTGGTGTCTTTCAGGCCGTCTTCAAGCAAGGCACCAAAGGCCTTGCCACCGGATTCAGCGCTTTCGCCATCGGTATCCTCGa > 2:360849‑M2/30‑150 (MQ=255) gccgccTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGgcgc > 2:784875/1‑64 (MQ=255) gccgccTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGgcgc < 1:784875/64‑1 (MQ=255) gccgccTGGGGCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTGGTGTCTTTCAGGCCGTCTTCAAGCAAGGCACCAAAGGCCTTGCCACCGGATTCAGCGCTTTCGCCATCGGTATCCTCGAcc < 1:1709511/150‑1 (MQ=255) CGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTGGTGTCTTTCAGGCCGTCtt < 1:1218738‑M1/86‑1 (MQ=255) CGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTGGTGTCTTTCAGGCCGTCtt > 2:1218738‑M1/1‑86 (MQ=255) cgcctggccagcctgacccaggcggTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTGGTGTCTTTCAGGCCGTCTTCAAGCAAGGCACCAAAGGCCTTGCCACCGGATTCa < 2:1795317‑M2/96‑1 (MQ=255) cgcctggccagcctgacccaggcggTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTGGTGTCTTTCAGGCCGTCTTCAAGCAAGGCACCAAAGGCCTTGCCACCGGATTCa > 1:1795317‑M2/26‑121 (MQ=255) GCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTGGTGTCTTTCAGGCCGTCTTCAAGCAAGGCACCAAAGGCCTTGCCACCGGATTCAGCGCTTTCGCCATCGGTATCCTCGACCAGa < 2:979245‑M1/150‑1 (MQ=255) TGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTGGTGTCTTTCAGGCCGTCTTCAAGCAAGGCACCAAAGGCCTTGCCACCGGATTCAGCGCTTTCGCCATCGGTATCCTCGACCAGATTc > 1:577928‑M1/1‑150 (MQ=255) TGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTGGTGTCTTTCAGGCCGTCTTCAAGCAAGGCACCAAAGGCCTTGCCACCGGATTCAGCGCTTTCGCCATCGGTATCCTCGACCAGATTc < 2:1640990‑M1/150‑1 (MQ=255) cAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTGGTGTCTTTCAGGCCGTCTTCAAGCAAGGCACCAAAGGCCTTGCCACCGGATTCAGCGCTTTCGCCATCGGTATCCTCGACCAGATTCGCCaa < 1:979245/150‑1 (MQ=255) aGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTGGTGTCTTTCAGGCCGTCTTCAAGCAAGGCACCAAAGGCCTTGCCACCGGATTCAGCGCTTTCGCCATCGGTATCCTCGACCAGATTCGCCAAg > 2:456827/1‑150 (MQ=255) tGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTGGTGTCTTTCAGGCCGTCTTCAAGCAAGGCACCAAAGGCCTTGCCACCGGATTCAGCGCTTTCGCCATCGGTATCCTCGACCAGATTCGCCAAGGTAt < 1:1024849/150‑1 (MQ=255) aggcggTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTGGTGTCTTTCAGGCCGTCTTCAAGCAAGGCACCAAAGGCCTTGCCACCGGATTCAGCGCTTTCGCCATCGGTATCCTCGACCAGATTCGCCAAGGTATTGACg < 1:759246‑M2/144‑1 (MQ=255) gcggTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTGGTGTCTTTCAGGCCGTCTTCAAGCAAGGCACCAAAGGCCTTGCCACCGGATTCAGCGCTTTCGCCATCGGTATCCTCGACCAGATTCGCCAAGGTATTGACGgc > 1:1163746‑M2/5‑150 (MQ=255) cggTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTGGTGTCTTTCAGGCCGTCTTCAAGCAAGGCACCAAAGGCCTTGCCACCGGATTCAGCGCTTTCGCCATCGGTATCCTCGACCAGATTCGCCAAGGTATTGACGgcc < 1:1691046‑M2/147‑1 (MQ=255) gTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTGGTGTCTTTCAGGCCGTCTTCAAGCAAGGCACCAAAGGCCTTGCCACCGGATTCAGCGCTTTc > 1:573125‑M2/2‑105 (MQ=255) gTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTGGTGTCTTTCAGGCCGTCTTCAAGCAAGGCACCAAAGGCCTTGCCACCGGATTCAGCGCTTTc < 2:573125‑M2/104‑1 (MQ=255) | TCTGGCTGGACAGGTACATGACCCGGTTGACCAGGCCCTCGGCCCAAGCGTTCTGGTTCATCGGCAATGGCTGATGCAGCGGGTTCGCAGTGGCCGGTACGGCGTTGGCGGTCTTGGCCGTGGCCGCCTGGGTCAGGCTGGCC‑AGGCGGTTGGCAAAATCATCGATGCGGGTGTCGCTGCTGGCGCTCTTGGTGTCTTTCAGGCCGTCTTCAAGCAAGGCACCAAAGGCCTTGCCACCGGATTCAGCGCTTTCGCCATCGGTATCCTCGACCAGATTCGCCAAGGTATTGACGGCC > NC_002947/4951423‑4951718 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |