| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NC_002947 | = 4978963 | 77 (1.030) | 4 (0.060) | 4/238 | NT | 5.4% | coding (504/786 nt) | flgG | flagellar basal‑body rod protein FlgG |
| ? | NC_002947 | = 4978986 | 68 (0.970) | coding (481/786 nt) | flgG | flagellar basal‑body rod protein FlgG | |||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
TCTGCTGCAAGGTGGTGCCAAAACCGTTCAGGCCTGGGGTGCCGACCTGAGGCGCGCCACTGGCGGCGGTCTCGAGGAACAGGTTGTCGCCGATCGCCTGCAGGCCGGCCGGGTTGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGATCACCTGTGCAGCCGGGTTGCCGGCGGTGGTGATCGACACGGTGCCGTCCTGGCCAACGGTGAAGGTCTGCGCGTCGTTAGGCACGACAATGGCAGGCTCCAGGGCGTAGCCGTTGTCAGTGACGATCTGGCCGTCGGAGTTCAGGTGGAAGGT > NC_002947/4978815‑4979112 | tCTGCTGCAAGGTGGTGCCAAAACCGTTCAGGCCTGGGGTGCCGACCTAAGGCGCGCCACTGGCGGCGGTCTCGAGGAACAGGTTGTCGCCGATCGCCTGCAGGCCGGCCGGGTTGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGATCACCt < 2:1148305/150‑1 (MQ=255) tgctgcAAGGTGGTGCCAAAACCGTTCAGGCCTGGGGTGCCGACCTGAGGCGCGCCACTGGCGGCGGTCTCGAGGAACAGGTTGTCGCCGATCGCCTGCAGGCCGGCCGGGTTGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGATCACCtgt > 1:1247692/1‑150 (MQ=255) ggctgcAAGGTGGTGCCAAAACCGTTCAGGCCTGGGGTGCCGACCTGGGGCGCGCCACTGGCGGCGGTCTCGAGGAACAGGTTGTCGCCGATCGCATGCAGGCCGGCCGGGTTGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGATCACCtgt < 1:658733/149‑1 (MQ=255) gcAAGGTGGTGCCAAAACCGTTCAGGCCTGGGGTGCCGACCTGAGGCGCGCCACTGGCGGCGGTCTCGACGAACAGGTTGTCGCCGATCGCCTTCAGGCCAGCCGGGTTGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGATCACCTGTGCAg > 2:981478/1‑150 (MQ=255) cAAGGTGGTGCCAAAACCGTTCAGGCCTGGGGTGCCGACCTGAGGCGCGCCGCTGGCGGCGGTCTCGAGGAACAGGTTGTCGCCGATCGCCTGCAGGCCGGCCGGGTTGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGATCACCaccgccgg > 1:685516‑M1/1‑142 (MQ=255) aGGTGGTGCCAAAACCGTTCAGGCCTGGGGTGCCGACCTGAGGCGCGCCACTGGCGGCGGTCTCGAGGAACAGGTTGTCGCCGATCGCCTGCAGGCCGGCCGGGTTGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGATCACCTGTGCAGCCg > 1:337254/1‑150 (MQ=255) tggtgCCAAAACCGTTCAGGCCTGGGGTGCCGACCTGAGGCGCGCCACTGGCGGCGGTCTCGAGGAACAGGTTGTCGCCGATCGCCTGACGGCCGGCCCGGCAGATGAAGTCTGCGGGCGGGATGGTGCCGAGCGCCGGTGCAGCCGGGt > 2:116161/1‑150 (MQ=255) gCCAAAACCGTTCAGGCCTGGGGTGCCGACCTGAGGCGCGCCACTGGCGGCGGTCTCGAGGAACAGGTTGTCGCCGATCGCCTGCAGGCCGGCCGGGTTGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGATCACCTGTGCAGCCGGGTTGcc < 1:1285789/150‑1 (MQ=255) gCCAAAACCGTTCAGGCCTGGGGTGCCGACCTGAGGCGCGCCACTGGCGGCGGTCTCGAGGAACAGGTTGTCGCCGATCGCCTGCAGGCCGGCCGGGTTGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGATCACCTGTGCAGCCGGGTTGcc > 1:367989/1‑150 (MQ=255) ccAAAACCGTTCAGGCCTGGGGTGCCGACCTGAGGCGCGCCACTGGCGGCGGTCTCGAGGAACAGGTTGTCGCCGATCGCCTGCAGGCCGGCCGGGTTGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGATCACCt < 1:1170518/133‑1 (MQ=255) ccAAAACCGTTCAGGCCTGGGGTGCCGACCTGAGGCGCGCCACTGGCGGCGGTCTCGAGGAACAGGTTGTCGCCGATCGCCTGCAGGCCGGCCGGGTTGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGATCACCt > 2:1170518/1‑133 (MQ=255) aaaaCCGTTCAGGCCTGGGGTGCCGACCTGAGGCGCGCCCCTGGCGGCGGTCTCGAGGCACAGGTTGTCGCCGCTCGCCTGCAGGCCGCCCGGGTTGATGACGTCGGCCTTCTGGATGTTGCCGATAACCTGTGCACCCGGCTCGCcgcc > 1:506186/1‑148 (MQ=255) aCCGTGCAGGGCGGGGGTGGCGACGTGAGGCGCGCCACTGGCGGCGGTGTCGAGGAACAGGTGGTCGCCGATGGCCTGCAGGGCGGCCGGGTTGATGAAGGCGGCGGGCGGGATGTTGCCGATAACCTGTGCAGCCGGGTTGCCGGCggt < 2:506186/150‑1 (MQ=255) 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2:1143169/1‑150 (MQ=255) cGATCACCTGTGCAGCCGGGTTGCCGGCGGTGGTGATCGACACGGTGCCGTCCTGGCCAACGGTGAAGGTCTGCGCGTCGTTAGGCACGACAATGGCAGGCTCCAGGGCGTAGCCGTTGTCAGTGACGATCTGGCCGTCGGAGTTCAGGt > 1:48483/1‑150 (MQ=255) tCACCaccgccggcaacccggctgcacaggtgatcggcaacatccagaccgccgacttcatcaacccggccggcctgcaggcgatcggcgacaacctgttcctcgagaccgccgccagtggcgcgcctcag < 2:438827‑M1/131‑127 (MQ=255) tCACCaccgccggcaacccggctgcacaggtgatcggcaacatccagaccgccgacttcatcaacccggccggcctgcaggcgatcggcgacaacctgttcctcgagaccgccgccagtggcgcgcctcag > 1:438827‑M1/1‑5 (MQ=255) tCACCTGTGCAGCCGGGTTGCCGGCGGTGGTGATCGACACGGTGCCGTCCTGGCCAACGGTGAAGGTCTGCGCGTCGTTAGGCACGACAATGGCAGGCTCCAGGGCGTAGCCGTTGTCAGTGACGATCTGGCCGTCGGAGTTCAGGTGGa < 2:887355/150‑1 (MQ=255) ccccaccgccggcaacaaggccgcacgggtgttcggcaacatccagaccgcctacttcatcaacccggccggcctgcaggcgatcggcgacaacctgttcctcgagaccgccgccagtggcgcgcctcaggtcggcaccccaggcctgaa < 2:1854040‑M1/148‑147 (MQ=255) cACCTGTGCAGCCGGGTTGCCGGCGGTGGTGATCGACACGGTGCCGTCCTGGCCAACGGTGAAGGTCTGCGCGTCGTTAGGCACGACAATGGCAGGCTCCAGGGCGTAGCCGTTGTCAGTGACGATCTGGCCGTCGGAGTTCAGGTGGaa < 2:337254/150‑1 (MQ=255) cACCTGTGCAGCCGGGTTGCCGGCGGTGGTGATCGACACGGTGCCGTCCTGGCCAACGGTGAAGGTCTGCGCGTCGTTAGGCACGACAATGGCAGGCTCCAGGGCGTAGCCGTTGTCAGTGACGATCTGGCCGTCGGAGTTCAGGTGGaa > 1:1313193/1‑150 (MQ=255) accaccgccggcaacccggctgcacaggtgatcggcaacatccagaccgccgacttcatcaacccggccggcctgcaggcgatcggcgacaacctgttcctc < 1:1491652‑M1/102‑100 (MQ=255) accaccgccggcaacccggctgcacaggtgatcggcaacatccagaccgccgacttcatcaacccggccggcctgcaggcgatcggcgacaacctgttcctc > 2:1491652‑M1/1‑3 (MQ=255) aCCTGTGCAGCCGGGTTGCCGGCGGTGGTGATCGACACGGTGCCGTCCTGGCCAACGGTGAAGGTCTGCGCGTCGTTAGGCACGACAATGGCAGGCTCCAGGGCGTAGCCGTTGTCAGTGACGATCTGGCCGTCGGAGTTCAGGTGGAAg < 1:1245282/150‑1 (MQ=255) aCCTGTGCAGCCGGGTTGCCGGCGGTGGTGATCGACACGGTGCCGTCCTGGCCAACGGTGAAGGTCTGCGCGTCGTTAGGCACGACAATGGCAGGCTCCAGGGCGTAGCCGTTGTCAGTGACGATCTGGCCGTCGGAGTTCAGGTGGAAg < 1:1121214/150‑1 (MQ=255) ccTGTGCAGCCGGGTTGCCGGCGGTGGTGATCGACACGGTGCCGTCCTGGCCAACGGTGAAGGTCTGCGCGTCGTTAGGCACGACAATGGCAGGCTCCAGGGCGTAGCCGTTGTCAGTGACGATCTGGCCGTCGGAGTTCAGGTGGAAgg > 2:454350/1‑150 (MQ=255) caccgccggcaacccggctgcacaggtgatcggcaacatccagaccgccgacttcatcaacccggccggcctgccggcgatcggcgacaacctggtcctcgagaccgccgccagtggcgcgcctcaggtcggcaccccaggcctgaacgg > 1:270236‑M1/1‑1 (MQ=255) cTGTGCAGCCGGGTTGCCGGCGGTGGTGATCGACACGGTGCCGTCCTGGCCAACGGTGAAGGTCTGCGCGTCGTTAGGCACGACAATGGCAGGCTCCAGGGCGTAGCCGTTGTCAGTGACGATCTGGCCGTCGGAGTTCAGGTGGAAGGt > 1:1493539/1‑150 (MQ=255) | TCTGCTGCAAGGTGGTGCCAAAACCGTTCAGGCCTGGGGTGCCGACCTGAGGCGCGCCACTGGCGGCGGTCTCGAGGAACAGGTTGTCGCCGATCGCCTGCAGGCCGGCCGGGTTGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGATCACCTGTGCAGCCGGGTTGCCGGCGGTGGTGATCGACACGGTGCCGTCCTGGCCAACGGTGAAGGTCTGCGCGTCGTTAGGCACGACAATGGCAGGCTCCAGGGCGTAGCCGTTGTCAGTGACGATCTGGCCGTCGGAGTTCAGGTGGAAGGT > NC_002947/4978815‑4979112 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |