| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NC_002947 | 5443554 = | 96 (1.290) | 6 (0.090) | 5/234 | NT | 7.0% | coding (1274/1989 nt) | PP_4781 | sensor histidine kinase |
| ? | NC_002947 | 5443595 = | 72 (1.050) | coding (1233/1989 nt) | PP_4781 | sensor histidine kinase | |||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
TGGCATCGACCATATCCATCATGCCTTGGGCAGACCCCACAGCCGTGTGATGGTACTGAGCCATTTCAGCCCCCATCGGCAGGGTGTGCATCAGCTCGAGCGAGCCAATCACTCCGTTCATCGGGGTACGCAGCTCATGAGTCACGCTGGCCAGGAACTCGTCCTTCAGGCGATTGCTCCTGGCCAGTTGCAGGT‑TCAGTTGCTCCAGCGTACGCCCAG‑TGTCGCGCAAGGTCTGTGCCTGCTGCTCGCGCAGGCTGTTGATGCGGTCGGCCAGTGCCAGCGACAGCAAGGCC > NC_002947/5443408‑5443700 | tGGCATCGACCATATCCATCATGCCTTGGGCAGACCCCACAGCCGTGTGATGGTACTGAGCCATTTCAGCCCCCATCGGCAGGGTGTGCATCAGCTCGAGCGAGCCAATCACTCCGTTCATCGGGGTACGCAGCTCATGAGTCACGCTgg < 1:509120/150‑1 (MQ=255) caccatgtatgccagccagctgggttcggccttggaagtggccttgctgtcgctggcactggccgaccgcatcaacagcctgcgcgagcagcaggcacagaccttgcgcgacactgggcgtacgctggagcaactgaacctgcaaCTgg > 2:1798518‑M1/146‑149 (MQ=255) caccatgtatgccagccagctgggttcggccttggaagtggccttgctgtcgctggcactggccgaccgcatcaacagcctgcgcgagcagcaggcacagaccttgcgcgacactgggcgtacgctggagcaactgaacctgcaaCTgg < 1:1798518‑M1/4‑1 (MQ=255) accatgtatgccagccagctgggttcggccttggaagtggccttgctgtcgctggcactggccgaccgcatcaacagcctgcgcgagcagcaggcacagaccttgcgcgacactgggcgtacgctggagcaactgaacctgcaaCTGGcc < 1:482339‑M1/6‑1 (MQ=255) ccatgtatgccagccagctgggttcggccttggaagtggccttgctgtcgctggcactggccgaccgcatcaacagcctgcgcgagcagcaggcacagaccttgcgcgacactgggcgtacgctggagcaactgaacctgcaaCTGGCCa > 1:1182967‑M1/144‑150 (MQ=255) catgtatgccagccagctgggttcggccttggaagtggccttgctgtcgctggcactggccgaccgcatcaacagcctgcgcgagcagcaggcacagaccttgcgcgacactgggcgtacgctggagcaactgaacctgcaaCTGGCCAg > 1:78081‑M1/143‑150 (MQ=255) catgtatgccagccagctgggttcggccttggaagtggccttgctgtcgctggcactggccgaccgcatcaacagccggcgcgagcagcaggcacagaccttgcgcgacactgggcgtacgctggagcaactgaacctgcaaCTGGCCAg < 2:1312426‑M1/8‑1 (MQ=255) aTCGACCATATCCATCATGCCTTGGGCAGACCCCACAGCCGTGTGATGGTACTGAGCCATTTCAGCCCCCATCGGCAGGGTGTGCATCAGCTCGAGCGAGCCAATCACTCCGTTCATCGGGGTACGCAGCTCATGAGTCACGCTGGCCAg < 1:1241989/150‑1 (MQ=255) atgtatgccagccagctgggttcggccttggaagtggccttgctgtcgctggcactggccgaccgcatcaacagcctgcgcgagcagcaggcacagaccttgcgcgacactgggcgtacgctggagcaactgaacctgcaaCTGGCCAgg < 1:1717455‑M1/9‑1 (MQ=255) tgtatgccagccagctgggttcggccttggaagtggccttgctgtcgctggcactggccgaccgcatcaacagcctgcgcgagcagcaggcacagaccttgcgcgacactgggcgtacgctggagcaactgaacctgcaaCTGGCCAGGa < 2:1312967‑M1/10‑1 (MQ=255) gACCATATCCATCATGCCTTGGGCAGACCCCACAGCCGTGTGATGGTACTGAGCCATTTCAGCCCCCATCGGCAGGGTGTGCATCAGCTCGAGCGAGCCAATCACTCCGTTCATCGGGGTACGCAGCTCATGAGTCACGCTGGCCAGGaa < 2:767703/150‑1 (MQ=255) gACCATATCCATCATGCCTTGGGCAGACCCCACAGCCGTGTGATGGTACTGAGCCATTTCAGCCCCCATCGGCAGGGTGTGCATCAGCTCGAGCGAGCCAATCACTCCGTTCATCGGGGTACGCAGCTCATGAGTCACGCTGGCCAGGaa < 2:1527252/150‑1 (MQ=255) aCCATATCCCTCATGCCTTGGGCAGACCCCACAGCCGTGTGATGGTACTGAGCCATTTCAGCCCCCATCGGCAGGGTGTGCATCAGATCCAGCGAGCAAAACACTCCGTTCATCGGGGTACGCAGCTCATGAGTCACGCTGGCCAGGAAc > 1:881799/1‑150 (MQ=255) aCCATATCCATCATGCCTTGGGCAGACCCCACAGCCGTGTGATGGTACTGAGCCATTTCAGCCCCCATCGGCAGGGTGTGCATCAGCTCGAGCGAGCCAATCACTCCGTTCATCGGGGTACGCAGCTCATGAGTCACTCTGGCCAGGAAc > 2:986100/1‑150 (MQ=255) ccATATCCATCATGCCTTGGGCAGACCCCACAGCCGTGTGATGGTACTGAGCCATTTCAGCCCCCATCGGCAGGGTGTGCATCAGCTCGAGCGAGCCAATCACTCCGTTCATCGGGGTACGCAGCTCATGAGTCACGCTGGCCAGGAACt > 2:91838/1‑150 (MQ=255) cATATCCATCATGCCTTGGGCAGACCCCACAGCCGTGTGATGGTACTGAGCCATTTCAGCCCCCATCGGCAGGGTGTGCATCAGCTCGAGCGAGCCAATCACTCCGTTCATCGGGGTACGCAGCTCATGAGTCACGCTGGCCAGGAACTc < 2:1524076/150‑1 (MQ=255) atatCCATCATGCCTTGGGCAGACCCCACAGCCGTGTGATGGTACTGAGCCATTTCAGCCCCCATCGGCAGGGTGTGCATCAGCTCGAGCGAGCCAATCACTCCGTTCATCGGGGTACGCAGCTCATGAGTCACGCTGGCCAGGAACTCg > 2:1291417/1‑150 (MQ=255) tCCATCATGCCTTGGGCAGACCCCACAGCCGTGTGATGGTACTGAGCCATTTCAGCCCCCATCGGCAGGGTGTGCATCAGCTCGAGCGAGCCAATCACTCCGTTCATCGGGGTACGCAGCTCATGAGTCACGCTGGCCCGGAACTCGTcc > 1:1515192/1‑150 (MQ=255) 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gcgagcCAATCACTCCGTTCATCGGGGTACGCAGCTCATGAGTCACGCTGGCCAGGAACTCGTCCTTCAGGCGATTGCTCCTGGCCAGTTGCAGGT‑TCAGTTGCTCCAGCGTACGCCCAG‑TGTCGCGCAAGGTCTGTGCCTGCTGCTcgc > 1:763418/1‑150 (MQ=255) gagcCAATCACTCCGTTCATCGGGGTACTCAGCTCATGAGTCACGCTGGCCAGGAACTCGTCCTTCAGGCGATTGCTCCTGGCCAGTTGCAGGT‑TCAGTTGCTCCAGCGTACGCCCAG‑CGTCGCGCAAGGTCTGTGCCTGCTGCTCgcgc > 2:813434/1‑150 (MQ=255) gagcCAATCACTCCGTTCATCGGGGTACGCAGCTCATGAGTCACGCTGGCCAGGAACTCGTCCTTCAGGCGATTGCTCCTGGCCAGTTGCAGGT‑TCAGTTGCTCCAGCGTACGCCCAG‑TGTCGCGCAAGGTCTGTGCCTGCTGCTCgcgc > 2:1371507/1‑150 (MQ=255) cAATCACTCCGTTCATCGGGGTACGCAGCTCATGAGTCACGCTGGCCAGGAACTCGTCCTTCAGGCGATTGCTCCTGGCCAGTTGCAGGT‑TCAGTTGCTCCAGCGTACGCCCAG‑TGTCGCGCAAGGTCTGTGCCTGCTGCTCGCGCAGGc > 1:1615260/1‑150 (MQ=255) aaTCACTCCGTTCATCGGGGTACGCAGCTCATGAGTCACGCTGGCCAGGAACTCGTCCTTCAGGCGATTGCTCCAGGCCAGTTGCAGGT‑TCAGTTGCTCCAGCGTACGCCCAG‑TGTCGCGCAAGGCCAAAACTGGCTGCTCGCGCAGGCt > 1:1038476/1‑150 (MQ=255) tCCGTTCATCGGGGTACGCAGCTCATGAGTCACGCTGGCCAGGAACTCGTCCTTCAGGCGATTGCTCCTGGCCAg < 1:1342764/75‑1 (MQ=255) tCCGTTCATCGGGGTACGCAGCTCATGAGTCACGCTGGCCAGGAACTCGTCCTTCAGGCGATTGCTCCTGGCCAg > 2:1342764/1‑75 (MQ=255) cGTTCATCGGGGTACGCAGCTCATGAGTCACGCTGGCCAGGAACTCGTCCTTCAGGCGATTGCTCCTGGCCAGTTGCAGGT‑TCAGTTGCTCCAGCGTACGCCCAG‑TGTCGCGCAAGGTCTGTGCCTGCTGCTCGCGCAGGCTGTTGATGc > 2:1667878/1‑150 (MQ=255) gTTCATCGGGGTACGCAGCTCATGAGTCACGCTGGCCAGGAACTCGTCCTTCAGGCGATTGCTCCTGGCCAGTTGCAGGT‑TCAGTTGCTCCAGCGTACGCCCAG‑TGTCGCGCAAGGTCTGTGCCTGCTGCTCGCGCAGGCTGTTGATGCg < 1:179676/150‑1 (MQ=255) gTTCATCGGGGTACGCAGCTCATGAGTCACGCTGGCCAGGAACTCGTCCTTCAGGCGATTGCTCCTGGCCAGTTGCAGGT‑TCAGTTGCTCCAGCGTACGCCCAG‑TGTCGCGCAAGGTCTGTGCCTGCTGCTCGCGCAGGCTGTTGATGCg > 2:764094/1‑150 (MQ=255) tCATCGGGGTACGCAGCTCATGAGTCACGCTGGCCAGGAACTCGTCCTTCAGGCGATTGCTCCTGGCCAGTTGCAGGT‑TCAGTTGCTCCAGCGTACGCCCAG‑TGTCGCGCAAGGTCTGTGCCTGCTGCTCGCGCAGGCTGTTGATGCGGt < 2:1094959/150‑1 (MQ=255) cATCGGGGTACGCAGCTCATGAGTAAAGCTGGCCAGGAACTCGTCCTTCAGGCGATTGCTCCTGGCCAGTTGCAGGTATCA‑TTGCTCCAGCGCA‑ACACAGCTGAACCGGTAGCCCTTGGCCTGCTGCGCGCGCAGGCTGTTGATGCGGTc < 1:330050/150‑1 (MQ=255) aTCGGGGTACGCAGCTCATGAGTCACGCTGGCCAGGAACTCGTCCTTCAGGCGATTGCTCCTGGCCAGTTGCAGGT‑TCAGTTGCTCCAGCGTACGCCCAG‑TGTCGCGCAAGGTCTGTGCCTGCTGCTCGCGCAGGCTGTTGATGCGGTCg > 1:1167330/1‑150 (MQ=255) tCGGGGTACGCAGCTCATGAGTCACGCTGGCCAGGAACTCGTCCTTCAGGCGATTGCTCCTGGCCAGTTGCAGGT‑TCAGTTGCTCCAGCGTACGCCCAG‑TGTCGCGCAAGGTCTGTGCCTGCTGCTCGCGCAGGCTGTTGATGCGGTCgg > 1:55123/1‑150 (MQ=255) gTACGCAGCTCATGAGTCACGCTGGCCAGGAACTCGTCCTTCAGGCGATTGCTCCTGGCCAGTTGCAGGT‑TCAGTTGCTCCAGCGTACGCCCAG‑TGTCGCGCAAGGTCTGTGCCTGCTGCTCGCGCAGGCTGTTGATGCGGTCGGCCAGt < 1:933919/150‑1 (MQ=255) gCAGCTCATGAGTCACGCTGGCCAGGAACTCGTCCTTCAGGCGATTGCTCCTGGCCAGTTGCAGGT‑TCAGTTGCTCCAGCGTACGCCCAG‑TGTCGCGCAAGGTCTGTGCCTGCTGCTCGCGCAGGCTGTTGATGCGGTCGGCCAGTGCCa > 2:482339/1‑150 (MQ=255) tCATGAGTCACGCTGGCCAGGAACTCGTCCTTCAGGCGATTGCTc > 1:1647318/1‑45 (MQ=255) tCATGAGTCACGCTGGCCAGGAACTCGTCCTTCAGGCGATTGCTc < 2:1647318/45‑1 (MQ=255) tCATGAGTCACGCTGGCCAGGAACTCGTCCTTCAGGCGATTGCTCCTGGCCAGTTGCAGGT‑TCAGTTGCTCCAGCGTACGCCCAG‑TGTCGCGCAAGGTCTGTGCCTGCTGCTCGCGCAGGCTGTTGATGCGGTCGGCCAGTGCCAGCGAc > 1:248808/1‑150 (MQ=255) gTCACGCTGGCCAGGAACTCGTCCTTCAGGCGATTGCTCCTGGCCAGTTGCAGGT‑TCAGTTGCTCCAGCGTACGCCCAG‑TGTCGCGCAAGGTCTGTGCCTGCTGCTCGCGCAGGCTGTTGTTGCGGTCGGCCAGTGCCAGCGACAGCAAg < 2:489497/150‑1 (MQ=255) gTCACGCTGGCCAGGAACTCGTCCTTCAGGCGATTGCTCCTGGCCAGTTGCAGGT‑TCAGTTGCTCCAGCGTACGCCCAG‑TGTCGCGCAAGGTCTGTGCCTGCTGCTCGCGCAGGCTGTTGATGCGGTCGGCCAGTGCCAGCGACAGCAAg < 1:227237/150‑1 (MQ=255) gTCACGCTGGCCAGGAACTCGTCCTTCAGGCGATTGCTCCTGGCCAGTTGCAGGT‑TCAGTTGCTCCAGCGTACGCCCAG‑TGTCGCGCAAGGTCTGTGCCTGCTGCTCGCGCAGGCTGTTGATGCGGTCGGCCAGTGCCAGCGACAGCAAg < 2:1722420/150‑1 (MQ=255) aCGCTGGCCAGGAACTCGTCCTTCAGGCGATTGCTCCTGGCCAGTTGCAGGT‑TCAGTTGCTCCAGCGTACGCCCAG‑TGTCGCGCAAGGTCTGTGACCGCATGGCGCGCAGGCTGTTGATGCGGTCGGCCAGTGCCAGCGACAGCAAGGcc > 1:1552501/1‑150 (MQ=255) | TGGCATCGACCATATCCATCATGCCTTGGGCAGACCCCACAGCCGTGTGATGGTACTGAGCCATTTCAGCCCCCATCGGCAGGGTGTGCATCAGCTCGAGCGAGCCAATCACTCCGTTCATCGGGGTACGCAGCTCATGAGTCACGCTGGCCAGGAACTCGTCCTTCAGGCGATTGCTCCTGGCCAGTTGCAGGT‑TCAGTTGCTCCAGCGTACGCCCAG‑TGTCGCGCAAGGTCTGTGCCTGCTGCTCGCGCAGGCTGTTGATGCGGTCGGCCAGTGCCAGCGACAGCAAGGCC > NC_002947/5443408‑5443700 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |