| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_002947 | = 5812115 | 81 (1.130) | coding (1387/2220 nt) | priA | primosome assembly protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
CCACTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAGCAGGCTATCCGACAGACCCTGGAGGCTGGCCAACAAGTGCTGGTGTTCCTCAACCGCCGCGGCTTTGCCCCAACCTTGCTGTGCCACGATTGCGGCTGGCTGTCCGAATGCCCACGCTGCGATGCGCGCATGACCGTGCACCAGCGCTCCGGCGTGCTGCGCTGCCACCACTGTGGCTATGACGAACGCCTGCCGCACCAGTGCCCGCAATGCAACCACGTCGATCTGCGCCCGGTCGGTGCCGGTACCGAACGCGCCGAAGAGC > NC_002947/5811932‑5812229 | ccACTGGACGGCGGCAACACAGCCCCGCTGCGGCAATCCATCCGACAGACCCTGGAGGCTGGCATTCGTTTTCAGGGGTTCCTCAACCGCCGCGGCTTTGCCCCAACCTTGCTGTGCCACGATTGCGGCTGGCTGTCCGAATGCCCACGc < 1:329694/150‑1 (MQ=255) cACTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAGCAGGCTATCCGACAGACCCTGGAGGCTGGCCAACAAGTGCTGGTGTTCCTCAACCGCCGCGGCTTTGCCCCAACCTTGCTGTGCCACGATTGCGGCTGGCTGTCCGAATGCCCACGCt > 1:1627781/1‑150 (MQ=255) aCTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAGCAGGCTATCCGACAGACCCTGGAGGCTGGCCAACAAGTGCTGGTGTTCCTCAACCGCCGCGGCTTTGCCCCAACCTTGCTGTGCCACGATTGCGGCTGGCTGTCCGAATGCCCACGCTg > 2:1803488/1‑150 (MQ=255) 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cccGCTGCAGCAGGCTATCCGACAGACCCTGGAGGCTGGCCAACAAGTGCTGGTGTTCCTCAACCGCCGCGGCTTTGCCCCAACCTTGCTGTGCCACGATTGCGGCTGGCTGTCCGAATGCCCACGCTGCGATGCGCGCATGACCGTGCa > 1:322021/1‑150 (MQ=255) ccGCTGCAGCAGGCTATCCGACAGACCCTGGAGGCTGGCCAACAAGTGCTGGTGTTCCTCAACCGCCGCGGCTTTGCCCCAACCTTGCTGTGCCACGATTGCGGCTGGCTGTCCGAATGCCCACGCTGCGATGCGCGCATGACCGTGCAc > 1:1237245/1‑150 (MQ=255) ccGATGCAGCAGGCTATCCGACAGACCCTGGAGGCTGGCCAACAAGTGCTGGTGTTCCTCAACCGCCGCGGCTTTGCCCCAACCTTGCTGTGCCACGATTGCGGCTGGCTGTCCGAATGCCCACGCTGCGATGCGCGCATGACCGTGCAc > 1:1840577/1‑150 (MQ=255) gCTGCAGCAGGCTATCCGACAGACCCTGGAGGCTGGCCAACAAGTGCTGGTGTTCCTCAACCGCCGCGGCTTTGCCCCAACCTTGCTGTGCCACGATTGCGGCTGGCTGTCCGAATGCCCACGCTGCGATGCGCGCATGACCGTGCACCa > 1:189812/1‑150 (MQ=255) gcagGCTATCCGACAGACCCTGGAGGCTGGCCAACAAGTGCTGGTGTTCCTCAACCGCCGCGGCTTTGCCCCAACCTTGCTGTGCCACGATTGCGGCTGGCTGTCCGAATGCCCACGCTGCGATGCGCGCATGACCGTGCACCAGCGCTc < 1:136568/150‑1 (MQ=255) 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ccACGCTGCGATGCGCGCATGACCGTGCACCAGCGCTCCGGCGTGCTGCGCTGCCACCACTGTGGCTATGACGAACGCCTGCCGCACCAGTGCCCGCAATGCAACCACGTCGATCTGCGCCCGGTCGGTGCCGGTACCGAACGCGCCGaa < 2:161882/150‑1 (MQ=255) cACGCTGCGATGCGCGCATGACCGTGCACCAGCGCTCCGGCGTGCTGCGCTGCCACCACTGTGGCTATGACGAACGCCTGCCGCACCAGTGCCCGCAATGCAACCACGTCGATCTGCGCCCGGTCGGTGCCGGTACCGAACGCGCCGAag > 2:1781282/1‑150 (MQ=255) aCGCTGCGATGCGCGCATGACCGTGCACCAGCGCTCCGGCGTGCTGCGCTGCCACCACTGTGGCTATGACGAACGCCTGCCGCACCAGTGCCCGCAATGCAACCACGTCGATCTGCGCCCGGTCGGTGCCGGTACCGAACGCGCCGAaga < 2:189812/150‑1 (MQ=255) aCGCTGCGATGCGCGCATGACCGTGCACCAGCGCTCCGGCGTGCTGCGCTGCCACCACTGTGGCTATGACGAACGCCTACCGCACAACTGCACGCAAGGCAACCACGTCGATCTGCGCCCGGTCGGTGCCGGTACCGAACGCGCCGAaga > 1:698709/1‑150 (MQ=255) gCcggagcgctggtgcacggttatacgcgcatcgcagcgtgggcattcggacagccagccgcagtcgtggcacagcaaggttggggcaaagccgcggcggttgaggaacaccagcacttgttggccagcctccagggtctgtcggatagc < 2:962401‑M1/150‑149 (MQ=255) gCcggagcgctggtgcacggtcatgcgcgcatcgcagcgtgggcattcggacagccagccgcaatcgtggcacagcaaggttggggcaaagccgcggcggttgaggaacaccagcacttgttggccagcctccagggtctgtcggatagc > 2:608738‑M1/1‑2 (MQ=255) gCcggagcgctggtgcacggtcatgcgcgcatcgcagcgtgggcattcggacagccagccgcaatcgtggcacagcaaggttggggcaaagccgcggcggttgaggaacaccagcacttgttg < 2:1637794‑M1/123‑122 (MQ=255) gCcggagcgctggtgcacggtcatgcgcgcatcgcagcgtgggcattcggacagccagccgcaatcgtggcacagcaaggttggggcaaagccgcggcggttgaggaacaccagcacttgttg > 1:1637794‑M1/1‑2 (MQ=255) gCTGCGATGCGCGCATGACCGTGCACCAGCGCTCCGGCGTGCTGCGCTGCCACCACTGTGGCTATGACGAACGCCTGCCGCACCAGTGCCCGCAATGCAACCACGTCGATCTGCGCCCGGTCGGTGCCGGTACCGAACGCGCCGAAGAgc < 1:1863957/150‑1 (MQ=255) | CCACTGGACAGCGGCATCAGTGGCCCGCTGCAGCAGGCTATCCGACAGACCCTGGAGGCTGGCCAACAAGTGCTGGTGTTCCTCAACCGCCGCGGCTTTGCCCCAACCTTGCTGTGCCACGATTGCGGCTGGCTGTCCGAATGCCCACGCTGCGATGCGCGCATGACCGTGCACCAGCGCTCCGGCGTGCTGCGCTGCCACCACTGTGGCTATGACGAACGCCTGCCGCACCAGTGCCCGCAATGCAACCACGTCGATCTGCGCCCGGTCGGTGCCGGTACCGAACGCGCCGAAGAGC > NC_002947/5811932‑5812229 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |