New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | NC_002947 | = 1811479 | 76 (1.020) | 7 (0.110) | 5/208 | NT | 9.8% | intergenic (+44/+84) | ispD/PP_1615 | 2‑C‑methyl‑D‑erythritol 4‑phosphate cytidylyltransferase/LysR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | = 1811513 | 67 (1.100) | intergenic (+78/+50) | ispD/PP_1615 | 2‑C‑methyl‑D‑erythritol 4‑phosphate cytidylyltransferase/LysR family transcriptional regulator |
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
AGTGACAACATAAAGGTGACCCGGCCCGAAGATCTCGAATGGTTGCGCCAGCGCTGGGCGGGTAAACGCTGAGCGTTCTCCTGGGCTGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATGGATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAG > NC_002947/1811364‑1811661 | aGTGACAACATAAAGGTGACCCGGCCCGAAGATCTCGAATGGTTGCGCCAGCGCTGGGCGGGTAAACGCTGAGCGTTCTCCTGGGCTGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATGGATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACcgtc < 1:556630/150‑1 (MQ=255) aGTGACAACATAAAGGTGACCCGGCCCGAAGATCTCGAATGGTTGCGCCAGCGCTGGGCGGGTAAACGCTGAGCGTTCTCCTGGGCTGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATGGATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACcgtc > 1:157709/1‑150 (MQ=255) caacaTAAAGGTGACCCGGCCCGAAGATCTCGAATGGTTGCGCCAGTGCTGGGCGGGTAAACGCTGAGCGTTCTCCTGGGCTGGCCTTTTCGCGGGCAAACCCGCTCCTACAATGGATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACCGTCgtagg < 1:92694‑M2/150‑6 (MQ=255) acaTAAAGGTGACCCGGCCCGAAGATCTCGAATGGTTGCGCCAGCGCTGGGCGGGTAAACGCTGAGCGTTCTCCTGGGCTGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATGGATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACCGTCgtaggag < 2:1030438‑M2/150‑8 (MQ=255) caTAAAGGTGACCCGGCCCGAAGATCTCTAATGGTTGCGCCAGCGCTGGGCGGGTAAACGCTGAGCGTTCTCCTGGGCTGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATGGATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACCGTCgtaggagc < 1:1697325‑M2/150‑9 (MQ=255) caTAAAGGTGACCCGGCCCGAAGATCTCGAATGGTTGCGCCAGCGCTGGTCGGGTAAACGCTGAGCGTTCTCCTGGGCTGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATGGATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACCGTCgtaggagc < 2:1505694‑M2/150‑9 (MQ=255) caTAAAGGTGACCCGGCCCGAAGATCTCGAATGGTTGCGCCAGCGCTGGGCGGGTAAACGCTGAGCGTTCTCCTGGGCTGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATGGATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACCGTCgtaggagg < 2:1915710‑M2/150‑9 (MQ=255) aTAAAGGTGACCCGGCCCGAAGATCTCGAATGGTTGCGCCAGCGCTGGGCGGGTAAACGCTGAGCGTTCTCCTGGGCTGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATGGATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACCGTCgtaggagcg > 1:1155587‑M2/1‑141 (MQ=255) tAAAGGTGACCCGGCCCGAAGATCTCGAATGGTTGCGCCAGCGCTGGGCGGGTAAACGCTGAGCGTTCTCCTGGGCTGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATGGATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACCGTCgtaggagcgg < 1:995757‑M2/150‑11 (MQ=255) tAAAGGTGACCCGGCCCGAAGATCTCGAATGGTTGCGCCAGCGCTGGGCGGGTAAACGCTGAGCGTTCTCCTGGGCTGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATGGATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACCGTCgtaggagcgg > 1:333962‑M2/1‑140 (MQ=255) ccGGCCCGAAGATCTCGAATGGTTGCGCCAGCGCTGGGCGGGTAAACGCTGAGCGTTCTCCTGGGCTGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATGGATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACCGTCgtaggagcgggtttacccgc < 1:1161539‑M2/150‑21 (MQ=255) ccGGCCCGAAGATCTCGAATGGTTGCGCCAGCGCTGGGCGGGTAAACGCTGAGCGTTCTCCTGGGCTGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATGGATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACCGTCgtaggagcgggtttacccgc > 1:1895529‑M2/1‑130 (MQ=255) ccGGCCCGAAGATCTCGAATGGTTGCGCCAGCGCTGGGCGGGTAAACGCTGAGCGTTCTCCTGGGCTGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATGGATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACCGGCggaggaccgggtttccccgc < 2:905054‑M2/150‑21 (MQ=255) 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cAATGGATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTAc > 1:202258/1‑150 (MQ=255) cAATGGATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTAc > 2:1165793/1‑150 (MQ=255) cAATGGATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTAc < 2:202258/150‑1 (MQ=255) aaTGGATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCg > 1:300982/1‑112 (MQ=255) aaTGGATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCg < 2:300982/112‑1 (MQ=255) gATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACAAGCCGCCGTAACTTCg > 2:521399/1‑150 (MQ=255) aTTGCATCGGTGGTTGGACACAGACTGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCgg < 1:372374/150‑1 (MQ=255) aTCGGTGGTTGGACACAGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACa > 1:743303/1‑150 (MQ=255) ggtggtTGGACAAAGACCGTAATAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGt > 2:87215/1‑150 (MQ=255) gtggtTGGACACAGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAg < 2:1474086/73‑1 (MQ=255) gtggtTGGACACAGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAg > 1:1474086/1‑73 (MQ=255) gtggtTGGACACAGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTg > 1:968455/1‑150 (MQ=255) ttGGACACAGACCGTCGTAGGGGCGGGTTTTCCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCctc < 1:1219487/150‑1 (MQ=255) ttGGACACAGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCctc > 1:883945/1‑150 (MQ=255) ggACACAGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTctg > 2:539493/1‑150 (MQ=255) ggACACAGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTctg < 2:1089724/150‑1 (MQ=255) acaGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCtgctgc < 2:92694/150‑1 (MQ=255) aGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTaa > 2:199384/1‑106 (MQ=255) aGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTaa < 1:199384/106‑1 (MQ=255) gACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGa < 2:157709/150‑1 (MQ=255) gACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGa < 1:732178/150‑1 (MQ=255) tcgtAGGAGCGGGTCTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAACAGCACATCCCGTCAGCAGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAACCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACac > 2:1343330/1‑149 (MQ=255) | AGTGACAACATAAAGGTGACCCGGCCCGAAGATCTCGAATGGTTGCGCCAGCGCTGGGCGGGTAAACGCTGAGCGTTCTCCTGGGCTGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATGGATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAG > NC_002947/1811364‑1811661 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |