New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 337811 | 35 (0.530) | 19 (0.360) | 22/210 | 2.0 | 39.7% | intergenic (‑58/+71) | PP_0279/PP_0280 | hypothetical protein/amino acid ABC transporter permease |
? | NC_002947 | = 337839 | 30 (0.570) | intergenic (‑86/+43) | PP_0279/PP_0280 | hypothetical protein/amino acid ABC transporter permease |
AGCTGCAGGCTGGTGAAGGGGCGCGGTTTCCACAGCTGCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/337641‑337811 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cttcgcgggcacgcccgctcccacaggtGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTCAAAACCACCACACATCCTTGCCATGCCCAACCACCTCCACAGCCCCCACCTAAGCACCCGCTTCCAGGCCCTCGACCAGTTC < NC_002947/337839‑337694 AGCTGCAGGCTGGTGAAGGGGCGCGGTTTCCACAGCTTCTTCGGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCG < 2:1378122/150‑1 GCTGCAGGCTGGTGAAGGGGCGCGGTTTCCACAGCTGCTGGTGCTGGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGG < 2:776476/150‑1 GCTGCAGGCTGGTGAAGGGGCGCGGTTTCCACAGCTGCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGG > 2:215769/1‑150 TGCAGGCTGGTGAAGGGGCGCGGTTTCCACAGCTGCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCGAGGATGTGTGGTGGTGTTGAGGGCATCTTCGCGGGC > 1:715193/1‑150 TGAAGGGGCGCGGTTTCCACAGCTGCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTC < 1:338155/150‑1 GAAGGGGCGCGGTTTCCACAGCTGCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCC > 2:425466/1‑150 GGCGCGGTTTCCACAGCTGCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGACGGTCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAG < 1:1133359/150‑1 TCCACAGCTGCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGACTCTTCGCGGGCACGTCCGCTCCCACAGGTGTAGCGC > 2:489809/1‑150 ACAGCTGCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAA > 2:913608/1‑150 TGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAAT < 1:489809/150‑1 TCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCgaagag < 1:1525868/122‑7 TCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCgaagag > 2:1525868/1‑116 TCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGGGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCG > 2:339905/1‑150 GATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCT > 1:219680/1‑150 GATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCT > 1:56812/1‑150 GATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCC > 1:264227/1‑112 GATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCC < 2:264227/112‑1 CAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATA < 2:219680/150‑1 GGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGGGGTTGGGCATGGCAAGGGTGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCACCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGGATG‑TGGGGCTATAgc > 1:599932/1‑148 GTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTTGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTC > 2:993659/1‑88 GTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTTGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTC < 1:993659/88‑1 TTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGTG > 2:491371/1‑124 TTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAG < 1:748980/87‑1 TTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAG > 2:748980/1‑87 GGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGT > 1:1216786/1‑114 GGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGT < 2:1216786/114‑1 TGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGC > 1:802934/1‑102 TGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGC < 2:802934/102‑1 TTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGT > 1:1078434/1‑100 TTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGT < 2:1078434/100‑1 GTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGT > 1:148581/1‑78 GTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGT < 2:148581/78‑1 CCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGC < 1:168846/75‑1 CCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGC > 2:168846/1‑75 GCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTCAAAACCACCACACATCCTTGCCATGCCCAACCACCTCCACAGCCCCCACCTAAGCACCCGCT > 2:1026970/1‑150 CCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTCAAAACCACCACACATCCTTGCCATGCCCAACCACCTCCACAGCCCCCACCTAAGCACCCGCTTCCAGGCCCT > 1:1565652/1‑150 CCGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTCAAAACCACCACACATCCTTGCCATGCCCAACCACCTCCACAGCCCCCACCTAAGCACCCGCTTCCAGGCCCT > 1:913608/1‑150 CGCTCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTCAAAACCACCACACATCCTTGCCATGCCCAACCACCTCCACAGCCCCCACCTAAGCACCCGCTTCCAGGCCCTC < 2:1565652/150‑1 GCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTCAAAACCACCACAC < 1:1247444/89‑1 GCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTCAAAACCACCACAC > 2:1247444/1‑89 CTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTCAAAACCACCACACATCCTTGCCATGCCCAACCACCTCCACAGCCCCCACCTAAGCACCCGCTTCCAGGCCCTCGA > 1:319590/1‑150 CTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTCAAAACCACCACACATCCTTGCCATGCCCAACCACCTCCACAGCCCCCACCTAAGCACCCGCTTCCAGGCCCTCGA > 1:215769/1‑150 TCCCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGAGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTCAAAACCACCACACATCCTTGCCATGCCCAACCACCTCCACAGCCCCCACCTAAGCACCCGCTTCCAGGCCCTCGAC > 1:1632959/1‑150 CCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTCAAAACCACCACACATCCTTGCCATGCCCAACCACCTCCACAGCCCCCACCTAAGCACCCGCTTCCAGGCCCTCGACCA > 2:56812/1‑150 CCACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTCAAAACCACCACACATCCTTGCCATGCCCAACCACCTCCACAGCCCCCACCTAAGCACCCGCTTCCAGGCCCTCGACCA > 2:1303665/1‑150 CACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTCAAAACCACCACACATCCTTGCCATGCCCAACCACCTCCACA > 1:890143/1‑112 CACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTCAAAACCACCACACATCCTTGCCATGCCCAACCACCTCCACA < 2:890143/112‑1 CACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTCAAAACCACCACACATCCTTGCCATGCCCAACCACCTCCACAGCCCCCACCTAAGCACCCGCTTCCAGGCCCTCGACCAG > 1:339905/1‑150 CACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTCAAAACCACCACACATCCTTGCCATGCCCAACCACCTCCACAGCCCCCACCTAA > 1:491371/1‑124 ACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTCAAAACCACCACACATCCTTGCCATGCCCAACCACCTCCACAGCCCCCACCTAAGCACCCGCTTCCAGGCCCTCGA < 2:1347114/145‑1 ACAGGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTCAAAACCACCACACATCCTTGCCATGCCCAACCACCTCCACAGCCCCCACCTAAGCACCCGCTTCCAGGCCCTCGA > 1:1347114/1‑145 AGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTCAAAACCACCACACATCCTTGCCATGCCCAACCACCTCCACAGCCCCCACCTAAGCACCCGCTTCCAGGCCCTCGACCAGTTC > 2:1460710/1‑150 AGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGT < 1:1073909/38‑1 AGGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGT > 2:1073909/1‑38 AGCTGCAGGCTGGTGAAGGGGCGCGGTTTCCACAGCTGCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/337641‑337811 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cttcgcgggcacgcccgctcccacaggtGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTCAAAACCACCACACATCCTTGCCATGCCCAACCACCTCCACAGCCCCCACCTAAGCACCCGCTTCCAGGCCCTCGACCAGTTC < NC_002947/337839‑337694 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |