New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 398599 | 21 (1.120) | 4 (0.230) | 4/228 | NT | 18.4% | intergenic (‑112/+100) | PP_0331/PP_0332 | hypothetical protein/acyltransferase |
? | NC_002947 | = 398664 | 16 (0.920) | intergenic (‑177/+35) | PP_0331/PP_0332 | hypothetical protein/acyltransferase |
GTGACTTTCACTTGAGAGCGCCTCGCAAGAGACATGCTGCTTAAGTCTTCGTCTTTGGGAGGCCGCGCACAACTAGCAGAATTATCAGGGGGCGCAACGTAACTGTGCTGATGTCAACCGGCTGCCTGCTTCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACGCAGGTAGAGCCTATCCTTGGGGAT‑GTGGTAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCAGTTCAGGCGGCAGAGGTGTTAGCCCATCTCCGCCCGCAGCTGCTCGATCCGCTGGTCCTTCGCTACC > NC_002947/398453‑398747 | gTGACTTTCACTTGAGAGCGCCTCGCAAGAGACATGCTGCTTAAGTCTTCGTCTTTGGGAGGCCGCGCACAACTAGCAGAATTATCAGGGGGCGCAACGTAACTGTGCTGATGTCAACCGGCTGCCTGCTTCGGCCTCTTCGCGGGTaaa < 2:265927/150‑1 (MQ=255) cgcCTCGCAAGAGACATGCTGCTTAAGTCTTCGTCTTTGGGAGGCCGCGCACAACTAGCAGAATTATCAGGGGGCGCAACGTAACTGTGCTGATGTCAACCGGCTGCCTGCTTCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACGCAGGTa < 1:299653/150‑1 (MQ=255) tCGCAAGAGACATGCTGCTTAAGTCTTCGTCTTTGGGAGGCCGCGCACAACTAGCAGAATTATCAGGGGGCGCAACGTAACTGTGCTGATGTCAACCGGCTGCCTGCTTCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACGCAGGTAGAGc < 1:430391/150‑1 (MQ=255) agagACATGCTGCTTAAGTCTTCGTCTTTGGGAGGCCGCGCACAACTAGCAGAATTATCAGGGGGCGCAACGTAACTGTGCTGATGTCAACCGGCTGCCTGCTTCGGCCTCTTCGCGGGTgaacccgctcctacgcggattaccacatcc > 2:93643‑M1/1‑120 (MQ=255) aCATGCTGCTTAAGTCTTCGTCTTTGGGAGGCCGCGCACAACTAGCAGAATTATCAGGGGGCGCAACGTAACTGTGCTGATGTCAACCGGCTGCCTGCTTCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACGCAGGTAGAGCCTATCCTTg > 2:476660/1‑150 (MQ=255) tgctgcTTAAGTCTTCGTCTTTGGGAGGCCGCGCACAACTAGCAGAATTATCAGGGGGCGCAACGTAACTGTGCTGATGTCAACCGGCTGCCTGCTTCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACGCAGGTAGAGCCTATCCTTgggg > 2:126341/1‑150 (MQ=255) ttGGGAGGCCGCGCACAACTAGCAGAATTATCAGGGGGCGCAACGTAACTGTGCTGATGTCAACCGGCTGCCTGCTTCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACGCAGGTAGAGCCTATCCTTGGGGAT‑GTGGTAATCCGCGTAGGa < 1:476660/150‑1 (MQ=255) gggAGGCCGCGCACAACTAGCAGACTTATCAGGGGGCGCAACGTAACTGTGCTGATGTCAACCGGCTGCCTGCTTCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCTGCCCCTACGCAGGTAGAGCCTATCCTTGGAGAT‑GTGGTAATCCGCGTAGgcgc > 1:492150/1‑150 (MQ=255) gAGGCCGCGCACAACTAGCAGAATTATCAGGGGGCGCAACGTAACTGTGCTGATGTCAACCGGCTGCCTGCTTCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACGCAGGTAGAGCCTATCCTTGGGGAT‑GTGGTAATCCGCGTAGGAGCgg < 2:282649/150‑1 (MQ=255) gcgcACAACTAGCAGAATTATCAGGGGGCGCAACGTAACTGTGCTGATGTCAACCGGCTGCCTGCTTCGGCCTCTTCGCGGGTgaacccgctcctacgcggattaccacatccccaaggatagtctctacctgcgtaggggcgggtttac < 1:93643‑M1/150‑68 (MQ=255) aCTAGCAGAATTATCAGGGGGCGCAACGTAACTGTGCTGATGTCAACCGGCTGCCTGCTTCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACGCAGGTAGAGCCTATCCTTGGGGAT‑GTGGTAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCacccgcgaa > 2:79436‑M2/1‑141 (MQ=255) gCAGAATTATCAGGGGGCGCAACGTAACTGTGCTGATGTCAACCGGCTGCCTGCTTCGGCCTCTTCGCGGGTgaacccgctcctacgcggattaccacatccccaaggataggctctacctgcgtaggggcgg < 2:432534‑M1/133‑62 (MQ=255) gCAGAATTATCAGGGGGCGCAACGTAACTGTGCTGATGTCAACCGGCTGCCTGCTTCGGCCTCTTCGCGGGTgaacccgctcctacgcggattaccacatccccaaggataggctctacctgcgtaggggcgg > 1:432534‑M1/1‑72 (MQ=255) gAATTATCAGGGGGCGCAACGTAACTGTGCTGATGTCAACCGGCTGCCTGCTTCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACGCAGGTAGAGCCTATCCTTGGGGAT‑GTGGTAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCa > 2:132569/1‑150 (MQ=255) cAGGGGGCGCAACGTAACTGTGCTGATGTCAACCGGCTGCCTGCTTCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACGCAGGTAGAGCCTATCCTTGGGGAT‑GTGGTAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCAGTTCAgg < 1:126341/150‑1 (MQ=255) aaCGTAACTGTGCTGATGTCAACCGGCTGCCTGCTTCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACGCAGGTAGAGACTATCCTTGGGGAT‑GTGGTAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCAGTTCAGGCGGCAGAGgt > 1:443206/1‑150 (MQ=255) tAACTGTGCTGATGTCAACCGGCTGCCTGCTTCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACGCAGGTAGAGCCTATCCTTGGGGAT‑GTGGTAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCAGTTCAGGCGGCAGAGGTGTTa > 1:248683/1‑150 (MQ=255) aaCCGGCTGCCTGCTTCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACGCAGGTAGAGCCTATCCTTgg < 1:67345/67‑1 (MQ=255) aaCCGGCTGCCTGCTTCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACGCAGGTAGAGCCTATCCTTgg < 1:67300/67‑1 (MQ=255) aaCCGGCTGCCTGCTTCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACGCAGGTAGAGCCTATCCTTgg > 2:67345/1‑67 (MQ=255) aaCCGGCTGCCTGCTTCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACGCAGGTAGAGCCTATCCTTgg > 2:67300/1‑67 (MQ=255) aCCGGCTGCCTGCTTCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACGCAGGTAGAGCCTATCCTTGGGGAT‑GTGGTAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATgg < 2:160155/108‑1 (MQ=255) aCCGGCTGCCTGCTTCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACGCAGGTAGAGCCTATCCTTGGGGAT‑GTGGTAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACACGCGAATgg > 1:160155/1‑108 (MQ=255) ctgcTTCGGCCTCTTCGCGGTTAAACCCGCCCCTACGCAGGTAGAGCCTATCCTTGGGGAT‑GTGGTAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCAGTTCAGGCGGCAGAGGTGTTAGCCCATCTCCGCCCGCAGCTGCTCGa > 2:173275/1‑150 (MQ=255) gcTTCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACGCAGGTAGAGCCTATCCTTGGGGAT‑GTGGTAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCAGTTCAGGCGGCAGAGGTGTTAGCCCATCTCCGCCCGCAGCTGCTCGATc < 1:132569/150‑1 (MQ=255) tCGGCCTCGTCGCGGGTAACCCCGCCCGTACGTTTGTAGTGAGACTGCTACGGGATCGTGCT‑AGCCGCGTAGGGGTGGGTGCTCCCGCGAATGGGCCAGTTCAGGCGGCCGAGCTGTTAGCCCATCTCCGCCCGGAGCTGCTCGATCCGc < 2:492150/150‑1 (MQ=255) ggCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACGCAGGTAGAGCCTATCCTTGGGGAT‑GTGGTAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCAGTTCAGGCGGCAGAGGTGTTAGCCCATCTCCGCCCGCAGCTGCTCGATCCGCTg > 2:93615/1‑150 (MQ=255) ttCGCGGGTgaacccgctcctacgcggattaccacatccccaaggataggctctacctgcgtaggggcgggtttacccgcgaagaggccgaagcaggcagccggttgacatcagcacagttacgttgcgccccctgataattctgctagt > 2:79436‑M1/1‑9 (MQ=255) gTAAACCCGCCCCTACGCAGGTAGAGACTATCCTTGGGGAT‑GTGGTAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCacccgcgaagaggccgaagcaggcagccggttgacatcagcacagttacgttgcgccccctgataattctgctagttgtgcgc < 1:93643‑M2/150‑84 (MQ=255) | GTGACTTTCACTTGAGAGCGCCTCGCAAGAGACATGCTGCTTAAGTCTTCGTCTTTGGGAGGCCGCGCACAACTAGCAGAATTATCAGGGGGCGCAACGTAACTGTGCTGATGTCAACCGGCTGCCTGCTTCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACGCAGGTAGAGCCTATCCTTGGGGAT‑GTGGTAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCAGTTCAGGCGGCAGAGGTGTTAGCCCATCTCCGCCCGCAGCTGCTCGATCCGCTGGTCCTTCGCTACC > NC_002947/398453‑398747 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |