| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 398599 | 21 (1.120) | 4 (0.230) | 4/228 | NT | 18.4% | intergenic (‑112/+100) | PP_0331/PP_0332 | hypothetical protein/acyltransferase |
| ? | NC_002947 | = 398664 | 16 (0.920) | intergenic (‑177/+35) | PP_0331/PP_0332 | hypothetical protein/acyltransferase | |||||
ACTAGCAGAATTATCAGGGGGCGCAACGTAACTGTGCTGATGTCAACCGGCTGCCTGCTTCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACGCAGGTAGAGCCTATCCTTGGGGAT‑GTGGTAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCAGTTCAGGCGGCAGAGGTGTTAGCCCATCTCCGCCCGCAGCTGCTCGATCCGCTGGTCCTTCGCTACCCACAGCTGGTTCACCCAAGCCTGCACCGCCTGACGAAACTCGGGATCATTCTCGTAAT > NC_002947/398524‑398805 | aCTAGCAGAATTATCAGGGGGCGCAACGTAACTGTGCTGATGTCAACCGGCTGCCTGCTTCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACGCAGGTAGAGCCTATCCTTGGGGAT‑GTGGTAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCacccgcgaa > 2:79436‑M2/1‑141 (MQ=255) gAATTATCAGGGGGCGCAACGTAACTGTGCTGATGTCAACCGGCTGCCTGCTTCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACGCAGGTAGAGCCTATCCTTGGGGAT‑GTGGTAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCa > 2:132569/1‑150 (MQ=255) cAGGGGGCGCAACGTAACTGTGCTGATGTCAACCGGCTGCCTGCTTCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACGCAGGTAGAGCCTATCCTTGGGGAT‑GTGGTAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCAGTTCAgg < 1:126341/150‑1 (MQ=255) aaCGTAACTGTGCTGATGTCAACCGGCTGCCTGCTTCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACGCAGGTAGAGACTATCCTTGGGGAT‑GTGGTAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCAGTTCAGGCGGCAGAGgt > 1:443206/1‑150 (MQ=255) tAACTGTGCTGATGTCAACCGGCTGCCTGCTTCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACGCAGGTAGAGCCTATCCTTGGGGAT‑GTGGTAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCAGTTCAGGCGGCAGAGGTGTTa > 1:248683/1‑150 (MQ=255) aCCGGCTGCCTGCTTCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACGCAGGTAGAGCCTATCCTTGGGGAT‑GTGGTAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATgg < 2:160155/108‑1 (MQ=255) aCCGGCTGCCTGCTTCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACGCAGGTAGAGCCTATCCTTGGGGAT‑GTGGTAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACACGCGAATgg > 1:160155/1‑108 (MQ=255) ctgcTTCGGCCTCTTCGCGGTTAAACCCGCCCCTACGCAGGTAGAGCCTATCCTTGGGGAT‑GTGGTAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCAGTTCAGGCGGCAGAGGTGTTAGCCCATCTCCGCCCGCAGCTGCTCGa > 2:173275/1‑150 (MQ=255) gcTTCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACGCAGGTAGAGCCTATCCTTGGGGAT‑GTGGTAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCAGTTCAGGCGGCAGAGGTGTTAGCCCATCTCCGCCCGCAGCTGCTCGATc < 1:132569/150‑1 (MQ=255) tCGGCCTCGTCGCGGGTAACCCCGCCCGTACGTTTGTAGTGAGACTGCTACGGGATCGTGCT‑AGCCGCGTAGGGGTGGGTGCTCCCGCGAATGGGCCAGTTCAGGCGGCCGAGCTGTTAGCCCATCTCCGCCCGGAGCTGCTCGATCCGc < 2:492150/150‑1 (MQ=255) ggCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACGCAGGTAGAGCCTATCCTTGGGGAT‑GTGGTAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCAGTTCAGGCGGCAGAGGTGTTAGCCCATCTCCGCCCGCAGCTGCTCGATCCGCTg > 2:93615/1‑150 (MQ=255) gTAAACCCGCCCCTACGCAGGTAGAGACTATCCTTGGGGAT‑GTGGTAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCacccgcgaagaggccgaagcaggcagccggttgacatcagcacagttacgttgcgccccctgataattctgctagttgtgcgc < 1:93643‑M2/150‑84 (MQ=255) ccGCCCCTACGCAGGTAGAGCCTATCCTTGGGGAT‑GTGGTAATCCGCGTAGGAGCGTGTTCACCCGCGAATGGGCCAGTTCAGGCGGCAGAGGTGTTAGCCCATCTCCGCCCGCAGCGGCTCGAGCCGCTGGTCCTTCGATAACCCCAGc > 2:211112/1‑150 (MQ=255) ccGCCCCTACGCAGGTAGAGCCTATCCTTGGGGAT‑GTGGTAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCacccgcgaagaggccgaagcaggcagccggttgacatcagcacagttacgttgcgccccctgataattctgc > 1:432534‑M2/1‑61 (MQ=255) ccGCCCCTACGCAGGTAGAGCCTATCCTTGGGGAT‑GTGGTAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCacccgcgaagaggccgaagcaggcagccggttgacatcagcacagttacgttgcgccccctgataattctgc < 2:432534‑M2/133‑73 (MQ=255) agCCTATCCTTGGGGAT‑GTGGTAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCAGTTCa > 1:99861/1‑64 (MQ=255) agCCTATCCTTGGGGAT‑GTGGTAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCAGTTCa < 2:99861/64‑1 (MQ=255) aTCCTTGGGGAT‑GTGGTAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCAGTTCAGGCGGCAGAGGTGTTAGCCCATCTCCGCCCGCAGCTGCTCGATCCGCTGGTCCTTCGCTACCCACAGCTGGTTCACCCAAGCCTGCACCGc < 2:443206/150‑1 (MQ=255) aTCCTTGGGGAT‑GTGGTAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCAGTTCAGGCGGCAGAGGTGTTAGCCCATCTCCGCCCGCAGCTGCTCGATCCGCTGGTCCTTCGCTACCCACAGCTGGTTCACCCAAGCCTGCACCGc < 1:185417/150‑1 (MQ=255) ggAT‑GTGGTAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCacccgcgaagaggccgaagcaggcagccggttgacatcagcacagttacgttgcgccccctgataattctgctagttgtgcgcggcctcccaaagacgaagacttaagcagcatgtctct > 2:93643‑M2/1‑30 (MQ=255) tgGTAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCAGTTCAGGCGGCAGAGGTGTTAGCCCATCTCCGCCCGCAGCTGCTCGATCCGCTGGTCCTTCGCTACCCACAGCTGGTTCACCCAAGCCTGCACCGCCTGACGAAACTCg > 2:369905/1‑150 (MQ=255) aaTCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCAGTTCAGGCGGCAGAGGTGTTAGCCCATCTCCGCCCGCAGCTGCTCGATCCGCTGGTCCTTCGCTACCCACAGCTGGTTCACCCAAGCCTGCACCGCCTGACGAAACTCGGGAt < 1:93615/150‑1 (MQ=255) aGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCAGTTCAGGCGGCAGAGGTGTTAGCCCATCTCCGCCCGCAGCTGCTCGATCCGCTGGTCCTTCGCTACCCACAGCTGGTTCACCCAAGCCTGCACCGCCTGACGAAACTCGGGATCATTCTCGTAAt > 1:49959/1‑150 (MQ=255) | ACTAGCAGAATTATCAGGGGGCGCAACGTAACTGTGCTGATGTCAACCGGCTGCCTGCTTCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACGCAGGTAGAGCCTATCCTTGGGGAT‑GTGGTAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCAGTTCAGGCGGCAGAGGTGTTAGCCCATCTCCGCCCGCAGCTGCTCGATCCGCTGGTCCTTCGCTACCCACAGCTGGTTCACCCAAGCCTGCACCGCCTGACGAAACTCGGGATCATTCTCGTAAT > NC_002947/398524‑398805 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |