| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 4860676 | 23 (1.220) | 3 (0.170) | 3/236 | NT | 12.5% | coding (419/2331 nt) | ligA | DNA ligase |
| ? | NC_002947 | = 4860710 | 20 (1.110) | coding (385/2331 nt) | ligA | DNA ligase | |||||
CTCGGCCTGGGCGGCATTGAGCCGGTCGAAGCCGGCCTTGCTCATGTACACCTCGCCGCGCACCTCCAGCACTGCCGGCCAGCCCTTACCCTGCAACTTGAGCGGGATGTTGCGCACGGTGCGTACGTTGGCGCTGATGTCTTCGCCAGTGGTGCCGTCGCCACGGGTGGCGCCCTGCACCAGCTGGCCGTCGCGGTACAGCAGGCTCACGGCCAGGCCATCGAGCTTGGGTTCGCAGCTGTAGTCGACCGCGCCCGGCTGATCGAGGCCTTCTACCACGCGACGGCCGAACTCAC > NC_002947/4860528‑4860823 | ctcggcctGGGCGGCATTGAGCCGGTCGAAGCCGGCCTTGCTCATGTACACCTCGCCGCGCACCTCCAGCACTGCCGGCCAGCCCTTACCCTGCAACTTGAGCGGGATGTTGCGCACGGTGCGTACGTTGGCGCTGATGTCTTCGCCAgt > 2:120230/1‑150 (MQ=255) ttGAGCCGGTCGAAGCCGGCCTTGCTCATGTACACCTCGCCGCGCACCTCCAGCACTGCCGGCCAGCCCTTACCCTGCAACTTGAGCGGGATGTTGCGCACGGTGCGTACGTTGGCGCTGATGTCTTCGCCAGTGGTGCCGTCGCCACgg < 2:15531/150‑1 (MQ=255) gAGCCGGTCGAAGCCGGCCTTGCTCATGTACACCTCGCCGCGCACCTCCAGCACTGCCGGCCAGCCCTTACCCTGCAACTTGAGCGGGATGTTGCGCACGGTGCGTACGTTGGCGCTGATGTCTTCGCCAGTGGTGCCGTCGCCACGGGt < 2:193850/150‑1 (MQ=255) ttGCTCATGTGCACCTCGCCGCGCACCTCCAGCACGGCCGGCCAGCCCTTACCCTGCAACTTGAGCGGGATGTTGCGCACGGTGCGTACGTTGGCGCTGATGTTTTCGCCAGctggtgcagggcgccacccgtggcgacggcaccactgg < 2:496954‑M1/150‑39 (MQ=255) aCCTCCAGCACTGCCGGCCAGCCCTTACCCTGCAACTTGAGCGGGATGTTGCGCACGGTGCGTACGTTGGCGCTGATGTCTTCGCCAGTGGTGCCGTCGCCACGGGTGGCGCCCTGCACCAGCTGGCCGTCGCGGTACAGCAGGCTCACg > 2:270158/1‑150 (MQ=255) ccAGCCCTTACCCTGCAACTTGAGCGGGATGTTGCGCACGGTGCGTACGTTGGCGCTGATGTCTTCGCCAGTGGTGCCGTCGCCACGGGTGGCGCCCTGCACCAGCTGGCCGTCGCGGTACAGCAGGCTCACGGCCAGGCCATCGAGCtt < 2:27115/150‑1 (MQ=255) ccAGCCCTTACCCTGCAACTTGAGCGGGATGTTGCGCACGGTGCGTACGTTGGCGCTGATGTCTTCGCCAGTGGTGCCGTCGCCACGGGTGGCGCCCTGCACCAGCTGGCCGTCGCGGTACAGCAGGCTCACGGCCAGGCCATCGAGCtt < 1:120230/150‑1 (MQ=255) cAGCCCTTACCCTGCAACTTGCGCGGGATGTTGCGCACGGTGCGTACGTTGGCGCTGATGTCTTCGCCAGTGGTGCCGTCGCCACGGGTGGCGCCCTGCACCAGCTGGCCGTCGCGGTGCAGCAGGCTCACGGCCAGGCCATCGAGCTTg > 2:167875/1‑150 (MQ=255) ccTTACCCTGCAACTTGAGCGGGATGTTGCGCACGGTGCGTACGTTGGCGCTGATGTCTTCGCCAGTGGTGCCGTCGCCACGGGTGGCGCCCTGCAc < 1:253829/97‑1 (MQ=255) ccTTACCCTGCAACTTGAGCGGGATGTTGCGCACGGTGCGTACGTTGGCGCTGATGTCTTCGCCAGTGGTGCCGTCGCCACGGGTGGCGCCCTGCAc > 2:253829/1‑97 (MQ=255) ttACCCTGCAACTTGAGCGGGATGTTGCGCACGGTGCGTACGTTGGCGCTGATGTCTTCGCCAGTGGTGCCGTCGCCACGGGTGgc > 2:88106/1‑86 (MQ=255) ttACCCTGCAACTTGAGCGGGATGTTGCGCACGGTGCGTACGTTGGCGCTGATGTCTTCGCCAGTGGTGCCGTCGCCACGGGTGgc < 1:88106/86‑1 (MQ=255) aCCCTGCAACTTGAGCGGGATGTTGCGCACGGTGCGTACGTTGGCGCTGATGTCTTCGCCAGTGGTGCCGTCGCCACGGGTGGCGCCCTGCACCAGCTGGCCGTCGCGGTACAGCAGGCTCACGGCCAGGCCATCGAGCTTGGGTTCGCa > 2:3300/1‑150 (MQ=255) cTGCAACTTGAGCTGGATGTTGCGCACGGTGCGTACGTTGGCGCTGATGTCTTCGCCAGTGGTGCCGTCGCCACGGGTGGCGCCCTGCACCAGCTGGCCGTCGCGGTACAGCAGGCTCACGGCCAGGCCATCGAGCTTg > 2:127103/1‑139 (MQ=255) cTGCAACTTGAGCGGGATGTTGCGCACGGTGCGTACGTTGGCGCTGATGTCTTCGCCAGTGGTGCCGTCGCCACGGGTGGCGCCCTGCACCAGCTGGCCGTCGCGGTACAGCAGGCTCACGGCCAGGCCATCGAGCTTg < 1:127042/139‑1 (MQ=255) cTGCAACTTGAGCGGGATGTTGCGCACGGTGCGTACGTTGGCGCTGATGTCTTCGCCAGTGGTGCCGTCGCCACGGGTGGCGCCCTGCACCAGCTGGCCGTCGCGGTACAGCAGGCTCACGGCCAGGCCATCGAGCTTg < 1:127103/139‑1 (MQ=255) cTGCAACTTGAGCGGGATGTTGCGCACGGTGCGTACGTTGGCGCTGATGTCTTCGCCAGTGGTGCCGTCGCCACGGGTGGCGCCCTGCACCAGCTGGCCGTCGCGGTACAGCAGGCTCACGGCCAGGCCATCGAGCTTg > 2:127042/1‑139 (MQ=255) tGCAACTTGAGCGGGATGTTGCGCACGGTGCGTACGTTGGCGCTGATGTCTTCGCCAGTGGTGCCGTCGCCACGGGTGgc > 2:195612/1‑80 (MQ=255) tGCAACTTGAGCGGGATGTTGCGCACGGTGCGTACGTTGGCGCTGATGTCTTCGCCAGTGGTGCCGTCGCCACGGGTGgc < 1:195612/80‑1 (MQ=255) aaCTTGAGCGGGATGTTGCGCACGGTGCGTACGTTGGCGCTGATGTCTTCGCCAGctggtgcagggcgccacccgtggcgacggcaccac > 1:66853‑M1/1‑55 (MQ=255) aaCTTGAGCGGGATGTTGCGCACGGTGCGTACGTTGGCGCTGATGTCTTCGCCAGctggtgcagggcgccacccgtggcgacggcaccac < 2:66853‑M1/90‑36 (MQ=255) gATGTTGCGCACGGTGCGTACGTTGGCGCTGATGTCTTCGCCAGTGGTGCCGTCGCCACGGGTGGCGCCCTGCACCAGCTGGCCGTCGCGGTACAGCAGGCTCACGGCCAGGCCATCGAGCTTGGGTTCGCAGCTGTAGTCGACCGCGcc > 1:282156/1‑150 (MQ=255) gTGCGTACGTTGGCGCTGATGTCTTCGCCAGTGGTGCCGTCGCCACGGGTGGCGCCCTGCACCAGCTGGCCGTCGCGGTACAGCAGGCTCACGGCCAGGCCATCGAGCTTGGGTTCGCAGCTGTAGTCGACCGCGCCCGGCTGATCGAgg < 1:270158/150‑1 (MQ=255) gTTGGCGCTGATGTCTTCGCCAGTGGTGCCGTCGCCACGGGTGGCGCCCTGCACCAGCTGGCCGTCGCGGTACAGCAGGCTCACGGCCAGGCCATCGAGCTTgg > 2:404138/1‑104 (MQ=255) gTTGGCGCTGATGTCTTCGCCAGTGGTGCCGTCGCCACGGGTGGCGCCCTGCACCAGCTGGCCGTCGCGGTACAGCAGGCTCACGGCCAGGCCATCGAGCTTgg < 1:404138/104‑1 (MQ=255) ttCGCCAGTGGTGCCGTCGCCACGGGTGGCGCCCTGCACCAGCTGGCAGTAGCGGTACAGCAGGCTCACGGCCAGGCCATCGAGCTTgg > 2:335135/1‑89 (MQ=255) ttCGCCAGTGGTGCCGTCGCCACGGGTGGCGCCCTGCACCAGCTGGCAGTAGCGGTACAGCAGGCTCACGGCCAGGCCATCGAGCTTgg < 1:335135/89‑1 (MQ=255) ccAGTGGTGCCGTCGCCACGGGTGGCGCCCTGCACCAGctggcgaaaacatcagcgccaacgtacgcaccgtgcgcaacatcccgctcaagttgcagggtaagggctggccggccgtgctggaggtgcgcggcgaggtgcacatgagcaa < 2:496954‑M2/150‑113 (MQ=255) cAGTGGTGCCGTCGCCACGGGTGGCGCCCTGCACCAGCTGGCCGTCGCGGTACAGCAGGCTCACGGCCAGGCCATCGAGCTTGGGTTCGCAGCTGTAGTCGACCGCGCCCGGCTGATCGAGGCCTTCTACCACGCGACGGCCGAACTCAc < 1:3300/150‑1 (MQ=255) gtggtgCCGTCGCCACGGGTGGCGCCCTGCACCAGctggcgaagacatcagcgccaacgtacgcaccgtgcgcaacatcccgctcaagtt < 2:66853‑M2/90‑56 (MQ=255) gtggtgCCGTCGCCACGGGTGGCGCCCTGCACCAGctggcgaagacatcagcgccaacgtacgcaccgtgcgcaacatcccgctcaagtt > 1:66853‑M2/1‑35 (MQ=255) | CTCGGCCTGGGCGGCATTGAGCCGGTCGAAGCCGGCCTTGCTCATGTACACCTCGCCGCGCACCTCCAGCACTGCCGGCCAGCCCTTACCCTGCAACTTGAGCGGGATGTTGCGCACGGTGCGTACGTTGGCGCTGATGTCTTCGCCAGTGGTGCCGTCGCCACGGGTGGCGCCCTGCACCAGCTGGCCGTCGCGGTACAGCAGGCTCACGGCCAGGCCATCGAGCTTGGGTTCGCAGCTGTAGTCGACCGCGCCCGGCTGATCGAGGCCTTCTACCACGCGACGGCCGAACTCAC > NC_002947/4860528‑4860823 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |