New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 353374 = | 30 (1.600) | 3 (0.170) | 3/230 | NT | 10.5% | coding (959/1179 nt) | cbcV | choline/betaine/carnitine ABC transporter ATP binding protein |
? | NC_002947 | 353413 = | 23 (1.310) | coding (920/1179 nt) | cbcV | choline/betaine/carnitine ABC transporter ATP binding protein |
GCCTCACGCATGCCGATGTCGGCGTGCACCACGGTCGGCCTGCGCTCCAGCAGCTCCACATCTTGCCCCGGTGCCCATTTCTGCATGTCCAGCCCGTTCTGGCCTTGGCGTGCACGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCAAGGTCCAGCCACGAATCGATACCTGGGTCCAGGCACACCGAGCCATTGACCCGCTTGCAGTTGTCCAGGCTGCGCATCAGGCTGCGCCCGCACAGCACGTTCAGCGGGTTGGTATGGGCGACGAAGGTGCGCACGTATTCGTCGGCCGGGTTC > NC_002947/353272‑353562 | gCCTCACGCATGCCGATGTCGGCGTGCACCACGGTCGGCCTGCGCTCCAGCAGCTCCACATCTTGCCCCGGTGCCCATTTCTGCATGTCCAGCCCGTTCTGGCCTTGGCGTGCACGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCAAGGTCCAGCCAc < 2:190339/150‑1 (MQ=255) cTCACGCATGCCGATGTCGGCGTGCACCACGGTCGGCCTGCGCTCCAGCAGCTCCACATCTTGCCCCGGTGCCCATTTCTGCATGTCCAGCCCGTTCTGGCCTTGGCGTGCACGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCAAGGTCCAGCCACGa > 1:188389/1‑150 (MQ=255) aTGCCGATGTCGGCGTGCACCACGGTCGGCCTGCGCTCCAGCAGCTCCACATCTTGCCCCGGTGCCCATTTCTGCATGTCCAGCCCGTTCTGGCCTTGGCGTGCACGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCAAGGTCCAGCCACGAATCGAtc > 2:93524/1‑149 (MQ=255) cGATGTCGGCGTGCACCACGGTCGGCCTGCGCTCCAGCAGCTCCACATCTTGCCCCGGTGCCCATTTCTGCATGTCCAGCCCGTTCTGGCCTTGGCGTGCACGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCAAGGTcc < 1:334324/131‑1 (MQ=255) cGATGTCGGCGTGCACCACGGTCGGCCTGCGCTCCAGCAGCTCCACATCTTGCCCCGGTGCCCATTTCTGCATGTCCAGCCCGTTCTGGCCTTGGCGTGCACGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCAAGGTcc > 2:334324/1‑131 (MQ=255) tCGGCGTGCACCACGGTCGGCCTGCGCTCCAGCAGCTCCACATCTTGCCCCGGTGCCCATTTCTGCATGTCCAGCCCGTTCTGGCCTTGGCGTGCACGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCCACGTCCAGCCACGAATCGATACCTGGGTcc < 1:93524/150‑1 (MQ=255) cctgatgcgcagcctggacaactgcaagcgggtcaatggctcggtgtgcctggacccaggtatcgattcgtggctggaCCTTGGCGTGCACGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCAAGGTCCa > 2:715‑M1/79‑121 (MQ=255) cctgatgcgcagcctggacaactgcaagcgggtcaatggctcggtgtgcctggacccaggtatcgattcgtggctggaCCTTGGCGTGCACGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCAAGGTCCa < 1:715‑M1/43‑1 (MQ=255) accacGGTCGGCCTGCGCTCCAGCAGCTCCACATCTTGCCCCGGTGCCCATTTCTGCATGTCCAGCCCGTTCTGGCCTTGGCGTGCACGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCAAGGTCCAGCCACGAATCGATACCTGGGTCCAGGCACAcc > 1:409931/1‑150 (MQ=255) cGGTCGGCCTGCGCTCCAGCAGCTCCACATCTTGCCCCGGTGCCCATTTCTGCATGTCCAGCCCGTTCTGGCCTTGGCGTGCACGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCAAGGTCCAGCCACGAATCGATATCTGGGTCCAGGCACACCGAGc < 2:226852/150‑1 (MQ=255) tCGGCCTGCGCTCCAGCAGCTCCACATCTTGCCCCGGTGCCCATTTCTGCATGTCCAGCCCGTTCTGGCCTTGGCGTGCACGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCAAGGTCCAGCCACGAATCGATACCTGGGTCCAGGCACACCGAGCCAt < 2:20523/150‑1 (MQ=255) gCCTGCGCTCCAGCAGCTCCACATCTTGCCCCGGTGCCCATTTCTGCATGTCCAGCCCGTTCTGGCCTTGGCGTGCACGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCAAGGTCCAGCCACGAATCGATACCTGGGTCCAGGCACACCGAGCCATTGa < 2:113363/150‑1 (MQ=255) tGCGCTCCAGCAGCTCCACATCTTGCCCCGGTGCCCATTTCTGCATGTCCAGCCCGTTCTGGCCTTGGCGTGCACGCTTGAGCGCGCCGCCTTCTCCAAGGTCCAGCCACGAATCGATTCCTGGTTCCAGGCACACCGAGCCagatcgga > 2:488180/1‑143 (MQ=255) gcTCCAGCAGCTCCACATCTTGCCCCGGTGCCCATTTCTGCATGTCCAGCCCGTTCTGGCCTTGGCGTGCACGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCAAGGTCCAGCCACGAATCGATACCTGGGTCCAGGCACACCGAGCCATTGACCCGCt > 2:296805/1‑150 (MQ=255) cagcTCCACATCTTGCCCCGGTGCCCATTTCTGCATGTCCAGCCCGTTCTGGCCTTGGCGTGCACGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCAAGGTCCAGCCACGAATCGATACCTGGGTCCAGGCACACCGAGCCATTGACCCGCTTGCAGtt > 1:292617/1‑150 (MQ=255) gcTCCACATCTTGCCCCGGTGCCCATTTCTGCATGTCCAGCCCGTTCTGGCCTTGGCGTGCACGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCAAGGTCCAGCCACGAATCGATACCTGGGTCCAGGCACACCGCGCCCTTGGTCCGCGTGCtgttgt < 2:314574/150‑1 (MQ=255) gcTCCACATCTTGCCCCGGTGCCCATTTCTGCATGTCCAGCCCGTTCTGGCCTTGGCGTGCACGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCAAGGTCCAGCCACGAATCGATACCTGGGTCCAGGCACACCGAGCCATTGACCCGCTTGCAGTTGt > 1:454814/1‑150 (MQ=255) cTCCACATCTTGCCCCGGTGCCCATTTCTGCATGTCCAGCCCGTTCTGGCCTTGGCGTGCACGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCAAGGTCCAGCCACGAATCGATACCTGGGTCCAGGCACACCGAGCCATTGACCCGCTTGCAGTTGTc < 2:409931/150‑1 (MQ=255) cacaTCTTGCCCCGGTGCCCATTTCTGCATGTCCAGCCCGTTCTGGCCTTGGCGTGCACGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCAAGGTCCAGCCACGAATc < 2:28455/99‑1 (MQ=255) cacaTCTTGCCCCGGTGCCCATTTCTGCATGTCCAGCCCGTTCTGGCCTTGGCGTGCACGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCAAGGTCCAGCCACGAATc > 1:28455/1‑99 (MQ=255) cATTTCTGCATGTCCAGCCCGTTCTGGCCTTGGCGTGCACGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCAAGGTCCAGCCACGAATCGATACCTGGGTCCAGGCACACCGAGCCATTGACCCGCTTGCAGTTGTCCAGGCTGCGCATCAGGCTgcgc < 2:454814/150‑1 (MQ=255) ccAGCCCGTTCTGGCCTTGGCGTGCACGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCAAGGTCCAGCCACGAATCGATACCTGGGTCCAGGCACACCGAGCCATTGACCCGCTTGCAGTTGTCCAGGCTGCGCATCAGGCTGCGCCCGCACAGCACGt > 1:64451/1‑150 (MQ=255) cAGCCCGTTCTGGCCTTGGCGTGCACGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCAAGGTCCAGCCACGAATCGATACCTGGGTCCAGGCACACCGAGCCATTGACCCGCTTGCAGTTGTCCAGGCTGCGCATCAGGCTGCGCCCGCACAGCACGtt > 1:297604/1‑150 (MQ=255) cAGCCCGTTCTGGCCTTGGCGTGCAACATGTTGCGCGCCGCCTTCGCCAAGGTCCAGCCACGAATCGATACCTGGGTCCAGGCACACCGAGCCATTGACCCGCTTGCAGTTGTCCAGGCTGCGCATCAGGCTGCGCCCGCACAGCACGtt > 1:474344/1‑150 (MQ=255) tggaccttggcgaaggcggcgcgctcaagcgtgcacgccaaggTCCAGCCACGAATCGATACCTGGGTCCAGGCACACCGAGCCATTGACCCGCTTGCAGTTGTCCAGGCTGCGCATCAgg < 1:715‑M2/78‑1 (MQ=255) tggaccttggcgaaggcggcgcgctcaagcgtgcacgccaaggTCCAGCCACGAATCGATACCTGGGTCCAGGCACACCGAGCCATTGACCCGCTTGCAGTTGTCCAGGCTGCGCATCAgg > 2:715‑M2/44‑121 (MQ=255) tGGCCTTGGCGTGCACGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCAAGGTCCAGCCACGAATCGATACCTGGGTCCAGGCACACCGAGCCATTGACCCGCTTGCAGTTGTCCAGGCTGCGCATCAGGCTGCGCCCGCACAGCACGTTCAGCGGGTTg < 2:188389/150‑1 (MQ=255) cttggcgaaggcggcgcgctcaagcgtgcacgccaaggTCCAGCCACGAATCGATACCTGGGTCCAGGCACACCGAGCCATTGACCCGCTTGCAGTTGTCCAGGCTGCGCATCAGGCTGCGCCCGCACAGCACGTTCAGCGGGTTGGTAt > 1:87125‑M2/39‑150 (MQ=255) CTTGGCGTGCACGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCAAGGTCCAGCCACGAATCGATACCTGGGTCCAGGCACACCGAGCCATTGACCCGCTTg < 2:426701‑M1/92‑1 (MQ=255) CTTGGCGTGCACGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCAAGGTCCAGCCACGAATCGATACCTGGGTCCAGGCACACCGAGCCATTGACCCGCTTg > 1:426701‑M1/1‑92 (MQ=255) cGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCAAGGTCCAGCCACGAATCGATACCTGGGTCCAGGCACACCGAGCCATTGACCCGCTTGCAGTTGTCCAGGCTGCGCATCAGGCTGCGCCCGCACAGCACGTTCAGCGGGTTGGTATGGGCGACGAAg < 1:407562/150‑1 (MQ=255) cGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCAAGGTCCAGCCACGAATCGATACCTGGGTCCAGGCACACCGAGCCATTGACCCGCTTGCAGTTGTCCAGGCTGCGCATCAGGCTGCGCCCGCACAGCACGTCCAGCGGGTTGGTATGGGCGACGAAg < 2:64451/150‑1 (MQ=255) tCGCCAAGGTCCAGCCACGAATCGATACCTGGGTCCAGGCACACCGAGCCATTGACCCGCTTGCAGTTGTCCAGGCTGCGCATCAGGCTGCGCCCGCACAGCACGTTCAGCGGGTTGGTATGGGCGACGAAGGTGCGCACGTATtcgtcg < 2:368169/150‑1 (MQ=255) tCGCCAAGGTCCAGCCACGAATCGATACCTGGGTCCAGGCACACCGAACCATTGACCCGCTTGCAGTTGTCCAGGCTGCGCATCAGGCTGCGCCCGCACAGCACGTTCAGCGGGTTGGTATGGGCGACGAAGGTGCGCACGTATtcgtcg < 1:111617/150‑1 (MQ=255) ccaaggTCCAGCCACGAATCGATACCTGGGTCCAGGCACACCGAGCCATTGACCCGCTTGCAGTTGTCCAGGCTGCGCATCAGGCTgc > 2:316751‑M2/7‑88 (MQ=255) ccaaggTCCAGCCACGAATCGATACCTGGGTCCAGGCACACCGAGCCATTGACCCGCTTGCAGTTGTCCAGGCTGCGCATCAGGCTgc < 1:316751‑M2/82‑1 (MQ=255) tCCAGCCACGAATCGATACCTGGGTCCAGGCACACCGAGCCATTGGCCCGCTTGCAGTTGTCAAGGCTGCGCATCAGGCTGCGCCCGCACAGCACGTTCAGCGGGTTGGTATGGGCGACGAAGGTGCGCACGTATTCGTCGGCCGGGTTc > 2:177413/1‑150 (MQ=255) | GCCTCACGCATGCCGATGTCGGCGTGCACCACGGTCGGCCTGCGCTCCAGCAGCTCCACATCTTGCCCCGGTGCCCATTTCTGCATGTCCAGCCCGTTCTGGCCTTGGCGTGCACGCTTGAGCGCGCCGCCTTCGCCAAGGTCCAGCCACGAATCGATACCTGGGTCCAGGCACACCGAGCCATTGACCCGCTTGCAGTTGTCCAGGCTGCGCATCAGGCTGCGCCCGCACAGCACGTTCAGCGGGTTGGTATGGGCGACGAAGGTGCGCACGTATTCGTCGGCCGGGTTC > NC_002947/353272‑353562 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |