| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 2429960 | 25 (0.840) | 7 (0.310) | 7/214 | 1.8 | 24.5% | intergenic (+47/+66) | PP_2129/PP_2130 | hypothetical protein/lytic transglycosylase |
| ? | NC_002947 | = 2429975 | 24 (1.050) | intergenic (+62/+51) | PP_2129/PP_2130 | hypothetical protein/lytic transglycosylase | |||||
ACTTTCCGCGAAAAAGAAGGCGACGTGCTGTTCGGCCAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGCCAATCCACCAATGGCTGCGGTGAATTCAGCTTCTGCCCGTAGATCACCGAATAC > NC_002947/2429812‑2430107 | aCTTTCCGCGAAAAAGAAGGCGACGTGCTGTTCGGCCAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAAc < 1:103526/150‑1 (MQ=255) tttCCGCGAAAAAGAAGGCGAAGTGCTGTTCGGCAAGAACCTGGCGGGGGGTGGCAGTGGGTGGCGGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGa > 2:295961/1‑150 (MQ=38) aaaaGAAGGCGACGTGCTGTTCGGCCAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCaaa < 1:690132/150‑1 (MQ=255) aGGCGACGTGCTGTTCGGCCAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCttg > 1:457936‑M2/1‑147 (MQ=255) cGTGCTGTTCGGCCAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCttgtaggag > 2:691751‑M2/1‑141 (MQ=255) gTGCTGTTCGGCCAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCttgtag > 2:603860‑M2/1‑140 (MQ=255) gTGCTGTTCGGCCAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCttgtag < 1:603860‑M2/146‑7 (MQ=255) gCTGTTCGGCCAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCttgtaggagcgg > 1:546791‑M2/1‑138 (MQ=255) gCTGTTCGGCCAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAAgggtttgagcggtcgttgtaggagcgg < 2:292479‑M1/150‑28 (MQ=255) cTGTTCGGCCAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCTTACAACGACCGCTCAAACCCttgtaggagcggg > 1:346006‑M2/1‑137 (MQ=255) cTGTTCGGCCAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCttgtaggagcggg > 2:41560‑M2/1‑137 (MQ=255) ttCGGCCAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAAgggtttgagcggtcgttgtaggagcgggttc > 1:164304‑M1/1‑119 (MQ=255) tgtacagaaCCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCttgtaggagcggggtcac < 1:186677‑M2/146‑19 (MQ=255) agtgaacCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCttgtaggagcgggttgacccg < 1:316128‑M2/147‑22 (MQ=255) cAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAAgggtttgagcggtcgttgtag > 2:371242‑M1/1‑113 (MQ=255) cAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAAgggtttgagcggtcgttgtag < 1:371242‑M1/134‑22 (MQ=255) aGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGTGAAGCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCtggtaggagcggggtccccggcg < 2:233542‑M2/150‑24 (MQ=255) ccTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAAgggtttgagcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaaga < 2:164304‑M1/150‑43 (MQ=255) cTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCttgtaggagcgggttcacccgcgaagaggccg > 1:382432‑M2/1‑118 (MQ=255) gATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAAgggtttgagcggtcgttgtaggagcggg < 1:303338‑M1/126‑29 (MQ=255) gATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAAgggtttgagcggtcgttgtaggagcggg > 2:303338‑M1/1‑98 (MQ=255) tggCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCa < 2:501234/150‑1 (MQ=255) ggATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTATTGCCTGCGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAAGCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATc < 1:295961/150‑1 (MQ=255) ttAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAATCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATAcc < 1:21975/149‑1 (MQ=255) gTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATAcc > 1:257638/1‑150 (MQ=255) aacccTGGAATAGGTGTGTCGCCTGCGCCGGCCTCTTCGCGGGTGACCCCCCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGTGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCa < 1:233542/147‑1 (MQ=38) ttGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGCCAATCCACCAATGGc > 2:362361/1‑150 (MQ=255) gCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGCCAATCCACCAATGGCTg > 2:218558/1‑150 (MQ=255) cTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGGACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGCCAATCCACCAATGGCTGCg > 2:587134/1‑150 (MQ=255) tgtgCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGCCAATCCACCAATGGCTGCgg < 1:218558/150‑1 (MQ=255) cGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAAgggtttgagcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaggccggcacaggcaacacacctattccaggatttctacttccatccccacctccagccacccactgccatccacag > 1:382432‑M1/1‑32 (MQ=255) gCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGc < 2:412322/123‑1 (MQ=255) gCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGc > 1:412322/1‑123 (MQ=255) ccTCTACGCGGGTGAACACGCTCCTTCCCCACACGACCAAATCCTGATATGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCATTCATGCCAATCCACCAATGGCTGCGGTGAATTCa < 2:257638/150‑1 (MQ=255) tctTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCttgtaggagcgggttcacccgcgaagaggccggcacaggcaacacacctattccaggatttctacttccatccccacctccagccacccactgccatccacagccagg < 2:164304‑M2/150‑109 (MQ=255) tctTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTAGAACAAATACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGCCAATCCAACACTGGCTGCGGTGAATTCAGc > 1:224517/1‑150 (MQ=38) cgccGGGGACCCCGCTCCTACCAgggtttgagcggtcgttgtaggagcggcttcacccgcgaagaggcctgcacaggcaacacacctattccaggatttctacttccatccccacctccagccacccactgccatccacagccaggttct < 2:233542‑M1/150‑128 (MQ=255) gcgGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGACCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGCCAATCCACCAATGGCTGCGGTGAATTAAATTTCTg > 1:356204/1‑150 (MQ=255) cgGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGCCAATCCACCAATGGCTGCGGTGAATTCAGCTTCTGc < 2:204577/150‑1 (MQ=255) cgGGTCAACCCGCTCCTACAAgggtttgagcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaggccggcacaggcaacacacctattccaggatttctacttccatccccacctccagccacccactgccatccacagccaggttcact < 1:316128‑M1/150‑130 (MQ=255) gTGACCCCGCTCCTACAAgggtttgagcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaggccggcacaggcaacacacctattccaggatttctacttccatccccacctccagccacccactgccatccacagccaggttctgtaca < 1:186677‑M1/150‑133 (MQ=255) gAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCttgtaggagcgggttcacccgcgaagaggccggcacaggcaacacacctattccaggatttctacttccatccccacctccagccacccactgccatccacagccaggttctggccgaa > 1:164304‑M2/1‑31 (MQ=255) gAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTGATAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGCCAATCCACCAATGGCTGCGGTGAATTCAGCTTCTGCCCGTa > 1:412074/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACAAgggtttgagcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaggccggcacaggcaacacacctattccaggatttctacttccatccccacctccagccacccactgccatccacagccaggttctggccgaacag > 2:41560‑M1/1‑13 (MQ=255) cccGCTCCTACAAgggtttgagcggtcgttgtaagagcgggttcacccgcgaagaggccggcacaggcaacacacctattccaggatttctacttccatccccacctccagccacccactgccatccacagccaggttctggccgaacag > 1:346006‑M1/1‑13 (MQ=255) cccGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCttgtaggagcgggttcacccgcgaagaggccggcacaggcaacacacctattccaggatttctacttccatccccacctccagccacccactgccatc > 2:303338‑M2/1‑28 (MQ=255) cccGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCttgtaggagcgggttcacccgcgaagaggccggcacaggcaacacacctattccaggatttctacttccatccccacctccagccacccactgccatc < 1:303338‑M2/126‑99 (MQ=255) cccGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGCCAATCCACCAATGGCTGCGGTGAATTCAGCTTCTGCCCGTAGAt > 2:184658/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACAAgggtttgagcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaggccggcacaggcaacacacctattccaggatttctacttccatccccacctccagccacccactgccatccacagccaggttctggccgaacagc > 1:546791‑M1/1‑12 (MQ=255) ccGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCttgtaggagcgggttcacccgcgaagaggccggtacaggcaacacacctattccaggatttctacttccatccccacctccagccacccactgccatccacagccaggttctggccgaacagc < 2:292479‑M2/150‑124 (MQ=255) ccGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGCCAATCCACCAATGGCTGCGGt < 1:472112/126‑1 (MQ=255) ccGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGCCAATCCACCAATGGCTGCGGt > 2:472112/1‑126 (MQ=255) ccGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGCCAATCCACCAATGGCTGCGGTGAATTCAGCTTCTGCCCGTAGATc > 2:335961/1‑150 (MQ=255) cTCCTACAAgggtttgagcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaggccggcacaggcaacacacctattccaggatttctacttccatccccacctccagccacccactgccatccacagccaggttctggccgaacagcacg > 2:691751‑M1/1‑9 (MQ=255) cTACAAgggtttgagcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaggccggcacaggcaacacacctattccaggatttctacttccatccccacctccagccacccactgccatccacagccaggttctggccgaacagcac > 2:603860‑M1/1‑6 (MQ=255) cTACAAgggtttgagcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaggccggcacaggcaacacacctattccaggatttctacttccatccccacctccagccacccactgccatccacagccaggttctggccgaacagcac < 1:603860‑M1/146‑141 (MQ=255) cTACAACGACCGCTCAAACCCttgtaggagcgggttcacccgcgaagaggccggtacaggcaacacacctattccaggatttctacttccatccccacctccagccacccactgccatccacagccaggttctg > 2:371242‑M2/1‑21 (MQ=255) cTACAACGACCGCTCAAACCCttgtaggagcgggttcacccgcgaagaggccggtacaggcaacacacctattccaggatttctacttccatccccacctccagccacccactgccatccacagccaggttctg < 1:371242‑M2/134‑114 (MQ=255) tACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGCCAATCCACCAATGGCTGCGGTGAATTGAGCTTCTGCCCGTAGATCAcc > 2:151022/1‑146 (MQ=255) tACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGCCAATCCACCAATGGCTGCGGTGAATTCAGCTTCTGCCCGTAGATCAcc < 1:151022/146‑1 (MQ=255) cAAgggtttgagcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaggccggcacaggcaacacacctattccaggatttctacttccatccccacctccagccacccactgccatccacagccaggttctggccgaacagcacgtcgcct > 1:457936‑M1/1‑3 (MQ=255) | ACTTTCCGCGAAAAAGAAGGCGACGTGCTGTTCGGCCAGAACCTGGCTGTGGATGGCAGTGGGTGGCTGGAGGTGGGGATGGAAGTAGAAATCCTGGAATAGGTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCTCAAACCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCTCAACAGCAATCACATGTCATCGAAATACCGTTCATGCCAATCCACCAATGGCTGCGGTGAATTCAGCTTCTGCCCGTAGATCACCGAATAC > NC_002947/2429812‑2430107 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |