New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 840427 | 46 (1.020) | 4 (0.090) | 4/238 | NT | 7.8% | coding (278/861 nt) | ispE | 4‑diphosphocytidyl‑2C‑methyl‑D‑erythritol kinase |
? | NC_002947 | = 840463 | 50 (1.150) | coding (242/861 nt) | ispE | 4‑diphosphocytidyl‑2C‑methyl‑D‑erythritol kinase |
CGCGTACGAACACCGGCACATCGGCGCCCAGGCTCAGGCCCAGTGCGGCCAGGCGGTCTTCGTCCCAGTCCAGTTGCCACAGGTGGGCCAGGGCCAGCAGGGTGGTCGCGGCGTCTGAGCTGCCACCGCCGATACCTCCGCCCATGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCGTGGTGCCCGATTGTGCTTGCAGCATGCGCGCGGCCCGTACGATCAGGTTGCTGTCGTGGGGGACGGCCTCGATCTCGGTGTGCAAGCGGATCACGCCATCGTCACGCAGGGCAA > NC_002947/840278‑840574 | cgcgTACGAACCCCGGCACATCGGCGCCCAGGCTCAGGCCCAGTGCGGCCAGGCGGTCTTCGTCCCAGTCCAGTTGCCACAGGTGGGCCAGGGCCAGCAGGGTGGTCGCGGCGTCTGAGCTGCCACCGCCGATACCTCCGCCCATGGGCA < 1:109502‑M1/150‑1 (MQ=255) gTACGAACACCGGCACATCGGCGCCCAGGCTCAGGCCCAGTGCGGCCAGGCGGTCTTCGTCCCAGTCCAGTTGCCACAGGTGGGCCAGGGCCAGCAGGGTGGTCGCGGCGTCTGAGCTGCCACCGCCGATACCTCCGCCCATGGGCAGTa > 2:147175/1‑150 (MQ=255) aaCACCGGCACATCGGCGCCCAGGCTCAGGCCCAGTGCGGCCAGGCGGTCTTCGTCCCAGTCCAGTTGCCACAGGTGGGCCAGGGCCAGCAGGGTGGTCGCGGCGTCTGAGCTGCCACCGCCGATACCTCCGCCCATGGGCAGTACCTTg < 1:1102888/150‑1 (MQ=255) aaCACCGGCACATCGGCGCCCAGGCTCAGGCCCAGTGCGGCCAGGCGGTCTTCGTCCCAGTCCAGTTGCCACAGGTGGGCCAGGGCCAGCAGGGTGGTCGCGGCGTCTGAGCTGCCACCGCCGATACCTCCGCCCATGGGCAGTACCTTg < 2:138869/150‑1 (MQ=255) aaCACCGGCACATCGGCGCCCAGGCTCAGGCCCAGTGCGGCCAGGCGGTCTTCGTCCCAGTCCAGTTGCCACAGGTGGGCCAGGGCCAGCAGGGTGGTCGCGGCGTCTGAGCTGCCACCGCCGATACCTCCGCCCATGGGCAGTACCTTg < 1:67479/150‑1 (MQ=255) cacCGGCACATCGGCGCCCAGGCTCAGGCCCAGTGCGGCCAGGCGGTCTTCGTCCCAGTCCAGTTGCCACAGGTGGGCCAGGGCCAGCAGGGTGGTCGCGGCGTCTGAGCTGCCACCGCCGATACCTCCGCCCATGGGCAGTACCTTGGt < 1:710668/150‑1 (MQ=255) ggCGCCCAGGCTCAGGCCCAGTGCGGCCAGGCGGTCTTCGTCCCAGTCCAGTTGCCACAGGTGGGCCAGGGCCAGCAGGGTGGTCGCGGCGTCTGAGCTGCCACCGCCGATACCTCCGCCCATGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTc < 1:538978/150‑1 (MQ=255) cgcCCAGGCTCAGGCCCAGTGCGGCCAGGCGGTCTTCGTCCCAGTCCAGTTGCCACAGGTGGGCCAGGGCCAGCAGGGTGGTCGCGGCGTCTGAGCTGCCACCGCCGATACCTCCGCCCATGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCgg < 2:993839/150‑1 (MQ=255) ccAGGCTCAGGCCCAGTGCGGCCAGGCGGTCTTCGTCCCAGTCCAGTTGCCACAGGTGGGCCAGGGCCAGCAGGGTGGTCGCGGCGTCTGAGCTGCCACCGCCGATACCTCCGCCCATGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGgcgc > 1:556589/1‑150 (MQ=255) aGGCCCAGTGCGGCCAGGCGGTCTTCGTCCCAGTCCAGTTGCCACAGGTGGGCCAGGGCCAGCAGGGTGGTCGCGTTTTTTGAGCTGCCATCGCCGATACCTCCGCCCATGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCgtg < 1:147175/150‑1 (MQ=255) aGGCCCAGTGCGGCCAGGCGGTCTTCGTCCCAGTCCAGTTGCCACAGGTGGGCCAGGGCCAGCAGGGTGGTCGCGGCGTCTGAGCTGCCACCGCCGATACCTCCGCCCATGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCgtg > 2:1201084/1‑150 (MQ=255) aGGCCCAGTGCGGCCAGGCGGTCTTCGTCCCAGTCCAGTTGCCACAGGTGGGCCAGGGCCAGCAGGGTGGTCGCGGCGTCTGAGCTGCCACCGCCGATACCTCCGCCCATGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCgtg < 1:671147/150‑1 (MQ=255) ccAGTGCGGCCAGGCGGTCTTCGTCCCAGTCCAGTTGCCACAGGTGGGCCAGGGCCAGCAGGGTGGTCGCGGCGTCTGAGCTGCCACCGCCGATACCTCCGCCCATGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCGTGGtgc < 1:758338‑M2/150‑4 (MQ=255) ccAGGCGGTCTTCGTCCCAGTCCAGTTGCCACAGGTGGGCCAGGGCCAGCAGGGTGGTCGCGGCGTCTGAGCTGCCACCGCCGATACCTCCGCCCATGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCGTGGTGCCCGATtgtg > 1:1108653/1‑150 (MQ=255) ggCGGTCTTCGTCCCAGTCCAGTTGCCACAGGTGGGCCAGGGCCAGCAGGGTGGTCGCGGCGTCTGAGCTGCCACCGCCGATACCTCCGCCCATGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCGTGGTGCCCGATTGTGAtt < 2:1108653/150‑1 (MQ=255) gCGGTCTTCGTCCCAGTCCAGTTGCCACAGGTGGGCCAGGGCCAGCAGGGTGGTCGCGGCGTCTGAGCTGCCACCGCCGATACCTCCGCCCATGGGCGGTCGATCGCTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCGTGGTGCCCGATTGTGCTTg < 2:533815/150‑1 (MQ=255) ggTCTTCGTCCCAGTCCAGTTGCCACAGGTGGGCCAGGGCCAGCAGGGTGGTCGCGGCGTCTGAGCTGCCACCGCCGATACCTCCGCCCATGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCGTGGTGCCCGATtgtg < 2:799950/144‑1 (MQ=255) ggTCTTCGTCCCAGTCCAGTTGCCACAGGTGGGCCAGGGCCAGCAGGGTGGTCGCGGCGTCTGAGCTGCCACCGCCGATACCTCCGCCCATGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCGTGGTGCCCGATtgtg > 1:799950/1‑144 (MQ=255) ggTCTTCGTCCCAGTCCAGTTGCCACAGGTGGGCCAGGGCCAGCAGGGTGGTCGCGGCGTCTGAGCTGCCACCGCCGATACCTCCGCCCATGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCGTGGTGCCCGATTGTGCTTgca > 1:85065/1‑150 (MQ=255) gtccagtTGCCACAGGTGGGCCAGGGCCAGCAGGGTGGTCGCGGCGTCTGAGCTGCCACCGCCGATACCTCCGCCCATGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCGTGGTGCCCGATTGTGCTTGCAGCATGCGCGCGGc > 2:744817/1‑150 (MQ=255) gtccagtTGCCACAGGTGGGCCAGGGCCAGCAGGGTGGTCGCGGCGTCTGAGCTGCCACCGCCGATACCTCCGCCCATGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCGTGGTGCCCGATTGTGCTTGCAGCATGCGCGCGGc > 2:478129/1‑150 (MQ=255) gcttgcgcaGTTGGGCCAGGGCCAGCAGGGTGGTCGCGGCGTCTGAGCTGCCACCGCCGATACCTCCGCCCATGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCGTGGTGCCCGATTGTGCTTGCAGCATGCGCGCGGCCCGTa > 2:47121/8‑150 (MQ=255) ccACAGGTGGGCCAGGGCCAGCAGGGTGGTCGCGGCGTCTGAGCTGCCACCGCCGATACCTCCGCCCATGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCGTGGTGCCCGATTGTGCTTGCAGCATGCGCGCGGCCCGTACGAt < 2:364467/150‑1 (MQ=255) cacaGGTGGGCCAGGGCCAGCAGGGTGGTCGCGGCGTCTGAGCTGCCACCGCCGATACCTCCGCCCATGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCGTGGTGCCCGATTGTGCTTGCAGCATGCGCGCGGCCCGTACGATc > 2:683649/1‑150 (MQ=255) tGGGCCAGGGCCAGCAGGGTGGTCGCGGCGTCTGAGCTGCCACCGCCGATACCTCCGCCCATGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCGTGGTGCCCGATTGTGCTTGCAGCATGCGCGCGGCCCGTACGATCAGGTTg > 1:1110607/1‑150 (MQ=255) gccagggccagCAGGGTGGTCGCGGCGTCTGAGCTGCCACCGCCGATACCTCCGCCCATGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGACAAGCGTGGTTCGCGATTGTGCTTGCAGCATGCGCGCGGCCCGTACGATCAGGTTGCTg > 2:635690/1‑150 (MQ=255) agggccagCAGGGTGGTCGCGGCGTCTGAGCTGCCACCGCCGATACCTCCGCCCATGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCGTGGTGCCCGATTGTGCTTGCAGCATGCGCGCGGCCCGTACGATCAGGTTGCTGTCg > 1:1119424/1‑150 (MQ=255) ggccagCAGGGTGGTCGCGGCGTCTGAGCTGCCACCGCCGATACCTCCGCCCATGGGCAccacgcttggcgccgacatctggctgaccaaggtactgccc > 2:181202‑M1/1‑59 (MQ=255) ggccagCAGGGTGGTCGCGGCGTCTGAGCTGCCACCGCCGATACCTCCGCCCATGGGCAccacgcttggcgccgacatctggctgaccaaggtactgccc < 1:181202‑M1/100‑42 (MQ=255) ccagCAGGGTGGTCGCGGCGTCTGAGCTGCCACCGCCGATACCTCCGCCCATGGGCAccacgcttggcgccgacatctggctgaccaaggtactgcccat > 1:187923‑M1/1‑57 (MQ=255) ccagCAGGGTGGTCGCGGCGTCTGAGCTGCCACCGCCGATACCTCCGCCCATGGGCAccacgcttggcgccgacatctggctgaccaaggtactgcccat < 2:187923‑M1/100‑44 (MQ=255) cagGGTGGTCGCGGCGTCTGAGCTGCCACCGCCGATACCTCCGCCCATGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCGTGGTGCCCGATTGTGCTTGCAGCATGCGCGCGGCCCGTACGATCAGGTTGCTGTCGTGGGGGAc < 2:556589/150‑1 (MQ=255) gcgTCTGAGCTGCCACCGCCGATACCTCCGCCCATGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCGTGGTGCCCGATTGTGCTTGCAGCATGCGCGCGGCCCGTACGATCAGGTTGCTGTCGTGGGGGACGGCCTCGATCTCg < 2:85065/150‑1 (MQ=255) gcgTCTGAGCTGCCACCGCCGATACCTCCGCCCATGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCGTGGTGCCCGATTGTGCTTGCAGCATGCGCGCGGCCCGTACGATCAGGTTGCTGTCGTGGGGGACGGCCTCGATCTCg < 1:478129/150‑1 (MQ=255) gAGCTGCCACCGTCGATACCTCCGCCCATGGGCAGTACCTTGGTCAGCAGCAAGCCGACCCGAACCGCTTTTCCCGCTTGTGCTTGCAGCATGCGCGCGGCCCGTACGATCAGGTTGCTGTCGTGGGGGACGGCCTCGATCTCGGTGTGc < 1:744817/150‑1 (MQ=255) aCCGCCGATACCTCCGCCCATGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCGTGGTGCCCGATTGTGCTTGCAGCATGCGCGCGGCCCGTACGATCAGGTTGCTGTCGTGGGGGACGGCCTCGATCTCGGTGTGCAAGCGGAt > 1:92732/1‑150 (MQ=255) ccgccgATACCTCCGCCCATGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCGTGGTGCCCGATTGTGCTTGCAGCATGCGCGCGGCCCGTACGATCAGGTTGCTGTCGTGGGGGACGGCCTCGATCTCGGTGTGCAAGCGGa < 2:1166544/148‑1 (MQ=255) ccgccgATACCTCCGCCCATGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCGTGGTGCCCGATTGTGCTTGCAGCATGCGCGCGGCCCGTACGATCAGGTTGCTGTCGTGGGGGACGGCCTCGATCTCGGTGTGCAAGCGGa > 1:1166544/1‑148 (MQ=255) gccgATACCTCCGCCCATGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCGTGGTGCCCGATTGTGCTTGCAGCATGCGCGCGGCCCGTACGATCAGGTTGCTGTCGTGGGGGACGGCCTCGATCTCGGTGTGCAAGCGGATCAc < 2:1143273/150‑1 (MQ=255) ccgATACCTCCGCCCATGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCGTGGTGCCCGATTGTGCTTGCAGCATGCGCGCGGCCCGTACGATCAGGTTGCTGTCGTGGGGGACGGCCTCGATCTCGGTGTGCAAGCGGATCACg > 1:210594/1‑150 (MQ=255) gATACCTCCGCCCATGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCGTGGTGCCCGATTGTGCTTGCAGCATGCGCGCGGCCCGTACGATCAGGTTGCTGTCGTGGGGGACGGCCTCGATCTCGGTGTGCAAGCGGATCACGcc > 1:599029/1‑150 (MQ=255) aCCTCCGCCCATGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCGTGGTGCCCGATTGTGCTTGCAGCATGCGCGCGGCCCGTACGATCAGGTTGCTGTCGTGGGGGACGGCCTCGATCTCGGTGTGCAAGCGGATCACGCCATc < 2:599029/150‑1 (MQ=255) tCCGCCCATGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCGTGGTGCCCGATTGTGCTTGCAGCATgcgcg > 1:453274/1‑77 (MQ=255) tCCGCCCATGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCGTGGTGCCCGATTGTGCTTGCAGCATgcgcg < 2:453274/77‑1 (MQ=255) tCCGCCCATGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCGTGGTGCCCGATTGTGCTTGCAGCATGCGCGCGGCCCGTACGATCAGGtt > 2:550685/1‑96 (MQ=255) tCCGCCCATGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCGTGGTGCCCGATTGTGCTTGCAGCATGCGCGCGGCCCGTACGATCAGGtt < 1:550685/96‑1 (MQ=255) gCCCATGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCGTGGTGCCCGATTGTGCTTGCAGCATGCGCGCGGCCCGTAc > 2:1091251/1‑84 (MQ=255) gCCCATGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCGTGGTGCCCGATTGTGCTTGCAGCATGCGCGCGGCCCGTAc < 1:1091251/84‑1 (MQ=255) gCCCATGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCGTGGTGCCCGATTGTGCTTGCAGCATGCGCGCGGCCCGTACGATGAGGTTGCTGTCGTGGGGGACGGCCTCGATCTCGGTGTGCAAGCGGATCACGCCATCGTCACg > 1:663779/1‑150 (MQ=255) ccATGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAATCGTGGTGCCCGATTGTGCTTGCAGCATGCGCGCGGCCCGTACGATCAGGTTGCTGTCGTGGGGGGCGGCCTCGATCTCGGTGTGAAAGCGGATCACGCCATCGTCACGCa > 1:1120712/1‑150 (MQ=255) ccATGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCGTGGTGCCCGATTGTGCTTGCAGCAt > 1:580315/1‑67 (MQ=255) ccATGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCGTGGTGCCCGATTGTGCTTGCAGCAt < 2:580315/67‑1 (MQ=255) ccATGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCGTGGTGCCCGATTGTGCTTGCAGCATGCGCGCGGCCCGTACGATCAGGTTGCTGTCGTGGGGGACGGCCTCGATCTCGGTGTGCAAGCGGATCACGCCATCGTCACGCa > 2:361694/1‑150 (MQ=255) aTGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCGTGGtgcccatgggcggaggtatcggcggtggcagctcagacgccgcgaccaccctgctgg < 2:187923‑M2/100‑58 (MQ=255) aTGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCGTGGtgcccatgggcggaggtatcggcggtggcagctcagacgccgcgaccaccctgctgg > 1:187923‑M2/1‑43 (MQ=255) gggCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCGTGGtgcccatgggcggaggtatcggcggtggcagctcagacgccgcgaccaccctgctggcc > 2:181202‑M2/1‑41 (MQ=255) gggCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCGTGGtgcccatgggcggaggtatcggcggtggcagctcagacgccgcgaccaccctgctggcc < 1:181202‑M2/100‑60 (MQ=255) gggCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCGTGGTGCCCGATTGTGCTTGCAGCATGCGCGCGGCCCGTACGATCAGGTTGCTGTCGTGGGGGACGGCCTCGATCTCGGTGTGCAAGCGGATCACGCCATCGTCACGCAGGGc > 2:1025602/1‑150 (MQ=255) gCAccacgcttggcgccgacatctggctgaccaaggtactgcccatgggcggaggtatcggcggtggcagctcagacgccgcgaccaccctgctggccctggcccacctgtggcaactggactgggacgaagaccgcctggccgcactgg < 1:758338‑M1/150‑148 (MQ=255) | CGCGTACGAACACCGGCACATCGGCGCCCAGGCTCAGGCCCAGTGCGGCCAGGCGGTCTTCGTCCCAGTCCAGTTGCCACAGGTGGGCCAGGGCCAGCAGGGTGGTCGCGGCGTCTGAGCTGCCACCGCCGATACCTCCGCCCATGGGCAGTACCTTGGTCAGCCAGATGTCGGCGCCAAGCGTGGTGCCCGATTGTGCTTGCAGCATGCGCGCGGCCCGTACGATCAGGTTGCTGTCGTGGGGGACGGCCTCGATCTCGGTGTGCAAGCGGATCACGCCATCGTCACGCAGGGCAA > NC_002947/840278‑840574 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |