| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 1009824 = | 34 (0.750) | 3 (0.070) | 3/232 | NT | 8.4% | coding (515/942 nt) | PP_0870 | glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter substrate‑binding protein |
| ? | NC_002947 | 1009864 = | 34 (0.810) | coding (475/942 nt) | PP_0870 | glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter substrate‑binding protein | |||||
CCTGCGAACACCTGGTTGTTGTGCATGGCCGTGTAGACCAGGCCCGCGTCCATCTGGCGGATGTTGGCGCGGCCGACCTGCAGGTCGTACATTTCCTTGAGCCCGACCAGGCCGTCGGGGCGGTTGGCGAACTCGGTGTCCAGAGCCACCAGGTGATTACGCTTGCGCTCGTCGCGCAGCACCTGGTTGAGGTCGCTGATCGAGTTGATCTGCGGGTAGGCCTCGGCGACCTGCTTCGGCAAGCCGAGGGCATAGGTGTTGCTGAATTTCGACGGGGTCAGCCAGATCAGGTCTTTT > NC_002947/1009677‑1009973 | aggccacttacgccaaggtcaaggagctggatgccaaaaaagacctgatctggctgaccccgtcgaaattcagcaacacctatgccctcggcttgccgaagcaggtcgccgaggcctacccgcagatcaactcgatcagcgacctcaAcc > 1:150290‑M1/148‑150 (MQ=255) tGCGAACACCTGGTTGTTGTGCATGGCCGTGTAGACCAGGCCCGCGTCCATCTGGCGGATGTTGGCGCGGCCGACCTGCAGGTCGTACATTTCCTTGAGCCCGACCAGGCCGTCGGGGCGGTTGGCGAACTCGGTGTCCAGAGCCACCAg > 2:1145458/1‑150 (MQ=255) cacttacgccaaggtcaaggagctggatgccaaaaaagacctgatctggctgaccccgtcgaaattcagcaacacctatgccctcggcttgccgaagcaggtcgccgaggcctacccgcagatcaactcgatcagcgacctcaACCAGGt < 2:515936‑M1/7‑1 (MQ=255) acttacgccaaggtcaaggagctggatgccaaaaaagacctgatctggctgaccccgtcgaaattcagcaacacctatgccctcggcttgccgaagcaggtcgccgaggcctacccgcagatcaactcgatcagcgacctcaACCAGGTg < 1:171701‑M1/8‑1 (MQ=255) acacCTGGTTGTTGTGCATGGCCGTGTAGACCAGGCCCGCGTCCATCTGGCGGATGTTGGCGCGGCCGACCTGCAGGTCGTACATTTCCTTGAGCCCGACCAGGCCGTCGGGGCGGTTGGCGAACTCGGTGTCCAGAGCCACCAGGTGAt > 1:283414/1‑150 (MQ=255) acCTGGTTGTTGTGCATGGCCGTGTAGACCAGGCCCGCGTCCATCTGGCGGATGTTGGCGCGGCCGACCTGCAGGTCGTACATTTCCTTGAGCCCGACCAAGCCGTCGGGGCGGTTGGCGAACTCGGTGTCCAGAGCCACCAGGTGATTa > 2:417013/1‑150 (MQ=255) ttgttgTGCATGGCCGTGTAGACCAGGCCCGCGTCCATCTGGCGGATGTTGGCGCGGCCGACCTGCAGGTCGTACATTTCCTTGAGCCCGACCAGGCCGTCGGGGCGGTTGGCGAACTCGGTGTCCAGAGCCACCAGGTGATTACGCTTg < 1:197753/150‑1 (MQ=255) gtgCATGGCCGTGTAGACCAGGCCCGCGTCCATCTGGCGGATGTTGGCGCGGCCGACCTGCAGGTCGTACATTTCCTTGAGCCCGACCAGGCCGTCGGGGCGGTTGGCGAACTCGGTGTCCAGAGCCACCAGGTGATTACGCTTGCGCtc < 1:798757/150‑1 (MQ=255) aCCAGGCCCGCGTCCATCTGGCGGATGTTGGCGCGGCCGACCTGCAGGTCGTACATTTCCTTGAGCCCGACCAGGCCGTCGGGGCGGTTGGCGAACTCGGTGTCCAGAGCCACCAGGTGATTACGCTTGCGCTCGTCGCGCAGCACCTgg < 1:221283/150‑1 (MQ=255) aaagacctgatctggctgaccccgtcgaaattcagcaacacctatgccctcggcttgccgaagcaggtcgccgaggcctacccgcagatcaactcgatcagcgacctcaACCAGGTGATTACGCTTGCGCTCGTCGCGCAGCACCTGGtt < 1:721747‑M1/41‑1 (MQ=255) ggCCCGCGTCCATCTGGCGGATGTTGGCGCGGCCGACCTGCAGGTCGTACATTTCCTTGAGCCCGACCAGGCCGTCGGGGCGGTTGGCGAACTCGGTGTCCAGAGCCACCAGGTGATTACGCTTGCGCTCGTCGCGCAGCACCTGGTTGa < 2:819123/150‑1 (MQ=255) ggCCCGCGTCCATCTGGCGGATGTTGGCGCGGCCGACCTGCAGGTCGTACATTTCCTTGAGCCCGACCAGGCCGTCGGGGCGGTTGGCGAACTCGGTGTCCAGAGCCACCAGGTGATTACGCTTGCGCTCGTCGCGCAGCACCTGGTTGa < 1:468217/150‑1 (MQ=255) agacctgatctggctgaccccgtcgaaattcagcaacacctatgccctcggcttgccgaagcaggtcgccgaggcctacccgcagatcaactcgatcagcgacctcaAc > 2:780834‑M1/108‑109 (MQ=255) agacctgatctggctgaccccgtcgaaattcagcaacacctatgccctcggcttgccgaagcaggtcgccgaggcctacccgcagatcaactcgatcagcgacctcaAc < 1:780834‑M1/2‑1 (MQ=255) agacctgatctggctgaccccgtcgaaattcagcaacacctatgaaaacggctttccggagcaggtcgccgaggcctacccgcagatcaactcgatcagcgacctcaACCAGGTGATTACGCTTGCGCTCGTCGCGCAGCACCTGGTTGa > 2:937912‑M1/108‑150 (MQ=255) gacctgatctggctgaccccgtcgaaattcagcaacacctatgccctcggcttgccgaagcaggtcgccgaggcctacccgcagatcaactcgatcagcgacctcaACCAGGTGATTACGCTTGCGCTCGTCGCGCAGCACCTGGTTGAg > 2:721747‑M1/107‑150 (MQ=255) ttGGCGCGGCCGACCTGCAGGTCGTACATTTCCTTGAGCCCGACCAGGCCGTCGGGGCGGTTGGCGAACTCGGTGTCCAGAGCCACCAGGTGATTACGCTTGCGCTCGTCGCGCAGCACCTGGTTGAGGTCGCTGATCGAGTTGATCTGc < 2:283414/150‑1 (MQ=255) tGGCGCGGCCGACCTGCAGGTCGTACATTTCCTTGAGCCCGACCAGGCCGTCGGGGCGGTTGGCGAACTCGGTGTCCAGAGCCACCAGGTGATTACGCTTGCGCTCGTCGCGCAGCACCTGGTTGAGGTCGCTGATCGAGTTGATCTGCg < 1:1163585/150‑1 (MQ=255) ggCGCGGCCGACCTGCAGGTCGTACATTTCCTTGAGCCCGACCAGGCCGTCGGGGCGGTTGGCGAACTCGGTGTCCAGAGCCACCAGGTGATTACGCTTGCGCTCGTCGCGCAGCACCTGGTTGAGGTCGCTGATCGAGTTGATCTGCgg < 2:700234/150‑1 (MQ=255) cgGCCGACCTGCAGGTCGTACATTTCCTTGAGCCCGACCAGGCCGTCGGGGCGGTTGGCGAACTCGGTGTCCAGAGCCACCAGGTGATTACGCTTGCGCTCGTCGCGCAGCACCTGGTTGAGGTCGCTGATCGAGTTGATCTGCGGGTAg < 1:1145458/150‑1 (MQ=255) gTCGTACATTTCCTTGAGCCCGACCAGGCCGTCGGGGCGGTTGGCGAACTCGGTGTCCAGAGCCACCAGGTGATTACGCTTGCGCTCGTCGCGCAGCACCTGGTTGAGGTCGCTGATCGAGTTGATCTGCGGGTAGGCCTCGGCGACCTg > 2:1022710/1‑150 (MQ=255) tCGTACATTTCCTTGAGCCCGACCAGGCCGTCGGGGCGGTTGGCGAACTCGGTGTCCAGAGCCACCAGGTGATTACGCTTGCGCTCGTCGCGCAGCACCTgg > 1:975230/1‑102 (MQ=255) tCGTACATTTCCTTGAGCCCGACCAGGCCGTCGGGGCGGTTGGCGAACTCGGTGTCCAGAGCCACCAGGTGATTACGCTTGCGCTCGTCGCGCAGCACCTgg < 2:975230/102‑1 (MQ=255) tCGTACATTTCCTTGAGCCCGACCAGGCACCGGGCCCAGCAAGCGGACTCGGTGTCCCGGGCCACCAGGTGATCACGACTGTGGCCAACCTGTACCACCTGGTTGAGGTCGCTGATCGAGTTGATCTGCGGGCAGACCTCGGCGACCTGc > 1:1178486/1‑150 (MQ=255) aTTTCCTTGAGCCCGACCAGGCCGTCGGGGCGGTTGGCGAACTCGGTGTCCAGAGCCACCAGGTGATTACGCTTGCGCTCGTCGCGCAGCACCTGGTTGAGGTCGCTGATCGAGTTGATCTGCGGGTAGGCCTCGGCGACCTGCTTCGGc > 1:638843/1‑150 (MQ=255) cccGACCAAGCCGTCGGGGCGGTTGGCGAACTCGGTGTCCAGAGCCACCAGGTGATTACGCTTGCGCTCGTCGCGCAGCACCTGGTTGAGGTCGCTGATCGAGTTGATCTGCGGGTAGGCCTCGGCGACCTGCTTCGGCAAGCCGAGGGc < 1:417013/150‑1 (MQ=255) ccGACCAGGCCGTCGGGGCGGTTGGCGAACTCGGTGTCCAGAGCCACCAGGTGATTACGCTTGCGCTCGTCGCGCAGCACCTGGTTGAGGTCGCTGATCGAGTTGATCTGCGGGTAGGCCTCGGCGACCTGCTTCGGCAAGCCGAGGGCa > 1:289085/1‑150 (MQ=255) ccGACCAGGCCGTCGGGGCGGTTGGCGAACTCGGTGTCCAGAGCCACCAGGTGATTACGCTTGCGCTCGTCGCGAAGACGATCAGTAAGTTCGCTGATTGAGTTGATCTGCGGGTCGACGTCGATGACCTCGTTCGGCTAGCCGAGGGCa > 1:327795/1‑150 (MQ=255) aCCAGGCCGTCGGGGCGGTTGGCGAACTCGGTGTCCAGAGCCACCAGGTGATTACGCTTGCGCTCGTCGCGCAGCACCTGGTTGAGGTCGCTGATCGAGTTGATCTGCGGGTAGGCCTCGGCGACCTGCTTCGGCAAGCCGAGGGCATAg < 2:289085/150‑1 (MQ=255) cAGGCCGTCGGGGCGGTTGGCGAACTCGGTGTCCAGAGCCACCAGGTGATTACGCTTGCGCTCGTCGCGCAGCACCTGGTTGAGGTCGCTGATCGAGTTGATCTGCGGGTAGGCCTCGGCGACCTGCTTCGGCAAGCCGAGGGCATAGgt > 2:202902/1‑150 (MQ=255) aGGCCGTCGGGGCGGTTGGCGAACTCGGTGTCCAGAGCCACCAGGTGATTACGCTTGCGCTCGTCGCGCAGCACCTGGTTGAGGTCGCTGATCGATTTGATCTGCGGGTAGGCCTCGGCGACCTGCTTCGGCAAGCCGAGGGCATAGgtg > 2:438341/1‑150 (MQ=255) aGGCCGTCGGGGCGGTTGGCGAACTCGGTGTCCAGAGCCACCAGGTGACTACGCTTGCGCTCGTCGCGCAGCACCTGGTTGAGGTCGCTGATCGAGTTGATCTGCGGGTAGGCCTCGGCGACCTGCTTCGGCAAGCCGAGGGCATAGgtg < 1:1167118/150‑1 (MQ=255) gCCGTCGGGGCGGTTGGCGAACTCGGTGTCCAGAGCCACCAGGTGATTACGCTTGCGCTCGTCGCGCAGCACCTGGTTGAGGTCGCTGATCGAGTTGATCTGCGGGTAGGCCTCGGCGAcc < 2:180901/121‑1 (MQ=255) gCCGTCGGGGCGGTTGGCGAACTCGGTGTCCAGAGCCACCAGGTGATTACGCTTGCGCTCGTCGCGCAGCACCTGGTTGAGGTCGCTGATCGAGTTGATCTGCGGGTAGGCCTCGGCGAcc > 1:180901/1‑121 (MQ=255) cGTCGGGGCGGTTGGCGAACTCGGTGTCCAGAGCCACCAGGTGATTACGCTTGCGCTCGTCGCGCAGCACCTGGTTGAGGTCGCTGATCGAGTTGATCTGCGGGTAGGCCTCGGCGACCTGCTTCGGCAAGCCGAGGGCATAGGTGTTGc < 1:1021694/150‑1 (MQ=255) gTCGGGGCGGTTGGCGAACTCGGTGTCCAGAGCCACCAGGTGATTACGCTTGCGCTCGTCGCGCAGCACCTGGTTGAGGTCGCTGATCGAGTTGAt < 2:212690/96‑1 (MQ=255) gTCGGGGCGGTTGGCGAACTCGGTGTCCAGAGCCACCAGGTGATTACGCTTGCGCTCGTCGCGCAGCACCTGGTTGAGGTCGCTGATCGAGTTGAt > 1:212690/1‑96 (MQ=255) ggCGGTTGGCGAACTCGGTGTCCAGAGCCACCAGGTGATTACGCTTGCGCTCGTCGCGCAGCACCTGGTTGAGGTCGCTGATCGAGTTGATCTGCGGGTAGGCCTCGGCGACCTGCTTCGGCAAGCCGAGGGCATAGGTGTTGCTGAAtt > 2:304339/1‑150 (MQ=255) ggTTGGCGAACTCGGTGTCCAGAGCCACCAGGTGATTACGCTTGCGCTCGTCGCGCAGCACCTGGTTGAGGTCGCTGATCGAGTTGATCTGCGGGTAGGCCTCGGCGACCTGCTTCGGCAAGCCGAGGGCATAGGTGTTGCTGAATTTCg > 1:1035589/1‑150 (MQ=255) ggCGAACTCGGTGTCCAGAGCCACCAGGTGATTACGCTTGCGCTCGTCGCGCAGCACCTGGTTGAGGTCGCTGATCGAGTTGATCTGCGGGTAGGCCTCGGCGACCTGCTTCGGCAAGCCGAGGGCATAGGTGTTGCTGAATTTCGACgg < 1:202902/150‑1 (MQ=255) aCTCGGTGTCCAGAGCCACCAGGTGATTACGCTTGCGCTCGTCGCGCAGCACCTGGTTGAGGTCGCTGATCGAGTTGATCTGCGGGTAGGCCTCGGCGACCTGCTTCGGCAAGCCGAGGGCATAGGTGTTGCTGAATTTCGACGGGGTCa < 1:438341/150‑1 (MQ=255) ccAGAGCCACCAGGTGATTACGCTTGCGCTCGTCGCGCAGCACCTGGTTGAGGTCGCTGATCGAGTTGATCTGCGGGTAGGCCTCGGCGACCTGCTTCGGCAAGCCGAGGGCATAGGTGTTGCTGAATTTCGACGGGGTCAGCCAGATCa < 1:538038/150‑1 (MQ=255) cAGAGCCACCAGGTGATTACGCTTGCGCTCGTCGCGCAGCACCTGGTTGAGGTCGCTGATCGAGTTGATCTGCGGGTAGGCCTCGGCGACCTGCTTCGGCAAGCCGAGGGCATAGGTGTTGCTGAATTTCGACGGGGTCAGCCAGATCAg > 1:168535/1‑150 (MQ=255) gagCCACCAGGTGATTACGCTTGCGCTCGTCGCGCAGCACCTGGTTGAGGTCGCTGATCGAGTTGATCTGCGGGTAGGCCTCGGCGACCTGCTTCGGCAAGCCGAGGGCATAGGTGTTGCTGAATTTCGACGGGGTCAGCCAGATCAGGt < 2:327795/150‑1 (MQ=255) ACCAGGTGATTACGCTTGCGCTCGTCGCGCAGCACCTGGTTGAGGTCGCTGATCGAGTTGATCTGCGGGTAGGCCTCGGCGACCTGCTTCGGCAAGCCGAGGGCATAGGTGTTGCTGAATTTCGACGGGGTCAGCCAGATCAGGTCtttt < 2:625959‑M1/150‑1 (MQ=255) ACCAGGTGATTACGCTTGCGCTCGTCGCGCAGCACCTGGTTGAGGTCGCTGATCGAGTTGATCTGCGGGTAGGCCTCGGCGACCTGCTTCGGCAAGCCGAGGGCATAGGTGTTGCTGAATTTCGACGGGGTCAGCCAGATCAGGTCtttt < 2:428796‑M1/150‑1 (MQ=255) | CCTGCGAACACCTGGTTGTTGTGCATGGCCGTGTAGACCAGGCCCGCGTCCATCTGGCGGATGTTGGCGCGGCCGACCTGCAGGTCGTACATTTCCTTGAGCCCGACCAGGCCGTCGGGGCGGTTGGCGAACTCGGTGTCCAGAGCCACCAGGTGATTACGCTTGCGCTCGTCGCGCAGCACCTGGTTGAGGTCGCTGATCGAGTTGATCTGCGGGTAGGCCTCGGCGACCTGCTTCGGCAAGCCGAGGGCATAGGTGTTGCTGAATTTCGACGGGGTCAGCCAGATCAGGTCTTTT > NC_002947/1009677‑1009973 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |