New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1201848 = | 41 (0.910) | 4 (0.090) | 4/238 | NT | 10.0% | coding (246/591 nt) | xcpW | type II secretion pathway protein XcpW |
? | NC_002947 | 1201887 = | 33 (0.760) | coding (285/591 nt) | xcpW | type II secretion pathway protein XcpW |
GCTGGCTGAAGGTGCGCGAACGCCTGCAGGACACCACTCGGCAAATCTCGGTGCTGGACTTTTGCCTGGCCCTGGAGCGGCGCTTCGACAGCCCGGTGCTGCGCCGTGTCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCT > NC_002947/1201700‑1201988 | gctggctgAAGGTGCGCGAACGCCTGCAGGACACCACTCGGCAAATCTCGGTGCTGGACTTTTGCCTGGCCCTGGAGCGGCGCTTCGACAGCCCGGTGCTGCGCCGTGTCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACt > 2:776753/1‑150 (MQ=255) tggctgAAGGTGCGCGAACGCCTGCAGGACACCACTCGGCAAATCTCGGTGCTGGACTTTTGCCTGGCCCTGGAGCGGCGCTTCGACAGCCCGGTGCTGCGCCGTGTCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTgg < 2:849098/150‑1 (MQ=255) cgagtcgttcgcgctgtacccagcgcggggcgccagcggcgtacaggtccgccgagctttccagcagcaggcgttgctcgcgggcctcgaaccgcaggcgctggcgttgcaggcgcgagccaccttcggctgccggcaggccggtgCTgg > 2:282275‑M1/147‑150 (MQ=255) gagtcgttcgcgctgtacccagcgcggggcgccagcggagtacaggtccgccgagctttccagcagcaggcgttgctcgcgggcctcgaaccgcaggcgctggcgttgcaggcgcgagccaccttcggctgccggcaggccggtgCTGGc < 1:5565‑M1/5‑1 (MQ=255) gctgAAGGTGCGCGAACGCCTGCAGGACACCACTCGGCAAATCTCGGTGCTGGACTTTTGCCTGGCCCTGGAGCGGCGCTTCGACAGCCCGGTGCTGCGCCGTGTCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCa > 2:921536/1‑150 (MQ=255) aaGGTGCGCGAACGCCTGCAGGACACCACTCGGCAAATCTCGGTGCTGGACTTTTGCCTGGCCCTGGAGCGGCGCTTCGACAGCCCGGTGCTGCGCCGTGTCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGccc < 1:776753/150‑1 (MQ=255) gcgctgtacccagcgcggggcgccagcggcgtacaggtccgccgagctttccagcagcaggcgttgctcgcgggcctcgaaccgcaggcgctggcgttgcaggcgcgagccaccttcggctgccggcaggccggtgCTgg < 2:47764‑M1/4‑1 (MQ=255) gcgctgtacccagcgcggggcgccagcggcgtacaggtccgccgagctttccagcagcaggcgttgctcgcgggcctcgaaccgcaggcgctggcgttgcaggcgcgagccaccttcggctgccggcaggccggtgCTgg > 1:47764‑M1/137‑140 (MQ=255) gcgAACGCCTGCAGGACACCACTCGGCAAATCTCGGTGCTGGACTTTTGCCTGGCCCTGGAGCGGCGCTTCGACAGCCCGGTGCTGCGCCGTGTCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCa > 2:721307/1‑150 (MQ=255) ccTGCAGGACACCACTCGGCAAATCTCGGTGCTGGACTTTTGCCTGGCCCTGGAGCGGCGCTTCGACAGCCCGGTGCTGCGCCGTGTCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGtt > 1:476809/1‑150 (MQ=255) cAGGACACCACTCGGCAAATCTCGGTGCTGGACTTTTGCCTGGCCCTGGAGCGGCGCTTCGACAGCCCGGTGCTGCGCCGTGTCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCtg > 2:56545/1‑150 (MQ=255) gACACCACTCGGCAAATCTCGGTGCTGGACTTTTGCCTGGCCCTGGAGCGGCGCTTCGACAGCCCGGTGTTGCGCCGTGTCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTgg > 2:899940/1‑150 (MQ=255) gACACCACTCGGCAAATCTCGGTGCTGGACTTTTGCCTGGCCCTGGAGCGGCGCTTCGACAGCCCGGTGCTGCGCCGTGTCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTgg < 2:480668/150‑1 (MQ=255) ccaccacTGCGCAAATCTCGTTGCTGGACTTTTACCTGGCCCTGGAGCGGCGCTTCGACAGCCCGGTGCTGCGCCGTGTCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTggg < 2:373435/149‑1 (MQ=255) accacTCGGCAAATCTCGGTGCTGGACTTTTGCCTGGCCCTGGAGCGGCGCTTCGACAGCCCGGTGCTGCGCCGTGTCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTc > 1:1132145/1‑150 (MQ=255) cacTCGGCAAATCTCGGTGCTGGACTTTTGCCTGGCCCTGGAGCGGCGCTTCGACAGCCCGGTGCTGCGCCGTGTCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCa > 1:155477/1‑120 (MQ=255) cacTCGGCAAATCTCGGTGCTGGACTTTTGCCTGGCCCTGGAGCGGCGCTTCGACAGCCCGGTGCTGCGCCGTGTCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCa < 2:155477/120‑1 (MQ=255) gCAAATCTCGGTGCTGGACTTTTGCCTGGCCCTGGAGCGGCGCTTCGACAGCCCGGTGCTGCGCCGTGTCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCAc > 2:626176/1‑150 (MQ=255) aTCTCGGTGCTGGACTTTTGCCTGGCCCTGGAGCGGCGCTTCGACAGCCCGGTGCTGCGCCGTGTCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGc < 2:476809/150‑1 (MQ=255) ttGCCTGGCCCTGGAGCGGCGCTTCGACAGCCCGGTGCTGCGCCGTGTCTACGACCAGCGTCGGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAgg < 2:76555/150‑1 (MQ=255) tGGCCCTGGAGCGGCGCTTCGACAGCCCGGTGCTGCGCCGTGTCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAAc > 2:944186/1‑101 (MQ=255) tGGCCCTGGAGCGGCGCTTCGACAGCCCGGTGCTGCGCCGTGTCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAAc < 1:944186/101‑1 (MQ=255) ccTGGAGCGGCGCTTCGACAGCCCGGTGCTGCGCCGTGTCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTcgcg > 2:579177/1‑150 (MQ=255) cTGGAGCGGCGCTTCGACAGCCCGGTGCTGCGCCGTGTCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCgcgc < 2:246391/150‑1 (MQ=255) gAGCCGCGCTTCGACAGCCCGGTGCTGCGCCGTGTCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTg < 2:489985/150‑1 (MQ=255) tcgcgggcctcgaaccgcaggcgctggcgttgcaggcgcgagccaccttcggctgccggcaggccggtgCTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCa < 1:932369‑M1/38‑1 (MQ=255) tcgcgggcctcgaaccgcaggcgctggcgttgcaggcgcgagccaccttcggctgccggcaggccggtgCTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCa > 2:932369‑M1/70‑107 (MQ=255) cgcTTCGACAGCCCGGTGCTGCGCCGTGTCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGc < 2:1092762/150‑1 (MQ=255) cTTCGACAGCCCGGTGCTGCGCCGTGTCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAg > 2:333738/1‑128 (MQ=255) cTTCGACAGCCCGGTGCTGCGCCGTGTCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAg < 1:333738/128‑1 (MQ=255) cTTCGACAGCCCGGTGCTGCGCCGTGTCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCa > 1:488013/1‑150 (MQ=255) aCAGCCCGGTGCTGCGCCGTGTCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGcc > 1:1015240/1‑150 (MQ=255) gaaccgcaggcgctggcgttgcaggcgcgagccaccttcggctgccggcaggccggtgCTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGcc < 2:469371‑M1/37‑1 (MQ=255) gaaccgcaggcgctggcgttgcaggcgcgagccaccttcggctgccggcaggccggtgCTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGcc > 1:469371‑M1/59‑95 (MQ=255) gctgcGCCGTGTCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGT‑GGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAg < 1:56545/150‑1 (MQ=255) tgtCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGa > 2:1190638/1‑150 (MQ=255) gtCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAg < 1:921536/150‑1 (MQ=255) tACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAg > 2:822444/1‑60 (MQ=255) tACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAg < 1:822444/60‑1 (MQ=255) tACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCaa > 1:818294/1‑150 (MQ=255) gACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCaa < 1:1024354/53‑1 (MQ=255) gACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCaa > 2:1024354/1‑53 (MQ=255) aCCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGAATGGCCGCCCGCCACCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGACGCCCGCGAGCAACGcc > 2:139667/1‑150 (MQ=255) ccAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCct > 1:865325/1‑150 (MQ=255) acTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAg > 2:840804/2‑150 (MQ=255) ccAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTcgg > 1:458746/1‑150 (MQ=255) ccGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGTAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGa > 1:1072731/1‑150 (MQ=255) ccGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGATCGGCGGa > 2:631407/1‑150 (MQ=255) gTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGAc > 2:141221/1‑149 (MQ=255) gTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGAc < 1:141221/149‑1 (MQ=255) ttGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCt < 1:1190638/150‑1 (MQ=255) | GCTGGCTGAAGGTGCGCGAACGCCTGCAGGACACCACTCGGCAAATCTCGGTGCTGGACTTTTGCCTGGCCCTGGAGCGGCGCTTCGACAGCCCGGTGCTGCGCCGTGTCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCT > NC_002947/1201700‑1201988 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |