New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1201848 = | 41 (0.910) | 4 (0.090) | 4/238 | NT | 10.0% | coding (246/591 nt) | xcpW | type II secretion pathway protein XcpW |
? | NC_002947 | 1201887 = | 33 (0.760) | coding (285/591 nt) | xcpW | type II secretion pathway protein XcpW |
GCAAATCTCGGTGCTGGACTTTTGCCTGGCCCTGGAGCGGCGCTTCGACAGCCCGGTGCTGCGCCGTGTCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCA > NC_002947/1201740‑1202036 | gCAAATCTCGGTGCTGGACTTTTGCCTGGCCCTGGAGCGGCGCTTCGACAGCCCGGTGCTGCGCCGTGTCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCAc > 2:626176/1‑150 (MQ=255) aTCTCGGTGCTGGACTTTTGCCTGGCCCTGGAGCGGCGCTTCGACAGCCCGGTGCTGCGCCGTGTCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGc < 2:476809/150‑1 (MQ=255) ttGCCTGGCCCTGGAGCGGCGCTTCGACAGCCCGGTGCTGCGCCGTGTCTACGACCAGCGTCGGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAgg < 2:76555/150‑1 (MQ=255) ccTGGAGCGGCGCTTCGACAGCCCGGTGCTGCGCCGTGTCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTcgcg > 2:579177/1‑150 (MQ=255) cTGGAGCGGCGCTTCGACAGCCCGGTGCTGCGCCGTGTCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCgcgc < 2:246391/150‑1 (MQ=255) gAGCCGCGCTTCGACAGCCCGGTGCTGCGCCGTGTCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTg < 2:489985/150‑1 (MQ=255) cgcTTCGACAGCCCGGTGCTGCGCCGTGTCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGc < 2:1092762/150‑1 (MQ=255) cTTCGACAGCCCGGTGCTGCGCCGTGTCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAg < 1:333738/128‑1 (MQ=255) cTTCGACAGCCCGGTGCTGCGCCGTGTCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAg > 2:333738/1‑128 (MQ=255) cTTCGACAGCCCGGTGCTGCGCCGTGTCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCa > 1:488013/1‑150 (MQ=255) aCAGCCCGGTGCTGCGCCGTGTCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGcc > 1:1015240/1‑150 (MQ=255) gctgcGCCGTGTCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGT‑GGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAg < 1:56545/150‑1 (MQ=255) tgtCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGa > 2:1190638/1‑150 (MQ=255) gtCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAg < 1:921536/150‑1 (MQ=255) tACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCaa > 1:818294/1‑150 (MQ=255) aCCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGAATGGCCGCCCGCCACCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGACGCCCGCGAGCAACGcc > 2:139667/1‑150 (MQ=255) ccAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCct > 1:865325/1‑150 (MQ=255) acTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAg > 2:840804/2‑150 (MQ=255) ccAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTcgg > 1:458746/1‑150 (MQ=255) ccGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGTAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGa > 1:1072731/1‑150 (MQ=255) ccGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGATCGGCGGa > 2:631407/1‑150 (MQ=255) gTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGAc < 1:141221/149‑1 (MQ=255) gTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGAc > 2:141221/1‑149 (MQ=255) ttGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCt < 1:1190638/150‑1 (MQ=255) tggcgacccacagcaactggttgctggcgggctgccagCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGa < 1:932369‑M2/69‑1 (MQ=255) tggcgacccacagcaactggttgctggcgggctgccagCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGa > 2:932369‑M2/39‑107 (MQ=255) ggcgacccacagcaactggttgctggcgggctgccagCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTc < 2:469371‑M2/58‑1 (MQ=255) ggcgacccacagcaactggttgctggcgggctgccagCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTc > 1:469371‑M2/38‑95 (MQ=255) GGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTg > 2:1183852‑M1/1‑150 (MQ=255) aGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGgcg > 2:1085868/1‑150 (MQ=255) aGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGgcg > 2:213698/1‑150 (MQ=255) gCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGTAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGgcgc < 2:1072731/150‑1 (MQ=255) ccGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGccc > 1:8144/1‑150 (MQ=255) ccAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAg < 1:96741/82‑1 (MQ=255) ccAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAg > 2:96741/1‑82 (MQ=255) ccAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGc < 2:1138447/84‑1 (MQ=255) ccAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGc > 1:1138447/1‑84 (MQ=255) tgtgGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGcgcg > 1:392172/1‑150 (MQ=255) tgGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGaa < 1:579177/150‑1 (MQ=255) gccagCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACTCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTc < 1:5565‑M2/145‑1 (MQ=255) ccagCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAgcgc < 2:47764‑M2/136‑1 (MQ=255) ccagCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAgcgc > 1:47764‑M2/5‑140 (MQ=255) ccagCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCg > 2:282275‑M2/5‑150 (MQ=255) cACCTGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCa < 1:721307/150‑1 (MQ=255) | GCAAATCTCGGTGCTGGACTTTTGCCTGGCCCTGGAGCGGCGCTTCGACAGCCCGGTGCTGCGCCGTGTCTACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCA > NC_002947/1201740‑1202036 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |