New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1315819 = | 49 (1.090) | 3 (0.070) | 3/236 | NT | 7.0% | coding (248/330 nt) | PP_1147 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | 1315855 = | 33 (0.770) | coding (284/330 nt) | PP_1147 | hypothetical protein |
GCCTGCGTCCGGCGAAAGTGCCATTGACCTCAAGCGCCAGCGCGACCCGCAGGAGCAGGTATTGTTGCTGCGCGATGAACAGCGCCGCCAGCAGCAACGCCGGAACAAGGGCGAGCAGGAACGCTACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATGCCGACAACACCGTGCCGGTAGCGCCATTGATGGGCGAGCATGTACGCCAAGGACTGCTGGTGGACATCGAAGTCTGATACGGGGCTGGTCAGCGCCTGCGCCTGGCTTCATCATGCAATTCTCTGTTGATCGTCGAG > NC_002947/1315670‑1315961 | gCCTGCGTCCGGCGAAAGTGCCATTGACCTCAAGCGCCAGCGCGACCCGCAGGAGCAGGTATTGTTGCTGCGCGATGAACAGCGCCGCCAGCAGCAACGCCGGAACAAGGGCGAGCAGGAACGCTACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGt < 1:132620/150‑1 (MQ=255) tCCGGCGAAAGTGCCATTGACCTCAAGCGCCAGCGCGACCCGCAGGAGCAGGTATTGTTGCTGCGCGATGAACAGCGCCGCCAGCAGCAACGCCGGAACAAGGGCGAGCAGGAACGCTACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATGcc < 1:797435/150‑1 (MQ=255) cGGCGAAAGTGCCATTGACCTCAAGCGCCAGCGCGACCCGCAGGAGCAGGTATTGTTGCTGCGCGATGAACAGCGCCGCCAGCAGCAACGCCGGAACAAGGGCGAGCAGGAACGCTACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATGCCGa < 1:418011/150‑1 (MQ=255) ggCGAAAGTGCCATTGACCTCAAGCGCCAGCGCGACCCGCAGGAGCAGGTATTGTTGCTGCGCGATGAACAGCGCCGTCAGCAGCAACGCCGGAACAAGGGCGAGCAGGAACGCTACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATGCCGac > 2:66256/1‑150 (MQ=255) ggCGAAAGTGCCATTGACCTCAAGCGCCAGCGCGACCCGCAGGAGCAGGTATTGTTGCTGCGCGATGAACAGCGCCGCCAGCAGCAACGCCGGAACAAGGGCGAGCAGGAACGCTACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATGCCGac > 1:482255/1‑150 (MQ=255) tGCCATTGACCTCAAGCGCCAGCGCGACCCGCAGGAGCAGGTATTGTTGCTGCGCGATGAACAGCGCCGCCAGCAGCAACGCCGGAACAAGGGCGAGCAGGAACGCTACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATGCCGACAACACCGt > 2:328693/1‑150 (MQ=255) gagtGACCGAAAGGGCCGGTGCGCCCTGCAGGAGCAGGTATTGTTTCTTCGCAAGGAACAGCGCCGCCAGCAGCGACGCCGGAACGAGCGCGAGCAGTAACCCTACGAGGCCCTCCCTGGTGACGAGGCAAATGCAGACAACACCGTGcc < 2:190734/147‑1 (MQ=255) cATTGACCTCAAGCGCCAGCGCGACCCGCAGGAGCAGGTATTGTTGCTGCGCGATGAACAGCGCCGCCAGCAGCAACGCCGGAACAAGGGCGAGCAGGAACGCTACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATGCCGACAACACCGTGcc > 1:97700/1‑150 (MQ=255) aTTGACCTCAAGCGCCAGCGCGACCCGCAGGAGCAGGTATTGTTGCTGCGCGATGAACAGCGCCGCCAGCAGCAACGCCGGAACAAGGGCGAGCAGGAACGCTACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATGCCGACAACACCGTGCCg > 1:794719/1‑150 (MQ=255) aTTGACCTCAAGCGCCAGCGCGACCCGCAGGAGCAGGTATTGTTGCTGCGCGATGAACAGCGCCGCCAGCAGCAACGCCGGAACAAGGGCGAGCAGGAACGCTACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATGCCGACAACACCGTGCCg < 2:482255/150‑1 (MQ=255) aCCTCAAGCGCCAGCGCGACCCGCAGGAGCAGGTATTGTTGCTGCGCGATGAACAGCGCCGCCAGCAGCAACGCCGGAACAAGGGCGAGCAGGAACGCTACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATGCCGACAACACCGTGCCGGTAg > 1:732820/1‑150 (MQ=255) gcCAGCGCGACCCGCAGGAGCAGGTATTGTTGCTGCGCGATGAACAGCGCCGCCAGCAGCAACGCCGGAACAAGGGCGAGCAGGAACGCTACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATGCCGACAACACCGTGCCGGTAGCGCCATTGa < 1:216080/150‑1 (MQ=255) gcCAGCGCGACCCGCAGGAGCAGGTATTGTTGCTGCGCGATGAACAGCGCCGCCAGCAGCAACGCCGGAACAAGGGCGAGCAGGAACGCTACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATGCCGACAACACCGTGCCGGTAGCGCCATTGa > 2:28521/1‑150 (MQ=255) agttagatgatgaacagaggtttgcatgatgaagccaggcgcaggcgctgaccagccccgtatcacactgcgatgtccaccagcagtccttggcgtacatgctcgcccaTCAATGCCGACAACACCGTGCCGGTAGCGCCATTGATGGGc > 1:74909‑M1/110‑150 (MQ=255) ccGCAGGAGCAGGTATTGTTGCTGCGCGATGAACAGCGCCGCCAGCAGCAACGCCGGAACAAGGGCGAGCAGGAACGCTACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATGCCGacaaca > 2:1078937/1‑118 (MQ=255) ccGCAGGAGCAGGTATTGTTGCTGCGCGATGAACAGCGCCGCCAGCAGCAACGCCGGAACAAGGGCGAGCAGGAACGCTACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATGCCGacaaca < 1:1078937/118‑1 (MQ=255) ccGCAGGAGCAGGTATTGTTGCTGCGCGATGAACAGCGCCGCCAGCAGCAACGCCGGAACAAGGGCGAGCAGGAACGCTACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATGCCGa < 2:727629/113‑1 (MQ=255) ccGCAGGAGCAGGTATTGTTGCTGCGCGATGAACAGCGCCGCCAGCAGCAACGCCGGAACAAGGGCGAGCAGGAACGCTACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATGCCGa > 1:727629/1‑113 (MQ=255) aGGAGCAGGTATTGTTGCTGCGCGATGAACAGCGCCGCCAGCAGCAACGCCGGAACAAGGGCGAGCAGGAACGCTACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATGCCGACAACACCGTGCCGGTAGCGCCATTGATGGGCGAGCATGTAc > 1:769418/1‑150 (MQ=255) aGGTATTGTTGCTGCGCGATGAACAGCGCCGCCAGCAGCAACGCCGGAACAAGGGCGAGCAGGAACGCTACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGTTTCTGCCGACAACTCCTTGCCGGTAGCGCCATTGATGGGCGAGCATGTACGCCAAg < 1:328693/150‑1 (MQ=255) tATTGTTGCTGCGCGATGAACAGCGCCGCCAGCAGCAACGCCGGAACAAGGGCGAGCAGGAACGCTACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATGCCGACAACACCGTGCCGGTAGCGCCATTGATGGGCGAGCATGTACGCCAAGGAc < 2:314353/150‑1 (MQ=255) tATTGTTGCTGCGCGATGAACAGCGCCGCCAGCAGCAACGCCGGAACAAGGGCGAGCAGGAACGCTACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATGCCGACAACACCGTGCCGGTAGCGCCATTGATGGGCGAGCATGTACGCCAAGGAc < 2:97700/150‑1 (MQ=255) gATGAACAGCGCCGCCAGCAGCAACGCCGGAACAAGGGCGAGCAGGAACGCTACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATGCCGACAACACCGTGCCGGTAGCGCCAtt > 2:5109/1‑110 (MQ=255) gATGAACAGCGCCGCCAGCAGCAACGCCGGAACAAGGGCGAGCAGGAACGCTACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATGCCGACAACACCGTGCCGGTAGCGCCAtt < 1:5109/110‑1 (MQ=255) aCAGCGCCGCCAGCAGCAACGCCGGAACACGGGCGAGCAGGAACGCTACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATGCCGACAACACCGTGCCGGTAGCGCCATTGATGGGCGAGCATGTACGCCAAGGACTGCTGGTGGACATCGAAGt > 1:632032/1‑150 (MQ=255) ccgccAGCAGCAACGCCGGAACAAGGGCGAGCAGGAACGCTACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATGCCGACAACACCGTGCCGGTAGCGCCATTGATGGGCGAGCATGTACGCCAAGGACTGCTGGTGGACATCGAAGTCTGATa < 1:28521/150‑1 (MQ=255) ccgccAGCAGCAACGCCGGAACAAGGGCGAGCAGGAACGCTACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATGCCGACAACACCGTGCCGGTAGCGCCATTGATGGGCGAGCATGTACGCCAAGGACTGCTGGTGGACATCGAAGTCTGATa < 2:1109515/150‑1 (MQ=255) tcagcagCAACGCCGGAACAAGGGCGAGCAGGAACGCTACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATGCCGACAACACCGTGCCGGTAGCGCCATTGATGGGCGAGCATGTACGCCAAGGACTGCTGGTGGACATCGAAGTCTGATACgg < 1:66256/149‑1 (MQ=255) ccAGCAGCAACGCCGGAACAAGGGCGAGCAGGAACGCTACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATg < 1:1076543/68‑1 (MQ=255) ccAGCAGCAACGCCGGAACAAGGGCGAGCAGGAACGCTACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATg > 2:1076543/1‑68 (MQ=255) tgaccagccccgtatcagacttcgatgtccaccagcagtccttggcgtacatgctcgcccaTCAATGCCGACAACACCGTGCCGGTAGCGCCATTGATGGGCGAGCATGTACGCCAAGGACTGCtggtg > 1:840229‑M1/62‑129 (MQ=255) tgaccagccccgtatcagacttcgatgtccaccagcagtccttggcgtacatgctcgcccaTCAATGCCGACAACACCGTGCCGGTAGCGCCATTGATGGGCGAGCATGTACGCCAAGGACTGCtggtg < 2:840229‑M1/68‑1 (MQ=255) gcagcaACGCCGGAACAAGGGCGAGCAGGAACGCTACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATGCCGACAACACCGTGCCGGTAGCGCCATTGATGGGCGAGCATGTACGCCAAGGACTGCTGGTGGACATCGAAGTCTGATACGGGGc < 2:769418/150‑1 (MQ=255) accaACGCCGGAACAAGGGCGAGCAGGAACGCTACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATGCCGACAACACCGTGCCGGTAGCGCCATTGATGGGCGAGCATGTACGCCAAGGACTGCTGGTGGACATCGAAGTCTGATACGGGGCTg < 1:831959/148‑1 (MQ=255) aaCGCCGGAACAAGGGCGAGCAGGAACGCTACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATGCCGACAACACCGTGCCGGTAGCGCCATTGATGGGCGAg < 2:240030/98‑1 (MQ=255) aaCGCCGGAACAAGGGCGAGCAGGAACGCTACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATGCCGACAACACCGTGCCGGTAGCGCCATTGATGGGCGAg > 1:240030/1‑98 (MQ=255) cccGGAACAAGGGCGAGCAGGAACGCTACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATGCTGACAACACCGTGCCAGTAGCGCCATTGATGGGCGAGCATGTACGCCAAGGACTGCTGCTAGACATCGAAGTCTGATACGGGGCTGGTCAgc < 2:393453/149‑1 (MQ=255) ccGGAACAAGGGCGAGCAGGAACGCTACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATGCCGACAACACCGTGCCGGTAGCGCCATTGATGGGCGAGCATGTACGCCAAg < 2:132633/107‑1 (MQ=255) ccGGAACAAGGGCGAGCAGGAACGCTACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATGCCGACAACACCGTGCCGGTAGCGCCATTGATGGGCGAGCATGTACGCCAAg > 1:132633/1‑107 (MQ=255) ggAACAAGGGCGAGCAGGAACGCTACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATGCCGACAACACCGTGCCGGTAGCGCCATTGATGGGCGAGCATGTACGCCAAGGACTGCTGGTGGACATCGAAGTCTGATACGGGGCTGGTCAgcgcc > 2:934088/1‑150 (MQ=255) gggCGAGCAGGAACGCTACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATGCCGACAACACCGTGCCGGTAGCGCCATTGATGGGCGAGCATGTACGCCAAg > 2:272893/1‑98 (MQ=255) gggCGAGCAGGAACGCTACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATGCCGACAACACCGTGCCGGTAGCGCCATTGATGGGCGAGCATGTACGCCAAg < 1:272893/98‑1 (MQ=255) ggCGAGCAGGAACGCTACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATGCCGACAACACCGTGCCGGTAGCGCCATTGATGGGCGAGCATGTACGCCAACGACTGCTGGTGGACATCGAAGTCTGATACGGGGCTGGTCAGcgcctgcgcctg < 1:689352/150‑1 (MQ=255) cGAGCAGGAACGCTACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATGCCGACAACACCGTGCCGGTAGCGCCATTGATGGGCGAGCATGTACGCCAAGGACTGCTGGTGGACATCGAAGTCTGATACGGGGCTGGTCAGCGCCTGCGCCTGGc < 2:732820/150‑1 (MQ=255) gCAGGAACGCTACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATGCCGACAACACCGTGCCGGTAGCGCCATTGATGGGCGAGCATGTACGCCAAGGACTGCTGGTGGACATCGAAGTCTGATACGGGGCTGGTCAGCGCCTGCGCCTGGCTtc < 1:764522/150‑1 (MQ=255) tACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATGCCGACAACACCGTGCCGGTAGCGCCATTGATGGGCGAGCATGTACGCCAAGGACTGCTGGTGGACATCGAAGTCTGATACGGGGCTGGTCAGCGCCTGCGCCTGGCTTCATCATGCAAt > 2:3624/1‑150 (MQ=255) ggCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATGCCGACAACACCGTGCCGGTAGCGCCATTGATGGGCGAGCATGTACGCCAAGGACTGCTGGTGGACATCGAAGTCTGATACGGGGCTgg > 2:674831/1‑114 (MQ=255) ggCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATGCCGACAACACCGTGCCGGTAGCGCCATTGATGGGCGAGCATGTACGCCAAGGACTGCTGGTGGACATCGAAGTCTGATACGGGGCTgg < 1:674831/114‑1 (MQ=255) gggTGACGAGGTCAATGCCGACAACACCGTGCCGGTAGCGCCATTGATGGGCGAGCAACAACGCCAAGGACTTCGAATGGACATCGAAGTCTGATACGGGGCTGGTCAGCGCCTGCGCCTGGCTTCATCATGCAATTCTCTGTTGAtcgt > 1:749970/1‑150 (MQ=255) gggTGACGAGGGCAATGCCGACAACACCGTGCCGGTAGCGCCATTGATGGGCGAGCATGTACGCCAAGGACTGCTGGTGGACATCGAAGTCTGATACGGGGCTGGTCAGCGCCTGCGCCTGGCTTCATCATGCAATTCTCTGTTGAtcgt < 1:934088/150‑1 (MQ=255) ggTGACGAGGTCAATGCCGACAACACCGTGCCGGTAGCGCCATTGATGGGCGAGCATGTACGCCAAGGACTGCTGGTGGACATCGAAGTCTGATACGGGGCTGGTCAGCGCCTGCGCCTGGCTtca > 2:433166/1‑126 (MQ=255) ggTGACGAGGTCAATGCCGACAACACCGTGCCGGTAGCGCCATTGATGGGCGAGCATGTACGCCAAGGACTGCTGGTGGACATCGAAGTCTGATACGGGGCTGGTCAGCGCCTGCGCCTGGCTtca < 1:433166/126‑1 (MQ=255) gACGAGGTCAATGCCGACAACACCGTGCCGGTAGCGCCATTGATGGGCGAGCATGTACGCCAAGGACTGCTGGTGGACATCGAAGTCTGATACGGGGCTGGTCAGCGCCTGCGCCTGGCTTCATCATGCAATTCTCTGTTGATCGTCGAg > 1:676056/1‑150 (MQ=255) aGGTCAATGCCGACAACACCGTGCCGGTAGCGCCATTGATGGGCGAGCATGTACGCCAAGGACTGCTGGTGGGCATCGAAGTCTGATACGGGGCTGGTCAGCGCCTGCGCCTGGCTTCATCATGCAATTCTCTg < 2:339778/134‑1 (MQ=255) aGGTCAATGCCGACAACACCGTGCCGGTAGCGCCATTGATGGGCGAGCATGTACGCCAAGGACTGCTGGTGGGCATCGAAGTCTGATACGGGGCTGGTCAGCGCCTGCGCCTGGCTTCATCATGCAATTCTCTg > 1:339778/1‑134 (MQ=255) | GCCTGCGTCCGGCGAAAGTGCCATTGACCTCAAGCGCCAGCGCGACCCGCAGGAGCAGGTATTGTTGCTGCGCGATGAACAGCGCCGCCAGCAGCAACGCCGGAACAAGGGCGAGCAGGAACGCTACGAGGCCGTCCCGGGTGACGAGGTCAATGCCGACAACACCGTGCCGGTAGCGCCATTGATGGGCGAGCATGTACGCCAAGGACTGCTGGTGGACATCGAAGTCTGATACGGGGCTGGTCAGCGCCTGCGCCTGGCTTCATCATGCAATTCTCTGTTGATCGTCGAG > NC_002947/1315670‑1315961 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |