New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1421050 | 40 (0.890) | 4 (0.090) | 4/234 | NT | 10.2% | coding (523/891 nt) | PP_1245 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 1421063 | 33 (0.780) | coding (536/891 nt) | PP_1245 | hypothetical protein |
GGGCAAGGAATACACCAAAACCAAGCAGGTCGAGGTCAAGCGCGCGCCGAAGATCCAGGCGGTGCCGTCGATGAAGTTGATCAACGAGCCGTATGTGACCATCAGCGACAACCTCAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGCAGCCTGAAGAACCACACCGAATTCACCGCCGTGGGCTCCACCGGTGACTGGATTCTGGTCGGCCGCAAGGGTGTGACCGTGGGCTATGTGCACAAGAACTACGTCGAGCCCAAGGCGCAAGCGGTCGCCAAGCG > NC_002947/1420908‑1421198 | gggCAAGGAATACACCAAAACCAAGCAGGTCGAGGTCAAGCGCGCGCCGAAGATCCAGGCGGTGCCGTCGATGAAGTTGATCAACGAGCCGTATGTGACCCTAAGAGCCATCCTTAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGTCTGGTGAGaa < 2:834878/150‑1 (MQ=255) ggCAAGGAGTACGCAATGACCAAGCAGGTCGAGGTGAAGCGCGTGCCGAAGGTCCAGGCGGTGCCGTCGATGAAGTTGATCAACGAGCCGTATGTGACCAGCAGCGACAACCTCAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGGTGAGAAg < 2:552846/150‑1 (MQ=255) ggCAAGGAATACACCAAAACCAAGCAGGTCGAGGTCAAGCGCGCGCCGAAGATCCAGGCGGTGCCGTCGATGAAGTTGATCAACGAGCCGTATGTGACCATCAGCGACAACCTCAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGGTGAGAAg < 1:397596/150‑1 (MQ=255) cAAGGAATACACCAAAACCAAGCAGGTCGAGGTCAAGCGCGCGCCGAAGATCCAGGCGGTGCCGTCGATGAAGTTGATCAACGAGCCGTATGTGACCATCAGCGACAACCTCAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGGTGAGAAGGt < 1:1018659/150‑1 (MQ=255) aaTACACCAAAACCAAGCAGGTCGAGGTCAAGCGCGCGCCGAAGATCCAGGCGGTGCCGTCGATGAAGTTGATCAACGAGCCGTATGTGACCATCAGCGACAACCTCAACGTGCGCGCCGCGCCTCACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGca > 1:342165‑M2/1‑148 (MQ=255) tACACCAAAACCAAGCAGGTCGAGGTCAAGCGCGCGCCGAAGATCCAGGCGGTGCCGTCGATGAAGTTGATCAACGAGCCGTATGTGACCATCAGCGACAACCTCAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGcagc < 2:247547‑M2/150‑5 (MQ=255) acCAAAACCAAGCAGGTCGAGGTCAAGCGCGCGCCGAAGATCCAGGCGGTGCCGTCGATGAAGTTGATCAACGAGCCGTATGTGACCATCAGCGACAACCTCAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGcaggctg < 1:87859‑M2/150‑8 (MQ=255) cAAAACCAAGCAGGTCGAGGTCAAGCGCGCGCCGAAGATCCAGGCGGTGCCGTCGATGAAGTTGATCAACGAGCCGTATGTGACCATCAGCGACAACCTCAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGc > 2:601649‑M2/1‑141 (MQ=255) cAAAACCAAGCAGGTCGAGGTCAAGCGCGCGCCGAAGATCCAGGCGGTGCCGTCGATGAAGTTGATCAACGAGCCGTATGTGACCATCAGCGACAACCTCAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGc < 1:601649‑M2/142‑2 (MQ=255) cAAAACCAAGCAGGTCGAGGTCAAGCGCGCGCCGAAGATCCAGGCGGTGCCGTCGATGAAGTTGATCAACGAGCCGTATGTGACCATCAGCGACAACCTCAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGCAGCCTgaa > 1:75953/1‑150 (MQ=255) aaCCAAGCAGGTCGAGGTCAAGCGCGCGCCGAAGATCCAGGCGGTGCCGTCGATGAAGTTGATCAACGAGCCGTATGTGACCATCAGCGACAACCTCAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGCAGCCTgaa < 2:672840/147‑1 (MQ=255) aaCCAAGCAGGTCGAGGTCAAGCGCGCGCCGAAGATCCAGGCGGTGCCGTCGATGAAGTTGATCAACGAGCCGTATGTGACCATCAGCGACAACCTCAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGCAGCCTgaa > 1:672840/1‑147 (MQ=255) aCCAAGCAGGTCGAGGTCAAGCGCGCGCCGAAGATCCAGGCGGTGCCGTCGATGAAGTTGATCAACGAGCCGTATGTGACCATCAGCGACAACCTCAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGCAGCCTGAAGAAc < 2:447213/150‑1 (MQ=255) gaGGTCGAGGTCAAGCGCGCGCCGAAGATCCAGGCGGTGCCGTCGATGAAGTTGATCAACGAGCCGTATGTGACCATCAGCGACAACCTCAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGCAGCCTGAAGAACCACAcc < 2:1115031/149‑1 (MQ=255) aGGTCGAGGTCAAGCGCGCGCCGAAGATCCAGGCGGTGCCGTCGATGAAGTTGATCAACGAGCCGTATGTGACCATCAGCGACAACCTCAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGCAGCCTGAAGAACCACACCg > 1:1037543/1‑150 (MQ=255) tCGTGGTCAAGCGCGCGCCGAAGATCCAGGCGGTGCCGTTGATGAAGTTGATAAACGAGCCGTATGTGACCATCAGCGACAACCTCAACGTGCGCGCGGCGCCTAGCCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGCAGCCTGAAGAACAACACAGAAt > 2:869593/1‑150 (MQ=255) cGAAGATCCAGGCGGTGCCGTCGATGAAGTTGATCAACGAGCCGTATGTGACCATCAGCGACAACCTCAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGCAGCCTGAAGAACCACACCGAATTCACCGCCGTGGGCTCCa > 1:594851/1‑150 (MQ=255) cAGGCGGTGCCGTCGATGAAGTTGATCAACGAGCCGTATGTGACCATCAGCGACAACCTCAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGCAGCCTGAAGAACCACACCGAATTCACCGCCGTGGGCTCCACCGGTGAc < 1:881753/150‑1 (MQ=255) aGGCGGTGGCGTCGATGAAGTTGATCAACGAGCCGTATGTGACCATCCCCGACAACCTCAACGTGCGCCCTGCGCCTCACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGCAGCCTGAAGAACCACCCCGAATTCACCCCCGTGGGCTTCACCGGTGACt < 2:87859/150‑1 (MQ=255) aGGCGGTGCCGTCGATGAAGTTGATCAACGAGCCGTATGTGACCATCAGCGACAACCTCAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGCAGCCTGAAGAACCACACCGAATTCACCGCCGTGGGCTCCACCGGTGACt < 2:75953/150‑1 (MQ=255) aGGCGGTGCCGTCGATGAAGTTGATCAACGAGCCGTATGTGACCATCAGCGACAACCTCAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGCAGCCTGAAGAACCACACCGAATTCACCGCCGTGGGCTCCACCGGTGACt > 2:1201245/1‑150 (MQ=255) ccGTCGATGAAGTTGATCAACGAGCCGTATGTGACCATCAGCGACAACCTCAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGCAGCCTGAAGAACCACACCGAATTCACCGCCGTGGGCTCCACCGGTGACTGGATTCTg < 1:1201245/150‑1 (MQ=255) gTCGATGAAGTTGATCAACGAGCCGTATGTGACCATCAGCGACAACCTCAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGCAGCCTGAAGAACCACACCGAATTCACCGCCGTgg < 2:1139764/125‑1 (MQ=255) gTCGATGAAGTTGATCAACGAGCCGTATGTGACCATCAGCGACAACCTCAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGCAGCCTGAAGAACCACACCGAATTCACCGCCGTgg > 1:1139764/1‑125 (MQ=255) aaGTTGATCAACGAGCCGTATGTGACCATCAGTGACAACCTCAACGTGAGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGCAGCCTGAAGAACCACACCGAATTCACCGCCGTGGGCTCCACCGGTGACTGGATTCTGGTCGGCCGc > 1:520442/1‑150 (MQ=255) tCAACGAGCCGTATGTGACCATCAGCGACAACCTCAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGccgaccttctcaccagcctggtt > 2:1033098‑M1/1‑63 (MQ=255) tCAACGAGCCGTATGTGACCATCAGCGACAACCTCAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGccgaccttctcaccagcctggtt < 1:1033098‑M1/86‑24 (MQ=255) cGAGCCGTATGTGACCATCAGCGACAACCTCAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGCAGCCTGAAGAACCACACCGAATTCACCGCCGTGGGCTCCACCGGTGACTGGATTCTGGTc > 2:1077909/1‑133 (MQ=255) cGAGCCGTATGTGACCATCAGCGACAACCTCAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGCAGCCTGAAGAACCACACCGAATTCACCGCCGTGGGCTCCACCGGTGACTGGATTCTGGTc < 1:1077909/133‑1 (MQ=255) gAGCCGTATGTGACCATCAGCGACAACCTCAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGCAGCCTGAAGAACCACACCGAATTCAcc < 2:863476/99‑1 (MQ=255) gAGCCGTATGTGACCATCAGCGACAACCTCAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGCAGCCTGAAGAACCACACCGAATTCAcc > 1:863476/1‑99 (MQ=255) ccGTATGTGACCATCAGCGACAACCTCAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGCAGCCTGAAGAACCACACCGAATTCACCGCCGTGGGCTCCACCGGTGACTGGATTCTGGTCGGCCGCAAGGGTGTGACCGTg < 1:1007033/150‑1 (MQ=255) tgTATGTGACCATCAGCGACAACCTCAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGCAGCCTGAAGAACCACACCGAATTCACCGCCGTGGGCTCCACCGGTGACTGGATTCTGGTCGGCCGCAAGGGTGTGACCGTgg > 2:826790/2‑150 (MQ=255) cggaTGTGACCATCAGCGACAACCTTAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGCAGCCTGAAGAACCACACCGGATTCACCGGCGTGGGCTCCACCGGTGACTGGATTCTGGTCGGACGCAAGGGTTTGACCGTgg < 2:66887/147‑1 (MQ=255) tATGTGACCATCAGCGACAACCTCAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGCAGCCTGAAGAACCACACCGAATTCACCGCCGTGGGCTCCACCGGTGACTGGATTCTGGTCGGCCGCAAGGGTGTGACCGTGGGc > 2:1136182/1‑150 (MQ=255) gACCATCAGCGACAACCTCAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGccgaccttctcaccagcctggttaggcgcg > 1:900845‑M1/1‑47 (MQ=255) gACCATCAGCGACAACCTCAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGccgaccttctcaccagcctggttaggcgcg < 2:900845‑M1/77‑31 (MQ=255) cATCAGCGACAACCTCAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGCAGCCTGAAGAACCACACCGAATTCACCGCCGTGGGCTCCACCGGTGACTGGATTCTGGTCGGCCGCAAGGGTGTGACCGTGGGCTATGTGca > 1:614280/1‑150 (MQ=255) cAGCGACAACCTCAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGCAGCCTGAAGAACCACACCGAATTCACCGCCGTGGGCTCCACCGGTGANTGGATTNTGGTCGGCCGCANGGGTGTGACCGTGGGCTATGTGCACaa < 1:1100232/150‑1 (MQ=255) gACAACCTCAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGCAGCCTGAAGAACCACACCGAATTCACCGCCGTGGGCTCCACCGGTGACTGGATTCTGGTCGGCCGCAAGGGTGTGACCGTGGGCTATGTGCACAAGAAc > 2:1156233/1‑150 (MQ=255) aCAACCTCAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGCAGCCTGAAGAACCACACCGAATTCACCGCCGTGGGCTCCACCGGTGACTGGATTCTGGTCGGCCGCAAGGGTGTGACCGTGGGCTATGTGCACAAGAACt < 1:732093/150‑1 (MQ=255) aaCCTCAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGCAGCCTGAAGAACCACACCGAATTCACCGCCGTGGGCTCCACCGGTGACTGGATTCTGGTCGGCCGCAAgg > 2:929860/1‑118 (MQ=255) aaCCTCAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGCAGCCTGAAGAACCACACCGAATTCACCGCCGTGGGCTCCACCGGTGACTGGATTCTGGTCGGCCGCAAgg < 1:929860/118‑1 (MQ=255) cTCAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGCAGCCTGAAGAACCACACCGAATTCACCGCCGTGGGCTCCACCgg < 2:407781/89‑1 (MQ=255) cTCAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGCAGCCTGAAGAACCACACCGAATTCACCGCCGTGGGCTCCACCgg > 1:407781/1‑89 (MQ=255) cTCAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGCAGCCTGAAGAACCACACCGAATTCACCGCCGTGGGCTCCACCGGTGACTGGATTCTGGTCGGCCGCAAGGGTGTGACCGTGGGCTATGTGCACAAGAACTACGTc > 2:715563/1‑150 (MQ=255) cTCAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGCAGCCTGAAGAACCACACCGAATTCACCGCCGTGGGCTCCACCGGTGACTGGATTCTGGTCGGCCGCAAGGGTGTGACCGTGGGCTATGTGCACAAGAACTACGTc > 1:407710/1‑150 (MQ=255) cAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGCAGCCTGAAGAACCACACCGAATTCACCGCCGTGGGCTCCACCGGTGACTGGATTCTGGTCGGCCGCAAGGGTGTGACCGTGGGCTATGTGCACAAGAACTACGTCGa < 1:1136182/150‑1 (MQ=255) gcgcgcCGCGCCTAACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGCAGCCTGAAGAACCACACCGAATTCACCGCCGTGGGCTCCACCGGTGACTGGATTCTGGTCGGCCGCAAGGGTGTGACCGTGGGCTATGTGCACAAGAACTACGTCGAGCCCaa < 2:594851/150‑1 (MQ=255) cgcgccTAACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGcagcctggttaggcgcggcgcgcacgttgaggttgtcgctgatggtc > 1:900845‑M2/1‑30 (MQ=255) cgcgccTAACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGcagcctggttaggcgcggcgcgcacgttgaggttgtcgctgatggtc < 2:900845‑M2/77‑48 (MQ=255) aaCCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGcagcctggttaggcgcggcgcgcacgttgaggttgtcgctgatggtcacatacggctcgttga > 2:1033098‑M2/1‑23 (MQ=255) aaCCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGcagcctggttaggcgcggcgcgcacgttgaggttgtcgctgatggtcacatacggctcgttga < 1:1033098‑M2/86‑64 (MQ=255) cAGCCTGccgaccttctcaccagcctggttaggcgcggcgcgcacgttgaggttgtcgctgatggtcacatacggctcgttgatcaacttcatcgacggcaccgcctggatcttcggcgcgcgcttgacctcgacctgcttggttttggt < 1:87859‑M1/150‑144 (MQ=255) gCTGccgaccttctcaccagcctggttaggcgcggcgcgcacgttgaggttgtcgctgatggtcacatacggctcgttgatcaacttcatcgacggcaccgcctggatcttcggcgcgcgcttgacctcgacctgcttggttttggtgta < 2:247547‑M1/150‑147 (MQ=255) tGccgaccttctcaccagcctggtgaggcgcggcgcgcacgttgaggttgtcgctgatggtcacatacggctcgttgatcaacttcatcgacggcaccgcctggatcttcggcgcgcgcttgacctcgacctgcttggttttggtgtatt > 1:342165‑M1/1‑2 (MQ=255) gccgaccttctcaccagcctggttaggcgcggcgcgcacgttgaggttgtcgctgatggtcacatacggctcgttgatcaacttcatcgacggcaccgcctggatcttcggcgcgcgcttgacctcgacctgcttggttttg > 2:601649‑M1/1‑1 (MQ=255) gccgaccttctcaccagcctggttaggcgcggcgcgcacgttgaggttgtcgctgatggtcacatacggctcgttgatcaacttcatcgacggcaccgcctggatcttcggcgcgcgcttgacctcgacctgcttggttttg < 1:601649‑M1/142‑142 (MQ=255) | GGGCAAGGAATACACCAAAACCAAGCAGGTCGAGGTCAAGCGCGCGCCGAAGATCCAGGCGGTGCCGTCGATGAAGTTGATCAACGAGCCGTATGTGACCATCAGCGACAACCTCAACGTGCGCGCCGCGCCTAACCAGGCTGGTGAGAAGGTCGGCAGCCTGAAGAACCACACCGAATTCACCGCCGTGGGCTCCACCGGTGACTGGATTCTGGTCGGCCGCAAGGGTGTGACCGTGGGCTATGTGCACAAGAACTACGTCGAGCCCAAGGCGCAAGCGGTCGCCAAGCG > NC_002947/1420908‑1421198 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |