New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2038740 = | 49 (1.090) | 3 (0.070) | 3/234 | NT | 6.2% | coding (783/1143 nt) | rffE | UDP‑N‑acetylglucosamine‑2‑epimerase |
? | NC_002947 | 2038777 = | 45 (1.060) | coding (746/1143 nt) | rffE | UDP‑N‑acetylglucosamine‑2‑epimerase |
TGTCGCGCATCACCAGCACCGGTTTGCCCAGGGCCGGCGCTTCCTCCTGAATGCCACCCGAGTCGGTCAGAATCACATAGGCCCGGGTCATGAGGTAAACGAACGGCAGGTAATCCAGCGGTTCGACAAGGTGGATGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTGGGGTTGAGGTGGACCGGGTA‑CACCACGTCCAACTCGGGGAATTGCCGTGCAATCTGCACCAGGGCCTGGCAGATGCGCTCGAAGCCGCCACCAAAGTTCTCGCGCCGGTGGCCG > NC_002947/2038592‑2038887 | gctacctggcagccgagcgccggctgttgctggtcaccggccaccggcgcgagaactttggtggcggcttcgagcgcatctgccaggccctggtgcagattgcacggcaattccccgagttggacgtggtgtacccggtccacctcaacc > 1:280796‑M1/149‑150 (MQ=255) tCGCGCATCACCAGCACCGGTTTGCCCAGGGCCGGCGCTTCCTCCTGAATGCCACCCGAGTCGGTCAGAATCACATAGGCCCGGGTCATGAGGTAAACGAACGGCAGGTAATCCAGCGGTTCGACAAGGTGGATGTTGCTCACATccccc > 1:779069/1‑150 (MQ=255) ccAGCACCGGTTTGCCCAGGGCCGGCGCTTCCTCCTGAATGCCACCCGAGTCGGTCAGAATCACATAGGCCCGGGTCATGAGGTAAACGAACGGCAGGTAATCCAGCGGTTCGACAAGGTGGATGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGt > 2:375489/1‑150 (MQ=255) ccGGTTTGCCCAGGGCCGGCGCTTCCTCCTGAATGCCACCCGAGTCGGTCAGAATCACATAGGCCCGGGTCATGAGGTAAACGAACGGCAGGTAATCCAGCGGTTCGACAAGGTGGATGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCg > 1:1193690/1‑150 (MQ=255) ccGGTTTGCCCAGGGCCGGCGCTTCCTCCTGAATGCCACCCGAGTCGGTCAGAATCACATAGGCCCGGGTCATGAGGTAAACGAACGGCAGGTAATCCAGCGGTTCGACAAGGTGGATGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCg > 2:752606/1‑150 (MQ=255) cGGTTTGCCCAGGGCCGGCGCTTCCTCCTGAATGCCACCCGAGTCGGTCAGAATCACATAGGCCCGGGTCATGAGGTAAACGAACGGCAGGTAATCCAGCGGTTCGACAAGGGGGATGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCgg > 2:197014/1‑150 (MQ=255) ttgctggtcaccggccaccggcgcgagaactttggtggcggcttcgagcgcatctgccaggccctggtgcagattgcacggcaattccccgagttggacgtggtgtacccggtccacctcaac > 1:1043236‑M1/123‑123 (MQ=255) ttgctggtcaccggccaccggcgcgagaactttggtggcggcttcgagcgcatctgccaggccctggtgcagattgcacggcaattccccgagttggacgtggtgtacccggtccacctcaac < 2:1043236‑M1/1‑1 (MQ=255) ccAGGGCCGGCGCTTCCTCCTGAATGCCACCCGAGTCGGTCAGAATCACATAGGCCCGGGTCATGAGGTAAACGAACGGCAGGTAATCCAGCGGTTCGACAAGGTGGATGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGAGGGGCTCGCGCa > 1:487258/1‑150 (MQ=255) ccAGGGCCGGCGCTTCCTCCTGAATGCCACCCGAGTCGGTCAGAATCACATAGGCCCGGGTCATGAGGTAAACGAACGGCAGGTAATCCAGCGGTTCGACAAGGTGGATGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTCAACCGGCtgttggg < 1:200375/150‑7 (MQ=255) cAGGGCCGGCGCTTCCTCCTGAATGCCACCCGAGTCGGTCAGAATCACATAGGCCCGGGTCATGAGGTAAACGAACGGCAGGTAATCCAGCGGTTCGACAAGGTGGATGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCAc > 2:502635/1‑150 (MQ=255) cGGCGCTTCCTCCTGAATGCCACCCGAGTCGGTCAGAATCACATAGGCCCGGGTCATGAGGTAAACGAACGGCAGGTAATCCAGCGGTTCGACAAGGTGGATGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTggg < 2:1193690/150‑1 (MQ=255) gccaccggcgcgagaactttggtggcggcttcgagcgcatctgccaggccctggtgcagattgcacggcaattccccgagttggacgtggtgtacccggtccacctcaaCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTGGGGTTGa > 2:86973‑M1/110‑150 (MQ=255) ttCCTCCTGAATGCCACCCGAGTCGGTCAGAATCACATAGGCCCGGGTCATGAGGTAAACGAACGGCAGGTAATCCAGCGGTTCGACAAGGTGGATGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTGGGGTTGAg > 2:745108/1‑150 (MQ=255) tcctGAATGCCACCCGAGTCGGTCAGAATCACATAGGCCCGGGTCATGAGGTAAACGAACGGCAGGTCATCCAGCGGTTCGACAAGCTGGATGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTGGGGTTGAGGTgg > 2:1107151/1‑150 (MQ=255) tcctGAATGCCACCCGAGTCGGTCAGAATCACATAGGCCCGGGTCATGAGGTAAACGAACGGCAGGTAATCCAGCGGTTCGACAAGGTGGATGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTGGGGTTGAGGTgg > 2:325374/1‑150 (MQ=255) tcctGAATGCCACCCGAGTCGGTCAGAATCACATAGGCCCGGGTCATGAGGTAAACGAACGGCAGGTAATCCAGCGGTTCGACAAGGTGGATGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTGGGGTTGAGGTgg > 1:33717/1‑150 (MQ=255) aaTGCCACCCGAGTCGGTCAGAATCACATAGGCCCGGGTCATGAGGTAAACGAACGGCAGGTAATCCAGCGGTTCGACAAGGTGGATGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTGGGGTTGAGGTGGACCgg < 2:779069/150‑1 (MQ=255) ccACCCGAGTCGGTCAGAATCACATAGGCCCGGGTCATGAGGTAAACGAACGGCAGGTAATCCAGCGGTTCGACAAGGTGGATGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTGGGGTTGAGGTGGACCGGGTa‑c > 1:4242/1‑150 (MQ=255) cACCCGAGTCGGTCAGAATCACATAGGCCCGGGTCATGAGGTAAACGAACGGCAGGTAATCCAGCGGTTCGACAAGGTGGATGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTggg < 1:661571/130‑1 (MQ=255) cACCCGAGTCGGTCAGAATCACATAGGCCCGGGTCATGAGGTAAACGAACGGCAGGTAATCCAGCGGTTCGACAAGGTGGATGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTggg > 2:661571/1‑130 (MQ=255) aCCCGAGTCGGTCAGAATCACATAGGCCCGGGTCATGAGGTAAACGAACGGCAGGTAATCCAGCGGTTCGACAAGGTGGATGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTGGGGTTGAGGTGGACCGGGTa‑cac < 1:502635/150‑1 (MQ=255) gTCGGTCAGAATCACATAGGCCCGGGTCATGAGGTAAACGAACGGCAGGTAATCCAGCGGTTCGACAAGGTGGATGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTGGGGTTGAGGTGGACCGGGTA‑CACCACGTc < 2:977225/150‑1 (MQ=255) gTCGGTCAGAATCACATAGGCCCGGGTCATGAGGTAAACGAACGGCAGGTAATCCAGCGGTTCGACAAGGTGGATGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTGGGGTTGAGGTGGACCGGGTA‑CACCACGTc < 2:814681/150‑1 (MQ=255) tCGGTCAGAATCACATAGGCCCGGGTCATGAGGTAAACGAACGGCAGGTAATCCAGCGGTTCGACAAGGTGGATGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTGGGGTTGAGGTGGACCGGGTA‑CACCACGTcc > 2:238681/1‑150 (MQ=255) gAATCACATAGGCCCGGGTCATGAGGTAAACGAACGGCAGGTAATCCAGCGGTTCGACAAGGTGGATGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTGGGGTTGAGGTGGACCGGGTA‑CACCACGTCCAACTCgg < 1:752606/150‑1 (MQ=255) acaTAGGCCCGGGTCATGAGGTAAACGAACGGCAGGTAATCCAGCGGTTCGACAAGGTGGATGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTGGGGTTGAGGTGGACCGGGTA‑CACCACGTCCAACTCGGGGAAt > 2:204288/1‑150 (MQ=255) caTAGGCCCGGGTCATGAGGTAAACGAACGGCAGGTAATCCAGCGGTTCGACAAGGTGGATGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTGGGGTTGAGGTGGACCGGGTA‑CACCACGTCCAACTCGGGGAAtt < 2:4242/150‑1 (MQ=255) aTAGGCCCGGGTCATGAGGTAAACGAACGGCAGGTAATCCAGCGGTTCGACAAGGTGGATGTTGCTCGCATCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTGGGGTTGAGGTGGACCGGGTA‑cacc > 1:486385/1‑130 (MQ=255) aTAGGCCCGGGTCATGAGGTAAACGAACGGCAGGTAATCCAGCGGTTCGACAAGGTGGATGTTGCTCGCATCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTGGGGTTGAGGTGGACCGGGTA‑cacc < 2:486385/130‑1 (MQ=255) aTAGGCCCGGGTCATGAGGTAAACGAACGGCAGGTAATCCAGCGGTTCGACAAGGTGGATGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTGGGGTTGAGGTGGACCGGGTA‑CACCACGTCCAACTCGGGGAATTg > 2:821217/1‑150 (MQ=255) gCCCGGGTCATGAGGTAAACGAACGGCAGGTAATCCAGCGGTTCGACAAGGTGGATGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTGGGGTTGAGGTGGACCGGGTA‑CACCACGTCCAACTCGGGGAATTGCCGt < 1:204288/150‑1 (MQ=255) tCATGAGGTAAACGAACGGCAGGTAATCCAGCGGTTCGACAAGGTGGATGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTGGGGTTGAGGTGGACCGGGTA‑CACCACGTCCAACTCGGGGAATTGCCGTGCAATCt > 1:311942/1‑150 (MQ=255) ggtgcagattgcacggcaattccccgagttggacgtggtgtacccggtccacctcaaCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTgggg > 1:681889‑M1/58‑94 (MQ=255) ggtgcagattgcacggcaattccccgagttggacgtggtgtacccggtccacctcaaCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTgggg < 2:681889‑M1/37‑1 (MQ=255) ggTAAACGAACGGCAGGTAATCCAGCGGTTCGACAAGGTGGATGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTGGGGTTGAGGTGGACCGGGTA‑CACCACGTCCAACTCGGGGAATTGcc < 1:231182/135‑1 (MQ=255) ggTAAACGAACGGCAGGTAATCCAGCGGTTCGACAAGGTGGATGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTGGGGTTGAGGTGGACCGGGTA‑CACCACGTCCAACTCGGGGAATTGcc > 2:231182/1‑135 (MQ=255) tAAACGAACGGCAGGTAATCCAGCGGTTCGACAAGGTGGATGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTGGGGTTGAGGTGGACCGGGTA‑CACCACGTCCAACTCGGGGAATTGCCGTGCAATCTGCACCAgg > 2:249132/1‑150 (MQ=255) aacgGCAGGTAATCCAGCGGTTCGACAAGGTGGATGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTGGGGTTGAGGTGGACCGGGTA‑CACCACGTCCAACTCGGGGAATTGCCGTGCAATCTGCACCAGGGCCTgg < 2:487258/150‑1 (MQ=255) gCAGGTAATCCAGCGGTTCGACAAGGTGGATGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTGGGGTTGAGGTGGACCGGGTA‑CACCACGTCCAACTCGGGGAATTGCCGTGCAATCTGCACCAGGGCCTGGCAGa > 1:1099222/1‑150 (MQ=255) cAGGTAATCCAGCGGTTCGACAAGGTGGATGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTGGGGTTGAGGTGGACCGGGTA‑CACCACGTCCAACTCGGGGAATTGCCGTGCAATCTGCACCAGGGCCTGGCAGAt > 2:1001036/1‑150 (MQ=255) aTCCAGCGGTTCGACAAGGTGGATGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACAGTCTCGCTCACTTTTGTGTTGAGGTGGACCGGGTA‑CACCACGTCCAACTCGGGGAATTGCCGTGCAATCTGCACCAGGGCCTGGCAGATGCGCTc < 1:745108/150‑1 (MQ=255) cAGCGGTTCGACAAGGTGGATGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTGGGGTTGAGGTGGACCGGGTA‑CACCACGTCCAACTCGGGGAATTGCCGt < 2:1113115/115‑1 (MQ=255) cAGCGGTTCGACAAGGTGGATGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTGGGGTTGAGGTGGACCGGGTA‑CACCACGTCCAACTCGGGGAATTGCCGt > 1:1113115/1‑115 (MQ=255) aGCGGTTCGACAAGGTGGATGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTGGGGTTGAGGTGGACCGGGTA‑CACCACGTCCAACTCGGGGAATTGCCGTGCAATCTGCACCAGGGCCTGGCAGATGCGCTCGAAg < 1:821217/150‑1 (MQ=255) ttCGACAAGGTGGATGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTGGGGTTGAGGTGGACCGGGTA‑CACCACGTCCAACTCGGGGAATTGCCGTGCAATCTGCACCAGGGCCTGGCAGATGCGCTCGAAgccgcc > 1:283075/1‑150 (MQ=255) gACAAGGTGGATGTTGCTCACATCCCCCAACAGGCGGTTGACCGTATCGCGCACGGGTGGGTTGAGGTTGGCCGGGAAGCATCAC‑CAAAGCTTTTTTTGTTGCCGTGCAATCTGCACCAGGGCCTGGCAGATGCGCTGGAAGCCGccacc > 1:275153/1‑150 (MQ=255) gACAAGGTGGATGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTGGGGTTGAGGTGGACCGGGTA‑CACCACGTCCAACTCGGGGAATTGCCGTGCAATCTGCACCAGGGCCTGGCAGATGCGCTCGAAGCCGccacc > 1:838958/1‑150 (MQ=255) gTGGATGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTGGGGTTGAGGTGGACCGGGTA‑CACCACGTCCAACTCGGGGAATTGCCGTGCAATCTGCACCAGGGCCTGGCAGATGCGCTCGAAGCCGCCACCAAAGtt > 2:247130/1‑150 (MQ=255) gATGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTGGGGTTGAGGTGGACCGGGTA‑CACCACTTCCAACTCGGGGAATTGCAGTGCCATCTGCACCAGGGCCTGGCAGATGCGCTCGAAGCCGCCACCAAAGTtctc < 2:471225/150‑1 (MQ=255) gATGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTGGGGTTGAGGTGGACCGGGTA‑CACCACGTCCAACTCGGGGAATTGCCGTGCAATCTGCACCAGGGCCTGGCAGATGCGCTCGAAGCCGCCACCAAAGTtctc < 1:197014/150‑1 (MQ=255) tGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGGGCACGTTGGGGTTGAGGTGGACCGGGTA‑CACCACGTCCAACTCGGTGAATTGCCGTGAAATCTGCACCAGGGCCTGGCAGATGCGCTCGAAGCCGCCACGAAAGTTCTcgg > 2:151615/1‑149 (MQ=255) tGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTGGGGTTGAGGTGGACCGGGTA‑CACCACGTCCAACTCGGGGAATTGCCGTGCAATCTGCACCAGGGCCTGGCAGAt > 2:229945/1‑121 (MQ=255) tGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTGGGGTTGAGGTGGACCGGGTA‑CACCACGTCCAACTCGGGGAATTGCCGTGCAATCTGCACCAGGGCCTGGCAGAt < 1:229945/121‑1 (MQ=255) tGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTGGGGTTGAGGTGGACCGGGTA‑CACCACGTCCAACTCGGGGAATTGCCGTGCAATCTGCACCAGGGCCTGGCAGATGCGCTCGAAGCCGCCACCAAAGTTCTcgc < 1:325374/150‑1 (MQ=255) tGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTGGGGTTGAGGTGGACCGGGTA‑CACCACGTCCAACTCGGGGAATTGCCGTGCCATGGGCGACGGACCGTGGCAGGTGCGCGCGAAGCCGCCACCAAAGTTCTCGCgcc < 1:151615/150‑1 (MQ=255) acaTCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTGGGGTTGAGGTGGACCGGGTA‑CACCACGTCCAACTCGGGGAATTGCCGTGCAATCTGCACCAGGGCCTGGCAGATGCGCTCGAAGCCGCCACCAAAGTTCTCGCgccggtgg > 1:60813/1‑150 (MQ=255) ccccccAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTGGGGTTGAGGTGGACCGGGTA‑CACCACGTCCAACTCGGGGAATTGCCGTGCAATCTGCACCAGGGCCTGGCAGATGCGCTCGAAGCCGCCACCAAAGTTCTCGCgccggtggccg < 1:375489/149‑1 (MQ=255) | TGTCGCGCATCACCAGCACCGGTTTGCCCAGGGCCGGCGCTTCCTCCTGAATGCCACCCGAGTCGGTCAGAATCACATAGGCCCGGGTCATGAGGTAAACGAACGGCAGGTAATCCAGCGGTTCGACAAGGTGGATGTTGCTCACATCCCCCAACAGCCGGTTGACCGGCTCGCGCACGTTGGGGTTGAGGTGGACCGGGTA‑CACCACGTCCAACTCGGGGAATTGCCGTGCAATCTGCACCAGGGCCTGGCAGATGCGCTCGAAGCCGCCACCAAAGTTCTCGCGCCGGTGGCCG > NC_002947/2038592‑2038887 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |