New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2808136 = | 48 (1.060) | 3 (0.070) | 3/238 | NT | 5.9% | coding (94/375 nt) | PP_2462 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | 2808160 = | 49 (1.130) | coding (118/375 nt) | PP_2462 | hypothetical protein |
TTGCTTTTCGCCTCGCTGCTGCAGTTCAGGCAGACTTGACCGGTTTTGCAACAAATGATGAGCGGAGCTGTCGGATCAGGCAGTTCCCGGACCGATTTAGGAGGCTTCATGTTCCGTACCCGTGCTTACCTGGCAACTCTGGCTGTGGCTGCTGTCCTGGCGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATGCTGATGGCGGTGGTGCGCCGGCCGCGTCAGCGGGCAACGATGGCCGCTGCGAAGCCAGTGGTGCCGACTTTGCCATGGGCAAGCAGGCCAGCGCCGAATTGCTGGAGCA > NC_002947/2807989‑2808281 | ctgcgagccgctggccttgcgtgcctgctccagcaattcggcgctggcctgcttgcccatggcaaagtcggcaccactggcttcgcagcggccatcgttgcctgctgacgcggccggcgcaccaccgccatcagcattgccaccagtgct > 1:605100‑M1/148‑150 (MQ=255) ttttCGCCTCGCTGCTGCAGTTCAGGCAGACTTGACAGGTTTTTGGGGGTATGTTGAGCGGAGCTGTCGGAGCAGGCAGTTCCCGGACCGATTTAGGAGGCTTCATGTTCCGTACCCGTGCTTACGTGGCAACTCTGGCTGTGGctgctg > 1:210088/1‑150 (MQ=255) gCCTCGCTGCTGCAGTTCAGGCAGACTTGACCGGTTTTGCAACAAATGATGAGCGGAGCTGTCGGATCAGGCAGTTCCCGGACCGATTTAGGAGGCTTCATGTTCCGTACCCGTGCTTACCTGGCAACTCTGGCTGTGGCTGCTGTCCTg < 1:638443/150‑1 (MQ=255) ccTCGCTGCTGCAGTTCAGGCAGACTTGACCGGTTTTGCAACAAATGATGAGCGGAGCTGTCGGATCAGGCAGTTCCCGGACCGATTTAGGAGGCTTCATGTTCCGTACCCGTGCTTACCTGGCAACTCTGGCTGTGGCTGCTGTCCTgg > 2:341114/1‑150 (MQ=255) cGCTGCTGCAGTTCAGGCAGACTTGACCGGTTTTGCAACAAATGATGAGCGGAGCTGTCGGATCAGGCAGTTCTCGGACCGATTTAGGAGGCTTCATGTTCCGTACCCGTGCTTACCTGGCAACTCTGGCTGTGGCTGCTGTCCTGGCgg < 2:496467/150‑1 (MQ=255) gcttcAGTTCAGGCAGACTTGACCGGTTTTGCAAAAAATTACGATCTGACCTGTCGGATCAGGCACTTCCCGGACTGATTTAGGAGGCTTCATGTTCCGTACCCGTGCTTACCTGGCAACTCTGGCTGTGGCTGCTGTCCTGGCGGGTTg < 2:210088/150‑1 (MQ=255) gctgcAGTTCAGGCAGACTTGACCGGTTTTGCAACAAATGATGAGCGGAGCTGTCGGATCAGGCAGTTCCCGGACCGATTTAGGAGGCTTCATGTTCCGTACCCGTGCTTACCTGGCAACTCTGGCTGTGGCTGCTGTCCTGGCGGGTTg < 2:128224/150‑1 (MQ=255) tgcAGTTCAGGCAGACTTGACCGGTTTTGCAACAAATGATGAGCGGAGCTGTCGGATCAGGCAGTTCCCGGACCGATTTAGGAGGCTTCATGTTCCGTACCCGTGCTTACCTGGCAACTCTGGCTGTGGCTGCTGTCCTGGCGGGTTgca < 2:773525/150‑1 (MQ=255) cTTGACCGGTTTTGCAACAAATGATGAGCGGAGCTGTCGGATCAGGCAGTTCCCGGACCGATTTAGGAGGCTTCATGTTCCGTACCCGTGCTTACCTGGCAACTCTGGATGTGGCTGCTGTCCTGGTGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATg > 1:738390/1‑150 (MQ=255) cggcgctggcctgcttgcccatggcaaagtcggcaccactggcttcgcagcggccatcgttgcccgctgacgcggccggcgcaccaccgccatcagcattgccaccagtGCTGCTGTCCTGGCGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATGCTGa > 2:118583‑M1/110‑150 (MQ=255) aCCGGTTTTGCAACAAATGATGAGCGGTGCGGTCGGATCAGGCAGTTCCCGGACCGATTTAGGAGGCTTCATGTTCCGTACCCGTGCTTACCTGGCAACTCTGGCTGTGGCTGCTGTCCTGGCGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATGCTGa > 1:822500/1‑150 (MQ=255) gTTTTGCAACAAATGATGAGCGGAGCTGTCGGATCAGGCAGTTCCCGGACCGATTTAGGAGGCTTCATGTTCCGTACCCGTGCTTACCTGGCAACTCTGGCTGTGGCTGCTGTCCTGGCGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATGCTGATGGc > 1:297142/1‑150 (MQ=255) tGCAACAAATGATGAGCGGAGCTGTCGGATCAGGCAGTTGCCGGACCGATTTAGGAGGCTTCATGTTCTGTACCCGTGCTTACCTGGCAACTCTGGCTGTGGCTGCTGTCCTGGCGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATGCTGATGGCggtg < 2:504964/150‑1 (MQ=255) acaaATGATGAGCGGAGCTGTCGGATCAGGCAGTTCCCGGACCGATTTAGGAGGCTTCATGTTCCGTACCCGTGCTTACCTGGCAACTCTGGCTGTGGCTGCTGTCCTGGTGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATGCTGATGGCGGTGGTgc < 1:71635/150‑1 (MQ=255) caaATGATGAGCGGAGCTGTCGGATCAGGCAGTTCCCGGACCGATTTAGGAGGCTTCATGTTCCGTACCCGTGCTTACCTGGCAACTCTGGCTGTGGCTGCTGTCCTGGCGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATGCTGATGGCgg > 2:715145/1‑143 (MQ=255) caaATGATGAGCGGAGCTGTCGGATCAGGCAGTTCCCGGACCGATTTAGGAGGCTTCATGTTCCGTACCCGTGCTTACCTGGCAACTCTGGCTGTGGCTGCTGTCCTGGCGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATGCTGATGGCgg < 1:715145/143‑1 (MQ=255) tCGGATCAGGCAGTTCCCGGACCGATTTAGGAGGCTTCATGTTCCGTACCCGTGCTTACCTGGCAACTCTGGCTGTGGCTGCTGTCCTGGCGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATGCTGATGGCggtg < 2:996471/126‑1 (MQ=255) tCGGATCAGGCAGTTCCCGGACCGATTTAGGAGGCTTCATGTTCCGTACCCGTGCTTACCTGGCAACTCTGGCTGTGGCTGCTGTCCTGGCGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATGCTGATGGCggtg > 1:996471/1‑126 (MQ=255) ggCAGTTCCCGGACCGATTTAGGAGGCTTCATGTTCCGTACCCGTGCTTACCTGGCAACTCTGGCTGTGGCTGCTGTCCTGGCGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATGCTGATGGCGGTGGTGCGCCGGCCGCGTCAGCGGGCAACGATGGc > 2:53237/1‑150 (MQ=255) gCAGTTCCCGGACCGATTTAGGAGGCTTCATGTTCCGTACCCGTGCTTACCTGGCAACTCTGGCTGTGGCTGCTGTCCTGGCGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATGCTGATGGCGGTGGTGCGCCGGCCGCGTCAGCGGGCAACGATGGcc > 1:1140131/1‑150 (MQ=255) ctgACCTATTTAGGAGGCTTCATGTTCCGTACCAGTCATTCCCTAGCCCATTTGGTTGTGGCTGCTGTCCTGGCGGGTTTCAGCACTGTTGGCAATGCTGATGTCGGTTGTGCGCCGGCCGCGTCAGCGGGCAACGATGGCCGCTGCGaa < 2:738390/148‑1 (MQ=255) gACCGATTTAGGAGGCTTCATGTTCCGTACCCGTGCTTACCTGGCAACTCTGGCTGTGGCTGCTGTCCTGGCGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATGCTGATGGCGGTGGTGCGCCGGCCGCGTCAGc < 1:426610/126‑1 (MQ=255) gACCGATTTAGGAGGCTTCATGTTCCGTACCCGTGCTTACCTGGCAACTCTGGCTGTGGCTGCTGTCCTGGCGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATGCTGATGGCGGTGGTGCGCCGGCCGCGTCAGc > 2:426610/1‑126 (MQ=255) gACCGATTTAGGAGGCTTCATGTTCCGTACCCGTGCTTACCTGGCAACTCTGGCTGTGGCTGCTGTCCTGGCGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATGCTGATGGCGGTGGTGCGCCGGCCGCGTCAGCGGGCAACGATGGCCGCTGCGAAGc > 1:241785/1‑150 (MQ=255) cGATTTAGGAGGCTTCATGTTCCGTACCCGTGCTTACCTGGCAACTCTGGCTGTGGCTGCTGTCCTGGCGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATGCTGATGGCGGTGGTGCGCCGGCCGCGTCAGCGGGCAACGATGGCCGCTGCGAAGCCAg < 2:822500/150‑1 (MQ=255) cGATTTAGGAGGCTTCATGTTCCGTACCCGTGCTTACCTGGCAACTCTGGCTGTGGCTGCTGTCCTGGCGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATGCTGATGGCGGTGGTGCGCCGGCCGCGTCAGCGGGCAACGATGGCCGCTGCGAAGCCAg > 1:657207/1‑150 (MQ=255) aggaggCTTCATGTTCCGTACCCGTGCTTACCTGGCAACTCTGGCTGTGGCTGCTGTCCTGGCGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATGCTGATGGCGGTGGTGCGCCGGCCGCGTCAGCGGGCAACGATGGCCGCTGCGAAGCCAGTGGTGc < 2:585913/150‑1 (MQ=255) aggaggCTTCATGTTCCGTACCCGTGCTTACCTGGCAACTCTGGCTGTGGCTGCTGTCCTGGCGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATGCTGATGGCGGTGGTGCGCCGGCCGCGTCAGCGGGCAACGATGGCCGCTGCGAAGCCAGTGGTGc > 1:585913/1‑150 (MQ=255) ggaggCTTCATGTTCCGTACCCGTGCTTACCTGGCAACTCTGGCTGTGGCTGCTGTCCTGGCGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATGCTGATGGCGGTGGTGCGCCGGCCGCGTCAGCGGGCAACGATGGCCGCTGCGAAGCCAGTGGTGcc < 2:1087179/150‑1 (MQ=255) gaggCTTCATGTTCCGTACCCGTGCTTACCTGGCACCTCTGGCTGTGGCTGCTGTCCTGGCGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATGCTGATGGCGGTGGTGCGCCGGCCGCGTCAGCGGGCAACGATGGCCGCTGCGAAGCCAgtg < 2:825136/144‑1 (MQ=255) gaggCTTCATGTTCCGTACCCGTGCTTACCTGGCAACTCTGGCTGTGGCTGCTGTCCTGGCGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATGCTGATGGCGGTGGTGCGCCGGCCGCGTCAGCGGGCAACGATGGCCGCTGCGAAGCCAgtg > 1:825136/1‑144 (MQ=255) aggCTTCATGTTCCGTACCCGTGCTTACCTGGCAACTCTGGCTGTGGCTGCTGTCCTGGCGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATGCTGATGGCGGTGGTGCGCCGGCCGCGTCAGCGGGCAACGATGGCCGCTGCGAAGCCAGTGGTGCCGa < 2:297142/150‑1 (MQ=255) ttCATGTTCCGTACCCGTGCTTACCTGGCAACTCTGGCTGTGGCTGCTGTCCTGGCGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATGCTGATGGCGGTGGTGCGCCGGCCGCGTCAGCGGGCAACGATGGCCGCTGCGAAGCCAGTGGTGCCGACttt < 1:341114/150‑1 (MQ=255) acgcggccggcgcaccaccgccatcagcattgccaccagtGCTGCTGTCCTGGCGGGTTgcag > 2:564235‑M1/41‑63 (MQ=255) acgcggccggcgcaccaccgccatcagcattgccaccagtGCTGCTGTCCTGGCGGGTTgcag < 1:564235‑M1/23‑1 (MQ=255) tCCGTACCCGTGCTTACCTGGCAACTCTGGCTGTGGCTGCTGTCCTGGCGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATGCTGATGGCGGTGGTGCGCCGGCCGCGTCAGCGGGCAACGATGGCCGCTGCGAAGCCAGTGGTGCCGACTTTGCCATgg < 1:53237/150‑1 (MQ=255) gTACCCGTGCTTACCTGGCAACTCTGGCTGTGGCTGCTGTCCTGGCGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATGCTGATGGCGGTGGTGCGCCGGCCGCGTCAGCGGGCAACGATGGCCGCTGCGAAGCCAGTGGTGCCGACTTTGc > 2:804827/1‑142 (MQ=255) gTACCCGTGCTTACCTGGCAACTCTGGCTGTGGCTGCTGTCCTGGCGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATGCTGATGGCGGTGGTGCGCCGGCCGCGTCAGCGGGCAACGATGGCCGCTGCGAAGCCAGTGGTGCCGACTTTGc < 1:804827/142‑1 (MQ=255) gTACCCGTGCTTACCTGGCAACTCTGGCTGTGGCTGCTGTCCTGGCGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATGCTGATGGCGGTGGTGCGCCGGCCGCGTCAGCGGGCAACGATGGCCGCTGCGAAGCCAGTGGTGCCGACTTTGCCATGGGCa > 1:926405/1‑150 (MQ=255) ccGTGCTTACCTGGCAACTCTGGCTGTGGCTGCTGTCCTGGCGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATGCTGATGGCggtggt > 1:873584/1‑79 (MQ=255) ccGTGCTTACCTGGCAACTCTGGCTGTGGCTGCTGTCCTGGCGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATGCTGATGGCggtggt < 2:873584/79‑1 (MQ=255) gTGCTTACCTGGCAACTCTGGCTGTGGCTGCTGTCCTGGCGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATGCTGATGGCGGTGGTGCGCCGGCCGCGTCAGCGGGCAACGATGGCCGCTGCGAAGCCAGTGGTGCCGACTTTGCCATGGGCAAGCAgg < 2:1100307/150‑1 (MQ=255) gTGCTTACCTGGCAACTCTGGCTGTGGCTGCTGTCCTGGCGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATGCTGATGGCGGTGGTGCGCCGGCCGCGTCAGCGGGCAACGATGGCCGCTGCGAAGCCAGTGGTGCCGACTTTGCCATGGGCAAGCAgg > 1:1100307/1‑150 (MQ=255) ttACCTGGCAACTCTGGCTGTGGCTGCTGTCCTGGCGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATGCTGATGGCGGTGGTGCGCCGGCCGCGTCAGCGGGCAACGATGGCCGCTGCGAAGCCAGTGGTGCCGACTTTGCCATGGGCAAGCAGGCCAg > 1:98351/1‑150 (MQ=255) aCCTGGCAACTCTGGCTGTGGCTGCTGTCCTGGCGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATGCTGATGGCGGTGGTGCGCCGGCCGCGTCAGCGGGCAACGATGGCCGCTGCGAAGCCAGTGGTGCCGACTTTGCCATGGGCAAGCAGGCCAgcg > 2:798791/1‑150 (MQ=255) gCAACTCTGGCTGTGGCTGCTGTCCTGGCGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATGCTGATGGCGGTGGTGCGCCGGCCGCGTCAGCGGGCAACGATGGCCGCTGCGAAGCCAGTGGTGCCGACTTTGCCATGGGCAAGCAGGCCAGCGCCGaa > 1:960441/1‑150 (MQ=255) aaCTCTGGCTGTGGCTGCTGTCCTGGCGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATGCTGATGGCGGTGGTGCGCCGGCCGCGTCAGCGGGCAACGATGGCCGCTGCGAAGCCAGTGGTGCCGACTTTGCCAGGTGCAAGCAGGCCAGCGCCGAAtt > 2:281030/1‑150 (MQ=255) tctGGCTGTGGCTGCTGTCCTGGCGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATGCTGATGGCGGTGGTGCGCCGGCCGCGTCAGCGGGCAACGATGGCCGCTGCGAAGCCAGTGGTGCCGACTTTGCCATGGGCAAGCAGGCCAGCGCCGAATTGCt < 1:476681/150‑1 (MQ=255) tctGGCTGTGGCTGCTGTCCTGGCGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATGCTGATGGCGGTGGTGCGCCGGCCGCGTCAGCGGGCAACGATGGCCGCTGCGAAGCCAGTGGTGCCGACTTTGCCATGGGCAAGCAGGCCAGCGCCGAATTGCt < 2:1140131/150‑1 (MQ=255) tctGGCTGTGGCTGCTGTCCTGGCGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATGCTGATGGCGGTGGTGCGCCGGCCGCGTCAGCGGGCAACGATGGCCGCTGCGAAGCCAGTGATGCCGACTTTGCCATGGGCAAGCAGGCCAGCGCCGAATTGCt < 1:281030/150‑1 (MQ=255) gctgtggctgCTGTCCTGGCGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATGCTGATGGCGGTGGTGCGCCGGCCGCGTCAGCgg > 2:736977/1‑76 (MQ=255) gctgtggctgCTGTCCTGGCGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATGCTGATGGCGGTGGTGCGCCGGCCGCGTCAGCgg < 1:736977/76‑1 (MQ=255) tgtggctgCTGTCCTGGCGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATGCTGATGGCGGTGGTGCGCCGGCCGCGTCAGCGGGCAACGATGGCCGCTGCGAAGCCAGTGGTGCCGACTTTGCCATGGGCAAGCAGGCCAGCGCCGAATTGCTGGAGCa > 2:663288/1‑150 (MQ=255) | TTGCTTTTCGCCTCGCTGCTGCAGTTCAGGCAGACTTGACCGGTTTTGCAACAAATGATGAGCGGAGCTGTCGGATCAGGCAGTTCCCGGACCGATTTAGGAGGCTTCATGTTCCGTACCCGTGCTTACCTGGCAACTCTGGCTGTGGCTGCTGTCCTGGCGGGTTGCAGCACTGGTGGCAATGCTGATGGCGGTGGTGCGCCGGCCGCGTCAGCGGGCAACGATGGCCGCTGCGAAGCCAGTGGTGCCGACTTTGCCATGGGCAAGCAGGCCAGCGCCGAATTGCTGGAGCA > NC_002947/2807989‑2808281 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |