New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3958449 = | 52 (1.150) | 3 (0.070) | 3/236 | NT | 6.0% | coding (1980/5844 nt) | mnxG | manganese‑oxidizing multicopper oxidase |
? | NC_002947 | 3958492 = | 44 (1.020) | coding (1937/5844 nt) | mnxG | manganese‑oxidizing multicopper oxidase |
CGGGCCAGGGCCGGGTCGAGCATGTCCAGGGGCGGGGTTGGCGGGCGGTTGCCCACGCTGCTTTCCATGCCACCGATCCAGAACGGGTAGCCTGGGTTTTTCAGCGTACCGTCGGCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGTGGTCGTCATCATCCTCGTCTTCGTGGTCATCATCGTTGGCGGCAACCAATGCTTCGGAAAGCTTGGGCACGACCACGACTTTGCCGGGCATGGGCGCCATG > NC_002947/3958303‑3958593 | tgccggtacgccgattccggccatcgtgccgttgcccggcaaggccatggcgcccatgcccggcaaagtcgtggtcgtgcccaagctttccgaagcattggttgccgccaacgatgatgaccacgaagacgaggatgatgacgaccaCGc > 2:1114072‑M1/148‑150 (MQ=255) ccggtacgccgattccggccatcgtgccgttgcccggcaaggccatggcgcccatgcccggcaaagtcgtggtcgtgcccaagctttccgaagcattggttgccgccagcgatgatgaccacgaagacgaggatgatgacgaccaCGCCa < 2:823773‑M1/5‑1 (MQ=255) cggtacgccgattccggccatcgtgccgttgcccggcaaggccatggcgcccatgcccggcaaagtcgtggtcgtgcccaagctttccgaagcattggttgccgccaacgatgatgaccacgaagacgaggatgatgacgaccaCGCCAg < 2:365172‑M1/6‑1 (MQ=255) aGGGCCGGGTCGAGCATGTCCAGGGGCGGGGTTGGCGGGCGGTTGCCCACGCTGCTTTCCATGCCACCGATCCCGAAGGGGTAGCCTGGGTTTTTCAGCCTACAGTC‑GCATTGGCGGTGGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAg > 1:570309/1‑150 (MQ=255) aGGGCCGGGTCGAGCATGTCCAGGGGCGGGGTTGGCGGGCGGTTGCCCACGCTGCTTTCCATGCCACCGATCCAGAACGGGTAGCCTGGGTTTTTCAGCGTACCGTCGGCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCACCCCGATCCATCGAg > 2:86308/1‑150 (MQ=255) cGAGCATGTCCAGGGGCGGGGTTGGCGGGCGGTTGCCCACGCTGCTTTCCATGCCACCGATCCAGAACGGGTAGCCTGGGTTTTTCAGCGTACCGTCGGCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCt > 1:685380/1‑150 (MQ=255) aGCATGTCCAGGGGCGGGGTTGGCGGGCGGTTGCCCACGCTGCTTTCCATGCCACCGATCCAGAACGGGTAGCCTGGGTTTTTCAGCGTACCGTCGGCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTg < 2:768492/150‑1 (MQ=255) aGCATGTCCAGGGGCGGGGTTGGCGGGCGGTTGCCCACGCTGCTTTCCATGCCACCGATCCAGAACGGGTAGCCTGGGTTTTTCAGCGTACCGTCGGCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTg < 2:161270/150‑1 (MQ=255) cATGTCCAGGGGCGGGGTTGGCGGGCGGTTGCCCACGCTGCTTTCCATGCCACCGATCCAGAACGGGTAGCCTGGGTTTTTCAGCGTACCGTCGGCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTgcg < 1:294742/150‑1 (MQ=255) cAGGGGCGGGGTTGGCGGGCGGTTGCCCACGCTGCTTTCCATGCCACCGATCCAGAACGGGTAGCCTGGGTTTTTCAGCGTACCGTCGGCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAAccagcgc > 2:80755/1‑123 (MQ=255) cAGGGGCGGGGTTGGCGGGCGGTTGCCCACGCTGCTTTCCATGCCACCGATCCAGAACGGGTAGCCTGGGTTTTTCAGCGTACCGTCGGCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAAccagcgc < 1:80755/123‑1 (MQ=255) ggCGGGGTTGGCGGGCGGTTGCCCACGCTGCTTTCCATGCCACCGATCCAGAACGGGTAGCCTGGGTTTTTCAGCGTACCGTCGGCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGcc > 1:65368/1‑150 (MQ=255) ggcaaggccatggcgcccatgcccggcaaagtcgtggtcgtgcccaagctttccgaagcattggttgccgccaacgatgatgaccacgaagacgaggatgatgacgaccaCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTg > 1:543363‑M1/111‑150 (MQ=255) gcgggcggTTGCCCACGCTGATTTCCATGCCACCGATCCAGAACGGGTAGCCTGGGTTTTTCAGCGTACCGTCGGCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGt < 2:1118189/150‑1 (MQ=255) ggTTGCCCACGCTGCTTTCCATGCCACCGATCCAGAACGGGTAGCCTGGGTTTTTCAGCGTACCGTCGGCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGTGgtcgt < 2:685380/150‑1 (MQ=255) gTTGCCCACGCTGCTTTCCATGCCACCGATCCAGAACGGGTAGCCTGGGTTTTTCAGCGTACCGTCGGCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGTGgtcgtc < 2:65368/150‑1 (MQ=255) ttGCCCACGCTGCTTTCCATGCCACCGATCCAGAACGGGTAGCCTGGGTTTTTTTTTTTTTTTTTGTCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGTGGTCGtca > 2:191316/1‑150 (MQ=255) gCCCACGCTGCTTTCCATGCCACCGATCCAGAACGGGTAGCCTGGGTTTTTCAGCGTACCGTCGGCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGTGGTCGtcatc < 2:349044/150‑1 (MQ=255) cACGCTGCTTTCCATGCCACCGATCCAGAACGGGTAGCCTGGGTTTTTCAGCGTACCGTCGGCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTg < 1:670596/133‑1 (MQ=255) cACGCTGCTTTCCATGCCACCGATCCAGAACGGGTAGCCTGGGTTTTTCAGCGTACCGTCGGCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTg > 2:670596/1‑133 (MQ=255) cACGCTGCTTTCCATGCCACCGATCCAGAACGGGTAGCCTGGGTTTTTCAGCGTACCGTCGGCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGTGGTCGTCatcatc > 1:974721/1‑150 (MQ=255) gctgctTTCCATGCCACCGATCCAGAACGGGTAGCCTGGGTTTTTCAGCGTACCGTCGGCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGTGGTCGTCatcatc > 2:723070/1‑147 (MQ=255) gctgctTTCCATGCCACCGATCCAGAACGGGTAGCCTGGGTTTTTCAGCGTACCGTCGGCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGTGGTCGTCatcatc < 1:723070/147‑1 (MQ=255) gctgctTTCCATGCCACCGATCCAGAACGGGTAGCCTGGGTTTTTCAGCGTACCGTCGGCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGTGGTCGTCATCATCCTc < 1:930064/150‑1 (MQ=255) ctgctTTCCATGCCACCGATCCAGAACGGGTAGCCTGGGTTTTTCAGCGTACCGTCGGCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGTGGTCGTCATCATCCTCg > 1:445793/1‑150 (MQ=255) tgctTTCCATGCTACCGATCCAGAACGGGTAGCCTGGGTTTTTCAGCGTACCGTCGGCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACgg > 2:857967/1‑117 (MQ=255) tgctTTCCATGCTACCGATCCAGAACGGGTAGCCTGGGTTTTTCAGCGTACCGTCGGCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACgg < 1:857967/117‑1 (MQ=255) tgctTTCCATGCCACCGATCCAGAACGGGTAGCCTGGGTTTTTCAGCGTACCGTCGGCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGTGGTCGTCATCATCCTCGt > 2:1066191/1‑150 (MQ=255) tgctTTCCATGCCACCGATCCAGAACGGGTAGCCTGGGTTTTTCAGCGTACCGTCGGCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGTGGTCGTCATCATCCTCGt > 1:1072849/1‑150 (MQ=255) ttCCATGCCACCGATCCAGAACGGGTAGCCTGGGTTTTTCAGCGTACCGTCGGCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGTGGTCGTCATCATCCTCGTCTTc > 1:410153/1‑150 (MQ=255) gcaaagtcgtggtcgtgcccaagctttccgaagcattggttgccgccaacgatgatgaccacgaagacgaggatgatgatgaccaCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGTGgtc < 1:660869‑M1/48‑1 (MQ=255) gcaaagtcgtggtcgtgcccaagctttccgaagcattggttgccgccaacgatgatgaccacgaagacgaggatgatgatgaccaCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGTGgtc > 2:660869‑M1/86‑133 (MQ=255) aCCGATCCAGAACGGGTAGCCTGGGTTTTTCAGCGTACCGTCGGCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGTGGTCGTCATCATCCTCGTCTTCGTGGtcatc > 2:517822/1‑150 (MQ=255) cGATCCAGAACGGGTAGCCTGGGTTTTTCAGCGTACCGTCGGCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGTGGTCGTCATCATCCTCGTCTTCGTGGTcatcat > 1:293241/1‑150 (MQ=255) tCCAGAACGGGTAGCCTGGGTTTTTCAGCGTACCGTCGGCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGc < 1:988440/112‑1 (MQ=255) tCCAGAACGGGTAGCCTGGGTTTTTCAGCGTACCGTCGGCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGc > 2:988440/1‑112 (MQ=255) tCCAGAACGGGTAGCCTGGGTTTTTCAGCGTACCGTCGGCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGTGGTCGTCATCATCCTCGTCTTCGTGGTCATCATCGt > 1:954869/1‑150 (MQ=255) aaCGGGTAGCCTGGGTTTTTCAGCGTACCGTCGGCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGTGGTCGTCATCATCCTCGTCTTCGTGGTCATCGTCGTTggcg > 1:623349/1‑150 (MQ=255) gcatGGGTTCTTCAGCCTAGGGTCGGCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGTGGTCGTCATCATCCTCGTCTTCGTGGTCATCATCGTTGGCGGCAACCaa < 2:974721/147‑1 (MQ=255) cTGGGTTTTTCAGCGTACCGTCGGCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGTGGTCGTCATCATCCTCGTCTTCGTGGTCATCATCGTTGGCGGCAACCAATg > 1:259739/1‑150 (MQ=255) tGGGTTTTTCAGCGTACCGTCGGCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGTGgtc > 1:501990/1‑102 (MQ=255) tGGGTTTTTCAGCGTACCGTCGGCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGTGgtc < 2:501990/102‑1 (MQ=255) ggTTTTTCAGCGTACCGTCGGCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGTGGTCGTCATCATCCTCGTCTTCGTGGTCATCATCGTTGGCGGCAACCAATGCtt < 2:954869/150‑1 (MQ=255) tttttCAGCGTACCGTCGGCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGTGGTCGTCATCATCCTCGTCTTCGTGGTCATCATCGTTGGCGGCAACCAATGCTTCg < 2:445793/150‑1 (MQ=255) tttCAGCGTACCGTCGGCATT‑GCGGTTGGCTGCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGTGGTCGTCATCATCCTCGTCTTCGTGGTCATCATCGTTGGCGGCAACCAATGCTTCGGa < 1:907827/150‑1 (MQ=255) gCGTACCGTCGGCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGTGGTCGTCATCATCCTCGTCTTCGTGGTCATCATCGTTGGCGGCAACCAATGCTTCGGAAAGCt > 2:628513/1‑150 (MQ=255) ggTACCGTCGGCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGTGGTCGTCATCATCCTCGTCTTCGTGGTCATTATCGTTGGCGGCAACCa > 1:1136934/2‑134 (MQ=255) cGTACCGTCGGCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGTGGTCGTCATCATCCTCGTCTTCGTGGTCATTATCGTTGGCGGCAACCa < 2:1136934/134‑1 (MQ=255) gTACCGTCGGCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGTGGTCGTCATCATCCTCGTCTTCGTGGTCATCATCGTTGGCGGCAACCAATGCTTCGGAAAGCTTg < 2:735809/150‑1 (MQ=255) gCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGTGGTCGTCATCATCCTCGTCTTCGTGGTCATCATCGTTGGCGGCAACCAATGCTTCGGAAAGCTTGGGcacgacc > 1:353185/1‑150 (MQ=255) tt‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGTGGTCGTCATCATCCTCGTCTTCGTGGTCATCATCGTTGGCGGCAACCAATGCTTCGGAAAGCTTGGGcacgaccacg > 1:792812/1‑150 (MQ=255) cGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGTGGTCGTCATCATCCTCGTCTTCGTGGTCATCATCGTTGGCGGCAACCAATGCTTCGGAAAGCTTGGGCACGACCACGACt < 2:293241/150‑1 (MQ=255) cGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGTGGTCGTCATCATCCTCGTCTTCGTGGTCATCATCGTTGGCGGCAACCAATGCTTCGGAAAGCTTGGGCACGACCACGACt > 1:365172/1‑150 (MQ=255) ggCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGTGGTCGTCATCATCCTCGTCTTCGTGGTCATCATCGTTGGCGGCAACCAATGCTTCGGAAAGCTTGGGCACGACCACGACTTTGcc < 2:1072849/150‑1 (MQ=255) ccTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGTGGTCGTCATCATCCTCGTCTTCGTGGTCATCATCGTTGGCGGCAACCAATGCTTCGGAAAGCTTGGGCACGACCACGACTTTGCCgg < 2:570309/150‑1 (MQ=255) ccTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGTGGTCGTCATCATCCTCGTCTTCGTGGTCATCATCGTTGGCGGCAACCAATGCTTCGGAAAGCTTGGGCACGACCACGACTTTGCCgg > 1:964522/1‑150 (MQ=255) gTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGTGGTCGTCATCATCCTCGTCTTCGTGGTCATCATCGTTGGCGGCAACCAATGCTTCGGAAAGCTTGGGCACGACCACGACTTTGCCgg < 2:414162/145‑1 (MQ=255) gTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGTGGTCGTCATCATCCTCGTCTTCGTGGTCATCATCGTTGGCGGCAACCAATGCTTCGGAAAGCTTGGGCACGACCACGACTTTGCCgg > 1:414162/1‑145 (MQ=255) gTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGTGGTCGTCATCATCCTCGTCTTCGTGGTCATCATCGTTGGCGGCAACCAATGCTTCGGAAAGCTTGGGCACGACCACGACTTTGCCGGGCATGGgcgc > 2:106079/1‑150 (MQ=255) cAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGTGGTCGTCATCATCCTCGTCTTCGTGGTCATCATCGTTGGCGGCAACCAATGCTTCGGAAAGCTTGGGCACGACCACGACTTTGCCGGGCATGGGCGCCa < 1:86308/150‑1 (MQ=255) aCCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGTGGTCGTCATCATCCTCGTCTTCGTGGTCATCATCGTTGGCGGCAACCAATGCTTCGGAAAGCTTGGGCACGACCACGACTTTGCCGGGCATGGGCGCCATg > 1:456512/1‑150 (MQ=255) | CGGGCCAGGGCCGGGTCGAGCATGTCCAGGGGCGGGGTTGGCGGGCGGTTGCCCACGCTGCTTTCCATGCCACCGATCCAGAACGGGTAGCCTGGGTTTTTCAGCGTACCGTCGGCATT‑GCGGTTGGCCTCGGTGCGGTCAACCAGCGCCAGCGAGCCCACGGCCTTGCGCACGGGCGCCTCACTGGCGTGGTCGTCATCATCCTCGTCTTCGTGGTCATCATCGTTGGCGGCAACCAATGCTTCGGAAAGCTTGGGCACGACCACGACTTTGCCGGGCATGGGCGCCATG > NC_002947/3958303‑3958593 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |