New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4408241 | 42 (0.930) | 5 (0.120) | 5/238 | NT | 10.1% | coding (87/444 nt) | PP_3890 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 4408301 | 49 (1.130) | coding (27/444 nt) | PP_3890 | hypothetical protein |
ACCAGGTCAGGCACGCCAGCCTTGACGCCCTGCCCCTTCAGCTTGGCGGCCACGGCCTTGATCCGGTGCCCACCGTTCGGGACGTGGTAGATCAGTTTGTAAGCCTGCGGGTAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCTTGGCGCGGCGCGGCTTGGCCCTGAATGGGCGAAGGGCGGGAGCGTTCATAGCTCGCTCCCCCACAGATAGCCGACGAGGCCCATAGCATCAGCAATTGCCACAATCGTCCAGAAGGAGGCGGTT > NC_002947/4408092‑4408387 | acCAGGTCAGGCACGCCAGCCTTGACGCCCTGCCCCTTCAGCTTGGCGGCCACGGCCTTGATCCGGTGCCCACCGTTCGGGACGTGGTAGATCAGTTTGTAAGCCTGCGGGTAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCC > 1:428567‑M1/1‑150 (MQ=255) acCAGGTCAGGCACGCCAGCCTTGACGCCCTGCCCCTTCAGCTTGGCGGCCACGGCCTTGATCCGGTGCCCACCGTTCGGGACGTGGTAGATCAGTTTGTAAGCCTGCGGGTAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCC > 1:299420‑M1/1‑150 (MQ=255) ggTCAGGCACGCCAGCCTTGACGCCCTGCCCCTTCAGCTTGGCGGCCACGGCCTTGATCCGGTGCCCACCGTTCGGGACGTGGTAGATCAGTTTGTAAGCCTGCGGGTAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGcc < 2:244050/150‑1 (MQ=255) ggCACGCCAGCCTTGACGCCCTGCCCCTTCAGCTTGGCGGCCACGGCCTTGATCCGGTGCCCACCGTTCGGGACGTGGTAGATCAGTTTGTAAGCCTGCGGGTAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTcc > 2:170621/1‑150 (MQ=255) gCACGCCAGCCTTGACGCCCTGCCCCTTCAGCTTGGCGGCCACGGCCTTGATCCGGTGCCCACCGTTCGGGACGTGGTAGATCAGTTTGTAAGCCTGCGGGTAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTccc < 1:891960/150‑1 (MQ=255) cAGCCTTGACGCCCTGCCCCTTCAGCTTGGCGGCCACGGCCTTGATCCGGTGCCCACCGTTCGGGACGTGGTAGATCAGTTTGTAAGCCTGCGGGTAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTcc > 2:1073483/1‑143 (MQ=255) cAGCCTTGACGCCCTGCCCCTTCAGCTTGGCGGCCACGGCCTTGATCCGGTGCCCACCGTTCGGGACGTGGTAGATCAGTTTGTAAGCCTGCGGGTAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTcc < 1:1073483/143‑1 (MQ=255) cTTGACGCCCTGCCCCTTCAGCTTGGCGGCCACGGCCTTGATCCGGTGCCCACCGTTCGGGACGTGGTAGATCAGTTTGTAAGCCTGCGGGTAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTCCCGGTCGACggg < 1:3359/150‑1 (MQ=255) cTTGACGCCCTGCCCCTTCAGCTTGGCGGCCACGGCCTTGATCCGGTGCCCACCGTTCGGGACGTGGTAGATCAGTTTGTAAGCCTGCGGGTAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTCCCGGTCGACggg > 2:324810/1‑150 (MQ=255) gACGCCCTGCCCCTTCAGCTTGGCGGCCACGGCCTTGATCCGGTGCCCACCGTTCGGGACGTGGTAGATCAGTTTGTAAGCCTGCGGGTAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCtt < 1:170621/150‑1 (MQ=255) gCCCTGCCCCTTCAGCTTGGCGAACCCGGCCTTGATCCACGGCGCTTTGTCCTTTTTGTGGTAGATCAGTTTGTAAGCCTGCGGGTAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCTTggc > 1:454248/1‑150 (MQ=25) cTGCCCCTTCAGCTTGGCGGCCACGGCCTTGATCCGGTGCCCACCGTTCGGGACGTGGTAGATCAGTTTGTAAGCCTGCGGGTAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCtt > 1:1080617/1‑144 (MQ=255) cTGCCCCTTCAGCTTGGCGGCCACGGCCTTGATCCGGTGCCCACCGTTCGGGACGTGGTAGATCAGTTTGTAAGCCTGCGGGTAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCtt < 2:1080617/144‑1 (MQ=255) tGCCCCTTCAGCTTGGCGGCCACGGCCTTGATCCGGTGCCCACCGTTCGGGACGTGGTAGATCAGTTTGTAAGCCTGCGGGTAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCTTggcgcgg > 2:369783/1‑150 (MQ=255) aGCTTGGCGGCCACGGCCTTGATCCGGTGCCCACCGTTCGGGACGTGGTAGATCAGTTTGTAAGCCTGCGGGTAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCTTGGCGCGGCGCGGCTTg > 1:914393/1‑150 (MQ=255) gCTTGGCGGCCACGGCCTTGATCCGGTGCCCACCGTTCGGGACGTGGTAGATCAGTTTGTAAGCCTGCGGGTAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTCCCGGGCGACGGGCTTGTCGCGGCGCGGCTTgg < 2:1115278/150‑1 (MQ=255) ggcCACGGCCTTGATCCGGTGCCCACCGTTCGGGACGTGGTAGATCAGTTTGTAAGCCTGCGGGTAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCTTGGCGCGGCGCGGCTTGGCCCTGaa < 1:46229/150‑1 (MQ=255) gcCACGGCCTTGATCCGGTGCCCACCGTTCGGGACGTGGTAGATCAGTTTGTAAGCCTGCGGGTAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCTTGGCGCGGCGCGGCTTGGCCCTGAAt < 2:691175/150‑1 (MQ=255) aCGGCCTTGATCCGGTGCCCACCGTTCGGGACGTGGTAGATCAGTTTGTAAGCCTGCGGGTAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCTTGGCGCGGCGCGGCTTGGCCCTGAATggg > 2:76246/1‑150 (MQ=255) aCGGCCTTGATCCGGTGCCCACCGTTCGGGACGTGGTAGATCAGTTTGTAAGCCTGCGGGTAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCTTGGCGCGGCGCGGCTTGGCCCTGAATggg > 2:717081/1‑150 (MQ=255) aCGGCCTTGATCCGGTGCCCACCGTTCGGGACGTGGTAGATCAGTTTGTAAGCCTGCGGGTAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCTTGGCGCGGCGCGGCTTGGCCCTGAATggg < 2:957741/150‑1 (MQ=255) cTTGATCCGGTGCCCACCGTTCGGGACGTGGTAGATCAGTTTGTAAGCCTGCGGGTAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCcgcccttcgcccattcagggccaagccgcgccgcgccaagcccgtcgaccgggaag < 2:299420‑M1/150‑57 (MQ=255) ttGATCCGGTGCCCACCGTTCGGGACGTGGTAGATCAGTTTGTAAGCCTGCGGGTAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCTTGGCGCGGCGCGGCTTGGCCCTGAATGGGCGAAgg > 1:519506/1‑150 (MQ=255) gATCCGGTGCCCACCGTTCGGGACGTGGTAGATCAGTTTGTAAGCCTGCGGGTAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCTTggcgcggc > 2:394938/1‑122 (MQ=255) gATCCGGTGCCCACCGTTCGGGACGTGGTAGATCAGTTTGTAAGCCTGCGGGTAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCTTggcgcggc < 1:394938/122‑1 (MQ=255) ggTGCCCACCGTTCGGGACGTGGTAGATCAGTTTGTAAGCCTGCGGGTAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCcgcccttcgcccattcagggccaagccgcgccgcgccaagcccgtcgaccgggaagggcaggag > 2:1068161‑M1/1‑86 (MQ=255) gTGCCCACCGTTCGGGACGTGGTAGATCAGTTTGTAAGCCTGCGGGTAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCTTGGCGCGGCGCGGCTTGGCCCTGAATGGGCGAAGGGCGggagc > 2:914393‑M2/1‑145 (MQ=255) tGCCCACCGTTCGGGACGTGGTAGATCAGTTTGTAAGCCTGCGGGTAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCcgcccttcgcccattcagggccaagccgcgccgcgccaagcccgtcgaccgggaagggcaggagca < 1:1068161‑M1/150‑67 (MQ=255) cACCGTTCGGGACGTGGTAGATCAGTTTGTAAGCCTGCGGGTAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCTTGGCGCGGCGCGGCTTGGCCCTGAATGGGCGAAGGGCGGGAGCGTTCa < 1:717081/150‑1 (MQ=255) aCCGTTCGGGACGTGGTAGATCAGTTTGTAAGCCTGCGGGTAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCTTGGCGCGGCGCGGCTTGGCCCTGAATGGGCGAAGGGCGGGAGCGTTCAt > 1:704000/1‑150 (MQ=255) gggACGTGGTAGATCAGTTTGTAAGCCTGCGGGTAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCTTGGCGCGGCGCGGCTTGGCCCTGAATGGGCGAAGGGCGGGAGCGTTCATAgctcgc < 1:796383/150‑1 (MQ=255) gggACGTGGTAGATCAGTTTGTAAGCCTGCGGGTAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCTTGGCGCGGCGCGGCTTGGCCCTGAATGGGCGAAGGGCGGGAGCGTTCATAgctcgc > 2:1022804/1‑150 (MQ=255) ggACGTGGTAGATCAGTTTGTAAGCCTGCGGGTAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCTTGGCGCGGCGCGGCTTGGCCCTGAATGGGCGAAGGGCGGGAGCGTTCATAgctcgct > 2:450698/1‑150 (MQ=255) gTGGTAGATCAGTTTGTAAGCCTGCGGGTAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCTTGGCGCGGCGCGGCTTGGCCCTGAATGGGCGAAGGGCGGGAGCGTTCATAGCTCGCTcccc < 2:519506/150‑1 (MQ=255) gATCAGTTTGTAAGCCTGCGGGTAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCTTGGCGCGGCGCGGCTTGGCCCTGAATGGGCGAAGGGCGGGAGCGTTCATAGCTCGCTCCCCCACAGa > 2:186922/1‑150 (MQ=255) tCAGTTTGTAAGCCTGCGGGTAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCTTGGCGCGGCGCGGCTTGGCCCTGAATGGGCGAAGGGCGGGAGCGTTCATAGCTCGCTCCCCCACAGATa < 2:180421/150‑1 (MQ=255) ccTGCGGGTAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCcgcccttcgcccattcagggccaagccgcgccgcgccaagcccgtcgaccgggaagggcag < 1:652519‑M1/108‑62 (MQ=255) ccTGCGGGTAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCcgcccttcgcccattcagggccaagccgcgccgcgccaagcccgtcgaccgggaagggcag > 2:652519‑M1/1‑47 (MQ=255) ccTGCGGGTAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCTTGGCGCGGCGCGGCTTGGCCCTGAATGGGCGAAGGGCGGGAGCGTTCATAGCTCGCTCCCCCACAGATAGCCGACGAGGcc < 2:742139/150‑1 (MQ=255) ggTAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCTTGGCGCGGCGCGGCTTGGCCCTGAATGGGCGAAGGGCGGGAGCGTTCATAGCTCGCTCCCCCACAGATAGCCGACGAGGCCCATAGc > 1:98079/1‑150 (MQ=255) gTAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCTTGGCGCGGCGCGGCTTGGCCCTGAATGGGCGAAGGGCGGGAGCGTTCATAGCTCGCTCCCCCACAGATAGCCGACGAGGCCCATAGCa > 1:1189622/1‑150 (MQ=255) tAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCTTGGCGCGGCGCGGCTTGGCCCTGAATGGGCGAAGGGCGGGAGCGTTCATAGCTCGCTCCCCCACAGATAGCCGACGAGGCCCATAGCAt < 2:1181384/150‑1 (MQ=255) aGCGCAGCTTCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCTTGGCGCGGCGCGGCTTGGCCCTGAATGGTCGAAGGGCCGGAGCGTTCATAGCTCGCTCCCCCACAGATAGCCGACGAGGCCCATAGCATc < 1:369783/150‑1 (MQ=255) aGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCTTGGCGCGGCGCGGCTTGGCCCTGAATGGGCGAAGGGCGGGAGCGTTCATAGCTCGCTCCCCCACAGATAGCCGACGAGGCCCATAGCATc < 1:648907/150‑1 (MQ=255) gcagctgcagctCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCTTGGCGCGGCGCGGCTTGGCCCTGAATGGGCGAAGGGCGGGAGCGTTCATAGCTCGCTCCCCCACAGATAGCCGACGAGGCCCATAGCATCAGc > 2:1169534/1‑150 (MQ=255) ctgcagctCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCTTGGCGCGGCGCGGCTTGGCCCTGAATGGGCGAAGGGCGGGAGCGTTCATAGCTCGCTCCCCCACAGATAGCCGACGAGGCCCATAGCATCAGCAAtt < 1:324810/150‑1 (MQ=255) gcagctCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCTTGGCGCGGCGCGGCTTGGCCCTGAATGGGCGAAGGGCGGGAGCGTTCATAGCTCGCTCCCCCACAGATAGCCGACGAGGCCCATAGCATCAGCAATTGc < 1:76246/150‑1 (MQ=255) gctCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCTTGGCGCGGCGCGGCTTGGCCCTGAATGGGCGAAGGGCGGGAGCGTTCATAGCTCGCTCCCCCACAGATAGCCGACGAGGCCCATAGCATCAGCAATTGCcac < 1:450698/150‑1 (MQ=255) tCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCTTGGCGCGGCGCGGCTTGGCCCTGAATGGGCGAAGGGCGGGAGCGTTCATAGCTCGCTCCCCCACAGATAGCCGACGAGGCCCATAGCATCAGCAATTGCCACaa > 1:44375/1‑150 (MQ=255) gCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCTTGGCGCGGCGCGGCTTGGCCCTGAATGGGCGAAGGGCGGGAGCGTTCATAGCTCGCTCCCCCACAGATAGCCGACGAGGCCCATAGCATCAGCAATTGCCACAATCGt < 2:992226/150‑1 (MQ=255) ccTGCTCCTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCTTGGCGCGGCGCGGCTTGGCCCTGAATGGGCGAAGGGCGGGAGCGTTCATAGCTCGCTCCCCCACAGATAGCCGACGAGGCCCATAGCATCAGCAATTGCCACAATCGTCCAGAaggagtc > 1:1122707/1‑148 (MQ=255) tGCTCCTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCTTGGCGCGGCGCGGCTTGGCCCTGAATGGGCGAAGGGCGggagcaggctgcgctgatgcaggagctgcagctgcgctacccgcaggcttacaaactgatctaccacgtcccgaacggtgggca < 1:1068161‑M2/150‑85 (MQ=255) gCTCCcgcccttcgcccattcagggccaagccgcgccgcgccaagcccgtcgaccgggaagggcaggagcaggctgcgctgatgcaggagctgcagctgcgctacccgcaggcttacaaactgatctaccacgtcccgaacggtgggcac > 2:914393‑M1/1‑5 (MQ=255) cTCCTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCTTGGCGCGGCGCGGCTTGGCCCTGAATGGGCGAAGGGCGggagcaggctgcgctgatgcaggagctgcagctgcgctacccgcaggcttacaaactgatctaccacgtcccgaacggtgggcacc > 2:1068161‑M2/1‑64 (MQ=255) cTCCTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCTTGGCGCGGCGCGGCTTGGCCCTGAATGGGCGAAGGGCGGGAGCGTTCATAGCTCGCTCCCCCACAGATAGCCGACGAGGCCCATAGCATCAGCAATTGCCACAATCGTCCAGAAGGAGGCGGtt < 1:1022804/150‑1 (MQ=255) tCCTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCTTGGCGCGGCGCGGCTTGGCCCTGAATGGGCGAAGGGCGGGAGCGTTCATAGCTCGCTCCCCCACAGATAGCCGACGAGGCCCATAGCATCAGCAATTGCCACAATCGTCCAGAaggagg < 1:237005/144‑1 (MQ=255) tCCTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCTTGGCGCGGCGCGGCTTGGCCCTGAATGGGCGAAGGGCGGGAGCGTTCATAGCTCGCTCCCCCACAGATAGCCGACGAGGCCCATAGCATCAGCAATTGCCACAATCGTCCAGAaggagg > 2:237005/1‑144 (MQ=255) cTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCTTGGCGCGGCGCGGCTTGGCCCTGAATGGGCGAAGGGCGggagcaggctgcgctgatgcaggagctgcagctgcgctacccgcagg > 2:652519‑M2/1‑61 (MQ=255) cTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCTTGGCGCGGCGCGGCTTGGCCCTGAATGGGCGAAGGGCGggagcaggctgcgctgatgcaggagctgcagctgcgctacccgcagg < 1:652519‑M2/108‑48 (MQ=255) | ACCAGGTCAGGCACGCCAGCCTTGACGCCCTGCCCCTTCAGCTTGGCGGCCACGGCCTTGATCCGGTGCCCACCGTTCGGGACGTGGTAGATCAGTTTGTAAGCCTGCGGGTAGCGCAGCTGCAGCTCCTGCATCAGCGCAGCCTGCTCCTGCCCTTCCCGGTCGACGGGCTTGGCGCGGCGCGGCTTGGCCCTGAATGGGCGAAGGGCGGGAGCGTTCATAGCTCGCTCCCCCACAGATAGCCGACGAGGCCCATAGCATCAGCAATTGCCACAATCGTCCAGAAGGAGGCGGTT > NC_002947/4408092‑4408387 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |