| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 4593801 = | 74 (1.640) | 4 (0.110) | 4/202 | NT | 6.6% | intergenic (+61/+238) | mccA/PP_4068 | methylcrotonyl‑CoA carboxylase biotin‑containing subunit alpha/Cro/CI family transcriptional regulator |
| ? | NC_002947 | 4593905 = | 53 (1.440) | intergenic (+165/+134) | mccA/PP_4068 | methylcrotonyl‑CoA carboxylase biotin‑containing subunit alpha/Cro/CI family transcriptional regulator | |||||
CGCCGCATGCCGGCACGGTGAAGGCGCTGTTTTGCCTGGAGGGGGATATGGTCAGCGAAGGGACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGC > NC_002947/4593652‑4593949 | cgccgcATGCCGGCACGGTGAAGGCGCTGTTTTGCCTGGAGGGGGATATGGTCAGCGAAGGGACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCg < 1:703875/150‑1 (MQ=255) tggggctttttgaaagggtttgagtagtggcggcaacggtgaacggcgggtggaagttggccagcagggccggccctttcgcgggtaaacccgctcctacacgcggcctgcgcctaatcaccaacatgtgtccacccccgatcggatGTa < 1:1050572‑M1/3‑1 (MQ=255) cgcATGCCGGCACGGTGAAGGCGCTGTTTTGCCTGGAGCCGTATATGGTCAGCGAAGGGACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAg < 1:317221/150‑1 (MQ=255) tGCCGGCACGGTGAAGGCGCTGTTTTGCCTGGAGGGGGATATGGTCAGCGAAGGGACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGc > 1:551556/1‑150 (MQ=255) tGCCGGCACGGTGAAGGCGCTGTTTTGCCTGGAGGGGGATATGGTCAGCGAAGGGACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGc > 1:1081179/1‑150 (MQ=255) tttttgaaagggtttgagtagtggcggcaacggtgaacggcgggtggaagttggccagcagggccggccctttcgcgggtaaacccgctcctacacgcggcctgcgcctaatcaccaacatgtgtccacccccgatcggatGTAGGAGCg < 2:760099‑M1/9‑1 (MQ=255) ttttgaaagggtttgagtagtggcggcaacggtgaacggcgggtggaagttggccagcagggccggccctttcgcgggtaaacccgctcctacacgcggcctgcgcctaatcaccaacatgtgtccacccccgatcggatGTAGGAGCgg < 2:797208‑M1/10‑1 (MQ=255) ccGGCACGGTGAAGGCGCTGTTTTGCCTGGAGGGGGATATGGTCAGCGAAGGGACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCgg < 2:380706/150‑1 (MQ=255) cGGCACGGTGAAGGCGCTGTTTTGCCTGGAGGGGGATATGGTCAGCGAAGGGACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCggg > 1:112653/1‑150 (MQ=255) cGGCACGGTGAAGGCGCTGTTTTGCCTGGAGGGGGATATGGTCAGCGAAGGGACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCggg < 2:369918/150‑1 (MQ=255) aaagggtttgagtagtggcggcaacggtgaacggcgggtggaagttggccagcagggccggccctttcgcgggtaaacccgctcctacacgcggcctgcgcctaatcaccaacatgtgtccacccccgatcggatGTAGGAGCGGGTTTa < 1:498510‑M1/15‑1 (MQ=255) aaagggtttgagtagtggcggcaaaggtgaacggcgggtggaagttggccagcagggccggccctttcgcgggtaaacccgctcctacacgcggcctgcgcctaatcaccaacatgtgtccacccccgatcggatGTAGGAGCGGGTTTa < 1:886216‑M1/15‑1 (MQ=255) ggTGAAGGCGCTGTTTTGCCTGGAGGGGGATATGGTCAGCGAAGGGACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGAAGCTTTGCGGCAGTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGATTTAcc > 2:572756/1‑150 (MQ=255) ggtttgaggagtggcggcaacggtgaacggcgggtggaagtgggccagcagggccgggcctttcgcgggtaaacgcgctcctacgcgcgggctgcgcctaagcaccaacatgtgtccacccccgatcggatGTAGGAGGGGGTTTACCcg < 2:378297‑M1/19‑1 (MQ=255) cTGGAGGGGGATATGGTCAGCGAAGGGACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCctg > 2:1172705/1‑150 (MQ=255) gAGGGGGATATGGTCAGCGAAGGGACTGTGCTGGTCGAACTGGTGTAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCctgctg < 1:1062244/150‑1 (MQ=255) gAGGGGGATATGGTCAGCGAAGGGACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCctgctg < 2:1177187/150‑1 (MQ=255) gTCAGCGAAGGGACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGtt > 1:970128/1‑112 (MQ=255) gTCAGCGAAGGGACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGtt < 2:970128/112‑1 (MQ=255) cAGCGAAGGGCCTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTAccc < 1:549452/150‑1 (MQ=255) gCGAAGGGACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGt > 2:780573/1‑150 (MQ=255) aaGGGACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAg > 1:988480/1‑96 (MQ=255) aaGGGACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAg < 2:988480/96‑1 (MQ=255) ggACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCgg > 1:588532/1‑99 (MQ=255) ggACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCgg < 2:588532/99‑1 (MQ=255) ggACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCa < 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gTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTgccgcc > 1:846812/1‑150 (MQ=255) gaggcTGGTGGAAGACCGGTGCCGGCGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCcgccgc < 2:554904/146‑1 (MQ=255) gtggAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAgggccgg > 2:397193/1‑100 (MQ=255) gtggAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAgggccgg < 1:397193/100‑1 (MQ=255) gtggAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTa > 2:567319/1‑150 (MQ=255) tggAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAGCACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTGACCCGCGAACAGAAAAACTGAGCTGGGCACTCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTAt > 2:337874/1‑150 (MQ=255) 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aaCGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCgg < 1:591633/150‑1 (MQ=255) aaCGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCgg < 1:1141875/150‑1 (MQ=255) aaCGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCgg < 2:1025805/150‑1 (MQ=255) aaCGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCgg < 2:915461/150‑1 (MQ=255) gTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTAccc < 1:535653/111‑1 (MQ=255) gTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTAccc > 2:535653/1‑111 (MQ=255) gTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTcgc < 2:333992/144‑1 (MQ=255) gTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTcgc > 1:333992/1‑144 (MQ=255) cGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAAccc > 2:749848/1‑150 (MQ=255) gAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGc < 1:94319/150‑1 (MQ=255) gCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCt < 2:846812/150‑1 (MQ=255) ccGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTa > 1:797208/1‑150 (MQ=255) gCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTAc < 2:1200495/122‑1 (MQ=255) gCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTAc > 1:1200495/1‑122 (MQ=255) tttGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATc < 1:749848/150‑1 (MQ=255) cGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAt > 1:727690/1‑150 (MQ=255) cGGCCCTAACGAACCAAAAGGCCACACCTGCCACCGCTCGTAGCAGCTGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGAt < 2:315983/150‑1 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cTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATGTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGATCTGGCGGTTAAACTCCCTCCTACCAGCGATGGAGGGCGGACGCATGTCGGTGAttcg > 1:423451/1‑148 (MQ=17) cTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAg < 2:856586/150‑1 (MQ=255) aaCAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGgcgc > 1:1157179/1‑150 (MQ=255) aCAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCa > 2:1138413/1‑150 (MQ=255) cAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGa < 2:555752/116‑1 (MQ=255) cAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGa > 1:555752/1‑116 (MQ=255) cAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAg > 2:8141/1‑150 (MQ=255) cccGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGCTAAACCCGCTCCTACATCCGATCGGGGGCGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCCGGcc > 1:892664/1‑150 (MQ=255) cGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCcgc < 1:1138413/150‑1 (MQ=255) cGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCcgc < 1:1162562/150‑1 (MQ=255) | CGCCGCATGCCGGCACGGTGAAGGCGCTGTTTTGCCTGGAGGGGGATATGGTCAGCGAAGGGACTGTGCTGGTCGAACTGGTGGAATAACGGTGCCGGAGGGCCGCTTTGCGGCCCTAACGCAACACAAGGCCGCCCCTGCAACAGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCTACCCGTCGCTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATCCGATCGGGGGTGGACACATGTTGGTGATTAGGCGCAGGCCGC > NC_002947/4593652‑4593949 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |