New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4990521 | 41 (0.910) | 4 (0.090) | 4/234 | NT | 8.6% | coding (659/1242 nt) | PP_4399 | glutamine synthetase |
? | NC_002947 | = 4990551 | 46 (1.080) | coding (629/1242 nt) | PP_4399 | glutamine synthetase |
CAAACAGGGCGGTGAAGTCGGCCATGCACGCCTGCAACCCGCCGATGAAATGGTGGAAGGTTTCTGTCGGCAGGCCTTGCTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCTGGTCGGCCAACAGCAGCGGGTCGCCGTGCAGCAGGTTGATCTCGAACTGG > NC_002947/4990381‑4990670 | cAAACAGGGCGGTGAAGTCGGCCATGCACGCCTGCAACCCGCCGATGAAATGGTGGAAGGTTTCTGTCGGCAGGCCTTGCTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCgg < 1:112765/150‑1 (MQ=255) aCAGGGCGATGAAGTCGGCCATGCACGCCTGCAACCCGCCGATGAAATGGTGGAAGGTTTCTGTCGGCAGGCCTTGCTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCg < 1:654438/150‑1 (MQ=255) gCGGTGAAGTCGGCCATGCACGCCTGCAACCCGCCGATGAAATGGTGGAAGGTTTCTGTCGGCAGGCCTTGCTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTAcgc > 1:227395/1‑150 (MQ=255) gCCATGCACGCCTGCAACCCGCCGATGAAATGGTGGAAGGTTTCTGTCGGCAGGCCTTGCTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTg < 2:278071/150‑1 (MQ=255) cATGCACGCCTGCAACCCGCCGATGAAATGGTGGAAGGTTTCTGTCGGCAGGCCTTGCTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGc > 1:771518‑M2/1‑149 (MQ=255) cTGCAACCCGCCGATGAAATGGTGGAAGGTTTCTGTCGGCAGGCCTTGCTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGAc > 2:1133684/1‑150 (MQ=255) aaCCCGCCGATGAAATGGTGGAAGGTTTCTGTCGGCAGGCCTTGCTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCgg > 2:252832/1‑131 (MQ=255) aaCCCGCCGATGAAATGGTGGAAGGTTTCTGTCGGCAGGCCTTGCTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCgg < 1:252832/131‑1 (MQ=255) aCCCGCCGATGAAATGGTGGAAGGTTTCTGTCGGCAGGCCTTGCTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACgg > 2:507744/1‑150 (MQ=255) ccgccgATGAAATGGTGGAAGGTTTCTGTCGGCAGGCCTTGCTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTc > 2:976773/1‑150 (MQ=255) gATGAAATGGTGGAAGGTTTCTGTCGGCAGGCCTTGCTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGccc > 1:826437/1‑150 (MQ=255) gATGAAATGGTGGAAGGTTTCTGTCGGCAGGCCTTGCTCGTCAATGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGccc > 1:880170/1‑150 (MQ=255) aaTGGTGGAAGGTTTCTGTCGGCAGGCCTTGCTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCt < 1:507744/150‑1 (MQ=255) aTGGTGGAAGGTTTCTGTCGGCAGGCCTTGCTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCtt > 1:223969/1‑150 (MQ=255) gAAGGTTTCTGTCGGCAGGCCTTGCTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACg < 2:422471/130‑1 (MQ=255) gAAGGTTTCTGTCGGCAGGCCTTGCTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACg > 1:422471/1‑130 (MQ=255) gTTTCTGTCGGCAGGCCTTGCTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACt > 2:522192/1‑150 (MQ=255) tttCTGTCGGCAGGCCTTGCTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGccaagccgctggcgcgtacgcccggcagttccatgcacattc < 1:839426‑M1/123‑43 (MQ=255) tttCTGTCGGCAGGCCTTGCTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGccaagccgctggcgcgtacgcccggcagttccatgcacattc > 2:839426‑M1/1‑81 (MQ=255) tttCTGTCGGCAGGCCTTGCTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACtt > 1:858230/1‑150 (MQ=255) gCAGGCCTTGCTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCa < 1:252519/150‑1 (MQ=255) cAGGCCTTGCTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAg < 2:858230/150‑1 (MQ=255) gCTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGa < 1:313307/150‑1 (MQ=255) cTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTg > 2:378757/1‑121 (MQ=255) cTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTg < 1:378757/121‑1 (MQ=255) tCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTg < 2:609855/90‑1 (MQ=255) tCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTg > 1:609855/1‑90 (MQ=255) tCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAgc < 1:392484/120‑1 (MQ=255) tCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAgc > 2:392484/1‑120 (MQ=255) tGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAgg > 2:159927/1‑150 (MQ=255) gTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGccaagccgctggcgcgtacgcccggcagttccat > 2:89244‑M1/1‑47 (MQ=255) gTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGccaagccgctggcgcgtacgcccggcagttccat < 1:89244‑M1/81‑35 (MQ=255) tGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCTGGTCGGCCAAcagca > 1:303485/1‑150 (MQ=255) ggCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGTCGACCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCTGGTCGGCCAACAGCAGCgg < 1:615533/150‑1 (MQ=255) ccAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCTGGTCGGCCAACAGCAGCGGGTCGCCGt < 1:1099963/150‑1 (MQ=255) ccAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCTGGTCGGCCAACAGCAGCGGGTCGCCGt > 2:110895/1‑150 (MQ=255) ccAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCTGGTCGGCCAACAGCAGCGGGTCGCCGt > 2:1099963/1‑150 (MQ=255) ctctGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCTGGTCGGCCAACAGCAGCGGGTCGCCGTgcagc > 1:784569/1‑150 (MQ=255) tctGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCt < 1:382664/117‑1 (MQ=255) tctGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCt > 2:382664/1‑117 (MQ=255) tGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCACGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGACCAGGTGCTTGACCAGGAAGGTCTGGTCGGCCAACAGCAGCGGGTCGCCGTGCCGCAGGTTg < 2:45396/150‑1 (MQ=255) gAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGccatgcacattcaccagagcctggtcgaggccggcagcggccgtaacgtattcagtgacgagcaaggcctgccgacagaaa > 2:839426‑M2/1‑42 (MQ=255) gAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGccatgcacattcaccagagcctggtcgaggccggcagcggccgtaacgtattcagtgacgagcaaggcctgccgacagaaa < 1:839426‑M2/123‑82 (MQ=255) aaTGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCTGGTCGGCCAACAGCAGCGGGTCGCCGTGCAGCAGGTTGAt < 1:1133684/150‑1 (MQ=255) aaTGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCTGGTCGGCCAACAGCAGCGGGTCGCCGTGCAGCAGGTTGAt < 2:223969/150‑1 (MQ=255) aTGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCTGGTCGGCCAACAGCAGCGGGTCGCCGTGCAGCAGGTTGAtc < 2:880170/150‑1 (MQ=255) gtgCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCTGGTCGGCCAACAGCAGCGGGTCGCCGTGCAGCAGGTTGAtctc < 2:227395/150‑1 (MQ=255) tgCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCTGGTCGGCCAACAGCAGCGGGTCGCCGTGCAGCAGGTTGATCTCg > 2:457339/1‑150 (MQ=255) cATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCTGGTCGGCCAACAGCAGCGGGTCGCCGTGCAGCAGGTTGATCTCGaa > 1:821127/1‑150 (MQ=255) aTGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGccatgcacattcaccagagcctggtcgaggccggcagcggccgtaac < 1:89244‑M2/81‑48 (MQ=255) aTGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGccatgcacattcaccagagcctggtcgaggccggcagcggccgtaac > 2:89244‑M2/1‑34 (MQ=255) aTGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAg < 2:348776/99‑1 (MQ=255) aTGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAg > 1:348776/1‑99 (MQ=255) gccaagccgctggcgcgtacgcccggcagttccatgcacattcaccagagcctggtcgaggccggcagcggccgtaacgtattcagtgacgagcaaggcctgccgacagaaaccttccaccatttcatcggcgggttgcaggcgtgcatg > 1:771518‑M1/1‑1 (MQ=255) | CAAACAGGGCGGTGAAGTCGGCCATGCACGCCTGCAACCCGCCGATGAAATGGTGGAAGGTTTCTGTCGGCAGGCCTTGCTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCTGGTCGGCCAACAGCAGCGGGTCGCCGTGCAGCAGGTTGATCTCGAACTGG > NC_002947/4990381‑4990670 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |