New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4990521 | 41 (0.910) | 4 (0.090) | 4/234 | NT | 8.6% | coding (659/1242 nt) | PP_4399 | glutamine synthetase |
? | NC_002947 | = 4990551 | 46 (1.080) | coding (629/1242 nt) | PP_4399 | glutamine synthetase |
CATGCACGCCTGCAACCCGCCGATGAAATGGTGGAAGGTTTCTGTCGGCAGGCCTTGCTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCTGGTCGGCCAACAGCAGCGGGTCGCCGTGCAGCAGGTTGATCTCGAACTGGCTGACACCCATTTCGTGCATGAAGGTG > NC_002947/4990403‑4990697 | cATGCACGCCTGCAACCCGCCGATGAAATGGTGGAAGGTTTCTGTCGGCAGGCCTTGCTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGc > 1:771518‑M2/1‑149 (MQ=255) cTGCAACCCGCCGATGAAATGGTGGAAGGTTTCTGTCGGCAGGCCTTGCTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGAc > 2:1133684/1‑150 (MQ=255) aCCCGCCGATGAAATGGTGGAAGGTTTCTGTCGGCAGGCCTTGCTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACgg > 2:507744/1‑150 (MQ=255) ccgccgATGAAATGGTGGAAGGTTTCTGTCGGCAGGCCTTGCTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTc > 2:976773/1‑150 (MQ=255) gATGAAATGGTGGAAGGTTTCTGTCGGCAGGCCTTGCTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGccc > 1:826437/1‑150 (MQ=255) gATGAAATGGTGGAAGGTTTCTGTCGGCAGGCCTTGCTCGTCAATGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGccc > 1:880170/1‑150 (MQ=255) aaTGGTGGAAGGTTTCTGTCGGCAGGCCTTGCTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCt < 1:507744/150‑1 (MQ=255) aTGGTGGAAGGTTTCTGTCGGCAGGCCTTGCTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCtt > 1:223969/1‑150 (MQ=255) gAAGGTTTCTGTCGGCAGGCCTTGCTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACg < 2:422471/130‑1 (MQ=255) gAAGGTTTCTGTCGGCAGGCCTTGCTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACg > 1:422471/1‑130 (MQ=255) gTTTCTGTCGGCAGGCCTTGCTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACt > 2:522192/1‑150 (MQ=255) tttCTGTCGGCAGGCCTTGCTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACtt > 1:858230/1‑150 (MQ=255) gCAGGCCTTGCTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCa < 1:252519/150‑1 (MQ=255) cAGGCCTTGCTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAg < 2:858230/150‑1 (MQ=255) gCTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGa < 1:313307/150‑1 (MQ=255) cTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTg < 1:378757/121‑1 (MQ=255) cTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTg > 2:378757/1‑121 (MQ=255) tCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAgc < 1:392484/120‑1 (MQ=255) tCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAgc > 2:392484/1‑120 (MQ=255) tGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAgg > 2:159927/1‑150 (MQ=255) tGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCTGGTCGGCCAAcagca > 1:303485/1‑150 (MQ=255) ggCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGTCGACCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCTGGTCGGCCAACAGCAGCgg < 1:615533/150‑1 (MQ=255) ccAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCTGGTCGGCCAACAGCAGCGGGTCGCCGt > 2:110895/1‑150 (MQ=255) ccAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCTGGTCGGCCAACAGCAGCGGGTCGCCGt > 2:1099963/1‑150 (MQ=255) ccAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCTGGTCGGCCAACAGCAGCGGGTCGCCGt < 1:1099963/150‑1 (MQ=255) ctctGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCTGGTCGGCCAACAGCAGCGGGTCGCCGTgcagc > 1:784569/1‑150 (MQ=255) tctGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCt < 1:382664/117‑1 (MQ=255) tctGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCt > 2:382664/1‑117 (MQ=255) tGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCACGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGACCAGGTGCTTGACCAGGAAGGTCTGGTCGGCCAACAGCAGCGGGTCGCCGTGCCGCAGGTTg < 2:45396/150‑1 (MQ=255) gAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGccatgcacattcaccagagcctggtcgaggccggcagcggccgtaacgtattcagtgacgagcaaggcctgccgacagaaa < 1:839426‑M2/123‑82 (MQ=255) gAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGccatgcacattcaccagagcctggtcgaggccggcagcggccgtaacgtattcagtgacgagcaaggcctgccgacagaaa > 2:839426‑M2/1‑42 (MQ=255) aaTGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCTGGTCGGCCAACAGCAGCGGGTCGCCGTGCAGCAGGTTGAt < 1:1133684/150‑1 (MQ=255) aaTGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCTGGTCGGCCAACAGCAGCGGGTCGCCGTGCAGCAGGTTGAt < 2:223969/150‑1 (MQ=255) aTGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCTGGTCGGCCAACAGCAGCGGGTCGCCGTGCAGCAGGTTGAtc < 2:880170/150‑1 (MQ=255) gtgCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCTGGTCGGCCAACAGCAGCGGGTCGCCGTGCAGCAGGTTGAtctc < 2:227395/150‑1 (MQ=255) tgCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCTGGTCGGCCAACAGCAGCGGGTCGCCGTGCAGCAGGTTGATCTCg > 2:457339/1‑150 (MQ=255) cATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCTGGTCGGCCAACAGCAGCGGGTCGCCGTGCAGCAGGTTGATCTCGaa > 1:821127/1‑150 (MQ=255) aTGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGccatgcacattcaccagagcctggtcgaggccggcagcggccgtaac < 1:89244‑M2/81‑48 (MQ=255) aTGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGccatgcacattcaccagagcctggtcgaggccggcagcggccgtaac > 2:89244‑M2/1‑34 (MQ=255) aTGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAg < 2:348776/99‑1 (MQ=255) aTGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAg > 1:348776/1‑99 (MQ=255) aaCTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGTCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCTGGTCGGCCAACAGCAGCGGGTCGCCGTGCAGCAgg > 2:253227/1‑134 (MQ=255) aaCTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGTCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCTGGTCGGCCAACAGCAGCGGGTCGCCGTGCAGCAgg < 1:253227/134‑1 (MQ=255) aCTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCTGGTCGGCCAACAGCAGCGGGTCGCCGTGCAGCAGGTTGATCTCGAACTGGCt < 2:303485/150‑1 (MQ=255) gCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCTGGTCGGCCAACAGCAGCGGGTCGCCGTGCAGCAGGTTGATCTCGAACTGGCTGac < 2:826437/150‑1 (MQ=255) cGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCTGGTCGGCCAACAGCAGCGGGTCGCCGTGCAGCAGGTTGATCTCGa < 1:135245/138‑1 (MQ=255) cGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCTGGTCGGCCAACAGCAGCGGGTCGCCGTGCAGCAGGTTGATCTCGa > 2:135245/1‑138 (MQ=255) cGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCTGGTCGGCCAACAGCAGCGGGTCGCCGTGCAGCAGGTTGATCTCGAACTGGCTGacac < 1:110895/150‑1 (MQ=255) gggCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGGCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCTGGTCGGCCAACAGCAGCGGGTCGCCGTGCAGCAGGTTGATCTCGAACTGGCTGACAcc > 1:1118430/1‑150 (MQ=255) gTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCTGGTCGGCCAACAGCAGCGGGTCGCCGTgcagc > 2:815706/1‑120 (MQ=255) gTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCTGGTCGGCCAACAGCAGCGGGTCGCCGTgcagc < 1:815706/120‑1 (MQ=255) gcgcCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCTGGTCGGCCAACAGCAGCGGGTCGCCGTGCAGCAGGTTGATCTCGAACTGGCTGACACCCATTTCGt < 2:784569/150‑1 (MQ=255) ttGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCTGGTCGGCCAACAGCAGCGGGTCGCCGTGCAGCAGGTTGATCTCGAACTGGCTGACACCCATTTCGTGCATGAAGgtg > 2:488692/1‑150 (MQ=255) ttGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCTGGTCGGCCAACAGCAGCGGGTCGCCGTGCAGCAGGTTGATCTCGAACTGGCTGACACCCATTTCGTGCATGAAGgtg > 1:105754/1‑150 (MQ=255) | CATGCACGCCTGCAACCCGCCGATGAAATGGTGGAAGGTTTCTGTCGGCAGGCCTTGCTCGTCACTGAATACGTTACGGCCGCTGCCGGCCTCGACCAGGCTCTGGTGAATGTGCATGGAACTGCCGGGCGTACGCGCCAGCGGCTTGGCCATGCAGACCACGGTCAGCCCGTGCTTGAGCGCCACTTCCTTGAGCAGGTGCTTGAACAGGAAGGTCTGGTCGGCCAACAGCAGCGGGTCGCCGTGCAGCAGGTTGATCTCGAACTGGCTGACACCCATTTCGTGCATGAAGGTG > NC_002947/4990403‑4990697 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |