New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5377753 = | 42 (0.930) | 4 (0.090) | 4/238 | NT | 9.5% | coding (519/558 nt) | grpE | heat shock protein GrpE |
? | NC_002947 | 5377792 = | 36 (0.830) | coding (480/558 nt) | grpE | heat shock protein GrpE |
TTACCCATGTTAACTCTCCCGAAACTTGAATTTGGTAGCAGCGACTACTTTGGCCAACTGCGGTAATACTTGAAGGCTTGACACCTAGATGGGGATGCCCCGAAGGATTTCAAGCCTTTTCATTGATCGAGGGTTGCGCCGCGCTCGGCGCCTTGCTGACCACCACCATGGCGGGGCGCAGCAGGCGGCCGTTCAGCAGGTAACCCTTCTGGAACACGTTCAACACGCTGTTTGGCTCGACCTCGGCGTTTTCCTGCATGGCCATGGCCTGGTGGTGCTCAGGGTTGAACGGCTGGC > NC_002947/5377605‑5377901 | cctcaagcgctacaaccttgaagccgtcgacccgcacggccagccgttcaaccctgagcaccaccaggccatggccatgcaggaaaacgccgaggtcgagccaaacagcgtgttgaacgtgttccagaagggttacctgctgaacggccg < 1:678937‑M1/2‑1 (MQ=255) ttAACTCTCCCGAAACTTGAATTTGGTAGCAGCGACTACTTTGGCCAACTGCGGTAATACTTGAAGGCTTGACACCTAGATGGGGATGCCCCGAAGGATTTCAAGCCTTTTCATTGATCGAGGGTTGCGCCGCGCTCGGCGCCTTGCTGa < 2:949628/150‑1 (MQ=255) cccGAAACTTGAATTTGGTAGCAGCGACTACTTTGGCCAACTGCGGTAATACTTGAAGGCTTGACACCTAGATGGGGATGCCCCGAAGGATTTCAAGCCTTTTCATTGATCGAGGGTTGCGCCGCGCTCGGCGCCTTGCTGaccaccacc < 1:949785/150‑1 (MQ=255) cccGAAACTTGAATTTGGTAGCAGCGACTACTTTGGCCAACTGCGGTAATACTTGAAGGCTTGACACCTAGATGGGGATGCCCCGAAGGATTTCAAGCCTTTTCATTGATCGAGGGTTGCGCCGCGCTCGGCGCCTTGCTGaccaccacc > 2:846901/1‑150 (MQ=255) ccGAAACTTGAATTTGGTAGCAGCGACTACTTTGGCCAACTGCGGTAATACTTGAAGGCTTGACACCTAGATGGGGATGCCCCGAAGGATTTCAAGCCTTTTCATTGATCGAGGGTTGCGCCGCGCTCGgc < 2:326765/131‑1 (MQ=255) ccGAAACTTGAATTTGGTAGCAGCGACTACTTTGGCCAACTGCGGTAATACTTGAAGGCTTGACACCTAGATGGGGATGCCCCGAAGGATTTCAAGCCTTTTCATTGATCGAGGGTTGCGCCGCGCTCGgc > 1:326765/1‑131 (MQ=255) ccGAAACTTGAATTTGGTAGCAGCGACTACTTTGGCCAACTGCGGTAATACTTGAAGGCTTGACACCTAGATGGGGATGCCCCGAAGGATTTCAAGCCTTTTCATTGATCGAGGGTTGCGCCGCGCTCGGCGCCTTGCTGAccaccacca > 1:862884/1‑150 (MQ=255) cTTGAATTTGGTAGCAGCGACTACTTTGGCCAACTGCGGTAATACTTGAAGGCTTGACACCTAGATGGGGATGCCCCGAAGGATTTCAAGCCTTTTCATTGATCGAGGGTTGCGCCGCGCTCGGCGCCTTGCTGACCACCACCATGGCgg < 2:1110177/150‑1 (MQ=255) cTTGAATTTGGTAGCAGCGACTACTTTGGCCAACTGCGGTAATACTTGAAGGCTTGACACCTAGATGGGGATGCCCCGAAGGATTTCAAGCCTTGTCATTGATCGAGGGTTGCGCCGCGCTCGGCGCCTTGCTGACCACCACCATGGCgg < 2:268143/150‑1 (MQ=255) tttGGTAGCAGCGACTACTTTGGCCAACTGCGGTAATACTTGAAGGCTTGACACCTAGATGGGGATGCCCCGAAGGATTTCAAGCCTTTTCATTGATCGAGGGTTGCGCCGCGCTCGGCGCCTTGCTGACCACCACCATGGCGGGGCgca < 1:54953/150‑1 (MQ=255) ggTAGCAGCGACTACTTTGGCCAACTGCGGTAATACTTGAAGGCTTGACACCTAGATGGGGATGCCCCGAAGGATTTCAAGCCTTTTCATTGATCGAGGGTTGCGCCGCGCTCGGCGCCTTGCTGACCACCACCATGGCGGGGCgcagca < 2:862884/150‑1 (MQ=255) cGACTACTTTGGCAAACTGCGGTAATACTTGAAGGCTTGACACCTAGATCGGGATGCCCCGAAGGCCTTCAAGTCTTTTCATTGATCGAGGGTTGCGCCGCGCTCAGCGCCTTGCTGACCACCACCATGGCGGGGCGCAGCAGGCGGCCg < 1:509222/150‑1 (MQ=255) tactTTGGCCAACTGCGGTAATACTTGAAGGCTTGACACCTAGATGGGGATGCCCCGAAGTATTTCAAGCCTTTTCATTGATCGAGGGTTGCGCCGCGCTCGGCGCCTTGCTGACCACCACCATGGCGGGGCGCAGCAGGCGGCCGTTca < 2:93738/150‑1 (MQ=255) tactTTGGCCAACTGCGGTAATACTTGAAGGCTTGACACCTAGATGGGGATGCCCCGAAGGATTTCAAGCCTTTTCATTGATCGAGGGTTGCGCCGCGCTCGGCGCCTTGCTGACCACCACCATGGCGGGGCGCAGCAGGCGGCCGTTca > 2:148507/1‑150 (MQ=255) gttcaaccctgagcaccaccaggccatggccatgcaggaaaacgccgaggtcgagccaaacagcgtgttgaacgtgttccagaagggttacctgctgaacggcCGCCTTGCTGACCACCACCATGGCGGGGCGCAGCAggcggc < 2:1088417‑M1/41‑1 (MQ=255) gttcaaccctgagcaccaccaggccatggccatgcaggaaaacgccgaggtcgagccaaacagcgtgttgaacgtgttccagaagggttacctgctgaacggcCGCCTTGCTGACCACCACCATGGCGGGGCGCAGCAggcggc > 1:1088417‑M1/104‑144 (MQ=255) actTTGGCCAACTGCGGTAATACTTGAAGGCTTGACACCTAGATGGGGATGCCCCGAAGGATTTCAAGCCTTTTCATTGATCGAGGGTTGCGCCGCGCTCGGCGCCTTGCt < 2:673501/111‑1 (MQ=255) actTTGGCCAACTGCGGTAATACTTGAAGGCTTGACACCTAGATGGGGATGCCCCGAAGGATTTCAAGCCTTTTCATTGATCGAGGGTTGCGCCGCGCTCGGCGCCTTGCt > 1:673501/1‑111 (MQ=255) ctTTGGCCAACTGCGGTAATACTTGAAGGCTTGACACCTAGATGGGGATGCCCCGAAGGATTTCAAGCCTTTTCATTGATCGAGGGTTGCGCCGCGCTCGGCGCCTTGCTGACCACCACCATGGCGGGGCGCAGCAGGCGGCCGTTcagc < 1:1176430/150‑1 (MQ=255) tttGGCCAACTGCGGTAATACTTGAAGGCTTGACACCTAGATGGGGATGCCCCGAAGGATTTCAAGCCTTTTCATTGATCGAGGGTTGCGCCGCGCTCGgc < 2:391146/101‑1 (MQ=255) tttGGCCAACTGCGGTAATACTTGAAGGCTTGACACCTAGATGGGGATGCCACGAATGATTTCAAGCCTTTTCATTGATCGAGGGTTGCGCCGCGCTCGgc > 1:391146/1‑101 (MQ=255) tGCGGTAATACTTGAAGGCTTGACACCAAGATGGGGATGCCCCGAAGGATTTCAAGCCTTTTCATTGATCGAGGGTTGCGCCGCGCTCGGCGCCTTg < 1:1109375/97‑1 (MQ=255) tGCGGTAATACTTGAAGGCTTGACACCAAGATGGGGATGCCCCGAAGGATTTCAAGCCTTTTCATTGATCGAGGGTTGCGCCGCGCTCGGCGCCTTg > 2:1109375/1‑97 (MQ=255) tAATACTTGAAGGCTTGACACCTAGATGGGGATGCCCCGAAGGATTTCAAGCCTTTTCATTGATCGAGGGTTGCGCCGCGCTCGGCGCCTTGCTGACCACCACCATGGCGGGGCGCAGCAGGCGGCCGTTCAGCAGGt > 1:612442/1‑138 (MQ=255) tAATACTTGAAGGCTTGACACCTAGATGGGGATGCCCCGAAGGATTTCAAGCCTTTTCATTGATCGAGGGTTGCGCCGCGCTCGGCGCCTTGCTGACCACCACCATGGCGGGGCGCAGCAGGCGGCCGTTCAGCAGGt < 2:612442/138‑1 (MQ=255) atggccatgcaggaaaacgccgaggtcgagccaaacagcgtgttgaacgtgttccagaagggttacctgctgaacggcCGCCTTGCTGACCACCACCATGGCGGGGCGCAGCAggc < 2:240468‑M1/38‑1 (MQ=255) atggccatgcaggaaaacgccgaggtcgagccaaacagcgtgttgaacgtgttccagaagggttacctgctgaacggcCGCCTTGCTGACCACCACCATGGCGGGGCGCAGCAggc > 1:240468‑M1/79‑116 (MQ=255) gAAGGCTTGACACCTAGATGGGGATGCCCCGAAGGATTTCAAGCCTTTTCATTGATCGAGGGTTGCGCCGCGCTCGGCGCCTTGCTGac > 2:291536/1‑89 (MQ=255) gAAGGCTTGACACCTAGATGGGGATGCCCCGAAGGATTTCAAGCCTTTTCATTGATCGAGGGTTGCGCCGCGCTCGGCGCCTTGCTGac < 1:291536/89‑1 (MQ=255) aaGGCTTGACACCTAGGTGGGGATGCCCCGAAGGATTTCAAGCCTTTTCATTGATCGAGGGTTGCGCCGCGCTCGgcgc > 1:1086779/1‑79 (MQ=255) aaGGCTTGACACCTAGGTGGGGATGCCCCGAAGGATTTCAAGCCTTTTCATTGATCGAGGGTTGCGCCGCGCTCGgcgc < 2:1086779/79‑1 (MQ=255) aTGCCCCGAAGGATTTCAAGCCTTTTCATTGATCGAGGGTTGCGCCGCGCTCGGCGCCTTGCTGACCACCACCATGCAGGGACGCAGCAGGCGGCCGTTCAGCAGGTAACCCTTCTGGAACACGTTCAACACGCTGTTTGGCTCGACCTc > 1:509836/1‑150 (MQ=255) aTTTCAAGCCTTTTCATTGATCGAGGGTTGCGCCGCGCTCGGCGCCTTGCTGACCACCACCATGGCGGGGCGCAGCAGGCGGCCGTTCAGCAGGTAACCCTTCTGGAACACGTTCAACACGCTGTTTGGCTCGACCTCGGCGTTTTCCTg > 1:234472/1‑150 (MQ=255) cgtgttgaacgtgttccagaagggttacctgctgaacggcc > 1:646180‑M1/41‑41 (MQ=255) cgtgttgaacgtgttccagaagggttacctgctgaacggcc < 2:646180‑M1/1‑1 (MQ=255) gCCTTTTCATTGATCGAGGGTAGCGCCGCGCTCGGCGCCTTGCTGACCACCACCATGGCGGCGCGCAGCAGGCGGCCGTTCAGAACGTAACCCTTCTGGAACACGTTCAACACTCTGTTTGGCTCGACCTCGGCGTTTTCCTTcatggcc > 2:472347/1‑150 (MQ=255) tCATTGATCGAGGGTTGCGCCGCGCTCGGCGCCTTGCTGACCACCACCATGGCGGGGCGCAGCAGGCGGCCGTTCAGCAGGTAACCCTTCTGGAACACGTTCAACACGCTGTTTGGCTCGACCTCGGCGTTTTCCTGCatggccatggcc < 2:234472/150‑1 (MQ=255) cATTGATCGAGGGTTGCGCCGCGCTCGGCGCCTTGCTGACCACCACCATGGCGGGGCGCAGCAGGCGGCCGTTCAGCAGGTAACCCTTCTGGAACACGTTCAACACGCTGTTTGGCTCGACCTCGGCGTTTTCCTGcatggcc > 2:95137/1‑143 (MQ=255) cATTGATCGAGGGTTGCGCCGCGCTCGGCGCCTTGCTGACCACCACCATGGCGGGGCGCAGCAGGCGGCCGTTCAGCAGGTAACCCTTCTGGAACACGTTCAACACGCTGTTTGGCTCGACCTCGGCGTTTTCCTGcatggcc < 1:95137/143‑1 (MQ=255) aTTGATCGAGGGTTGCGCCGCGCTCGGCGCCTTGCTGACCACCACCATGGCGGGGCGCAGCAGGCGGCCGTTCAGCAGGTAACCCTTCTGGAACACGTTCaa > 2:687639/1‑102 (MQ=255) aTTGATCGAGGGTTGCGCCGCGCTCGGCGCCTTGCTGACCACCACCATGGCGGGGCGCAGCAGGCGGCCGTTCAGCAGGTAACCCTTCTGGAACACGTTCaa < 1:687639/102‑1 (MQ=255) aTTGATCGAGGGTTGCGCCGCGCTCGGCGCCTTGCTGACCACCACCATGGCGGGGCGCAGCAGGCGGCCGTTCAGCAGGTAACCCTTCTGGAACACGTTCAACACGCTGTTTGGCTCGACCTCGGCGTTTTc > 2:376602/1‑132 (MQ=255) aTTGATCGAGGGTTGCGCCGCGCTCGGCGCCTTGCTGACCACCACCATGGCGGGGCGCAGCAGGCGGCCGTTCAGCAGGTAACCCTTCTGGAACACGTTCAACACGCTGTTTGGCTCGACCTCGGCGTTTTc < 1:376602/132‑1 (MQ=255) aTTGATCGAGGGTTGCGCCGCGCTCGGCGCCTTGCTGACCACCACCATGGCGGGGCGCAGCAGGCGGCCGTTCAGCAGGTAACCCTTCTGGAACACGTTCAACACGCTGTTTGGCTCGACCTCGGCGTTTTCCTGCATGGCCATGGCCtg > 2:1017117/1‑150 (MQ=255) aTCGAGGGTTGCGCCGCGCTCGGCGCCTTGCTGACCACCACCATGGCGGGGCGCAGCAGGCGGCCGTTCAGCAGGTAACCCTTCTGGAACACGTTCAACACGCTGTTTGGCTCGACCTCGGCGTTTTCCTGCATGGCCATGGCCtggtgg > 2:934569/1‑150 (MQ=255) aTCGAGGGTTGCGCCGCGCTCGGCGCCTTGCTGACCACCACCATGGCGGGGCGCAGCAGGCGGCCGTTCAGCAGGTAACCCTTCTGGAACACGTTCAACACGCTGTTTGGCTCGACCTCGGCGTTTTCCTGCATGGCCATGGCCtggtgg > 2:678937/1‑150 (MQ=255) tCGAGGGTTGCGCCGCGCTCGGCGCCTTGCTGACAACCACCATGGCGGGGCGCAGCAGGCGGCCGTTCAGCAGGTAACCCTTCTGGAACACGTTCAACACGCTGTTTGGCTCGACCTCGGCGTTTTCCTGCATGGCCATGGCCTggtggt > 1:1084642/1‑150 (MQ=255) gAGGGTTGCGCCGCGCTCGGCGCCTTGCTGACCACCACCATGGCGGGGCGCAGCAGGCGGCCGTTCAGCAGGTAACCCTTCTGGAACACGTTCAACACGCTGTTTGGCTCGACCTCGGCGTTTTCCTGCATGGCCATGGCCTGGTGGTGc > 1:193793/1‑150 (MQ=255) gTTGCGCCGCGCTCGGCGCCTTGCTGACCACCACCATGGCGGGGCGCAGCAGGCGGCCGTTCAGCAGGTAACCCTTCTGGAACACGTTCAACACGCTGTTTGGCTCGACCTCGGCGTTTTCCTGCATGGCCATGGCCTGGTGGTGCTCAg > 1:222457/1‑150 (MQ=255) ggcgcCGAGCGCGGCGCCTTGCTGACCACCACCATGGCGGGGCGCAGCAGGCGGCCGTTCAGCAGGTAACCCTTCTGGAACACGTTCAACACGCTGTTTGGCTCGACCTCGGCGTTTTc < 1:358392/118‑1 (MQ=255) ggcgcCGAGCGCGGCGCCTTGCTGACCACCACCATGGCGGGGCGCAGCAGGCGGCCGTTCAGCAGGTAACCCTTCTGGAACACGTTCAACACGCTGTTTGGCTCGACCTCGGCGTTTTc > 2:358392/2‑119 (MQ=255) cgcgCTCGGCGCCTTGCTGACCACCACCATGGCGGGGCGCAGCAGGCGGCCGTTCAGCAGGTAACCCTTCTGGAACACGTTCAaca > 1:386856/1‑86 (MQ=255) cgcgCTCGGCGCCTTGCTGACCACCACCATGGCGGGGCGCAGCAGGCGGCCGTTCAGCAGGTAACCCTTCTGGAACACGTTCAaca < 2:386856/86‑1 (MQ=255) gcTCGGCGCCTTGCTGACCACCACCATGGCGGGGCGCAGCAGGCGGCCGTTCAGCAGGTAACCCTTCTGGaa < 1:241724/72‑1 (MQ=255) gcTCGGCGCCTTGCTGACCACCACCATGGCGGGGCGCAGCAGGCGGCCGTTCAGCAGGTAACCCTTCTGGaa > 2:241724/1‑72 (MQ=255) ggCGCCTTGCTGACCACCACCATGGCGGGGCGCAGCAGGCGGCCGTTCAGCAGGTAACCCTTCTGGAACACGTTCAACACGCTGTTTGGCTCGACCTCGGCGTTTTCCTGCATGGCCATGGCCTGGTGGTGCTCAGGGTTGAACGGCTgg < 2:222457/150‑1 (MQ=255) gcgcCTTGCTGACCACCACCATGGCGGGGCGCAGCAGGCGGCCGTTCAGCAGGTAACCCTTCTGGAACACGTTCAACACGCTGTTTGGCTCGACCTCGGCGTTTTCCTGCATGGCCATGGCCTGGTGGTGCTCAGGGTTGAACGGCTGGc < 1:148507/150‑1 (MQ=255) | TTACCCATGTTAACTCTCCCGAAACTTGAATTTGGTAGCAGCGACTACTTTGGCCAACTGCGGTAATACTTGAAGGCTTGACACCTAGATGGGGATGCCCCGAAGGATTTCAAGCCTTTTCATTGATCGAGGGTTGCGCCGCGCTCGGCGCCTTGCTGACCACCACCATGGCGGGGCGCAGCAGGCGGCCGTTCAGCAGGTAACCCTTCTGGAACACGTTCAACACGCTGTTTGGCTCGACCTCGGCGTTTTCCTGCATGGCCATGGCCTGGTGGTGCTCAGGGTTGAACGGCTGGC > NC_002947/5377605‑5377901 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |