New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 5792896 | 37 (0.820) | 5 (0.120) | 4/234 | NT | 11.0% | coding (491/1419 nt) | gltD | glutamate synthase subunit beta |
? | NC_002947 | = 5792916 | 46 (1.080) | coding (471/1419 nt) | gltD | glutamate synthase subunit beta |
CATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATGTACTTCTCCACCGAGCCGATGGTCACCGCGCCGAAACCGTC > NC_002947/5792751‑5793044 | cATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGcc > 1:796461/1‑150 (MQ=255) ccGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAgg < 1:1017290/150‑1 (MQ=255) cacTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCgccgg > 2:113775/1‑150 (MQ=255) aCGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCACCGGGCCGgc < 2:4604‑M2/150‑3 (MQ=255) ggcggTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGgcgc < 1:765859‑M2/150‑5 (MQ=255) gTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCcggcccggcgggcctgggctgcgccgac < 2:529554‑M1/150‑29 (MQ=255) tGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATgg > 2:572260/1‑150 (MQ=255) tGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCACCGGGCCGGCGCCGATGATgg < 1:4604/150‑1 (MQ=255) tGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCACCAACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATgg > 1:73858/1‑150 (MQ=255) aGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTAACGAAGAACTCGGGGCTTGCCCAGGTACTGACCAGCACGTCGGCGCAGCCCCGGCCCGCCGGGCCCGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGtt < 1:990919/150‑1 (MQ=255) gCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCcggcccggcgggcctgggctgcgccgac > 2:591979‑M1/1‑99 (MQ=255) gCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCcggcccggcgggcctgggctgcgccgac < 1:591979‑M1/127‑29 (MQ=255) ttGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGc < 2:1094297/150‑1 (MQ=255) tGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCTACTGCAGGGTTCTTGTCGAATACCACCGTTTTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGGCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCt < 2:73858/150‑1 (MQ=255) tGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCt < 2:796461/150‑1 (MQ=255) aaCTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTg > 2:215415/1‑150 (MQ=255) aCTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGa < 2:1044312/150‑1 (MQ=255) aCTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGATTGa > 1:249834/1‑150 (MQ=255) tCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGAcc > 1:831037/1‑150 (MQ=255) tCGGGGATACCGAAGGTAAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGgc > 2:964861‑M2/1‑111 (MQ=255) tCGGGGATACCGAAGGTAAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGgc < 1:964861‑M2/113‑3 (MQ=255) aTACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGAc < 1:710065/150‑1 (MQ=255) cGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTgg > 1:1026772/1‑133 (MQ=255) cGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTgg < 2:1026772/133‑1 (MQ=255) cGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGt > 2:1093805/1‑150 (MQ=255) aGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCg < 1:113775/150‑1 (MQ=255) gTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGa > 1:837111/1‑150 (MQ=255) tctcAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACGAGCGCGTCGGAGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGTCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGGCGCCAGCCCATGGCGa > 2:44831/1‑150 (MQ=255) tcAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCcggcccggcgggcctgggctgcgccgacgtg < 2:195619‑M1/89‑32 (MQ=255) tcAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCcggcccggcgggcctgggctgcgccgacgtg > 1:195619‑M1/1‑58 (MQ=255) ttGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCg < 2:837111/150‑1 (MQ=255) ttGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCg < 1:83114/150‑1 (MQ=255) ccaccGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGAc > 2:517244/1‑97 (MQ=255) ccaccGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGAc < 1:517244/97‑1 (MQ=255) caccGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATGTACtt > 2:605916/1‑150 (MQ=255) caccGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATGTACtt > 2:566105/1‑150 (MQ=255) accGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATGTa > 2:208577/1‑146 (MQ=255) accGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATGTa < 1:208577/146‑1 (MQ=255) accGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATGTACTtc > 2:654766/1‑150 (MQ=255) ccGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATg < 1:1025766/122‑1 (MQ=255) ccGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATg > 2:1025766/1‑122 (MQ=255) ccGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATGTAc > 2:690295/1‑146 (MQ=255) ccGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATGTAc < 1:690295/146‑1 (MQ=255) ttACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATGTACTTCTCCACCg > 2:1133468/1‑150 (MQ=255) cccGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATGTACTTCTCCACCGAGcc > 1:815049/1‑150 (MQ=255) cACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGgcgccgacgtgctggtgcgcgccggggtaaccccggtggtgttcgacaaaaaccctga > 1:195619‑M2/1‑31 (MQ=255) cACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGgcgccgacgtgctggtgcgcgccggggtaaccccggtggtgttcgacaaaaaccctga < 2:195619‑M2/89‑59 (MQ=255) gTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGgcgccgacgtgctggtgcgcgccggggtaaccccggtggtgttcgacaaaaaccctgagatcggtggcctgctgaccttcggtatccccgagttcaagctggaaaagaccgtgctcagcaac < 2:529554‑M2/150‑123 (MQ=255) gTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGgcgccgacgtgctggtgcgcgccggggtaaccccggtggtgttcgacaaaaaccctgagatcggtggcctgctgaccttcggtatccccgagttcaagc > 2:591979‑M2/1‑28 (MQ=255) gTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGgcgccgacgtgctggtgcgcgccggggtaaccccggtggtgttcgacaaaaaccctgagatcggtggcctgctgaccttcggtatccccgagttcaagc < 1:591979‑M2/127‑100 (MQ=255) tCGGCGCCGGCCCGGCGGGCCTGCGCGGCTCCGACGATGACAGCGCGCTTGCGGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCACGGCGAAGGCGGTGTCAGTCATGTACTTCTCCACCGAGCCGATGGTCACCGCGCCGaaa < 2:396595/150‑1 (MQ=255) cGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATGTACTTCTCCACCGAGCCGATGGTCACCGCGCCGAAAc < 1:572260/150‑1 (MQ=255) gcgccggcccggcgggcctgggctgcgccgacgtgctggtgcgcgccggggtaaccccggtggtgttcgacaaaaaccctgagatcggtggcctgctgaccttcggtatccccgagttcaagctggaaaagaccgtgctcagcaaccgcc < 1:765859‑M1/150‑147 (MQ=255) gccggcccggtgggcctgggctgcgccgacgtgctggtgcgcgccggggtaaccccggtggtgttcgacaaaaaccctgagatcggtggcctgctgaccttcggtatccccgagttcaagctggaaaagaccgtgctcagcaaccgccgt < 2:4604‑M1/150‑149 (MQ=255) gccggcccggcgggcctgggctgcgccgacgtgctggtgcgcgccggggtaaccccggtggtgttcgacaaaaaccctgagatcggtggcctgcttaccttcggtatccccga < 1:964861‑M1/113‑112 (MQ=255) gccggcccggcgggcctgggctgcgccgacgtgctggtgcgcgccggggtaaccccggtggtgttcgacaaaaaccctgagatcggtggcctgcttaccttcggtatccccga > 2:964861‑M1/1‑2 (MQ=255) | CATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTACCCCGGCGCGCACCAGCACGTCGGCGCAGCCCAGGCCCGCCGGGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATGTACTTCTCCACCGAGCCGATGGTCACCGCGCCGAAACCGTC > NC_002947/5792751‑5793044 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |