New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5891373 = | 50 (1.110) | 3 (0.070) | 3/232 | NT | 6.6% | coding (301/786 nt) | plpB | NLPA lipoprotein |
? | NC_002947 | 5891399 = | 38 (0.900) | coding (275/786 nt) | plpB | NLPA lipoprotein |
TTCAAGGTAATCAGGCCGGCCTTCTGCAGCAGCAGCAGCGCACGGCCGCTGTTGCTGCCCTCGTTAGGGATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCA‑GGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACGGCAGCGTCTGGAAGTAGTTGGCGTCCAGACGCTTCTGGTCCACCTGCACGTTCGGCTGCACGTAATCGGTGAAGACCTTGATCTGAAGGT > NC_002947/5891225‑5891519 | agccgaccctggcaaaagaaggcgtggaccttcagatcaaggtcttcaccgattacgtgcagccgaacgtgcaggtggaccagaagcgtctggacgccaactacttccagacgctgccgtacctgcagaacttcaacgaaggcaagggca < 1:1138916‑M1/2‑1 (MQ=255) tCAAGGTAATCAGGCCGGCCTTCTGCAGCAGCAGCAGCGCACGGCCGCTGTTGCTGCCCTCGTTAGGGATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTAGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTacac < 2:233720/150‑1 (MQ=255) tCAGGCCGGCCTTCTGCAGCAGCAGCAGCGCACGGCCGCTGTTGCTGCCCTCGTTAGGGATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCACGTACCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACgg < 1:401428/150‑1 (MQ=255) aGGCCGGCCTTCTGCAGCAGCAGCAGCGCACGGCCGCTGTTGCTGCCCTCGTTAGGGATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGtt < 2:1070208/150‑1 (MQ=255) gccggccTTCTGCAGCAGCAGCAGCGCACGGCCGCTGTTGCTGCCCTCGTTAGGGATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTc > 2:655489/1‑150 (MQ=255) ggccTTCTGCAGCAGCAGCAGCGCACGGCCGCTGTTGCTGCCCTCGTTAGGGATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCA‑g < 1:655489/150‑1 (MQ=255) ttCTGCATCAGCAGCAGCGCACGGCCGCTGTTGCTGCCCTCGTTAGGGATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCA‑ggtgg < 2:107757/150‑1 (MQ=255) gcagcagcGCACGGCCGCTGTTGCTGCCCTCGTTAGGGATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCA‑GGTGGGTGCCCTTGc > 1:632949/1‑150 (MQ=255) gcagcGCACGGCCGCTGTTACTGCCCTCGTTAGGGATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGttt < 1:1066919/129‑1 (MQ=255) gcagcGCACGGCCGCTGTTACTGCCCTCGTTAGGGATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGttt > 2:1066919/1‑129 (MQ=255) gcACGGCCGCTGTTGCTGCCCTCGTTAGGGATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCA‑GGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTg > 2:75084/1‑150 (MQ=255) gcACGGCCGCTGTTGCTGCCCTCGTTAGGGATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGATTTCCA‑GGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTg > 1:508870/1‑150 (MQ=255) cGGCCGCTGTTGCTGCCCTCGTTAGGGATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCA‑GGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAg < 1:652460/150‑1 (MQ=255) ggCCGCTGTTGCTGCCCTCGTTAGGGATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCA‑GGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGt > 1:1035431/1‑150 (MQ=255) cGCTGTTGCTGCCCTCGTTAGGGATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCA‑GGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCt > 2:305882/1‑150 (MQ=255) gTTGCTGCCCTCGTTAGGGATGGTAACGGTTGCGCCTTTTTTCAGCTCGCTCAGTGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCA‑GGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAg < 2:21117/150‑1 (MQ=255) tgcCCTCGTTAGGGATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCA‑GGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACg < 1:663984/150‑1 (MQ=255) ccTCGTTAGGGATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCA‑GGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACGGCa < 2:1035431/150‑1 (MQ=255) ccTCGTTAGGGATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCA‑GGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACGGCa > 1:792385/1‑150 (MQ=255) tCGTTAGGGATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCA‑GGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACGGCAGc > 2:173076/1‑150 (MQ=255) tCGTTAGGGATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCA‑GGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACGGCAGc < 2:792385/150‑1 (MQ=255) ttAGGGATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCA‑GGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACGGCAGCGTc > 2:930353/1‑150 (MQ=255) gATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCA‑GGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACGGCAGCGTCTGGaa < 1:930353/150‑1 (MQ=255) aaCGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCA‑GGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACGGCAGCGTCTGGAagtagt < 2:402852/149‑1 (MQ=255) aaCGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCA‑GGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACGGCAGCGTCTGGAagtagt > 1:402852/1‑149 (MQ=255) aaCGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCA‑GGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACGGCAGCGTCTGGAAGTAGtt > 1:880056/1‑150 (MQ=255) aaCGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCCAGCCGTACACCCACCACGGTTTCCA‑GGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACGGCAGCGTCTGGAAGTAGtt < 1:75084/150‑1 (MQ=255) aCGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCA‑GGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACGGCAGCGTCTGGAAGTAGTTg < 1:173076/150‑1 (MQ=255) ggTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCA‑GGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACGGCAGCGTCTGGAAGTAGTTGGc < 2:996669/150‑1 (MQ=255) gTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCA‑GGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACgg > 1:531251/1‑128 (MQ=255) gTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCA‑GGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACgg < 2:531251/128‑1 (MQ=255) ttGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACccacca > 1:118488/1‑78 (MQ=255) ttGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACccacca < 2:118488/78‑1 (MQ=255) tGCGCCTTCTTCCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCA‑GGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACGGCAGCGTCTGGAAGTAGTTGGCGTc < 2:821671/150‑1 (MQ=255) gcgcCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCA‑GGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACGGCAGCGTCTGGAAGTAGTTGGCGTcc > 2:751134/1‑150 (MQ=255) gcgtctggacgccaactacttccagacgctgccgtacctgcagaacttcaacgaaggcaagggCACCCACCACGGTTTCCA‑GGTGGGTGcc < 1:424750‑M1/28‑1 (MQ=255) gcgtctggacgccaactacttccagacgctgccgtacctgcagaacttcaacgaaggcaagggCACCCACCACGGTTTCCA‑GGTGGGTGcc > 2:424750‑M1/64‑91 (MQ=255) cttcttTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCA‑g < 1:676129/82‑1 (MQ=255) cttcttTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCA‑g > 2:676129/1‑82 (MQ=255) aGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGt < 2:570253/68‑1 (MQ=255) aGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGt > 1:570253/1‑68 (MQ=255) aGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGATTTCCA‑GGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACGGCAGCGTCTGGAAGTAGTTGGCGTCCAGACGCTTCTgg < 2:508870/150‑1 (MQ=255) aGCTCGCTCAGGGCCTTGACATTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCA‑GGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACGGCAGCGTCTGGAAGTAGTTGGCGTCCAGACGCTTCTgg > 1:9134/1‑150 (MQ=255) tcgctcAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCA‑GGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACGGCAGCGTCTGGAAGTAGTTGGCGTCCAGACGCTTCTGGTcc > 2:1138916/1‑150 (MQ=255) aGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTATGTGTACACCCACCACGGTTTCCA‑GGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACGGCAGCGTCTGGAAGTAGTTGGCGTCCAGACGCTTCTGGTCCACCTGc < 2:673591/150‑1 (MQ=255) aGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCA‑GGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACGGCAGCGTCTg < 2:768588/113‑1 (MQ=255) aGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCA‑GGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACGGCAGCGTCTg > 1:768588/1‑113 (MQ=255) ggCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACCCCCACCACGGTTTCCA‑GGTGGGTGCCCTTGCCTTCGtt < 1:388304/84‑1 (MQ=255) ggCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCA‑GGTGGGTGCCCTTGCCTTCGtt > 2:388304/1‑84 (MQ=255) ttcGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCA‑GGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACGGCAGCGTCTGGAAGTAGTTGGCGTCCAGACGCTTCTGGTCCACCTGCACGTTCGGCTGCACg > 1:765407/1‑150 (MQ=255) cGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCA‑GGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACGGCAGCGTCTGGAAGTAGTTGGCGTCCAGACGCTTCTGGTCCACCTGCACGTTCGGCTGCACGTa > 1:653593/1‑150 (MQ=255) tAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCA‑GGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACGGCAGCGTCTGGAAGTAGTTGGCGTCCAGACGCTTCTGGTCCACCTGCACGTTCGGCTGCACGTAATCg < 2:632949/150‑1 (MQ=255) ccACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCA‑GGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACGGCAGCGTCTGGAAGTAGTTGGCGTCCAGACGCTTCTGGTCCACCTGCACGTTCGGCTGCACGTAATCGGTg < 2:653593/150‑1 (MQ=255) acgaaggcaagggCACCCACCT‑GGAAACCGTGGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACGGCAGCGTCTGGAAGTAGTTGGCGTCCAGACGCTTCTGGTCCACCTGCACGTTCGGCTGCACGTAATCGGTGAAGACCTTg < 1:45328‑M1/137‑1 (MQ=255) tctACGTGTACACCCACCACGGTTTCCA‑GGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACGGCAGCGTCTGGAAGTAGTTGGCGTCCAGACGCTTCTGGTCCACCTGCACGTTCGGCTGCACGTAATCGGTGAAGACCTTGATc < 2:714526/150‑1 (MQ=255) gtACACCCACCACGGTTTCCA‑GGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACGGCAGCGTCTGGAAGTAGTTGGCGTCCAGACGCTTCTGGTCCACCTGCACGTTCGGCTGCACGTAATCGGTGAAGACCTTGATCTGAAGGt > 1:1086125/1‑150 (MQ=255) | TTCAAGGTAATCAGGCCGGCCTTCTGCAGCAGCAGCAGCGCACGGCCGCTGTTGCTGCCCTCGTTAGGGATGGCAACGGTTGCGCCTTCTTTCAGCTCGCTCAGGGCCTTGACCTTCTTCGAGTAGCCACCGAAGGGCTCTACGTGTACACCCACCACGGTTTCCA‑GGTGGGTGCCCTTGCCTTCGTTGAAGTTCTGCAGGTACGGCAGCGTCTGGAAGTAGTTGGCGTCCAGACGCTTCTGGTCCACCTGCACGTTCGGCTGCACGTAATCGGTGAAGACCTTGATCTGAAGGT > NC_002947/5891225‑5891519 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |