New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 186031 = | 35 (0.780) | 7 (0.170) | 7/232 | NT | 18.0% | coding (108/522 nt) | PP_0162 | ECF family RNA polymerase sigma‑70 factor |
? | NC_002947 | 186060 = | 31 (0.730) | coding (79/522 nt) | PP_0162 | ECF family RNA polymerase sigma‑70 factor |
ATGATCGATCACCAGCCCACGCGCTACCGTGCGCAGGAAGGCCCTGGGCGCATTCAGCTGCAATTGTTCACGACGCTGTAGCAAGCGGACGAAGGTATCCTGGGCGAGGTCAGCCGCATCGGCTGCGTTGCCGAGCTTGCTACGCAGCCAGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGTTTGCACGGAATCGTTGCTGGGCATGGAGGAGGGCGCCGGCATCAATGGACGTTAATGATAATTAGTCTCATTGTTGGCGGAGCAAGATTAATTTGCAACCCATCAGTTAAC > NC_002947/185911‑186207 | gctccgccaacaatgagactaattatcattaacgtccattgatgccggcgccctcctccatgcccagcaacgattccgtgcaaacgctctacagtgaccaccacggctggttgcatacctGGCTGCGTTGCCGAGCTTGCTACGCAGCCa > 1:398396‑M1/121‑150 (MQ=255) gcgatcACCAGCCCACGCGCTACCGTGCGCAGGAAGGCCCTGGGCGCATTCAGCTGCAATTGTTCACGACGCTGTAGCAAGCGGACGAAGGTATCCTGGGCGAGGTCAGCCGCATCGGCTGCGTTGCCGAGCTTGCTACGCAGCCAGGTa > 2:827394/2‑150 (MQ=255) atcACCAGCCCACGCGCTACCGTGCGCAGGAAGGCCCTGGGCGCATTCAGCTGCAATTGTTCACGACGCTGTAGCAAGCGGACGAAGGTATCCTGGGCGAGGTCAGCCGCATCGGCTGCGTTGCCGAGCTTGCTACGCAGCCAGGTATGc > 2:1160024/1‑150 (MQ=255) gCCCACGCGCTACCGTGCGCAGGAAGGCCCTGGGCGCATTCAGCTGCAATTGTTCACGACGCTGTAGCAAGCGGACGAAGGTATCCTGGGCGAGGTCAGCCGCATCGGCTGCGTTGCCGAGCTTGCTACGCAGCCAGGTATGCAACCAGc > 1:1089177/1‑150 (MQ=255) cgcgCTACCGTGCGCAGGAAGGCCCTGGGCGCATTCAGCTGCAATTGTTCACGACGCTGTAGCAAGCGGACGAAGGTATCCTGGGCGAGGTCAGCCGCATCGGCTGCGTTGCCGAGCTTGCTACGCAGCCAg > 2:754098/1‑132 (MQ=255) cgcgCTACCGTGCGCAGGAAGGCCCTGGGCGCATTCAGCTGCAATTGTTCACGACGCTGTAGCAAGCGGACGAAGGTATCCTGGGCGAGGTCAGCCGCATCGGCTGCGTTGCCGAGCTTGCTACGCAGCCAg < 1:754098/132‑1 (MQ=255) tACCGTGCGCAGGAAGGCCCTGGGCGCATTCAGCTGCAATTGTTCACGACGCTGTAGCAAGCGGACGAACTCAGGAAGCGCAAGGTCAGCCGCATCGGCTGCGTTGCCGAGCTTGCTACGCAGCCAGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTc > 2:347330/1‑150 (MQ=255) ttaacgtccattgatgccggcgccctcctccatgcccagcaacgattccgtgcaaacgctctacagtgaccaccacggctggttgcatacctGGCTGCGTTGCCGAGCTTGCTACGCAGCCAGGt > 2:237104‑M1/93‑125 (MQ=255) ttaacgtccattgatgccggcgccctcctccatgcccagcaacgattccgtgcaaacgctctacagtgaccaccacggctggttgcatacctGGCTGCGTTGCCGAGCTTGCTACGCAGCCAGGt < 1:237104‑M1/33‑1 (MQ=255) gtccattgatgccggcgccctcctccatgcccagcaacgattccgtgcaaacgctctacagtgaccaccacggctggttgcatacccGGCTGCGTTGCCGAGCTTGCTACGCAGCCAg < 2:336299‑M1/31‑1 (MQ=255) gtccattgatgccggcgccctcctccatgcccagcaacgattccgtgcaaacgctctacagtgaccaccacggctggttgcatacccGGCTGCGTTGCCGAGCTTGCTACGCAGCCAg > 1:336299‑M1/88‑118 (MQ=255) ccTGGGCGCATTCAGCTGCAATTGTTCACGACGCTGTAGCAAGCGGACGAAGGTATCCTGGGCGAGGTCAGCCGCATCGGCTGCGTTGCCGAGCTTGCTACGCAGCCAGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGTTTGCAc > 2:946001/1‑150 (MQ=255) ggCGCATTCAGCTGCAATTGTTCACGACGCTGTAGCAAGCGGACGAAGGTATCCTGGGCGAGGTCAGCCGCATCGGCTGCGTTGCCGAGCTTGCTACGCAGCCAGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGTTTGCACGGaa > 2:102600/1‑150 (MQ=255) gcgcATTCAGCTGCAATTGTTCACGACGCTGTAGCAAGCGGACGAAGGTATCCTGGGCGAGGTCAGCCGCATCGGCTGCGTTGCCGAGCTTGCTACGCAGCCAGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGTTTGCACGGAAt > 1:225533/1‑150 (MQ=255) ggCTGCAATTGTTCACGACGCTGTAGCAAGCGGACGAAGGTATCCTGGGCGAGGTCAGCCGCATCGGCTGCGTTGCCGAGCTTGCTACGCAGCCAGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGTTTGCACGGAATCGTTGCTg > 2:1109380/2‑150 (MQ=255) aaTTGTTCACGACGCTGTAGCAAGCGGACGAAGGTATCCTGGGCGAGGTCAGCCGCATCGGCTGCGTTGCCGAGCTTGCTACGCAGCCAGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGTTTGCACGGAATCGTTGCTGGGCATg > 2:369139/1‑150 (MQ=255) ttGTTCACGACGCTGTAGCAAGCGGACGAAGGTATCCTGGGCGAGGTCAGCCGCATCGGCTGCGTTGCCGAGCTTGCTACGCAGCCAGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGTTTGCACGGAATCGTTGCTGGGCATgga > 2:494549/1‑150 (MQ=255) acgacgCTGTAGCAAGCGGACGAAGGTATCCTGGGCGAGGTCAGCCGCATCGGCTGCGTTGCCGAGCTTGCTACGCAGCCAGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGTTTGCACGGAATCGTTGCTGGGCATGGAGGAggg > 1:882631/1‑150 (MQ=255) gCTGTAGCAAGCGGACGAAGGTATCCTGGGCGAGGTCAGCCGCATCGGCTGCGTTGCCGAGCTTGCTACGCAGCCAGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGTTTGCACGGAATCGTTGCTGGGCATGGAGGAGGGCGCCg > 1:1093904/1‑150 (MQ=255) aaGCGGACGAAGGTATCCTGGGCGAGGTCAGCCGCATCGGCTGCGTTGCCGAGCTTGCTACGCAGCCAGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGTTTGCACGGAATCGTTGCTGGGCATGGAGGAGGGCGCCg > 1:458195/1‑142 (MQ=255) aaGCGGACGAAGGTATCCTGGGCGAGGTCAGCCGCATCGGCTGCGTTGCCGAGCTTGCTACGCAGCCAGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGTTTGCACGGAATCGTTGCTGGGCATGGAGGAGGGCGCCg < 2:458195/142‑1 (MQ=255) aaGCGGACGAAGGTATCCTGGGCGAGGTCAGCCGCATCGGCTGCGTTGCCGAGCTTGCTACGCAGCCAGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGTTTGCACGGAATCGTTGCTGGGCATGGAGGAGGGCGCCGGCATCAAt < 1:827394/150‑1 (MQ=255) aGCGGACGAAGGTATCCTGGGCGAGGTCAGCCGCATCGGCTGCGTTGCCGAGCTTGCTACGCAGCCAGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGTTTGCTCGGCAAAGGCGCGGGGCTTGTAGGGGGGCGCCGGCATCAATg > 2:918409/1‑150 (MQ=255) ggACGAAGGTATCCTGGGCGAGGTCAGCCGCATCGGCTGCGTTGCCGAGCTTGCTACGCAGCCAGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGTTTGCACGGAATCGTTGCTGGGCATGGAGGAGGGCGCCGGCATCAATGGAc < 1:369139/150‑1 (MQ=255) gACGAAGGTATCCTGGGCGAGGTCAGCCGCATCGGCTGCGTTGCCGAGCTTGCTACGCAGCCAGGTATGCAACCAGCCgtggtg < 1:1009145/84‑1 (MQ=255) gACGAAGGTATCCTGGGCGAGGTCAGCCGCATCGGCTGCGTTGCCGAGCTTGCTACGCAGCCAGGTATGCAACCAGCCgtggtg > 2:1009145/1‑84 (MQ=255) gAAGGTATCCTGGGCGAGGTCAGCCGCATCGGCTGCGTTGCCGAGCTTGCTACGCAGCCAGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGTTTGCACGGAATCGTTGCTGGGCATGGAGGAGGGCGCCGGCATCAATGGACGTTa > 2:235350/1‑150 (MQ=255) aGGTATCCTGGGCGAGGTCAGCCGCATCGGCTGCGTTGCCGAGCTTGCTACGCAGCCAGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGTTTGCACGGAATCGTTGCTGGGCATGGAGGAGGGCGCCGGCATCAATGGACGTTAAt < 2:225533/150‑1 (MQ=255) tCCTGGGCGAGGTCAGCCGCATCGGCTGCGTTGCCGAGCTTGCTACGCAGCCAGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGTTTGCACGGAATCGTTGCTGGGCATGGAGGAGGGCGCCGGCATCAATGGACGTTAATGATaa > 1:831647/1‑150 (MQ=255) tCCTGGGCGAGGTCAGCCGCATCGGCTGCGTTGCCGAGCTTGCTACGCAGCCAGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGTTTGCACGGAATCGTTGCTGGGCATGGAGGAGGGCGCCGGCATCAATGGACGTTAATGATaa < 1:1160024/150‑1 (MQ=255) tCAGCCGCATCGGCTGCGTTGCCGAGCTTGCTACGCAGCCAGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGTTTGCACGGAATCGTTGCTGGGCATGGAGGAGGGCGCCGGCATCAATGGACGTTAATGATAATTAGTCTCAttg > 1:153334/1‑150 (MQ=255) gCATCGGGTGCGTTGCAGAGCTGGCTACGCAGCCAGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGTTTGCACGGAATCGTTGCTGGGCATGGAGGAGGGCGCCGGCATCAATGGACGTTAATGATAATTAGTCTCATTGTTGGCg < 1:61546/150‑1 (MQ=255) cATCGGCTGCGTTGCCGAGCTTGCTACGCAGCCAGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGTTTGCACGGAATCGTTGCTGGGCATGGAGGAGGGCGCCGGCATCAATGGACGTTAATGATAATTAGTCTCATTGTTGGCgg > 1:651694/1‑150 (MQ=255) acctggctgcgtagcaagctcggcaacgcagccAGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGTTTGCACGGAATCGTTGCTGGGCATGGAGGAGGGCGCCGGCATCAATGGACGTTaa < 1:237104‑M2/92‑1 (MQ=255) acctggctgcgtagcaagctcggcaacgcagccAGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGTTTGCACGGAATCGTTGCTGGGCATGGAGGAGGGCGCCGGCATCAATGGACGTTaa > 2:237104‑M2/34‑125 (MQ=255) aTCGGCTGCGTTGCCGAGCTTGCTACGCAGCCAGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGTTTGCACGGAATCGTTGCTGGGCATGGAGGAGGGCGCCGGCATCAATGGACGTTAATGATAATTAGTCTCATTGTTGGCGGa < 2:1089177/150‑1 (MQ=255) ctggctgcgtagcaagctcggcaacgcagccGGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGTTTGCACGGAATCGTTGCTGGGCATGGAGGAGGGCGCCGGCATCAATGGAc > 1:336299‑M2/32‑118 (MQ=255) ctggctgcgtagcaagctcggcaacgcagccGGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGTTTGCACGGAATCGTTGCTGGGCATGGAGGAGGGCGCCGGCATCAATGGAc < 2:336299‑M2/87‑1 (MQ=255) tggctgcgtagcaagctcggcaacgcagccAGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGTTTGCACGGAATCGTTGCTGGGCATGGAGGAGGGCGCCGGCATCAATGGACGTTAATGATAATTAGTCTCATTGTTGGCGGAGc > 1:398396‑M2/31‑150 (MQ=255) cGGCTGCGTTGCCGAGCTTGCTACGCAGCCAGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGTTTGCACGGAATCGTTGCTGGGCATGGAGGAGGGCGCCGGCATCAATGGACGTTAATGATAATTAGTCTCATTGTTGGCGGAGc < 1:235350/150‑1 (MQ=255) GCTGCGTTGCCGAGCTTGCTACGCAGCCAGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGTTTGCACGGAATCGTTGCTGGGCATGGAGGAGGGCGCCGGCATCAATGGACGTTAATGATAATTAGTCTCATTGTTGGCGGAGCaa > 1:102600‑M1/1‑150 (MQ=255) CTGCGGTGCCGAGCTTGCTACGCAGCCATGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGTTTGCACGGAATCGTTGCTGGGCATGGAGGAGGGCGCCGGCATCAATGGACGTTAATGATAATTAGTCTCATTGTTGGCGGAGCAAg > 1:1109380‑M1/1‑150 (MQ=255) tgcgtagcaagctcggcaacgcagccAGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGTTTGCACGGAATCGTTGCTggg < 1:115663‑M2/58‑1 (MQ=255) tgcgtagcaagctcggcaacgcagccAGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGTTTGCACGGAATCGTTGCTggg > 2:115663‑M2/27‑84 (MQ=255) gCCGAGCTTGCTACGCAGCCAGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGTTTGCACGGAATCGTTGCTGGGCATGGAGGAGGGCGCCGGCATCAATGGACGTTAATGATAATTAGTCTCa < 2:923848/127‑1 (MQ=255) gCCGAGCTTGCTACGCAGCCAGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGTTTGCACGGAATCGTTGCTGGGCATGGAGGAGGGCGCCGGCATCAATGGACGTTAATGATAATTAGTCTCa > 1:923848/1‑127 (MQ=255) gAGCTTGCTACGCAGCCAGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGTTTGCACGGAATCGTTGCTGGGCATGGAGGAGGGCGCCGGCATCAATGGACGTTAATGATAATTAGTCTCATTGTTgg < 2:22862/131‑1 (MQ=255) gAGCTTGCTACGCAGCCAGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGTTTGCACGGAATCGTTGCTGGGCATGGAGGAGGGCGCCGGCATCAATGGACGTTAATGATAATTAGTCTCATTGTTgg > 1:22862/1‑131 (MQ=255) atctcTACGCAGCCAGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGTTTGCACGGAATCGTTGCTGGGCATGGAGGAGGGCGCCGGCATCAATGGACGTTAATGATAATTAGTCTCATTGTTGGCGGAGCAAGATTAATTTGCAAc < 2:311765/146‑1 (MQ=255) ttGCTACGCAGCCAGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGTTTGCACGGAATCGTTGCTGGGCATGGAGGAGGGCGCCg < 2:707854/88‑1 (MQ=255) ttGCTACGCAGCCAGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGTTTGCACGGAATCGTTGCTGGGCATGGAGGAGGGCGCCg > 1:707854/1‑88 (MQ=255) gCTACGCAGCCAGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGTTTGCACGGAATCGTTGCTGGGCATGGAGGAGGGCGCCGGCATCAATGGACGTTAATGATAATTAGTCTCATTGTTGGCGGAGCAAGATTAATTTGCAACCCa > 2:984768/1‑150 (MQ=255) tACGCAGCCAGGTATGCAACCAGCCGTGNTGGTCACTNTAGAGCGTTNGCACGGAATCGTTGCTGGGCATGGAGGAGGGCGCCGGCATCAATGGACGTTAATGATAATTAGTCTCAGTGTTGGCGGAGCAAGATTAATTTGCAAccagat > 1:311765/1‑146 (MQ=255) cgcagccAGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGttt < 1:834378‑M2/39‑1 (MQ=255) cgcagccAGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGttt > 2:834378‑M2/8‑46 (MQ=255) ccAGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGTTTGCACGGAATCGTTGCTGGGCATGGAGGAGGGCGCCGGCATCAATGGACGTTAATGATAATTAGTCTCATTGTTGGCGGAGCAAGATTAATTTGCAACCCATCAGTTAAc < 2:1093904‑M2/148‑1 (MQ=255) | ATGATCGATCACCAGCCCACGCGCTACCGTGCGCAGGAAGGCCCTGGGCGCATTCAGCTGCAATTGTTCACGACGCTGTAGCAAGCGGACGAAGGTATCCTGGGCGAGGTCAGCCGCATCGGCTGCGTTGCCGAGCTTGCTACGCAGCCAGGTATGCAACCAGCCGTGGTGGTCACTGTAGAGCGTTTGCACGGAATCGTTGCTGGGCATGGAGGAGGGCGCCGGCATCAATGGACGTTAATGATAATTAGTCTCATTGTTGGCGGAGCAAGATTAATTTGCAACCCATCAGTTAAC > NC_002947/185911‑186207 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |