New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 3479309 | 22 (0.490) | 4 (0.090) | 4/236 | NT | 15.4% | coding (1953/2496 nt) | PP_3090 | OmpA domain‑containing protein |
? | NC_002947 | = 3479353 | 23 (0.540) | coding (1909/2496 nt) | PP_3090 | OmpA domain‑containing protein |
GGCGTTGTCGAGGATGCGCGGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCACGTAAGTGTCCAGGGCCGCCTTTCCGAAATTGGCGATCGACTGGGCGCGGTTGTCATGGGGC > NC_002947/3479210‑3479495 | ggCGTTGTCGAGGATGCGCGGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATggccgg > 1:553959‑M2/1‑144 (MQ=255) ggCGTTGTCGAGGATGCGCGGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATggccgg > 1:777993‑M2/1‑144 (MQ=255) ggCGTTGTCGAGGATGCGCGGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATggccgg > 2:496397‑M2/1‑144 (MQ=255) tCGAGGATGCGCGGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCag < 2:557579/150‑1 (MQ=255) gAGGATGCGCGGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTTGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCCCTTGCCGGTCTGGCCGGCGATTGCCGGGTCCCagta > 2:165373/1‑150 (MQ=255) cgGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAg < 1:960144/150‑1 (MQ=255) aTCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTgcgc > 2:680759/1‑150 (MQ=255) tcaggCTCACGGATCGGGTCGCAAGAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTAACACCGGCCTCGCTGTCATCCACGTCCGTGCTCTTGCCGGTCTGCCGGGCGATGACCGGGCCCCACATGTCCGGCATGTGCGcc > 2:546768/4‑150 (MQ=255) gTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAAc < 2:398083/106‑1 (MQ=255) gTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAAc > 1:398083/1‑106 (MQ=255) tCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGGCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCACGTAAgtg > 1:35423/1‑150 (MQ=255) ccACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAAAGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCCGGCCCGGAGAAAGCATCACGTAAGTGTCCAGGgcc > 2:1152965/1‑150 (MQ=255) cACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATggccggtggcaaccaggactacctgtatgccagccgccagatcacgttctatagcgaccagatccgtgagccagatgtaccgcgcatcctcgacaacg < 2:607611‑M2/150‑99 (MQ=255) aCCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGTGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCACGTAAGTGTCCAGGgccgc < 1:719976/150‑1 (MQ=255) cTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATggccggtggcaaccaggactacctgtatgccagccgccagatcacgttctatagcgaccagatccgtgagccagatgtaccgcgcatcctcgacaacgccttcct < 2:962463‑M2/150‑106 (MQ=255) gCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCACGTAAGTGTCCAGGGCCGCCTTTCCGaa < 1:680759/150‑1 (MQ=255) cAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATggccggtggcaaccaggactacctgtatgccagccgccagatcacgttctatagcgaccagatccgtgagccagatgtaccgcgcatcctcgacaacgccttcctgatgtcca > 1:962463‑M2/1‑37 (MQ=255) cggcggCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCt < 1:267969/96‑1 (MQ=255) cggcggCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCt > 2:267969/1‑96 (MQ=255) cATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCACGTAAGTGTCCAGGGCCGCCTTTc < 1:1172429/131‑1 (MQ=255) cATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCACGTAAGTGTCCAGGGCCGCCTTTc > 2:1172429/1‑131 (MQ=255) tctTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCAc > 2:176235/1‑103 (MQ=255) tctTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCAc < 1:176235/103‑1 (MQ=255) gCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCACGTAAGTGTCCAGGGCCGCCTTTCCGAAATTGGCGATCGACTGGGCGCGGtt > 2:179646/1‑150 (MQ=255) gTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCACGTAAGTGTCCAGGGCCGCCTTTCCGAAATTGGCGATCGACTGGGCGCGGTTGTCa < 2:1143610/150‑1 (MQ=255) tCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCAc < 2:430135/94‑1 (MQ=255) tCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCAc > 1:430135/1‑94 (MQ=255) gcgggcgATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCACGt < 2:1041339/92‑1 (MQ=255) gcgggcgATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCACGt > 1:1041339/1‑92 (MQ=255) cgggcgATggccggtggcaaccaggactacctgtatgccagccgccagatcacgttctatagcgaccagatccgtgagccagatgtaccgcgcatcctcgacaacgccttcctgatgtccagttcgcgcaactacatcgacagcctgcgg > 1:607611‑M2/1‑8 (MQ=255) | GGCGTTGTCGAGGATGCGCGGTACATCTGGCTCACGGATCTGGTCGCTATAGAACGTGATCTGGCGGCTGGCATACAGGTAGTCCTGGTTGCCACCGGCCTCGCTGCCAGCGGCGGCCATGCTCTTGCCGGTCTGGCGGGCGATGGCCGGGTACCAGTAGTCCGGCAGGTGCGCCTTGAGAAACGCCGGGTCGGCATGCTCGCGCTGGCCCGGAGAAAGCATCACGTAAGTGTCCAGGGCCGCCTTTCCGAAATTGGCGATCGACTGGGCGCGGTTGTCATGGGGC > NC_002947/3479210‑3479495 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |