New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4604457 = | 31 (0.690) | 6 (0.140) | 6/232 | NT | 16.4% | coding (241/411 nt) | PP_4076 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | 4604496 = | 32 (0.760) | coding (280/411 nt) | PP_4076 | hypothetical protein |
TCCCAGAGCAGCCCCGAGCTGGGCCTGCGCGACTTCAACGGGCATGACGTCAGCAGCGGCGACCTGCTGCAGCAAGTGAGCGCCGATATCCGCCGTACCCTCCAGCGCTTTGAACCGCGCATCCACGTGCGCGCGCTCAAAGCGGTACCGGATTGTCACGCCCCGTTGGAACTGCATTTCAGGCTCGACTGCCAGGTGCAGGTCAACAACCAGGCAGAGCAGTTGCAGCTTGAGCTGCTGGTAAACGGACACAACCGCTACACCCGAGTGAGGTGACCCATGTCACTGAAG > NC_002947/4604352‑4604642 | tCCCAGAGCAGCCCCGAGCTGGGCCTGCGCGACTTCAACGGGCATGACGTCAGCAGCGGCGACCTGCTGCAGCAAGTGAGCGCCGATATCCGCCGTACCCTCCAGCGCTTTGAACCGCGCATCCACGTGCGCGCGCTCAAAGCGGTACCg < 1:484851/150‑1 (MQ=255) agagCAGCCGCGAGCTGGGCGTGCGCGACTTAAACGGGCATGACGTCAGCAGCGGCGACCTGCTGCAGCAAGTGAGCGCCGATATCCGCCGTACCCTCCAGCGCTTTGAACCGCGCATCCACGTGCGCGCGCTCAAAGCGGTACCGGAtt < 2:372310/150‑1 (MQ=255) agagCAGCCCCGAGCTGGGCCTGCGCTACTTCAACGGGCATGACGTCAGCAGCGGCGACCTGCTGCAGCAAGTGAGCGCCGATATCCGCCGTACCCTCCAGCGCTTTGAACCGCGCATCCACGTGCGCGCGCTCAAAGCGGTACCGGAtt > 1:27037/1‑150 (MQ=255) gagCAGCCCCGAGCTGGGCCTGCGCGACTTCAACGGGCATGACGTCAGCAGCGGCGACCTGCTGCAGCAAGTGAGCGCCGATATCCGCCGTACCCTCCAGCGCTTTGAACCGCGCATCCACGTGCGCGCGCTCAAAGCGGTACCGGATTg < 2:139451/150‑1 (MQ=255) tGGGCCTGCGCGACTTCAACGGGCATGACGTCAGCAGCGGCGACCTGCTGCAGCAAGTGAGCGCCGATATCCGCCGTACCCTCCAGCGCTTAAGAGCGCGCATCCACGTGCGCGCGCTCAAAGCGGTACCGGATTGTCACGCCCCGTTgg > 1:318414/1‑150 (MQ=255) gggCCTGCGCGACTTCAACGGGCATGACGTCAGCAGCGGCGACCTGCTGCAGCAAGTGAGCGCCGATATCCGCCGTACCCTCCAGCGCTTTGAACCGCGCATCCACGTGCGCGCGCTCAAAGCGGTACCGGATTGTCACGCCCCGTTGGa > 2:1130388/1‑150 (MQ=255) ggCCTGCGCGACTTCAACGGGCATGACGTCAGCAGCGGCGACCTGCTGCAGCAAGTGAGCGCCGATATCCGCCGTACCCTCCAGCGCTTTGAACCGCGCATCCACGTGCGCGCGCTCAAAGCGGTACCGGATTGTCACGCCCCGTTGGaa < 1:1130388/150‑1 (MQ=255) ccTGCGCGACTTCAACGGGCATGACGTCAGCAGCGGCGACCTGCTGCAGCAAGTGAGCGCCGATATCCGCCGTACCCTCCAGCGCTTTGAACCGCGCATCCACGTGCGCGCGCTCAAAGAGGTAGCGGATTGTCACGCCCCGTTGGAACt > 2:1183444/1‑150 (MQ=255) cgcgACTTCAACGGGCATGACGTCAGCAGCGGCGACCTGCTGCAGCAAGTGAGCGCCGATATCCGCCGTACCCTCCAGCGCTTTGAACCGCGCATCCACGTGCGCGCGCTCAAAGCGGTACCGGATTGTCACGCCCCGTTGGAACTGCAt < 1:418515/150‑1 (MQ=255) ttCAACGGGCATGACGTCAGCAGCGGCGACCTGCTGCAGCAAGTGAGCGCCGATATCCGCCGTACCCTCCAGCGCTTTGAACCGCGCATCCACGTGCGCGCGCTCAAAGCGGTACCGGATTGTCACGCCCCGTTGGAACTGCATTTCAgg > 1:705149/1‑150 (MQ=255) tGACGTCAGCAGCGGCGACCTGCTGCAGCAAGTGAGCGCCGATATCCGCCGTACCCTCCAGCGCTTTGAACCGCGCAGCCACGTGCGCGCTCTCAAAGCGGTACCGGATTGTCACGCCCCGTTGGAACTGCATTTCAGGCTCGACTGCCa < 1:588168/150‑1 (MQ=255) gACGTCAGCAGCGGCGACCTGCTGCAGCAAGTGAGCGCCGATATCCGCCGTACCCTCCAGCGCTTTGAACCGCGCATCCACGTGCGCGCGCTCAAAGCGGTACCGGATTGTCACGCCCCGTTGGAACTGCATTTCAGGCTCGACTGCCAg > 2:687457/1‑150 (MQ=255) gTCAGCAGCGGCGACCTGCTGCAGCAAGTGAGCGCCGATATCCGCCGTACCCTCCAGCGCTTTGAACCGCGCATCCACGTGCGCGCGCTCAAAGCGGTACCGGATTGTCACGCCCCGTTGGAACTGCATTTCAGGCTCGACTGCCAGGTg > 2:741017/1‑150 (MQ=255) gTCAGCAGCGGCGACCTGCTGCAGCAAGTGAGCGCCGATATCCGCCGTACCCTCCAGCGCTTTGAACCGCGCATCCACGTGCGCGCGCTCAAAGCGGTACCGGATTGTCACACCCCGTTGGAACTGCATTTCAGGCTCGACTGCCAGGTg > 1:511271/1‑150 (MQ=255) agcagcGGCGACCTGCTGCAGCAAGTGAGCGCCGATATCCGCCGTACGCTCCAGCGCTTTGAACCGCGCATCCCCGTGCGCGCGCTCAAAGCGGTACGGGATTGTCACGCCGCGTTGGAACTGCATTTCAGGCTCGACTGCCAGGTGCAg < 1:1183444/150‑1 (MQ=255) cagcGGCGACCTGCTGCAGCAAGTGAGCGCCGATATCCGCCGTACCCTCCAGCGCTTTGAACCGCGCATCCACGTGCGCGCGCTCAAAGCGGTACCGGATTGTCACGCCCCGTTGGAACTGCATTTCAGGCTCGACTGCCAGGTGCAGGt < 1:741017/150‑1 (MQ=255) gACCTGCTGCAGCAAGTGAGCGCCGATATCCGCCGTACCCTCCAGCGCTTTGAACCGCGCATCCACGTGCGCGCGCTCAAAGCGGTACCGGATTGTCACGACCCGTTGGAACTGCATTTCAGGCTCGACTGCCAGGTGCAGGTCaacaac < 1:578422/150‑1 (MQ=255) tgctgcAGCAAGTGAGCGCCGATATCCGCCGTACCCTCCAGCGCTTTGAACCGCGCATCCACGTGCGCGCGCTCAAAGCGGTACCGGATTGTCACGCCCCGTTGGAACTGCATTTCAGGCTCGTCTGCCAAGTGCAGGTCAACAACCAgg < 1:1068877/150‑1 (MQ=255) ctgcAGCAAGTGAGCGCCGATATCCGCCGTACCCTCCAGCGCTTTGAACCGCGCATCCACGTGCGCGCGCTCAAAGCGGTACCGGATTGTCACGCCCCGTTGGAACTGCATTTCAGGCTCGACTGCCAGGTGCAGGTCAACAACCAGGCa > 1:446493/1‑150 (MQ=255) cagcaAGTGAGCGCCGATATCCGCCGTACCCTCCAGCGCTTTGAACCGCGCATCCACGTGCGCGCGCTCAAAGCGGTACCGGATTGTCACGCCCCGtt > 1:1015445/1‑98 (MQ=255) cagcaAGTGAGCGCCGATATCCGCCGTACCCTCCAGCGCTTTGAACCGCGCATCCACGTGCGCGCGCTCAAAGCGGTACCGGATTGTCACGCCCCGtt < 2:1015445/98‑1 (MQ=255) cGATATCCGCCGTACCCTCCAGCGCTTTGAACCGCGCATCCACGTTCGCGCGCTCAAAGCGGTACCGGATTGTCACGCCCCGTTGGAACTGCATTTCAGGCTCGACTGCCAGGTGCAGGTCAACAACCAGGCAGAGCAGTTGCAGCTTGa > 2:440569/1‑150 (MQ=255) gATATCCGCCGTACCCTCCAGCGCTTTGAACCGCGCATCCACGTGCGCGCGCTCAAAGCGGTACCTGATTGTCACGCCCCGTTGGAACTGCATTTCAGGCTCGACTGCCAGGTGCAGGTCAACAACCAGGCAGAGCAGTTGCAGCTTGAg > 1:990250/1‑150 (MQ=255) cccTCCAGCGCTTTGAACCGCGCATCCACGTGCGCGCGCTCAAAGCGGTACCGGATTGTCACGCCCCGTTGGAACTGCATTTCAGGCTCGACTGCCAGGTGCAGGTCAACAACCAGGCAGAGCAGTTGCAGCTTGAGCTGCTGGTAAACg < 2:27037/150‑1 (MQ=255) ccAGCGCTTTGAACCGCGCATCCACGTGCGCGCGCTCAAAGCGGTACCGGATTGTCACGCCCCGTTGGAACTGCATTTCAGGCTCGACTGCCAGGTGCAGGTCAACAACCAGGCAGAGCAGTTGCAGCTTGAGCTGCTGGTAAACGGaca > 2:1125438/1‑150 (MQ=255) gctttgagcgcgcgcacgtggatgcgcggttcaaagcgGTACCGGATTGTCACGCCCCGTTGGAACTGCATTTCAGGCTCGACTGCCAGGTGCAGGTCAACAACCAGGCAGAGCAGTTGCAGCTTGAGCTGCTGGTaaa > 1:706379‑M2/39‑139 (MQ=255) gctttgagcgcgcgcacgtggatgcgcggttcaaagcgGTACCGGATTGTCACGCCCCGTTGGAACTGCATTTCAGGCTCGACTGCCAGGTGCAGGTCAACAACCAGGCAGAGCAGTTGCAGCTTGAGCTGCTGGTaaa < 2:706379‑M2/101‑1 (MQ=255) ctttgagcgcgcgcacgtggatgcgcggttcaaagcgGTACCGGATTGTCACGCCCCGTTGGAACTGCATTTCAGGCTCGACTGCCAGGTGCAGGTCAACAACCAGGCAGAGCAGTTGCAGCTTGa < 1:245200‑M2/89‑1 (MQ=255) ctttgagcgcgcgcacgtggatgcgcggttcaaagcgGTACCGGATTGTCACGCCCCGTTGGAACTGCATTTCAGGCTCGACTGCCAGGTGCAGGTCAACAACCAGGCAGAGCAGTTGCAGCTTGa > 2:245200‑M2/38‑126 (MQ=255) TTTGAACCGCGCATCCACGTGCGCGCGCTCAAAGCGGTACCGGATTGTCACGCCCCGTTGGAACTGCATTTCAGGCTCGACTGCCAGGTGCAGGTCAACAACCAGGCAGAGCAGTTGCAGCTTGAGCTGCTGGTAAACGGACACAACCGc < 2:645851‑M1/150‑1 (MQ=255) gcgcgcgcacgtggatgcgcgcgctcaaagcgGTACCGGATTGTCACGCCCCGTTGGAACTGCATTTCAGGCTCGACTGCCAGGt > 2:593495‑M2/33‑85 (MQ=255) gcgcgcgcacgtggatgcgcgcgctcaaagcgGTACCGGATTGTCACGCCCCGTTGGAACTGCATTTCAGGCTCGACTGCCAGGt < 1:593495‑M2/53‑1 (MQ=255) AACCGCGCATCCACGTGCGCGCGCTCAAAGCGGTACCGGATTGTCACGCCCCGTTGGAACTGCATTTCAGGCTCGACTGCCAGGTGCAGGTCAACAACCAGGCAGAGCAGTTGCAGCTTGAGCTGCTGGTAAACGGACACAACCGCTaca < 1:727635‑M1/150‑1 (MQ=255) gcATCCACGTGCGCGCGCTCAAAGCGGTACCGGATTGTCACGCCCCGTTGGAACTGCATTTCAGGCTCGACTGCCAGGTGCAGGTCAACAACCAGGCAGAGCAGTTGCAGCTTGAGCTGCTGGTAAACGGACACAACCGCTACACCCGAg < 1:645851/150‑1 (MQ=255) tCCACGTGCGCGCGCTCAAAGCGGTACCGGATTGTCACGCCCCGTTGGAACTGCATTTCAGGCTCGACTGCCAGGTGCAGGTCAACAACCAGGCAGAGCAGTTACAGCGTGAGCTGCTGGTAAACGGACACAACCGCTACACCCGAGTGa > 1:560339/1‑150 (MQ=255) ccACGTGCGCGCGCTCAAAGCGGTACCTGATTGTCACGCCCCGTTGGAACTGCATTTCAGGCTCGACTGCCAGGTGCAGGTCAACAACCAGGCAGAGCAGTTGCAGCTTGAGCTGCTGGTAAACGGACACAACCGCTACACCCGAGTGAg < 2:990250/150‑1 (MQ=255) ccACGTGCGCGCGCTCAAAGCGGTACCGGATTGTCACGCCCCGTTGGAACTGCATTTCAGGCTCGACTGCCAGGTGCAGGTCAACAACCAGGCAGAGCAGTTGCAGCTTGAGCTGCTGGTAAACGGACACAACCGCTACACCCGAGTGAg < 2:839748/150‑1 (MQ=255) ccACGTGCGCGCGCTCAAAGCGGTACCGGATTGTCACACCCCGTTGGAACTGCATTTCAGGCTCGACTGCCAGGTGCAGGTCAACAACCAGGCAGAGCAGTTGCAGCTTGAGCTGCTGGTAAACGGACACAACCGCTACACCCGAGTGAg < 2:511271/150‑1 (MQ=255) gTGCGCGCGCTCAAAGCGGTACCGGATTGTCACGCCCCGTTGGAACTGCATTTCAGGCTCGACTGCCAGGTGCAGGTCAACAACCAGGCAGAGCAGTTGCAGCTTGAGCTGCTGGTAAACGGACACAACCGCTACACCCGAGTGAGGTGa < 1:242762/150‑1 (MQ=255) cgcgcgcTCAAAGCGGTACCGGATTGTCACGCCCCGTTGGAACTGCATTTCAGGCTCGACTGCCAGGTGCAGGTCAACAACCAGGCAGAGCAGTTGCAGCTTGAGCTGCTGGTAAACGGACACAACCGCTACACCCGAGTGAGGTGAccc < 2:705149/150‑1 (MQ=255) gcgcTCAACGCGGTCCCGGATTGGCACGCCCCGTTGGAACTGCATTTCAGGCTAGACTGCCAGGTGCAGGTCAACAACCAGGCAGAGCAGTTGCAGCTTGAGCTGCTGGTAAACGGACACAACCGCTACACCCGAGTGAGGTGACCCATg < 2:560339/150‑1 (MQ=255) gcgcTCAAAGCGGTACCGGATTGTCACGCCCCGTTGGAACTGCATTTCAGGCTCGACTGCCAGGTGCAGGTCAACAACCAGGCAGAGCAGTTGCAGCTTGAGCTGCTGGTAAACGGACACAACCGCTACACCCGAGTGAGGTGACCCATg > 1:726048/1‑150 (MQ=255) tcaaagcgGTACCGGATTGTCACGCCCCGTTGGAACTGCATTTCAGGCTCGACTGCCAGGTGCAGGTCAACAACCAGGCAGAGCAGTTGCAGCTTGAGCTGCTGGTAAACGGACACAACCGCTACACCCGAGTGAGGTGACCCATGTCAc > 1:481480‑M2/9‑150 (MQ=255) gcgGTACCGGATTGTCACGCCCCGTTGGAACTGCATTTCAGGCTCGACTGCCAGGTGCAGGTCAACAACCAGGCAGAGCAGTTGCAGCTTGAGCTGCTGGTAAACGGACACAACCGCTACACCCGAGTGAGGTGACCCATGTCACTGAAg > 1:638457‑M2/4‑150 (MQ=255) | TCCCAGAGCAGCCCCGAGCTGGGCCTGCGCGACTTCAACGGGCATGACGTCAGCAGCGGCGACCTGCTGCAGCAAGTGAGCGCCGATATCCGCCGTACCCTCCAGCGCTTTGAACCGCGCATCCACGTGCGCGCGCTCAAAGCGGTACCGGATTGTCACGCCCCGTTGGAACTGCATTTCAGGCTCGACTGCCAGGTGCAGGTCAACAACCAGGCAGAGCAGTTGCAGCTTGAGCTGCTGGTAAACGGACACAACCGCTACACCCGAGTGAGGTGACCCATGTCACTGAAG > NC_002947/4604352‑4604642 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |