New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4984361 = | 44 (0.980) | 3 (0.070) | 3/242 | NT | 6.4% | coding (387/828 nt) | cheR | chemotaxis protein methyltransferase |
? | NC_002947 | 4984382 = | 45 (1.020) | coding (366/828 nt) | cheR | chemotaxis protein methyltransferase |
GGACAGGCCGCGGGCAATCGCCAGGCTGTCGTATTCGCCGGTCTTGCAGTTGGTCAGCATGGTGCCGGAGAGATCGGTGGCGACGATCTGCGCCCCCATCTTCAACTGGCCGAGGTTGCTGCGCTCGAACTCGT‑CGATCGCCATTGAAATGGAATACGGCTCCTGCCCCGACGAACAGGCCGCCGACCACATGCGCAGGCGCTGGCCGGGGTTGTTGCGGATGAACTCGGGGATCACCTTGTTCTTCAACACCTCGAACGGGTAGGTGTCGCGAAACCACAGGGTCTCGT > NC_002947/4984241‑4984530 | ggACAGGCCGCGGGCAATCGCCAGGCTGTCGTATTCGCCGGTCTTGCAGTTGGTCAGCATGGTGCCGGAGAGATCGGTGGCGACGATCTGCGCCCCCATCTTCAACTGGCCGAGGTTGCTGCGCTCGAACTCGT‑CGATCGCCATTGAAAt > 1:877594/1‑150 (MQ=255) cAGGCCGCGGGCAATCGCCAGGCTGTCGTATTCGCCGGTCTTGCAGTTGGTCAGCATGGTGCCGGAGAGATCGGTGGCGACGATCTGCGCCCCCATCTTCAACTGGCCGAGGTTGCTGCGCTCGAACTCGT‑CGATCGCCATTGAAATGGa < 1:440908/150‑1 (MQ=255) gtgttgaagaacaaggtgatccccgagttcatccgcaacaacccccgccagcgcttgcgcatgtggtcggcggcctgttcgtcggggaaggagccgtattccatttcaatggcgctcgaactcgtcgatcgcCATTGAAATGGAATACgg < 1:513021‑M2/18‑1 (MQ=255) ggCAATCGCCAGGCTGTCGTATTCGCCGGTCTTGCAGTTGGTCAGCATGGTGCCGGAGAGATCGGTGGCGACGATCTGCGCCCCCACCTTCAACTGGCCGAGGTTGCTGCGCTCGAACTCGT‑CGATCGCCATTGAAATGGAATACGGCTc < 1:742563/150‑1 (MQ=255) agaacaaggtgatccccgagttcatccgcaacaaccccggccagcgcctgcgcatgtggtcggcggcctgttcgtcggggcaggagccgtattccatttcaatggcgctcgaactcgtcgatcgcCATTGAAATGGAATa > 1:1009143‑M2/126‑140 (MQ=255) agaacaaggtgatccccgagttcatccgcaacaaccccggccagcgcctgcgcatgtggtcggcggcctgttcgtcggggcaggagccgtattccatttcaatggcgctcgaactcgtcgatcgcCATTGAAATGGAATa < 2:1009143‑M2/15‑1 (MQ=255) cTGTCGTATTCGCCGGTCTTGCAGTTGGTCAGCATGGTGCCGGACAGATCGGTGGCGACGATCTGCGCCCCCATCTTCAACTGGCCGAGGTTGCTGCGCTCGAACTCGT‑CGATCGCCATTGAAATGGAATACGGCTCCTGCCCCGACGaa < 2:870481/150‑1 (MQ=255) ttCGTATTCGCCGGTCTTGCAGTTGGTCAGCATGGTGCCGGAGAGATCGGTGGCGACGATCTGCGCCCCCATCTTCAACTGGCCGAGGTTGCTGCGCTCGAACTCGT‑CGATCGCCATTGAAATGGAATACGGCTCCTGCCCCGACGAACa < 1:422120/149‑1 (MQ=255) cGTATTCGCCGGTCTTGCAGTTGGTCAGCATGGTGCCGGAGAGATCGGTGGCGACGATCTGCGCCCCCATCTTCAACTGGCCGAGGTTGCTGCGCTCGAACTCGT‑CGATCGCCATTGAAATGGAATACGGCTCCTGCCCCGACGAACAgg < 1:1081333/150‑1 (MQ=255) gCCGGTCTTGCAGTTGGTCAGCATGGTGCCGGAGAGATCGGTGGCGACGATCTGCGCCCCCATCTTCAACTGGCCGAGGTTGCTGCGCTCGAACTCGT‑CGATCGCCATTGAAATGGAATACGGCTCAAAGCCCTACGAACAGGCCGCCGa > 1:967758/1‑150 (MQ=255) ccGGTCTTGCAGTTGGTCAGCATGGTGCCGGAGAGATCGGTGGCGACGATCTGCGCCCCCATCTTCAACTGGCCGAGGTTGCTGCGCTCGAACTCGT‑CGATCGCCATTGAAATGGAATACGGCTCCTGCCCCGACGAACAGGCCGCCGAc > 2:824632/1‑150 (MQ=255) gCAGTTGGTCAGCATGGTGCCGGAGAGNTCGGTGGCGACGNTCTGCGNCCCCATCTTCAACTGGCCGAGGTTGCTGCGCTCGAACTCGT‑CGATCGCCATTGAAATGGAATACGGCTCCTGCCCCGACGAACAGGCCGCCGACCACATgcg > 1:820427/1‑150 (MQ=255) ttGGTCAGCATGGTGCCGGAGAGATCGGTGGCGACGATCTGCGCCCCCATCTTCAACTGGCCGAGGTTGCTGCGCTCGAACTCGT‑CGATCGCCATTGAAATGGAATACGGCTCCTGCCCCGACGAACAGGCCGCCGACCACATGCGCAgg > 1:1026092/1‑150 (MQ=255) tCAGCATGGTGCCGGAGAGATCGGTGGCGACGATCTGCGCCCCCATCTTCAACTGGCCGAGGTTGCTGCGCTCGAACTAGT‑CGATCGCCATTGGAATCAAAGAGAGCTTCGTTGCGGACGAACAGGCCGCCGACCACATGCGCAGGCGCt < 1:328941/150‑1 (MQ=255) gCATGGTGCCGGAGAGATCGGTGGCGACGATCTGCGCCCCCATCTTCAACTGGCCGAGGTTGCTGCGCTCGAACTCGT‑CGATCGCCATTGAAATGGAATACGGCTCCTGCCCCGACGAACAGGCCGCCGACCACATGCGCAGGCGCTGGc > 2:792955/1‑150 (MQ=255) gTGCCGGAGAGATCGGTGGCGACGATCTGCGCCCCCATCTTCAACTGGCCGAGGTTGCTGCGCTCGAACTCGT‑CGATCGCCATTGAAATGGAATACGGCTCCTGCCCCGACGAACAGGCCGCCGACCACATGCGCAGGCGCTGGCCgggg < 1:824632/150‑1 (MQ=255) tGCCGGAGAGATCGGTGGCGACGATCTGCGCCCCCATCTTCAACTGGCCGAGGTTGCTGCGCTCGAACTCGT‑CGATCGCCATTGAAATGGAATACGGCTCCTGCCCCGACGAACAGGCCGCCGACCACATGCGCAGGCGCTGGCCGGGgt > 1:1074893/1‑150 (MQ=255) gagagaTCGGTGGCGACGATCTGCGCCCCCATCTTCAACTGGCCGAGGTTGCTGCGCTCGAACTCGT‑CGATCGCCATTGAAATGGAATACGGCTCCTGCCCCGACGAACAGGCCGCCGACCACATGCGCAGGCGCTGGCCGGGGttgttg > 2:36456/1‑150 (MQ=255) aTCGGTGGCGACGATCTGCGCCCCCATCTTCAACTGGCCGAGGTTGCTGCGCTGGAGCTCCT‑CCTTGTCGAGTGAAATGGCATACGGCTCCTGCCCCGACGAACAGGCCGCCGACCACATGCGCAGGCGCTGGCCGGGGTTGTTGCGGAt < 1:687768/150‑1 (MQ=255) aTCGGTGGCGACGATCTGCGCCCCCATCTTCAACTGGCCGAGGTTGCTGCGCTCGAACTCGT‑CGATCGCCATTGAAATGGAATACGGCTCCTGCCCCGACGAACAGGCCGCCGACCACATGCGCAGGCGCTGGCCGGGGTTGTTGCGGAt < 2:784467/150‑1 (MQ=255) aTCGGTGGCGACGATCTGCGCCCCCATCTTCAACTGGCCGAGGTTGCTGCGCTCGAACTCGT‑CGATCGCCATTGAAATGGAATACGGCTCCTGCCCCGACGAACAGGCCGCCGACCACATGCGCAGGCGCTGGCCGGGGTTGTTGCGGAt < 1:792955/150‑1 (MQ=255) gCGACGATCTGCGCCCCCATCTTCAACTGGCCGAGGTTGCTGCGCTCGAACTCGT‑CGATCGCCATTGAAATGGAATACGGCTCCTGCCCCGACGAACAGGCTGCCGTCCACATGCGCAGGCGCTGGCCGGGGTTGTTGCGGATGAACTCg < 1:1182045/150‑1 (MQ=255) gCGACGATCTGCGCCCCCATCTTCAACTGGCCGAGGTTGCTGCGCTCGAACTCGT‑CGATCGCCATTGAAATGGAATACGGCTCCTGCCCCGACGAACAGGCCGCCGACCACATGCGCAGGCGCTGGCCGGGGTTGTTGCGGATGAACTCg < 1:1036193/150‑1 (MQ=255) gCGACGATCTGCGCCCCCATCTTCAACTGGCCGAGGTTGCTGCGCTCGAACTCGT‑CGATCGCCATTGAAATGGAATACGGCTCCTGCCCCGACGAACAGGCCGCCGACCACATGCGCAGGCGCTGGCCGGGGATGTTGAGGATGaccaag > 2:1036193/1‑145 (MQ=255) gacgaTCTGCGCCCCCATCTTCAACTGGCCGAGGTTGCTGCGCTCGAACTCGT‑CGATCGCCATTGAAATGGAATACGGCTCCTGCCCCGACGaa < 2:1143146/94‑1 (MQ=255) gacgaTCTGCGCCCCCATCTTCAACTGGCCGAGGTTGCTGCGCTCGAACTCGT‑CGATCGCCATTGAAATGGAATACGGCTCCTGCCCCGACGaa > 1:1143146/1‑94 (MQ=255) gacgaTCTGCGCCCCCATCTTCAACTGGCCGAGGTTGCTGCGCTCGAACTCGT‑CGATCGCCATTGAAATGGAATACGGCTCCTGCCCCGACGAACAGGCCGCCGACCACATGCGCAGGCGCTGGCCGGGGTTGTTGCGGATGAACTCggg < 1:1106468/150‑1 (MQ=255) gaTCTGCGCCCCCATCTTCAACTGGCCGAGGTTGCTGCGCTCGAACTCGT‑CGATCGCCATTGAAATGGAATACGGCTCCTGCCCTGACGAACAGGCCGCCGACCACATGCGCAGGCGCTGGCCGGGGTTGTTGCGGATGAACTCGGGGAt < 2:867861/150‑1 (MQ=255) gtCTGCGCCCCCATCTTCAACCGGCCGAGGTTGCTGCGCTCGAACTCGT‑CGATCGCCATTGAAATGGAATACGGCTCCTGCCCCGACGAACAGGCCGCCGGCCACATGCGCAGGCGCTGGCCGGGGTTGTTGCGGATGAACGCGGGGATc < 2:820427/149‑1 (MQ=255) gcgcCCCCATCTTCAACTGGCCGAGGTTGCTGCGCTCGAACTCGT‑CGATCGCCATTGAAATGGAATACGGCTCCTGCCCCGACGAACAGGCCGCCGACCACATGCGCAGGCGCTGGCCGGGGTTGTTGCGGATGAACTCGGGGATCACCt > 1:412962/1‑150 (MQ=255) cgcCCTCCTCTTCTACTGTCTGGCGTTGCTGCTCTCGAACTCGG‑CGATCGCCATTTAATTTGAATACTCCTCCTGCCCCGACGAACAGGCCGCCGACCACATCCGCAGCCGCTGGCCTGGGTTGTTGCGGATGAACTCGGGGATCACCtt < 2:394636/150‑1 (MQ=255) ccccATCTTCAACTGGCCGAGGTTGCTGCGCTCGAACTCGT‑CGATCGCCATTGAAATGGAATACGGCTCCTGCCCCGACGAACAGGCCGCCGACCACATGCGCAGGCGCTGGCCGGGGTTGTTGc > 1:460853/1‑125 (MQ=255) ccccATCTTCAACTGGCCGAGGTTGCTGCGCTCGAACTCGT‑CGATCGCCATTGAAATGGAATACGGCTCCTGCCCCGACGAACAGGCCGCCGACCACATGCGCAGGCGCTGGCCGGGGTTGTTGc < 2:460853/125‑1 (MQ=255) ccccATCTTCAACTGGCCGAGGTTGCTGCGCTCGAACTCGT‑CGATCGCCATTGAAATGGAATACGGCTCCTGCCCCGACGAACAGGCCGCCGACCACATGCGCAGGCGCTGGCCGGGGTTGTTGCGGATGAACTCGGGGATCACCTTGtt > 2:326704/1‑150 (MQ=255) cccATCTTCAACTGGCCGAGGTTGCTGCGCTCGAACTCGT‑CGATCGCCATTGAAATGGAATACGGCTCCTGCCCCGACGAACAGGCCGCCGACCACATGCGCAGGCGCTGGCCGGGGTTGTTGCGGATGAACTCGGGGATCACCTTGttc < 2:412962/150‑1 (MQ=255) cTTCAACTGGCCGAGGTTGCTGCGCTCGAACTCGT‑CGATCGCCATTGAAATGGAATACGGCTCCTGCCCCGACGAACAGGCCGCCGACCACATGCGCAGGCGCTGGCCGGGGTTGTTGCGGATGAACTCGGGGATCACCTTGTTCTTCaa < 1:921332/150‑1 (MQ=255) ccgtattccatttcaatgGCGATCGACGAGTT‑CGAGCGCCATTGAAATGGAATACGGCTCCTTCCCCGACGAACAGGCCGCCGACCACATGCGCAAGCGCTGGCGGGGGTTGTTGCGGATGAACTCGGGGATCACCTTGTTCTTCAacac < 1:513021‑M1/132‑1 (MQ=255) tattccatttcaatgGCGATCGACGAGTT‑CGAGCGCCATTGAAATGGAATACGGCTCCTGCCCCGACGAACAGGCCGCCGACCACATGCGCAGGCGCTGGCCGGGGTTGTTGCGGATGAACTCGGGGATCACCTTGttct < 2:1009143‑M1/125‑1 (MQ=255) tattccatttcaatgGCGATCGA‑CGAGTTCGAGCGCCATTGAAATGGAATACGGCTCCTGCCCCGACGAACAGGCCGCCGACCACATGCGCAGGCGCTGGCCGGGGTTGTTGCGGATGAACTCGGGGATCACCTTGttct > 1:1009143‑M1/16‑140 (MQ=255) gCCGAGGTTGCTGCGCTCGAACTCGT‑CGATCGCCATTGAAATGGAATACGGCTCCTGCCCCGACGAACAGGCCGCCGACCACATGCGCAGGCGCTGGCCGGGGTTGTTGCGGATGAACTCGGGGATCACCTTGTTCTTCAACACCTCGaa > 2:532407/1‑150 (MQ=255) ggTTGCTGCGCTCGAACTCGT‑CGATCGCCATTGAAATGGAATACGGCTCCTGCCCCGACGAACAGGCCGCCGACCACATGCGCAGGCGCTGGCCGGGGTTGTTGCGGATGAACTCGGGGATCACCTTGTTCTTCAACACCTCGAACGGGt < 1:36456/150‑1 (MQ=255) tgcGCTCGAACTCGT‑CGATCGCCATTGAAATGGAATACGGCTCCTGCCCCGACGAACAGGCCGCCGACCACATGTGCAGGCGCTGGCCGGGGTTGTTGCGGATGAACTCGGGGa > 1:557281/1‑114 (MQ=255) tgcGCTCGAACTCGT‑CGATCGCCATTGAAATGGAATACGGCTCCTGCCCCGACGAACAGGCCGCCGACCACATGTGCAGGCGCTGGCCGGGGTTGTTGCGGATGAACTCGGGGa < 2:557281/114‑1 (MQ=255) CGCTCGAACTCGT‑CGATCGCCATTGAAATGGAATACGGCTCCTGCCCCGACGAACAGGCCGCCGACCACATGCGCAGGCGCTGGCCGGGGTTGTTGCGGATGAACTCGGGGATCACCTTGTTCTTCAACACCTCGAACGGGTAGGTGTcg > 2:1026092‑M1/1‑150 (MQ=255) tCGAACTCGT‑CGATCGCCATTGAAATGGAATACGGCTCCTGCCCCGACGAACAGGCCGCCGACCACATGCGCAGGCGCTGGCCGGGGTTGTTGCGGATGAACTCGGGGATCACCTTGTTCTTCAACACCTCGAACGGGTAGGTGTCGCGa > 1:602513/1‑150 (MQ=255) tCGAACTCGT‑CGATCGCCATTGAAATGGAATACGGCTCCTGCCCCGACGAACAGGCCGCCGACCACATGCGCAGGCGCTGGCCGGGGTTGTTGCGGATGAACTCGGGGATCACCTTGTTCTTCAACACCTCGAACGGGTAGGTGTCGCGa > 2:282999/1‑150 (MQ=255) gAACTCGT‑CGATCGCCATTGAAATGGAATACGGCTCCTGCCCCGACGAACAGGCCGCCGACCACATGCGCAGGCGCTGGCCGGGGTTGTTGCGGATGAACTCGGGGATCACCTTGttc > 2:1080524/1‑118 (MQ=255) gAACTCGT‑CGATCGCCATTGAAATGGAATACGGCTCCTGCCCCGACGAACAGGCCGCCGACCACATGCGCAGGCGCTGGCCGGGGTTGTTGCGGATGAACTCGGGGATCACCTTGttc < 1:1080524/118‑1 (MQ=255) tcgt‑cgATCGCCATTGAAATGGAATACGGCCCCTGCCCCGACGAACAGGCCGCCGACCACATGCGCAGGCGCTGGCCGGGGTTGTTGCGGATg > 2:375184/1‑93 (MQ=255) tcgt‑cgATCGCCATTGAAATGGAATACGGCCCCTGCCCCGACGAACAGGCCGCCGACCACATGCGCAGGCGCTGGCCGGGGTTGTTGCGGATg < 1:375184/93‑1 (MQ=255) gt‑cgATCGCCATTGAAATGGAATACGGCTCCTGCCCCGACGAACAGGCCGCCGACCACATGCGCAGGCGCTGGCCGGGGTTGTTGCGGATGAACTCGGGGATCACCTTGTTCTTCAACACCTCGAACGGGTAGGTGTCGCGAAACCACAg < 1:326704/150‑1 (MQ=255) gt‑cgATCGCCATTGAAATGGAATACGGCTCCTGCCCCGACGAACAGGCCGCCGACCACATGCGCAGGCGCTGGCCGGGGTTGTTGCGGATGAACTCGGGGATCACCTTGTTCTTCAACACCTCGAACGGGTAGGTGTCGCGAAACCACAg < 2:967758/150‑1 (MQ=255) cCATTGAAATGGAATACGGCTCCTGCCCCGACGAACAGGCCGCCGACCACATGCGCAGGCGCTGGCCGGGGTTGTTGCGGATGAACTCGGGGATCACCTTGTTCTTCAACACCTCGAACGGGTAGGTGTCGCGAAACCACAGGGTCTCGt > 2:334456‑M2/2‑150 (MQ=255) | GGACAGGCCGCGGGCAATCGCCAGGCTGTCGTATTCGCCGGTCTTGCAGTTGGTCAGCATGGTGCCGGAGAGATCGGTGGCGACGATCTGCGCCCCCATCTTCAACTGGCCGAGGTTGCTGCGCTCGAACTCGT‑CGATCGCCATTGAAATGGAATACGGCTCCTGCCCCGACGAACAGGCCGCCGACCACATGCGCAGGCGCTGGCCGGGGTTGTTGCGGATGAACTCGGGGATCACCTTGTTCTTCAACACCTCGAACGGGTAGGTGTCGCGAAACCACAGGGTCTCGT > NC_002947/4984241‑4984530 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |